vendredi 29 janvier 2021

Pourquoi ce besoin de consommer quand le plaisir n'y est plus ?

La dopamine et le circuit du plaisir ou de la compulsion ?

"Il se sentirait bien s'il n'avait dans la bouche ce goût de café qui lui reste au palais quand il en boit trop"

Delphine de Vigan Un soir de décembre p. 16
Dans de nombreux ouvrages et références scolaires on évoque depuis des années le "circuit du plaisir" ou "de la récompense" et la dopamine comme neurotransmetteur impliqué dans ce circuit. Kent Berridge présente une distinction qui affine cette explication classique. Pour lui ce circuit ne déclenche pas vraiment le plaisir, mais la compulsion à rechercher ce qui a activé ce circuit. Il nomme wanting cette pulsion très archaïque. Il présente des résultats montrant que les zones du plaisir (liking) sont distinctes et plus subtiles (Cf figure 1). Un review récent confirme que le modèle de Berridge a atteint un certain consensus et mérite donc l'attention des lecteurs de JTS. 

Les implications sur la motivation des élèves seront discutées - avec d'autres - dans la formation PO-816 -
Motiver les élèves en respectant leur autonomie ? 24  mars 2021  inscriptions avant le 10 février  ici
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Depuis des années on enseigne le circuit du plaisir

Dans les explications classiques, on présente une zone particulière du cerveau, où les drogues conduisent d'une manière ou d'une autre à un surcroit de dopamine qui produirait plus de plaisir et inciterait ainsi le consommateur à reprendre de la substance.

Cette explication classique, repose sur la découverte il y a plus de 50 ans de ce circuit "du plaisir" ou "de la récompense" que certaines substances activent, et qui est au cœur de l'addiction. Ce circuit implique des neurones à dopamine reliant l'ATV (aire tegmentale ventrale) et le NA (noyau accumbens) et produit la sensation qu'on a qualifiée de "plaisir" ou récompense .

Par exemple
" L'activation de plusieurs zones cérébrales peut avoir des effets gratifiants, mais c'est la stimulation d'une voie particulière qui provoque le plaisir le plus intense. Il s'agit de ce que l'on nomme en anglais le « medial forebrain bundle" ou MFB," ici
"… dont l'activation mène à la répétition de l'action gratifiante pour en consolider les traces nerveuses." Dubuc, Bruno.(2008), ici

Quand on ne peut s'empêcher de consommer, alors même que le plaisir n'y est plus !

C'est pourtant bien le plaisir qui nous pousse à consommer à nouveau, non ?

Dans ces explications classiques, on montre que dans les synapses de ce circuit les drogues conduisent d'une manière ou d'une autre à un surcroit de dopamine qui produirait plus de plaisir ce qui incite le consommateur à reprendre de la substance.

Voir par exemple les explications classiques du mécanisme conduisant à l'addiction de Dubuc, Bruno (2008), Le cerveau à tous les niveaux. Mc Gill :

  Cocaïne  |  Opiacés | Nicotine | Cannabis | Alcool | Amphétamines| …

"On sait aujourd'hui [2008] que les dépendances entretiennent un rapport étroit avec le plaisir. Toutes les substances psychoactives (y compris tabac et alcool) ont un effet sur des neurones du cerveau qui forment ce qu'on appelle le circuit du plaisir ou de la récompense."  Dubuc, Bruno (2008),

Toutes les drogues semblent augmenter, directement ou            indirectement, la quantité de dopamine dans le circuit de la            récompense.

Fig 2: "Toutes les substances psychoactives (y compris tabac et alcool) ont un effet sur des neurones du cerveau qui forment ce qu'on appelle le circuit du plaisir ou de la récompense."  [img]. Source :Dubuc, Bruno.(2008), Le cerveau à tous les niveaux. Mc Gill

La différence cruciale entre compulsion, désir (wanting) et plaisir, satisfaction hédonique (liking)

Cependant dans une interview à la BBC, (ici) Kent Berridge présente une distinction qui affine cette explication classique.
Il explique que de nombreuses études ont montré que ce circuit dans lequel des neurones à dopamine interviennent ne déclenche pas vraiment le plaisir, mais la compulsion à rechercher ce qui a activé ce circuit. Il nomme wanting cette pulsion très archaïque. Et que les zones du plaisir (liking) sont distinctes et plus subtiles (Cf figure 1).



Fig 1: Les zones du Wanting (ex circuit du plaisir) en gris sombre sont distinctes de celles du Liking en blanc. A droite : l'addiction repose sur le wanting pas le liking  [img]. Source : Berridge & Robinson (2016).

