mercredi 31 août 2011

A donner 1 m de savoirs !

 A donner 1 m linéaire de Nature et Science

Je dois faire de la place et j'ai environ 1m de haut / empilés) d'exemplaires des deux plus prestigieuses revues scientifiques :  Nature et Science (elles sons hebdomadaire / bimensuelle et le tas augmente, mais pas la place dans ma chambre...  Comme je n'arrive pas à me résoudre à les jeter simplement comme l'on semble faire dans cette société, je les offre :

Les numéros de l'an passé et d'avant sont donc à donner contre bons soins

Il faudrait venir les chercher à Hermance près Genève à un moment a convenir.

La préférence sera données à une école / bibliothèque / accès public mais s'il n'y a pas de demandes je considèrerai les demandes privées et privilégierai des enseignants et des étudiants.

Cordialement

F. Lo

jeudi 25 août 2011

La bulle qui fait branchie

La bulle qui fait branchie ?

Certaines araignées alimentent avec des bulles d'air sur leur abdomen une plus grosse bulle – comme une cloche d'air sous l'eau – où elles vivent, et Kaplan (2011) rapporte dans une News de Nature qu'une équipe de chercheurs allemands et australiens a mesuré les concentrations d'O2 autour et dans la bulle pour conclure que l'O2 qui diffuse vers l'intérieur suffist pour assurer les besoins de l'animal au repos. L'araignée supporte apparemment des concentrations d'O2 faibles. Elle prolonge ainsi très fortement ses plongées et semble utiliser cette cloche comme organe respiratoire principal : une sorte de branchie extra-corporelle.

Un mode de respiration de plus ?

On connait la respiration pulmonaire et branchiale, les poumons à feuillet des arachnides, et sans doute encore quelques autres formes de respiration, sans compter la respiration par diffusion chez de nombreux animaux. On connait d'autres arthropodes qui utilisent une bulle d'air pour respirer dans l'eau. Mais Argyroneta aquatica, qui passe la quasi-totalité de sa vie sous l'eau dans cette bulle, est encore un cas différent. Son abdomen muni de poils hydrophobes (fig 2a) capture une bulle d'air à la surface et l'apporte vers une sorte de cloche de plongée : une plus grosse bulle qui est maintenue par une toile tissée entre des plantes (fig 2b) et ouverte vers en bas. Elle en renouvelle l'air 2.6 fois par heure environ. Elle se nourrit d'invertébrés aquatiques et de petits poissons (Fig 1)
Argyronetga
Fig 1 : Argyroneta aquatica utilise sa bulle comme organe d'échange pas seulement comme réserve.  [img]Source : 
Oxford Scientific/Photolibrary.

Les élèves sont souvent perplexes quant à l'intérêt sur l'usage de l'air et cette bulle par rapport aux branchies qui paraissent plus adaptées dans l'eau.

Les contraintes physico-chimiques de la respiration

Règle 1 : Plus la concentration d’un gaz dans l’environnement est élevée par rapport à celle du milieu intérieur d’un organisme, plus le gaz se répandra rapidement dans l’organisme
Deux faits biologiquement importants découlent de la diffusion des gaz en fonction d’un gradient de concentration : premièrement, la concentration d’un gaz à l’intérieur d’une cellule en activité métabolique doit être inférieure à celle de l’environnement dans lequel il est absorbé passivement.
Deuxièmement, les organismes qui vivent dans des habitats où un gaz est en concentration élevée doivent maintenir un taux de diffusion élevé de ce gaz à l’intérieur du corps.

Règle 2
: Plus la surface disponible pour la diffusion est grande, plus le gaz se répandra rapidement
Le rapport entre la surface et le taux de diffusion a deux conséquences biologiques importantes. Premièrement, les organismes unicellulaires ainsi que les petits organismes pluricellulaires présentent un rapport surface/volume plus élevé comparé aux organismes plus grands. Deuxièmement, les grands organismes pluricellulaires dépendent de structures spécialisées dans l’échange gazeux qui optimisent la superficie d’échange. Les poumons humains, les espaces aériens intercellulaires des plantes et les branchies des animaux aquatiques sont des exemples de ces structures

