lundi 28 novembre 2022

Les espèces non-indigènes: pas seulement invasives, mais aussi bénéfiques pour l’écosystème


On ne trouve pas ce qu'on ne cherche pas …

Si on ne se focalise que sur les problèmes que posent certains élèves, on ne voit pas ce qu'ils apportent ni leurs qualités. C'est un problème sous-estimé dans nos rapports humains...
Jurassic Parc l'illustrait joliment cet implicite inconscient : en ne comptant que les dinosaures (qu'il pensaient incapables de se reproduire) qui pourraient manquer, ils n'ont pas détecté des dinosaures s'étant reproduit et qui se sont échappés.
C'est aussi une difficulté dans la recherche, qu'une publication récente met en évidence. On voit que le cadre théorique - la manière dont on pense le problème - détermine beaucoup ce qu'on trouve - et surtout ce qui nous échappera.
Une publication récente avec des chercheurs de l'UniGE (Sax & al., 2022), étudie au contraire les bienfaits que ces espèces apportent aux humains. Cf plus bas les points forts de l'article de Sax et al.
 

Rémy Kopp, didacticien de la biologie à l'UniGE exprime quelques réticences avec les séquences pédagogiques (et certaines Apps) sur les espèces invasives - surtout à cause du parallèle que les élèves pourraient faire avec Homo sapiens et les flux migratoires.

Les espèces non indigènes sont aussi bénéfiques pour l’écosystème

Une équipe de l’UNIGE et de l’Université Brown plaide en faveur d’une réévaluation des espèces non indigènes malmenées.
D'après le press release de l'unige

La sensibilisation aux espèces non indigènes, souvent qualifiées d’«invasives», a considérablement augmenté au cours des cinquante dernières années, à tel point que toute personne ayant une conscience écologique a entendu parler de celles-ci et de leurs effets négatifs, qu’il s’agisse de la moule zébrée ou de l’ambroisie. Toutefois, l’apport de ces espèces peut également se révéler positif, à l’instar de certains vers de terre qui participent à l’amélioration des processus à l’œuvre dans l’agriculture biologique. C’est ce que démontre une recherche menée par une équipe de l’Université Brown, aux Etats-Unis, impliquant également des chercheurs/euses de l’UNIGE. Ces résultats sont à découvrir dans la revue Trends in Ecology and Evolution.


Dans la littérature scientifique, des préjugés de longue date sur les espèces non indigènes ont obscurci les processus de recherche et entravé la compréhension du public. Dans un récent article de synthèse publié dans la revue Trends in Ecology and Evolution, une équipe internationale comprenant des chercheurs et chercheuses de l’Université Brown, de l’Université de Genève (UNIGE) et de l’Université de Washington souligne que la majorité des études portant sur ces espèces se concentre sur leurs conséquences négatives. Dans ce nouvel article, les scientifiques proposent de déplacer la focale et de considérer également les avantages et bienfaits de ces espèces afin d’instaurer un débat plus équilibré.

«Les impacts positifs des espèces non indigènes sont souvent expliqués comme des surprises fortuites, le genre de choses que les gens pourraient s’attendre à voir se produire de temps en temps, dans des circonstances particulières», indique Dov Sax, professeur au Département d’écologie, d’évolution et de biologie organique de l’Université Brown. «Notre étude soutient que les impacts positifs des espèces non indigènes ne sont ni inattendus, ni rares, mais au contraire communs, importants et souvent de grande ampleur.»


Bons pour l’homme et la nature

L’étude emprunte un cadre récemment développé par IPBES, une plateforme internationale pour l’évaluation de la biodiversité et de ses services écosystémiques, qui examine les avantages de la biodiversité pour les êtres humains et la nature, et applique celui-ci aux espèces non indigènes, démontrant les formes diverses, fréquentes et importantes de leur apport positif. «Nous voulons fournir un cadre permettant aux scientifiques d’envisager ces espèces de manière constructive et de documenter explicitement leurs avantages», explique le chercheur. «Ce n’est qu’à ce moment-là que nous serons en mesure de les comparer et de les opposer de manière précise et complète afin de réaliser des analyses de type «coûts-bénéfices» qui peuvent être vraiment utiles pour prendre des décisions politiques.»