Un extrait (traduit) pour vous donner envie de lire plus
Jusqu'à récemment, on supposait généralement que si nous voulions quelque chose, c'était parce qu'elle nous donnait du plaisir. Des recherches remettent maintenant en question cette idée - et ouvre la voie vers de possibles remèdes à la dépendance.
Dans les années 70, un psychiatre, Robert Heath (1972), a  installé chez un patient psychiatrique connu sous le nom de B-19 un dispositif permettant d'activer dans le cerveau ce qui, à l'époque, était considéré comme les centres du plaisir. B-19 pouvait donc les activer en appuyant sur un bouton. Et il l'a fait, et répété, - plus de 1000 fois par session. [... ce "traitement" déplorable et honteux effectué par ce médecin est très choquant et JTS ne reproduit pas cette partie du texte].
Mais Robert Heath a noté quelque chose d'étrange. Lorsqu'il a demandé à B-19 de décrire comment la stimulation le faisait se sentir, il s'attendait à ce qu'il emploie des termes comme «fantastique», «incroyable», «merveilleux». Mais il ne l'a pas fait. En fait, il ne semblait pas du tout apprécier ce qu'il a vécu là.
Alors pourquoi a-t-il continué à appuyer sur le bouton et pourquoi a-t-il protesté lorsque le dispositif a été retiré ?
Kent Berridge propose dans l'interview à la BBC qu'avec ce qu'on sait actuellement, bien que B-19 n'apprécie pas les sensations produites par le dispositif, une compulsion le poussait à l'activer. Cela pourrait expliquer la contradiction apparente.
Pendant de nombreuses années, les psychologues et les neuroscientifiques ont supposé qu'il n'y avait pas de réelle différence entre apprécier quelque chose et le vouloir. Apprécier, savourer (liking ) ou désirer, vouloir wanting semblent exprimer le même processus mental, non ?
Sûrement, quand je veux (wanting) une tasse de café le matin, c'est parce que j'aime (like) le café?

Avec cette hypothèse - que wanting équivaut à liking - il était largement admis qu'il y avait un système dans le cerveau, impliquant [le neurotransmtteur] dopamine, qui poussait à la fois (désir, wanting) à  ce qui donne du plaisir (liking). De plus, il semblait y avoir des preuves convaincantes que la dopamine était essentielle au plaisir.
Les rats, comme les humains, adorent les produits sucrés, mais lorsque la dopamine a été retirée de leur cerveau et que des substances sucrées ont été placées dans leurs cages, ils ont cessé de chercher ces aliments. Coupez la dopamine, pensait-on, et vous supprimez le plaisir. […]
Cela explique peut-être, dit le journaliste, mes habitudes de consommation de café. Je want et je like ma tasse de café du matin. Mais la tasse de café de l'après-midi - à laquelle je ne peux pas résister - a un goût amer et désagréable pour moi. Je la want, mais ne la like pas.[…]

Pour le toxicomane, le désir wanting s'éloigne du plaisir liking. [Cf figure 1 droite] Le système dopaminergique enregistre que certains indices - comme la vue d'une machine à café - conduisent à des récompenses. D'une manière ou d'une autre, qui n'est pas entièrement comprise, le système dopaminergique du toxicomane devient sensibilisé. Le désir ne disparaît jamais et est déclenché par de nombreux signaux. Les toxicomanes peuvent trouver leur envie de prendre (wanting) de la drogue déclenchée par une seringue, une cuillère, même une fête, ou d'être au coin d'une rue particulière.
Mais le wanting ne disparaît jamais - ou pas pendant très longtemps.
Cela rend les toxicomanes extrêmement vulnérables aux rechutes. Ils veulent (wanting) reprendre la drogue, même si la drogue leur procure peu ou pas de plaisir liking. "
Traduction Google retouchée mais encore médiocre
encourage le lecteur à aller vérifier dans l'article d'origine : ici

Un article vulgarisé ?… plutôt l'article scientifique ! Jump-to-l'origine des savoirs 

Dans un article scientifique Berridge & Robinson (2016) nuancent et précisent. Notamment ils montrent les zones du liking (hédonique) qui sont réparties à divers endroits et supportées par des circuits moins robustes que le classique circuit dopaminergique du wanting.