Règle 3
: Plus la distance qu’un gaz doit parcourir est courte, plus la diffusion de gaz disponible pour l’organisme peut être rapide

Cain (2006) p 471 - 3
Les principes qui régissent les échanges gazeux, et qui contraignent les très différentes structure respiratoires, sont décrits en trois règles par Cain (2006) dans son ouvrage "Découvrir la biologie"

On y trouve aussi p. 473 que le pourcentage d'O2 dans l'air est bien plus élevé  (21%) que dans l'eau ( 0.5-1% selon la T°).  Et que la diffusion est bien plus rapide dans l'air.
" En plus de ces différences quantitatives d’O2 et de CO2 entre l’air et l’eau, une différence dans le mécanisme de diffusion gazeux existe également entre ces 2 environnements. L’oxygène et le gaz carbonique se répandent plusieurs milliers de fois plus lentement dans l’eau que dans l’air." p. 473.
Ainsi les organismes très actifs et grands dans l'eau doivent avoir de très grandes surfaces d'échange respiratoire : Cain mentionne que la surface des branchies du maquereau nageur rapide fait 50 fois son poids. Alors que chez les baudroies qui nagent lentement ce ratio n'est que de 1. Je présume que le Thon doit avoir un ratio énorme. Et on sait que les petits organismes - notamment unicellulaire - n'ont pas besoin de structures spécialisées car chaque partie de leur organisme est très près de la surface (Règle 3).

Cela explique, en partie, que certains organismes aquatiques comme les dauphins vont respirer dans l'air, et cela donne du sens au fait que certains organismes combinent une respiration à partir de l'air avec un supplément à partir de l'eau.
L'araignée est de taille intermédiaire, et quand même assez active. Comment respire-t-elle dans l'eau avec sa cloche ?

Cette bulle : une réserve ou une sorte de "branchie" ?

On sait, depuis longtemps, que certaines araignées emportent une bulle avec elles sous l'eau pour respirer. Mais un débat entre spécialistes ne permettait pas de déterminer s'il s'agissait d'une simple réserve, qu'elle renouvelle une fois l'O2 épuisé ou si les échanges gazeux de cette "cloche" constituent une part importante de la respiration. En d'autres termes : respire-t-elle de l'air stocké dans la cloche ou de l'oxygène diffusé depuis l'eau dans cette cloche.
On savait aussi que les bulles de certains insectes absorbent l'O2 leur permettant d'obtenir bien plus d'O2 que ce qu'il y a avait dans la cloche au départ. La question de savoir si les araignées profitent aussi de cet effet n'était pas étayée par des données et toutes les hypothèses s'afrontaient.

La News ne le dit pas, mais l'article dont elle est issue est bien plus clair sur les méthodes les présupposés : le coeur de la question est la pression partielle d'O2 que l'araignée arrive a supporter : plus elle est faible par rapport à l'extérieur ( PO2outPO2in ) plus vite l'O2 diffusera vers l'intérieur. En effet les transferts de gaz à travers la surface de la bulle peuvent être modélisé avec l'équation de Fick de diffusion, , où est le taux de transfert  d'oxygène  (μmol h–1), GO2 est la conductance diffusive d'O (μmol h–1 kPa–1) et PO2outPO2in la différence de pression partielle d'Oxygène  PO2 (kPa) entre l'eau et l'air interne à la cloche.


Fig. 1.
Fig 2 : Argyroneta aquatica apporte des bulles depuis la surface avec son abdomen (a) et utilise sa bulle -cloche (b) comme organe d'échange pas seulement comme réserve. La cloche peut être petite (b) ou plus grande et accueillir la femelle et le cocon (d) .  [img]Source :Seymour, R. S. and Hetz, S. K. (2011)
Dans cette étude, Seymour, R. S. & Hetz, 2011) montrent que l'araignée, Argyroneta aquatica, utilise une cloche d'air comme branchie : non seulement elle y stocke de l'air comme réserve d'O2 mais aussi comme surface d'échange, ce que les auteurs appellent une sorte de branchie.
Seymour et Hetz ont étudié des araignées Argyroneta aquatica capturées en Allemagne et installées dans des aquariums (les pédants diront aquaria ?).
Avec des sondes à oxygène, ils ont mesuré la pression partielle d'O2 dans les bulles-cloches et à 5-10 mm plus loin dans l'eau et ceci en présence  de l'araignée ou en son absence. A partir du volume d'air de la bulle-cloche et les variations d’Oxygène, ils ont pu mesurer combien d'O2 entrait et combien était consommé par l'araignée.
Ils ont trouvé que la pression partielle était inférieure à l'intérieur et que les flux d'O2 suffisaient à alimenter l'araignée au repos en tous cas même dans des milieux stagnants et à température élevée (25-31°).  Cependant la bulle doit être réalimentée car l'azote disparait peu à peu en se dissolvant dans l'eau, cela expliquerait les apports d'air réguliers.