Les auteurs/trices reconnaissent que certaines espèces non indigènes, comme les agents pathogènes et les parasites agricoles introduits, entraînent des coûts nets indiscutablement élevés. Mais ils et elles notent que la plupart des espèces domestiquées - y compris les aliments comme le blé et les tomates, les fibres comme le coton et la laine, et les animaux de compagnie comme les chiens et les poissons rouges - apportent de grands avantages nets aux sociétés humaines. Les scientifiques ont axé leur examen sur les espèces qui ne sont pas directement gérées par l’homme - les espèces dites «sauvages» ou «naturalisées» - en notant que nombre d’entre elles présentent simultanément des coûts et des avantages pour l’homme et la nature.


Le «plus» du ver de terre sur l’agriculture biologique

L’étude cite les vers de terre comme exemple d’espèce non indigène dont les avantages sont sous-estimés. S’ils peuvent modifier de manière négative les écosystèmes forestiers, ils peuvent également améliorer l’agriculture biologique. Une meta-analyse a en effet montré que leur présence peut entraîner une augmentation de 25 % de la productivité agricole. La diminution du coût des aliments qui en résulte et la capacité accrue à nourrir les gens constituent un avantage économique direct.

L’étude met également en avant les avantages inattendus d’une autre espèce non indigène, la truite brune. Prenant l’exemple de la Nouvelle-Zélande, elle démontre que la plupart des espèces non indigènes qui ont envahi le pays ont des conséquences négatives, et que les résidents se concentrent donc sur leur éradication. Pourtant, le pays a bien adopté la truite brune: Les Néo-Zélandais en apprécient tellement les avantages nutritionnels et les avantages récréatifs liés à sa pêche qu’ils ont établi de nouvelles réglementations environnementales pour protéger l’espèce dans leurs eaux.«Le cadre que nous posons fournit une topologie utile pour considérer les diverses façons dont les espèces non indigènes fournissent une valeur et nous l’utilisons ici pour illustrer des exemples représentatifs, mais non exhaustifs, de ces valeurs provenant de divers écosystèmes et régions», indique Martin Schlaepfer, chargé de cours à l’Institut des sciences de l’environnement de l’UNIGE.


Un nouveau cadre de pensée

L’étude préconise d’utiliser le cadre IPBES, qui décrit les nombreuses manières dont la nature peut être valorisée, et de l’appliquer aux espèces non indigènes. «La relation que les gens entretiennent avec la nature, sa valeur intrinsèque, les services écosystémiques, l’approvisionnement en ressources sont autant d’éléments que nous apprécions chez les espèces indigènes. Il existe également des moyens de voir que les espèces non indigènes contribuent à ces avantages», explique Martin Schlaepfer.


Par exemple, les espèces non indigènes peuvent être une cause majeure d’extinction d’espèces mais aussi contribuer, par leur propre migration, à la biodiversité régionale en augmentant la richesse spécifique, y compris en Suisse. Les espèces de moules introduites dans les lacs suisses, par exemple, peuvent altérer les nutriments disponibles tout en augmentent la clarté de l’eau. «Nous soutenons que les préjugés de longue date contre les espèces non indigènes dans la littérature ont obscurci le processus scientifique mais aussi entravé les avancées politiques et la bonne compréhension du public. Les recherches futures devraient tenir compte à la fois des coûts et des avantages des espèces non indigènes», conclut Martin Schlaepfer.

Points forts de Sax & al. (2022) (traduction) L'étude des espèces non indigènes s'est principalement concentrée sur la quantification des coûts qu'elles infligent aux personnes et à la nature.