Hedonic coding in the human            orbitofrontal cortex (OFC)
Fig 3: le codage Hedonique (liking) dans le cortex orbitofrontal humain (OFC) [img]. Source :Berridge, K. C., & Kringelbach, M. L. (2015)

"Les récompenses sont à la fois «appréciées» (liking) et «recherchées» (wanting), et ces deux mots semblent presque interchangeables. Cependant, les circuits cérébraux qui interviennent dans le processus psychologique de «wanting» d'une récompense particulière sont dissociables des circuits qui déterminent le degré auquel elle est «appréciée» = liking. La saillance incitative ou «vouloir» = wanting, une forme de motivation, est générée par des systèmes neuronaux vastes et robustes qui incluent la dopamine mésolimbique. Par comparaison, le liking, ou l'impact réel de la consommation de récompense, est médiatisé par des systèmes neuronaux plus petits et fragiles et ne dépend pas de la dopamine." Abstract de  Berridge, Robinson, (2016)  traduction. 
encourage le lecteur à aller vérifier dans l'article d'origine :  ici


Eva Pool et al. (2016) dans l'équipe du Prof. D. Sander à l'UniGE confirment ici  que le modèle de Berridge a atteint un certain consensus - un incontournable- , mais discutent ou nuancent le modèle le Berridge (notamment sur la manière dont on a transposé à l'humain les méthodes établies chez d'autres animaux).:
In conclusion, the present systematic review reveals that over- all, the methodological procedures used to assess human wanting and/or liking have integrated key elements of the incentive motivation model, according to the main tenets of the incentive salience hypothesis.
encourage le lecteur à aller vérifier dans l'article d'origine :  ici

Perspective évolutive sur les drogues

Comment expliquer que ce système du wanting si puissant, mais qui produit des dégâts considérables en cas de dérèglements (notamment par l'addiction) s'est-il maintenu a travers l'évolution, alors que les systèmes du plaisir (liking, hédoniques) sont si légers et subtils, se demandent Nesse et Berridge (1997) dans un article dans la revue Science ici

"Des drogues psychoactives purifiées et des voies d'administration directes sont des caractéristiques évolutives nouvelles de notre environnement. Ils sont intrinsèquement pathogènes car ils contournent les systèmes adaptatifs de traitement de l'information et agissent directement sur des mécanismes cérébraux primitifs qui contrôlent les émotions et le comportement. Les substances qui induisent des émotions positives donnent un faux signal d'avantage évolutif. Ce signal détourne les mécanismes incitatifs de «liking» et de «wanting» et peut entraîner une consommation continue de drogues qui n'apportent plus de plaisir. Les substances qui bloquent les émotions négatives peuvent altérer des défenses utiles, bien qu'il existe plusieurs raisons pour lesquelles leur utilisation est souvent sans danger. Une compréhension plus approfondie des origines et des fonctions évolutives des émotions et de leurs mécanismes neuronaux est nécessaire pour prendre des décisions concernant l'utilisation de drogues psychoactives." Nesse, et al. (1997)  traduction
"Les capacités émotionnelles ont évolué pour améliorer la forme physique darwinienne des individus alors qu'ils recherchent des ressources et évitent les dangers. La poursuite d'objectifs associés aux émotions a tendance à faire monter les organismes sur un gradient hédonique et adaptatif, mais les systèmes neurocomportementaux sont conçus pour maximiser la forme physique darwinienne, pas le bonheur, de sorte que nos plaisirs sont souvent éphémères et nous éprouvons beaucoup de souffrances inutiles. Les mécanismes neurochimiques qui interviennent dans ces états confèrent une vulnérabilité intrinsèque à l'abus de substances dans les environnements où les médicaments sont disponibles. Une meilleure compréhension des mécanismes, des origines et des fonctions des émotions améliorera notre capacité à faire face à la toxicomanie et notre sagesse dans la prise de décisions concernant l'utilisation thérapeutique des drogues psychoactives." Conclusion : Nesse, et al. (1997) traduction

Pourquoi la dissociation des circuits wanting / liking semblent plus flous chez l'humain que chez les autres animaux ?

Dans ce papier écrit par Eva Pool avec David Sander, Measuring wanting and liking from animals to humans : A systematic review. ils proposent une explication de la raison pour laquelle les résultats sur la dissociation des circuits wanting / liking sont plus flous chez l'humain que chez l'animal (expected pleasantness and relevance).

JTS ne parle pas de l'addiction dans cette publication sur le wanting/liking  !??

JTS renvoie aux nombreuses publications de Christian Luscher à l'UniGE, une sommité sur l'addiction, JTS a par exemple noté, sur une suggestion de Dr Emilie Qiao, ce review récent : en plus d'une synthèse actuelle, les auteurs distinguent  la compulsion (compulsive taking / compulsive seeking

…et les autres animaux ?