This study demonstrates that the diving bell of A. aquatica functions as a physical gill, exchanging enough O2 from the water to satisfy the requirements of resting spiders at least, even at high temperature and in stagnant water. Frequent replenishment with air from the surface is necessary only in severely hypoxic water or in exceptionally small bells. Bell size is highly variable and can be adaptively matched to ambient PO2 and metabolic demand to minimize trips to the surface, an objective with considerable ecological significance. However, replenishment is necessary over longer terms because of N2 loss from the diving bell.

Les araignées ont montré une remarquable tolérance à l'hypoxie : elles en remontaient chercher une nouvelle bulle à la surface qu'à 10-20% de la pression partielle de l'O2 de l'atmosphère.
Par comparaison, "la plupart des insectes ne paraissent pas à l'aise au-dessous de 4 ou 5 kilopascals d'O2" explique l'entomologiste John Terblanche de la  Stellenbosch University in South Africa, "mais ces araignées descendent à 1 ou 2 kPa sans signes de détresse visible." Il présume que l'araignée dispose d'adaptations remarquables pour supporter l'hypoxie. Ces capacités d'adaptation mériteraient d'être étudiées.

Et le CO2 ?

Dans la news on peut être surpris que la discussion porte sur l'O2seulement, et pas sur le CO2 qu'il est probablement aussi tout important d'éliminer. D'autant plus que cela renforce une erreur fréquente chez les élèves (20% selon le projet 2061 du AAAS ) qui ne voient que l'oxygène dans la respiration.
Là aussi l'article d'origine (Seymour, et al (2011) ici)  expliquent que le CO2 est ignoré car il est rapidement dissous dans l'eau et n'intervient pas dans les volumes mesurés.
Ils mentionnent aussi des études qui montrent qu'ajouter du CO2 dans la cloche déclenche chez l'araignée le renouvellement de l'air en allant chercher des bulles à la surface, mais pas l'O2. Je présume qu'elle est donc sensible à l’hypercapnie (excès CO2) plus qu'à l'hypoxie comme nous.

Comprendre vraiment sans lire l'article d'origine ?

On voit combien la seule lecture de la News ne donne guère que la conclusion, sans présenter les enjeux de la question, ni les méthodes de mesure, ni les incertitudes, et tout le contexte qui permet  de se construire une connaissance qui ait de l'épaisseur.  Savoir que  "L'araignée respire par sa cloche " c'est intéressant, mais un peu plat, sans saveur. N'est-ce pas plus goûteux de comprendre un peu plus en profondeur de donner de l'épaisseur à sa connaissance ? Peut-être avez-vous eu ce plaisir en lisant cette publication et l'article ...

Mais alors aider les élèves à découvrir et  prendre goût à comprendre, est-ce comme former le goût alimentaire  : il faut le développer, les accompagner, pas seulement les laisser se contenter du McDo facile qu'ils préfèrent au début ? 
... ce sera le mot de la faim

La plateforme Expériment@l de la faculté des  sciences vous offre l'accès aux articles originaux :  Comment  Obtenir un article mentionné : Get-a-doi

Sources

  • Cain, M. L., Damman, H., Lue, R. A., & Yoon, C. C. (2006). Découvrir la biologie. Bruxelles: De Boeck.
  • Kaplan, Matt (2011)  Underwater spiders use webs as 'gills'|Nature News9 June 2011 | doi:10.1038/news.2011.357
  • Seymour, R. S. and Hetz, S. K. (2011)  The diving bell and the spider: the physical gill of Argyroneta aquatica  J. Exp. Biol. 214, 2175-2181 (2011). doi: 10.1242/​jeb.056093 | Extraits intranet.pdf
Expériment@l, des données authentiques, 3 éclairages!
http://tecfa.unige.ch/perso/lombardf/projets/experimental/images/logo-experimental-sml.jpg


dimanche 14 août 2011

Les doigts fripés : comme des pneus pluie?