Au cours des dernières décennies, les scientifiques ont reconnu et, au cours des dernières années, étudié de plus en plus les avantages que les espèces non indigènes peuvent apporter.
Ici, nous fournissons un cadre pour considérer la diversité des avantages positifs soutenus par les espèces non indigènes par rapport aux valeurs relationnelles, instrumentales et intrinsèques.
Malgré des biais de publication incontestables, nous constatons que les avantages des espèces non indigènes sont divers, fréquents et souvent de grande ampleur.
D'autres recherches visant à examiner les avantages des espèces non indigènes et à comparer ces avantages aux coûts sont nécessaires pour faire progresser notre compréhension des impacts des espèces non indigènes et mieux contextualiser la gestion et les décisions politiques.

Bien que la prise de décision puisse bénéficier de la prise en compte des résultats positifs et négatifs du changement, au cours du dernier demi-siècle, la recherche sur les espèces non indigènes s'est principalement concentrée sur leurs impacts négatifs. Ici, nous fournissons un cadre pour considérer les conséquences positives des espèces non indigènes par rapport aux valeurs relationnelles, instrumentales et intrinsèques. Nous démontrons que leurs résultats bénéfiques sont communs et profondément importants pour le bien-être humain. Les avantages identifiés comprennent la cohésion sociale, l'identité culturelle, la santé mentale, la production de nourriture et de carburant, la régulation des eaux propres et l'atténuation du changement climatique. Nous soutenons que les préjugés de longue date contre les espèces non indigènes dans la littérature ont obscurci le processus scientifique et entravé les avancées politiques et une bonne compréhension du public. Les recherches futures devraient tenir compte à la fois des coûts et des avantages des espèces non indigènes. Jump-To-Science : donner envie d'accéder aux articles
        plutot que vulgariser encourage le lecteur à aller vérifier dans l’article d’origine : ici

Fig 1: [img]Perceptions des communautés locales des effets souhaitables et indésirables des espèces non indigènes dans les paysages de production socio-écologiques et les paysages marins (A) Nombre total d'effets positifs et négatifs rapportés des espèces non indigènes organisés selon des catégories d'impacts régul. Source :Sax, & al. (2022)

Références:

  • Sax, D. F., Schlaepfer, M. A., & Olden, J. D. (2022). Valuing the contributions of non-native species to people and nature. Trends in Ecology & Evolution, 37(12), 1058‑1066. https://doi.org/10.1016/j.tree.2022.08.005



dimanche 13 novembre 2022

Un exemple d'évolution qui éclaire l'antiquité grecque avec les plus récentes techniques en biologie

Une nouvelle activité élèves à la lumière de l'évolution

Sur la base d'un article dans Cell (Clemente, et al. 2021) - codirigé par une chercheure du SIB, Anna-Sapfo Malaspinas- qui reconstruit à partir de génomes ancien l'origine des populations à l'age du bronze en Grèce, l'équipe 'Light of Evolution.org' vous propose une nouvelle histoire intitulée 'Les Mystères des grecs anciens' Jump-To-Science : donner envie d'accéder aux articles                plutot que vulgariser encourage le lecteur à aller vérifier dans l'article d'origine :  ici

https://www.sib.swiss/images/sib/7-about-us/media/news_2021/AncientDNA_Malaspinas_banner.png

Les articles dans Cell proposent une remarquable synthèse structurée au début, qui commence avec les Points forts

     • "Des génomes helladiques, cycladiques et minoens de l'âge du bronze (BA) de la mer Égée ont été séquencés
     • En 3000 avant notre ère, les Égéens sont homogènes et tirent leur ascendance principalement des agriculteurs néolithiques
     • Le flux de gènes de type Caucase néolithique et BA de type steppe pontique-caspienne a façonné la mer Égée
     • Les Grecs d'aujourd'hui sont génétiquement proches des Égéens de 2000 avant notre ère du nord de la Grèce "
Traduction de Clemente, et al. 2021


Cela semble être un intéressant contre-exemple de ce que suggère le titre de Warren, M. (2019) dans une News Feature de Nature; que les protéines anciennes auraient éclipsé l'ADN comme source de données pour éclairer l'histoire de l'humanité.- voir plus bas
Les Mystères des grecs anciens

https://lightofevolution.org/les-mysteres-des-anciens-grecs/

Les mystères des Grecs anciens – Histoire

Que nous révèle leur ADN ?