Ces systèmes du wanting semble très largement répandu chez une grande partie du monde animal où il oriente aussi la motivation à de nombreux comportements.

Un joli exemple vulgarisé en français : alors qu'on interprète en général que le chat adore se rouler dans cette plante (la cataire, ou herbe aux chats), l'observation s'explique mieux en termes de wanting !
Selon les auteurs Uenoyama, et al. (2021) ici, il n'est pas certain que le chat y trouve du plaisir (liking) mais plutôt une compulsion (wanting) à se rouler dans une plante qui le protège de parasites comme les moustiques.
On retrouve aussi ici la différence entre l'interprétation classique (il "adore ça") et l'explication évolutive de Berridge, qu'on pourrait formuler ainsi : les félins chez qui le népétélactol de la cataire active ce circuit du wanting ne peuvent s'empêcher de s'y frotter et sont mieux protégés des parasites, finalement ils sont en meilleure santé et ont plus de descendants. 
Dr Emilie Qiao, du neurocenter de l'UniGe précise :
Le fait de se frotter sur ces feuilles n'est pas addictif, et implique les endorphines et les opiacés, ce qui est tout de même suggestif de liking, cela même si le comportement de se frotter n'est pas représentatif du degré de plaisir.
Dans l'article d'origine, Uenoyama, et al. (2021) ici développent le mécanisme d'action et précisent que la réaction à ces plantes est autosomale dominante. Un exemple pour renouveler les exercices de génétique qui sont fatigués des souris et des petits pois ?     
encourage le lecteur à aller vérifier dans l'article d'origine :  ici

Un exemple d'évolution des modèles explicatifs en science … 

Cet exemple illustre joliment comment la science avance : un modèle explicatif est affiné, pour rendre mieux compte de données que le précédent n'expliquait pas vraiment bien. L'ancien modèle explicatif n'est pas tellement faux  que limité.

Il peut être une étape intéressante dans la compréhension des élèves ( peut-être parlera-t-on alors de circuit de la récompense). Si le modèle de Berridge semble petit à petit s'imposer dans la recherche. ...qu'en sera-t-il dans l'enseignement ?

Certains ouvrages plus récents sont discrètement formulés dans ce sens "À mesure que la toxicomanie s'installe, le circuit du système de récompenses est le siège de changement durables. Il en résulte un besoin à consommer la substance peu importe qu'il y ait du plaisir ou non associé" Campbell, 2012 p. 1250 italique de JTS.
Il y a peut-être encore dans nos dossiers des documents et exercices à réviser ?

Quelques  implications pour l'enseignement

Comprendre qu'un élève qui se débat dans une addiction ne cherche pas le plaisir mais est soumis à ce puissant système du wanting pourrait changer la manière dont on l'aide - surtout si on a reçu une éducation très morale envers le plaisir (…l'ombre de Calvin rode encore à Genève et les valeurs judéo-chrétiennes dans l'éducation ?).

D'autre part,  vu la puissance de ce circuit du wanting , on pourrait explorer ses possibles implications pédagogiques et notamment ses effets pour orienter la motivation à apprendre des élèves.
Plutôt que tenter de motiver les élèves par la peur des mauvaises notes, peu efficace  pourrait-on chercher à activer ce circuit de la récompense ?

Est-ce que les faire utiliser les connaissances acquises pour résoudre avec succès des problèmes difficiles, pourrait les inciter à utiliser à nouveau ces acquis scolaires pour expliquer et prédire le monde ?
Cela rejoindrait les conclusions de recherches sur la manière dont les élèves utilisent les modèles explicatifs en sciences, et comment les inciter à utiliser les explications apprises à l'école de manière durable (Potvin, 2019 , Potvin et al., 2015 ici).
encourage le lecteur à aller vérifier dans le texte d'origine :  intranet.pdf

On pourrait aussi extrapoler un peu et y voir un lien avec l'effet motivant de la satisfaction de réussir une tâche difficile, et la récompense  produite par le fait de comprendre (les émotions épistémiques dans le jargon des spécialistes)  (Pekrun, et al.2007).
encourage le lecteur à aller vérifier dans le texte d'origine : intranet.pdf

Explorer les effets motivants de ces mécanismes et d'autres ?