Les doigts fripés : une question d'élèves difficile ?

Il nous est tous arrivé de se demander - ou qu'un élève nous demande - pourquoi les doigts deviennent fripés dans l'eau. Une première hypothèse est qu'il s'agirait d'osmose.  Mais alors je me demande pourquoi le même effet dans l'eau douce hypotonique et dans l'eau de mer hypertonique ?  On devrait avoir un gonflement dans l'eau douce, or cet effet de crêtes et vallées évoque plutôt un dégonflement... Et pourquoi seulement les doigts et les pieds ? Dans une news de Nature, Yong, Ed (ici)  présente une hypothèse selon laquelle ces plis seraient activement produits sous le contrôle du système nerveux pour mieux évacuer l'eau lorsqu'on saisit un objet dans l'eau : un peu comme les profils des pneus pluie.
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Fig 1 : Comme des pneus pluie, les doigts deviennent fripés pour mieux évacuer l'eau. 

Changizi & al. 2011 (ici), a étudié  les causes de ce mécanisme,  et il est tombés sur des recherches des années 30 qui montrent que si les nerfs sympathiques sont coupés par une blessure ou inactivés, ou si la vasoconstriciton est empêchée, la réaction ne se produit pas. Cela constitue même un test de l'intégrité du système nerveux (Tindall A, et al., 2006) Changizi précise aussi que nous partageons ces doigts fripés avec les autres primates. Il  a aussi observé de nombreux profils de doigts fripés (Cf. fig 2) et noté qu'ils dessinent une sorte d'arborescence peu ramifiée ou plutôt d'étoile déformée partant du point d'appui du doigt, s'écartant dans le sens proximal.

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Fig 2 : Les "fripures" dessinent une sorte d'arborescence ou d'étoile déformée depuis le point d'appui du doigt, s'écartant dans le sens proximal. Source : Changizi, M., Weber, R., Kotecha, R. & Palazzo, J. (2011) 

Il écrit que ces arborescences correspondent au profil de drainage optimal pour l'évacuation de l'eau depuis le point du doigt où la pression est maximale ( cf fig 3c).

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Fig 3  : Les crêtes et vallées géographiques des montagnes et des bassins versants (a, b,d) dessinent un profil de drainage  correspondent bien au profil des doigts : il serait optimal pour l'évacuation de l'eau depuis le bout du doigt où la pression est maximale (c) Source : Changizi, M., Weber, R., Kotecha, R. & Palazzo, J. (2011)

Il observe que les crêtes et vallées géographiques (Cf. fig 3 a, b,d) dessinent un profil de drainage  similaires au profil des doigts et il défend l'idée que cela constitue un profil de drainage optimal pour l'évacuation de l'eau depuis les points où la pression est maximale (c). Il propose que ce profil ait été favorisé dans l'évolution pour évacuer l'eau lorsqu'on saisit des objets dans l'eau ou avec les doigts mouillés, un peu comme les pneus pluie qui évacuent l'eau par les cotés. Il note même que ce système pourrait être supérieur aux pneus puisqu'une fois l'eau évacuée toute la surface de la peau est en contact avec le substrat alors que les crêtes du pneu maintiennent une partie de la surface du pneu loin de la route et réduisent la surface d'adhérence. (C'est pour cela que par temps sec les pneus de compétition "Slick" sont lisses comme le pneu de gauche de la fig 1). Il défend son hypothèse en précisant que le temps pour que les doigts soient fripés (~5 minutes) est bien compatible avec son hypothèse : la réaction n'apparait pas lors d'un bref contact avec de l'eau (lors de la boisson, ou en mangeant un fruit qui dégouline par exemple) mais lors de conditions humides durables ou il peut aider a prévenir le glissement. Le mécanisme apparait aussi plus vite dans des conditions hypotoniques qui ont celles que nos ancêtres primates ont rencontrées (rosée, pluie). Enfin et surtout le fait que les seules parties du corps qui se fripent  soient les doigts et les pieds plaide fortement pour son hypothèse.