Les mystères des Grecs anciens - à vous de jouer'

L'équipe 'Light of Evolution.org' vous propose une nouvelle histoire intitulée 'Les Mystères des grecs anciens', inspirée de la publication de Clemente et al., 2021.

Cette histoire est basée sur l'analyse d'ADN datant de quelque 3000 ans avant notre ère. Un bel exemple d'application de la paléogénomique, le domaine de Svante Pääbo, prix Nobel de médecine 2022 !

Cette histoire nous emmène dans la région autour de la mer Égée à l'âge du bronze. Cette période se démarque par des innovations majeures en matière de commerce, de structure sociale, d'urbanisation et de nombreux échanges entre les différentes civilisations égéennes. Mais est-ce que les habitants de l'époque ont également échangé leurs gènes ?

Une équipe de scientifiques a extrait et analysé l'ADN de squelettes trouvés sur différents sites archéologiques, appartenant à différentes civilisations (Clemente et al., 2021). 

Que peut-on en déduire de l'origine des femmes et des hommes qui vivaient à cette époque ?

https://lightofevolution.org/les-mysteres-des-anciens-grecs/

À quoi ressemblaient les Grecs qui vivaient à l'âge du Bronze ? Etaient-ils tolérants au lactose ?

https://lightofevolution.org/mysteres-ancients-grecs-a-vous-de-jouer/

N'hésitez pas à nous contacter si vous avez des questions, des commentaires ou si vous souhaitez que nous venions animer un atelier dans vos classes.


Credits: H. floresiensis: P. Brown et al./Nature;            Denisovan tooth: R. Reich et al./Nature; Denny hybrid: Tom            Higham, Univ. Oxford; Denisovan jawbone: F. Chen et al. (Ref.            1)/Nature; H. naledi: L. R. Berger et al./eLife; Neanderthal:            M. Meyer et al. (Ref. 2)/Nature; H. erectus: Nat. Hist.            Mus./Alamy; Stephanorhinus: Nat. Hist. Mus. Denmark; Lucy: 120            via Wikimedia Commons; Ostrich eggshell: Terry HarrisonPourtant Warren, M. (2019) dans une news Feature de Nature en juin 2019 suggérait que la la meilleure conservation des protéines que l'ADN serait le moteur  des nouvelles perspectives pour éclairer l'histoire de l'humanité. Le titre accrocheur "Move over, DNA : Ancient proteins are starting to reveal humanity's history." On pourrait traduire "cède ta place ADN : des protéines anciennes commencent à révéler l'histoire de l'humanité".
Comme souvent, après le titre accrocheur, l'article est plus nuancé et montre bien que les deux approches se complètent, comme le montre la figure ci-contre. source : Warren, M. (2019).

Jump-To-Science : donner envie d'accéder aux articles                plutot que vulgariser encourage le lecteur à savourer la concision et la clarté  dans l'article d'origine :  ici

Références:

  • Clemente, F., Unterländer, M., Dolgova, O., Amorim, C. E. G., Coroado-Santos, F., Neuenschwander, S., Ganiatsou, E., Dávalos, D. I. C., Anchieri, L., Michaud, F., Winkelbach, L., Blöcher, J., Cárdenas, Y. O. A., Mota, B. S. da, Kalliga, E., Souleles, A., Kontopoulos, I., Karamitrou-Mentessidi, G., Philaniotou, O., … Papageorgopoulou, C. (2021). The genomic history of the Aegean palatial civilizations. Cell, 184(10), 2565-2586.e21. https://doi.org/10.1016/j.cell.2021.03.039

  • Warren, M. (2019). Move over, DNA : Ancient proteins are starting to reveal humanity's history. Nature, 570(7762), 433‑436. https://doi.org/10.1038/d41586-019-01986-x