Les conséquences sur la motivation des élèves de ces mécanismes seront discutées avec bien d'autres qui peuvent fortement affaiblir ou amplifier la motivation envers les apprentissages dans la formation

PO-816 - Motiver les élèves en respectant leur autonomie ? 24  mars 2021
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Références:

  • BBC World Service—The Big Idea, The science of addiction. (s. d.). BBC. Consulté 29 décembre 2020, à l'adresse https://www.bbc.co.uk/programmes/w3ct0xj9
  • Berridge, K. C., & Robinson, T. E. (2016). Liking, Wanting and the Incentive-Sensitization Theory of Addiction. The American psychologist, 71(8), 670‑679. https://doi.org/10.1037/amp0000059
  • Berridge, K. C., & Kringelbach, M. L. (2015). Pleasure systems in the brain. Neuron, 86(3), 646‑664. https://doi.org/10.1016/j.neuron.2015.02.018
  • Dubuc, Bruno.(2008), Le cerveau à tous les niveaux. Mc Gill
  • Edmonds, D. (2020) The science of addiction : Do you always like the things you want? (2020, décembre 12). BBC News. https://www.bbc.com/news/stories-55221825
  • Heath, R. G. (1972). Pleasure and brain activity in man. J Nerv Ment Dis, 154(1), 3‑18.1972paper.pdf
  • Lüscher, C., Robbins, T. W., & Everitt, B. J. (2020). The transition to compulsion in addiction. Nature Reviews Neuroscience, 21(5), 247‑263. https://doi.org/10.1038/s41583-020-0289-z
  • Nesse, R. M., & Berridge, K. C. (1997). Psychoactive Drug Use in Evolutionary Perspective. Science, 278(5335), 63‑66. https://doi.org/10.1126/science.278.5335.63
  • Pekrun, R., Frenzel, A. C., Goetz, T., & Perry, R. P. (2007). The control-value theory of achievement emotions : An integrative approach to emotions in education. In Emotion in education (p. 13‑36). Elsevier. extraits intranet.pdf
  • Pool, E., Sennwald, V., Delplanque, S., Brosch, T., & Sander, D. (2016). Measuring wanting and liking from animals to humans : A systematic review. Neuroscience & Biobehavioral Reviews, 63, 124‑142. https://doi.org/10.1016/j.neubiorev.2016.01.006
  • Potvin, P. (2019). Faire apprendre les sciences et la technologie à l'école : Épistémologie, didactique, sciences cognitives et neurosciences au service de l'enseignant. Presses de l'université Laval. extraits intranet.pdf
  • Potvin, P., Sauriol, É., & Riopel, M. (2015). Experimental evidence of the superiority of the prevalence model of conceptual change over the classical models and repetition. J Res Sci Teach, 52(8), 1082‑1108. https://doi.org/10.1002/tea.21235
  • Reece, J. B., & Campbell, N. A. (2012). Campbell Biologie. Pearson.
  • Vigan, D. de. (2007). Un soir de décembre : Roman. Points. 9782757802717
  • Uenoyama, R., Miyazaki, T., Hurst, J. L., Beynon, R. J., Adachi, M., Murooka, T., Onoda, I., Miyazawa, Y., Katayama, R., Yamashita, T., Kaneko, S., Nishikawa, T., & Miyazaki, M. (2021). The characteristic response of domestic cats to plant iridoids allows them to gain chemical defense against mosquitoes. Science Advances, 7(4), eabd9135. https://doi.org/10.1126/sciadv.abd9135

Remerciements

Dr Emilie Qiao pour les commentaires et des références précieux,  aux  Dr Laura Weiss et Vincent Menuz pour une relecture et des commentaires.

 

dimanche 17 janvier 2021

Les vaccins et les tests expliqué a) pour "tous" : Viropourtous.ch et b) aux "scientifiques non biologistes" : Berthehub.eu

Les vaccins et tests expliqués pour tous selon son auteur

L'excellent site viropourtous.ch que gère Laurent Roux que JTS présente d'abord

et pour les autres… les ingénieurs, informaticiens, les physiciens voir plus bas

Quelques articles récents pour "tous"

encourage le lecteur à aller consulter le site : ici

JTS propose une sélection

Alors que la rumeur que le vaccin modifierait génétiquement nos cellules, Viropourtous montre bien la différence entre intervention génétique (modification de l'ADN qui serait durable) et l'ARN qui reste dans le cytoplasme, ne rentre pas dans le noyau et disparait rapidement…