Pas une "vérité scientifique" mais un vrai débat scientifique !

Cette hypothèse est intéressante : elle propose un nouveau modèle pour expliquer les données. Elle étaye et argumente son affirmation, qui reste interrogative : le titre de l'article est "Are Wet-Induced Wrinkled Fingers Primate Rain Treads? " Cet article lance donc un débat, dans la littérature scientifique et les conférences – c'est le processus de la science.  Après pas mal d'échanges peut-être qu'un consensus s'établira. Ce débat peut être tortueux, ne rêvons pas, il est pollué par les enjeux sociaux, moraux, politiques qui font que les humains le sont, mais à la longue, la connaissance progresse. On a fini par accepter que la terre tourne autour du soleil. Ainsi le débat s'envenime puis se calme quand l'idée est acceptée par les scientifiques : le grand public l'appellera "vérité" jusqu'à ce que de nouvelles données relancent le débat. La News de Nature nous fait part de quelques bribes de ce débat : Un contre argument :  Xi Chen, un ingénieur en biomécanique de la Columbia University in New York dit que c'est un simple problème mécanique : quand les doigts sont immergés dans l'eau chaude, les vaisseaux se contractent et le tissus se rétrécit par rapport à la peau qui la recouvre et la fait se friper. Le neurochirurgien Ching-Hua Hsieh du Chang Gung Memorial Hospital à Kaohsiung, Taiwan rétorque que cette contre-hypothèse n'explique pas que les doigts se fripent aussi dans l'eau froide, ni que l'absence d'arrivée de sang prévienne le "fripage".

Et nous aussi on a le droit de débattre ?

Allez, je donne l'exemple et j'ajoute ma petite contribution au débat : quand Changizi évoque la supériorité des doigts fripés par rapport aux pneus pluie, je pense que cet argument ne prend pas en compte la vitesse : c'est peut-être optimal pour les doigts de s'aplatir pour adhérer plus, mais pour un pneu à 120km/h je ne pense pas que la peau aurait le temps de coller au goudron après avoir évacué l'eau. Les constructeurs de pneus ont sûrement étudié ce point-là... Enfin je pense. Et vous ?

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Durant ce temps Changizi a naturellement commencé des expériences pour "le test ultime" de son hypothèse : explorer si les doigts fripés agrippent mieux dans les conditions mouillées.  C'est vrai que son article était faible pour ce qui est du test de son hypothèse : elle est bien construite, mais les expériences pour la mettre en défaut manquent. Ses premiers résultats sont encourageants : "The results thus far suggest that, yes, being pruney helps."  Ces résultats seront sans doute publiés un jour, puis discutés et critiqués bien sûr ! Pour le moment il n'y a pas de certitude : on peut croire ou non, mais la connaissance scientifique reste incertaine par définition susceptible de changer avec de nouvelles données. Il y a donc débat. Nous pouvons le suivre, ou lancer nos neurones avec délice sur les pistes ouvertes par cet article.  Et peut-être ceux de nos élèves ? Cet article pose un problème qui permet d'envisager des expériences qu'on pourrait faire en classe : tester le temps d'apparition des doigts fripés, vérifier si la concentration en sel de l'eau a un effet, si la température a un effet sur la vitesse d'apparition ? Et bien sûr si l'effet d'adhérence accrue se confirme. 

Sur un plan éducatif, une question qui "titille" : une question féconde ?

C'est une belle question : si on prend la peine d'aider les élèves à  comprendre le problème elle peut lancer une investigation : elle est ouverte, féconde, permet d'explorer plus spécifiquement l'osmose, ou la régulation de l'irrigation, le système nerveux végétatif, les parentés évolutives entre primates,  etc.