Un autre article explique fort joliment comment fonctionne le test rapide (immunologique, apparu plus récemment ) qui teste la présence d'anticorps spécifiques contre certaines parties du virus.
  • Principes du test antigénique anti SARS-CoV-2
  • Fig 2: présente schématiquement une protéine qui affiche cinq épitopes (cercles de différentes couleurs). Dans la partie 1a, cette protéine est recouverte d'un mélange d'anticorps poly-clonaux qui reconnaissent et lient les cinq épitopes. C'est ce qui se passe généralement dans l'organisme infecté. La partie 1b illustre la liaison d'anticorps monoclonaux (Mab) sur un seul épitope. [img] Source: https://viropourtous.ch/


    Fig 3: .L'échantillon est déposé à l'extrémité de la bandelette (a.). Le liquide contenant les protéines virales de l'échantillon migre par capillarité sur la bandelette et rencontre une ligne d'anticorps spécifiques  munis d'un détecteur coloré (or colloïdal). Ces anticorps ne sont pas immobilisés, ils sont emportés dans le flux de liquide. Lorsque l'antigène rencontre ces anticorps, le complexe antigène-anticorps se forme et continue sa migration. Il vient buter sur une deuxième ligne d'anticorps anti-protéine virale cette fois fixés au support (b.) La protéine virale liée aux premiers anticorps munis du détecteur vont être retenus sur cette ligne et former une ligne colorée. Les anticorps non complexés avec cette deuxième ligne vont continuer leur migration et buter sur une ligne qui fixe cette fois les anticorps eux-mêmes, qu'ils soient ou non liés avec l'antigène, formant une deuxième ligne colorée. Cette ligne dite de contrôle est le garant de la bonne migration des anticorps sur la bandelette. Elle est toujours visible et sert à certifier le bon déroulement du test (la bonne migration par capillarité). Quant à la première ligne elle n'est visible que si l'antigène a bien été lié au premiers anticorps. En son absence, le test est négatif. [img] Source: https://viropourtous.ch/

    encourage le lecteur à aller consulter l'article d'origine : ici


Un autre article explique fort joliment comment fonctionne le test PCR (à ARN) qui teste la présence de séquences spécifiques  du virus.

Fig 1:La Figure 1 montre le prélèvement de l'échantillon à l'aide de l'écouvillon qui vient chatouiller le fonds des fosses nasales. L'écouvillon est plongé dans un liquide biologique où, s'il y a infection, on s'attend à trouver des particules virales produites par l'infection ainsi que des  cellules infectées, bourrées de génomes viraux et d'ARN cellulaires. L'ARN viral et les ARN cellulaires sont ensuite purifiés et concentrés, prêts pour l'étape suivante.[img] Source: https://viropourtous.ch/


Cliquer pour agrandir

Fig 3: illustre l'action de l'ADN polymérase qui duplique en série, cette fois uniquement  un fragment bien précis de l'ADN viral (cf. Figure 4). A chaque réaction, le produit de polymérisation double. La production d'ADN est évalué par l'augmentation d'un colorant (visible en lumière UV) qui résulte de la consommation des réactifs nécessaires à l'activité de l'ADN polymérase (cf. Figure 5). [img] Source: https://viropourtous.ch/


Fig 4: Comment faire en sorte d'ignorer l'ADN cellulaire présent dans l'échantillon produit par la RTase (cf. Figure 2), et donner de la spécificité à cette amplification. L'explication se trouve dans la Figure 4 et son animation.
[img] Source: https://viropourtous.ch/


Cliquer pour agrandir

encourage le lecteur à aller vérifier dans l'article d'origine : ici


Un dernier article vient de sortir :

  • Les vaccins ARNm anti-Covid-19 sont sûrs et efficaces


  • Le vaccin de Pfizer expliqué pour ingénieur.e.s ou informaticien.ne.s

    Ce texte fouillé mais très clair, explique en termes informatiques comment a été conçu le vaccin ( disponible en diverses langues dont le francais)
    JTS trouve que ce texte met bien en évidence combien la biologie est devenu une science du contrôle de l'information (Morange, 2003).
    De manière un peu brutale on peut dire que l'essentiel de ce qui justifie les publications actuellement en biosciences (et fait la nouveauté du vaccin à ARN) se passe en bio-informatique (l'étymologie le dit bien…) sur une ordinateur et finalement on imprime un ADN (Cf Figure 5). Alors l'information change de support pour prendre une forme que le vivant peut traiter : les acides nucléiques. L'important n'est pas les molécules mais l'information qu'elles portent... 

    A Codex            DNA BioXp 3200 DNA printer
    Fig 5:  une imprimante à ADN  Codex DNA BioXp 3200  [img]. Source :Huber, B. (2020)
    Ne croyez pas JTS regardez plutôt ce que dit Huber (2020)  encourage le lecteur à aller vérifier dans l'article d'origine : ici
    • Huber, B. (2020, décembre 25). Reverse Engineering the source code of the BioNTech/Pfizer SARS-CoV-2 Vaccine. ici

    Il présente la séquence du virus, toute son efficacité est résumée là !

    First            500 characters of the BNT162b2 mRNA. Source: World Health            Organization

    Fig 5: Les 500 premiers nucléotides de l'ARNm BNT162b2. Source: World Health Organization [img]. Source :Huber, B. (2020)

    Huber (2020) explique bien avec l'analogie du code source (ADN) vs. mémoire vive (ARN) le rôle décisif mais temporaire de l'ARN du vaccin. 
    "For computers, this is RAM, for biology it is RNA. The resemblance is striking. Unlike flash memory, RAM degrades very quickly unless lovingly tended to. The reason the Pfizer/BioNTech mRNA vaccine must be stored in the deepest of deep freezers is the same: RNA is a fragile flower."
    Il explique ensuite ce que fait ce code en partant de sa table des matières

    " Nous connaissons maintenant le contenu exact de l'ARNm du vaccin BNT162b2, et nous comprenons le rôle de la plupart des composants :

    • La coiffe (CAP) pour s'assurer que l'ARN ressemble à de l'ARNm normal
    • Une région non traduite (UTR) 5' dont on sait qu'elle marche, et qu'on a optimisée.
    • Un peptide signal aux codons optimisés, pour envoyer la protéine Spike au bon endroit (copie conforme à 100% de celui du virus)
    • Une version "codons optimisés" de la protéine Spike d'origine, avec deux substitutions "Proline" pour s'assurer que la protéine apparaît sous la bonne forme.
    • Une région non traduite (UTR) 3' dont on sait qu'elle marche, elle aussi optimisée.
    • Une queue poly-A quelque peu mystérieuse, avec un "linker" (site de liaison) inexpliqué au milieu.

    Fig 6:  This is a sort of table of contents. We'll start with the 'cap', actually depicted as a little hat. [img]. Source :Huber, B. (2020)
    encourage le lecteur à aller vérifier dans l'article d'origine : ici

    Il explique ensuite ce que font les différentes parties de cet ARN, avec les zones non exprimées de part et d'autre explique le code génétique utilisé pour traduire cette séquence en protéine (la protéine Spike du Virus  qui va déclencher la réaction immunitaire)

    En 2017 l'auteur a fait une présentation de 2 heures sur l'ADN, visible ici. Comme pour cet article, la cible est un public d'informaticiens.

    Il maintient également une page "l'ADN pour les développeurs" depuis 2001.

    Pour finir, ses billets de blog contiennent de nombreuses informations sur l'ADN, SARS-CoV-2 et COVID-19.

    Vous pouvez continuer votre lecture avec la partie 2 qui lance un défi d'optimisation de codons aux développeurs !

    L'informatique explique la biologie ?

    On peut aussi voir la question dans l'autre sens : que l'informatique a été précédée il y a des centaines de millions d'années par le le vivant  :-)

    Références:

    Remerciements

    Merci à Matthias Wiesmann d'avoir porté Huber (2020) à la connaissance de JTS. Blog

    jeudi 7 janvier 2021

    Les voeux 2021 de Jump-To-Science

    qu'allez-vous faire de 2021

    Apprends comme si tu vivais pour l'éternité, vis comme si tu mourais demain.  Gandhi (paraît-il ? )

    Jump-To-Science, ne se risque pas à faire à ses membres et abonnés des promesse et des espoirs pour 2021, mais propose de prendre la mesure de ce que la science a pu faire en 2020. 
    Fidèle à son concept ce sera en vous renvoyant, cher lecteur,  vers des publications scientifiques
    :

    • La revue qui a sélectionné une percée scientifique de l'année 2020 et 9 viennent-ensuite
    • La revue Nature qui a sélectionné 10 femmes et hommes qui ont marqué l'actualité scientifique de l'année 2020

    Revue Science: La percée scientifique de l'année 2020

    Chaque année, la rédaction de Science sélectionne une recherche de premier plan comme percée scientifique de l'année. Cette année, cet honneur va aux multiples vaccins COVID-19 qui ont réussi dans de grands essais cliniques - et qui sont maintenant déployés dans le monde entier. Mais il y a eu beaucoup d'autres avancées, depuis la découverte de l'origine des fast radio bursts à la découverte du premier art figuratif connu. Découvrez quelques-uns des finalistes - et la percée de l'année de cette année - dans ce résumé vidéo. (Meagan Cantwell Notre traduction)

    Cliquer pour la vidéo

    Les viennent-ensuite :

    encourage le lecteur à aller vérifier dans l'article d'origine :  ici


    Nature : dix personnes qui ont contribué à façonner la science en 2020Volume 588 Issue 7839

    Un ans. Dix personnes 10 histoires.