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C'est aussi une façon de montrer aux élèves la science non pas comme une somme de vérités définitives à connaître mais comme un processus : Une manière de valider, basé sur des données, par l'argumentation. Une science qui trébuche peut-être, mais avance ! Une science ou on accepte qu'il n'y a pas de certitude définitive. Et donner aux élèves la chance de déguster la saveur de connaître scientifiquement : d'argumenter et de discuter eux-mêmes, si on leur fournit les données, un peu de cadre et d'encouragement et pas seulement les conclusions...  Apprendre à décider sur la base des faits et des  éléments du débat, accepter les incertitude c'est aussi mûrir et devenir citoyen responsable.
 
Bio-Tremplins vous aide  à disposer plus facilement des données et du cadre : c'est un Tremplin vers les articles d'origine où les trouver !

Ils sont indiqués ci-dessous et le numéro de référence doi: permet de les retrouver

La plateforme Expériment@l de la faculté des  sciences vous offre l'accès aux articles originaux : 

Sources

  • Changizi, M., Weber, R., Kotecha, R. & Palazzo, J. (2011), Are Wet-Induced Wrinkled Fingers Primate Rain Treads?  Brain Behav. Evol. doi:10.1159/000328223 (notez que celui-ci ne marche pas à l'heure ou j'écris ces lignes, je l'ai signalé il sera réparé je pense)| par contre voici l'article ici pdf
  • Tindall A, Dawood R, Povlsen B (2006): Case of the month: the skin wrinkle test – a simple nerve injury test for paediatric and uncooperative patients. Emerg Med J 23:883–886. doi:10.1136/emj.2005.031377
  • Yong, Ed. (2011), Pruney fingers grip better, Nature News, 28 June 2011; | doi:10.1038/news.2011.38

dimanche 7 août 2011

4èmes Journées de microbiologie Lundi 12 et mardi 13 septembre 2011

Un évènement qui ne manquera pas d'intéresser de nombreux lecteurs des Bio-Tremplins :

Un événement à ne pas manquer !

LES MICROBES: MENACE OU ESPOIR

Le mot « microbes » évoque souvent des organismes invisibles dont nous devons nous protéger et nous débarrasser à coup d’antibiotiques et de désinfectants. Mais que savons-nous vraiment de ces micro-organismes ? Pourquoi les chercheurs s’y intéressent-ils ? Sont-ils tous néfastes ? Certains auraient-ils un potentiel bénéfique? La    4e    édition    des    journées    de microbiologie sera consacrée à la diversité microbienne. Les 12 et 13 septembre prochains petits et grands pourront ainsi venir découvrir ce monde fascinant de l’infiniment petit. Deux conférences publiques mettront à l’honneur les micro-organismes de l’extrême et le monde fascinant des virus mangeurs de bactéries. Pour les écoles, un programme adapté à chaque degré sera proposé, entre 8h30 et 16h00. Par ailleurs, des visites de laboratoires seront organisées pour le grand public en fin de journée, sur inscription. Pour les écoles – d Les organisateurs : Pr Jacques Schrenzel (Hôpitaux universitaires de Genève) Pr Patrick Linder (Faculté de médecine, Université de Genève) Dr Karl Perron (Faculté des sciences, Université de Genève)

PROGRAMME PROVISOIRE

Conférences - 18h30
  • Lundi : « Archae, les microbes de l’extrême » Par le Professeur Patrick Forterre de l’Institut Pasteur
  • Mardi : « les bactériophages, des virus dévoreurs de bactéries » Par le Professeur Dominique Belin de la Faculté de Médecine Visites de laboratoire – 17h30 à 18h15 Visites de laboratoires de bactériologie Sur inscription : bioutils@unige.ch Pour les écoles – de 8h30 à 16h30
Durant la journée, le CMU ouvre ses laboratoires de bactériologie aux classes en proposant des activités adaptées aux écoles primaires, cycles d’orientation et écoles du post-obligatoire. Un programme sur mesure sera mis en place avec les enseignants, qui doivent s’annoncer à bioutils@unige.ch Exemples d’activités proposées : - Atelier « Détection de bactéries dans notre environnement » - Rencontre et discussion avec un chercheur en microbiologie - Visite de laboratoire