    Alors que cette année difficile tire à sa fin, nous revenons sur les 12 derniers mois à travers l'objectif de Nature's 10 - dix personnes qui ont contribué à façonner la science en 2020. Peut-être sans surprise, l'image de couverture reflète la plus grande histoire de l'année: le COVID -19 pandémie et chasse au vaccin. Avec l'effort mondial pour comprendre et combattre le virus, les vaccins candidats étant approuvés à une vitesse sans précédent, on espère que l'aiguille aidera à libérer le monde de l'emprise du SRAS-CoV-2. (Editorial  de Nature , notre traduction)  encourage le lecteur à aller vérifier dans l'article d'origine :  ici


    Fig 2 à droite : Les 10 personnes que Nature a sélectionnées en vidéo  [img]. Source :Cover image: AXS Studio.

    Tedros Adhanom Ghebreyesus: avertir le monde

    Le leader de la santé publique a été confronté à des défis de toutes parts pour tenter de rallier le monde contre le COVID-19.  Par Smriti Mallapaty

    Tedros Adhanom Ghebreyesus photographed in a conference              room holding a piece of paper Credit: John Wessels


    Verena Mohaupt: patrouilleuse polaire

    Dans une mission sans précédent dans l'Arctique, cette chef de la logistique a protégé les scientifiques des ours, du froid extrême et d'eux-mêmes.  Par Shannon Hall
    Verena Mohaupt photographed wearing red cold weather                gear, skis and holding ski poles on an ice floe during                Arctic night.Credit: Esther Horvath


    Gonzalo Moratorio: Chasseur de coronavirus

    Un virologue qui a aidé l'Uruguay à réagir avec succès au nouveau coronavirus. Par Emiliano Rodríguez Mega
    Gonzalo Moratorio sitting on a stool next to a lab                bench covered in equipment with green hills visible                through the window behind.Credit: Pablo Albarenga for Nature


    Adi Utarini: commandante des moustiques

    Une chercheuse en santé publique qui a mené un essai pionnier d'une technologie qui pourrait aider à éliminer la dengue. Par Nisha Gaind
    Adi Utarini photographed surrounded by tropical                vegetation.Credit: Ed Wray for Nature


    Kathrin Jansen: responsable de vaccin

    Cette dirigeante a géré l'un des nombreux projets pour développer avec succès et à la vitesse de l'éclair un vaccin COVID-19. Par Elie Dolgin
    Kathrin Jansen gesturing with her hands as she                talks.Credit: Peter Carr/The Journal News/Imagn Content Services, LLC


    Zhang Yongzhen: partage de génome

    Ce scientifique et son équipe ont mis en ligne la séquence d'ARN du coronavirus avant tout le monde.Par David Cyranoski
    Portrait of Zhang Yongzhen in a white lab coat                against green vegetation and blue sky.Credit: Zhang Wen/Communication University of Zhejiang


    Chanda Prescod-Weinstein: une force en physique

    Une cosmologiste qui poursuit la nature de la matière noire tout en affrontant le racisme dans la science et la société. Par Nidhi Subbaraman
    Chanda Prescod-Weinstein poses for a portrait in an                Autumnal garden. Credit: Kayana Szymczak for Nature


    Li Lanjuan: architecte de Lockdown

    Cet épidémiologiste a conseillé de fermer Wuhan pour contrôler la première épidémie de COVID-19. Par David Cyranoski
    Li Lanjuan wearing a white face mask and baseball cap                speaking to a crowd through a microphone.Credit: Xinhua/Shutterstock


    Jacinda Ardern: responsable de crise

    La Premier ministre néo-zélandaise a été saluée pour son action efficace pendant la pandémie.Par Dyani Lewis
    Jacinda Ardern smiling whist surrounded by her Labour                Party colleagues.Credit: Guo Lei/Xinhua/eyevine


    Anthony Fauci: Défenseur de la Science

    Le médecin américain légendaire qui est devenu la conscience de sa nation à propos du COVID-19 alors même que ses détracteurs le menaçaient de mort.  Par Heidi Ledford
    Anthony Fauci listens during a Senate Committee                hearing.Credit: Al Drago/Getty


    Références: