lundi 15 mai 2023

Comprendre (un peu) l'Intelligence Artificielle : la retro-propagation -> activité en classe

Comprendre l'IA pour développer l'esprit critique des futur-e-s citoyen-ne-s d'un monde numérique ?

Le projet « Ecole numérique» (CIIP 2018), exige que les élèves développent des compétence numériques dans toutes les disciplines (focalisée à Genève sur les «humanités digitales» ) et introduit l'informatique comme discipline d'enseignement au secondaire II. La manière de l'implémenter et la transposition didactique qu'elle implique est encore en cours de maturation.  En cette période d'introduction il n'a pas toujours été prévu que les élèves disposent d'ordinateurs pour apprendre l'algorithmique.

JTS décrira une astucieuse manière de mettre en œuvre, avec des boites d'allumettes et des billes colorées, un des mécanismes centraux de l'IA, la rétro-propagation d'erreur (on devrait plutôt dire rétro-propagation de correction d'erreur). Si le système n'a pas "fait juste" il se modifie pour ne pas refaire la même erreur, puis il se modifie pour ne pas refaire ce qui l'a conduit dans la configuration qui l'a mené à cette erreur. Cette activité pourrait aider les élèves plus jeunes ou moins portés sur l'abstraction. Martin Gardner (1971) l'applique à un jeu très simple qu'il nomme jeu d'hexapion (HER). JTS reprend ici sa description détaillée du mécanisme avec les boites d'allumettes.

Ensuite JTS évoquera une implémentation logicielle de ce jeu-là sur un ordinateur en 1972-73.
Puis JTS présenter une implémentation un peu plus ambitieuse d'un autre jeu, avec un dé et un total-cible à atteindre, qui a été nommé Talusumma. Sans développer l'algorithme, des éléments du fonctionnement seront évoqués, qui pourraient permettre d'aider les élèves moins portés sur l'abstraction à l'implémenter.
Faute de patience pour éduquer le logiciel, des stratégies d'apprentissage automatique avaient été développés et une comparaison de leurs performances sera présentée. (Réalisée par un collégien de 17 ans qui avait été lauréat au concours la Science Appelle les jeunes en 1975).
La qualité de l'apprentissage est encore un question délicate en IA et chercher la meilleure pourrait constituer un joli challenge pour des élèves en cours d'informatique.
Le code source (en FORTRAN pour HER, et BASIC pour Talusumma est mis à disposition sur demande pour des enseignants. N'étant pas devenu informaticien, et l'inspiration dans les documents de Martin Gardner n'utilisant pas les termes actuels comme algorithme, informatique, IA, qui n'existaient peut-être pas à l'époque, le lecteur plus compétent saura corriger d'éventuelles imprécisions de formulation.

Un des concepts de l'IA : la rétro-propagation

Selon le professeur Pouget lors de la semaine du cerveau 2022 dans la conférence " Intelligence artificielle vs. intelligence humaine", l 'IA peut être éduquée par des règles programmées (p. ex. les règles du jeu et ce qui est considéré comme victoire à la fin) : c'est a) l'apprentissage supervisé (minute 21) ou b) éduquée par des exemples du but recherché - sans définir les règles pour y parvenir. Bien qu'actuellement, le 2ème type d'éducation de l'IA soit le plus médiatisé, c'est le premier, plus facile à comprendre à traduire en algorithme, voire à programmer avec les élèves, qui nous intéresse ici. Voir aussi dans Science4All sur Youtube

Le développement de l'IA repose, crucialement, sur la retropropagation d'erreur (minute 23.23) (cf. aussi Wikipedia). En simplifiant, on pourrait dire que quand le résultat produit par le système n'atteint pas le but défini (p. ex il ne gagne pas au jeu - on parle d'erreur) on réduit la probabilité que le système joue le coup qui a conduit à cette erreur (on corrige l'erreur en arrière). Puis on réduit la probabilité des coups qui ont conduit à ce coup-là (on propage la correction de l'erreur). Itérativement à chaque partie on réduit la probabilité des coups qui risquent de conduire à perdre au jeu, de plus en plus en arrière.
On emploie cet algorithme pour optimiser les réseaux de neurones qui sont au coeur de l'IA actuelle.
Mais bien avant cela Martin Gardner publiait en 1969 une implémentation de cet algorithme dont nous présentons ci-dessous, avec des extraits du Chap. 8 : "Une machine à jouer à boites d'allumettes" Gardner, M. (1971) 

Une Illustration de la rétro-propagation en 1971

Martin Gardner explique l'origine de l'algorithme (sans utiliser ce terme, ni parler de retropropagation).  "Si certains lecteurs veulent expérimenter des machines perfectibles programmées pour certains jeux, il ne leur faudra pas nécessairement acheter un ordinateur. Il leur suffira de se procurer quelques boîtes d'allumettes vides et des perles colorées. Cette façon de réaliser une machine perfectible simple est une bonne invention de Donald Michie, un biologiste de l'Université d'Edimbourg […]. Il décrit une machine à jouer au tictactoe qu'il appelle MENACE (Matchbox Educable Naughts And Crosses Engine = Machine éducable à base de boîtes d'allumettes et de riens) ; il la réalisait à l'aide de trois cents boîtes d'allumettes. Gardner développe cet exemple en détail dans son texte Jump-To-Science : donner envie d'accéder aux articles                plutot que vulgariser encourage le lecteur à aller vérifier dans le texte d'origine :  ici
Il mentionne aussi que "Ce système de récompenses et de punitions est très proche de celui qui est utilisé pour dresser les animaux, ou même pour éduquer les êtres humains."

Une application concrète sans ordinateur : HER

Alors que les écoles doivent parfois enseigner l'algorithmique sans ordinateur, cet article donne une magnifique implémentation qui pourrait aider les élèves pour lesquels l'abstraction d'un algorithme est difficile.
Martin Gardner continue : "Comme il y a peu de chances que mes lecteurs puissent construire une machine utilisant trois cents boîtes d'allumettes, j'ai inventé le jeu d'hexapion. Il est beaucoup plus simple et la machine perfectible correspondante ne demande que vingt-quatre boîtes d'allumettes. Il est facile et sans gloire d'en faire l'analyse détaillée, mais je demande instamment à mes lecteurs de ne pas faire cette analyse. Il est beaucoup plus intéressant de réaliser la machine et d'apprendre à jouer en même temps qu'elle.

HER, le jeu d'hexapion

Le jeu d'hexapion se jouera sur neuf cases d'échiquier formant un carré de 3 x 3 ; trois pions occuperont les côtés opposés comme le montre la figure 2. On peut tout aussi bien utiliser des pièces de monnaie de diverses valeurs que de véritables pions d'un jeu d'échecs. Deux types de mouvement seulement sont permis : 1) un pion peut avancer droit devant lui d'une case si cette case est libre ; 2) un pion peut capturer un pion ennemi en passant en diagonale de sa propre case à une case occupée sur sa droite ou sur sa gauche. La pièce capturée est retirée du jeu. Ces mouvements sont ceux des pions au jeu d'échecs à l'exception du double coup initial, de la capture en passant et de la promotion pour obtenir une reine."

lejeu HER selon Martin Gardner
Fig 1 :  Le jeu d'hexapion.[img]. Source :Gardner, M. (1971)
 
Pour gagner, il faut au choix :
1. Avancer un pion jusqu'à la troisième rangée.
2. Capturer tous les pions ennemis.
3. Bloquer l'ennemi sur une position qui ne lui permette plus aucun mouvement.
Les joueurs jouent chacun à leur tour en déplaçant une seule pièce à la fois. Il est évident que le match nul est impossible mais il n'apparaît pas à première vue qui du premier ou du second joueur aura l'avantage."

Une implémentation avec des allumettes

Martin Gardner décrit ensuite ce que nous appellerons ici l'algorithme "Pour construire HER (Hexapawn Educable Robot = Robot éducable de l'hexapion), il suffit de vingt-quatre boîtes d'allumettes et d'un assortiment de perles colorées. […] Chaque boîte d'allumettes portera l'une des configurations de la fig. 2. Le robot jouera toujours en second. Les configurations notées « 2 » représentent les deux positions qui s'offrent à HER au second coup. On peut effectivement choisir entre l'ouverture centrale et l'ouverture latérale ; seule l'ouverture latérale gauche est figurée ; il est évident qu'on pourrait tout aussi bien la faire à droite mais la configuration obtenue serait l'image de la première dans un miroir. Les configurations notées « 4 » sont celles qui peuvent se présenter à HER à son second coup (le quatrième de la partie) : il y en a onze. Les onze dernières configurations notées « 6 » s'offrent à HER à son dernier coup (le sixième de la partie). On notera que parmi ces onze dernières configurations, certaines sont images l'une de l'autre ; c'est pour simplifier le raisonnement ; en les supprimant, dix-neuf boîtes suffiraient.
A l'intérieur de chaque boîte, on placera une seule perle colorée par type de flèches de la position correspondante. Le robot est prêt à fonctionner. Tout mouvement permis est représenté par une flèche ; le robot peut donc faire tous ces mouvements, mais seulement ceux-là. Il n'a pas de stratégie préétablie. On peut admettre qu'il est idiot.
Il s'éduque selon le processus suivant. L'homme qui lui sert d'adversaire fait l'ouverture. Il choisit ensuite la boîte qui porte la position ainsi réalisée, la secoue en fermant les yeux, ouvre le tiroir et retire une perle. Il referme le tiroir, pose la boîte en plaçant la perle retirée sur le dessus. Il ouvre alors les yeux, note la couleur de la perle, cherche la flèche correspondante et joue le coup ainsi déterminé. Il joue ensuite le troisième coup comme il le veut. Le même mécanisme se poursuit jusqu'à la fin de la partie. Si le robot gagne, replacer toutes les perles dans les tiroirs. S'il perd, le punir en confisquant la perle correspondant à son dernier coup. Replacer les autres perles et passer à la partie suivante. Si on tombe sur une boîte vide, ce qui est rare, il faut en déduire que la machine n'a aucun mouvement qui ne lui soit fatal et qu'elle se résigne. Dans ce cas, on confisquera la perle correspondant à l'avant-dernier coup.
[…] Après trente-six parties, dont onze défaites pour le robot, il a appris à appliquer une stratégie parfaite. Le système de punition préconisé permet de minimiser le temps nécessaire à l'éducation de la machine, mais il varie également en fonction de l'habileté de l'adversaire qui lui est opposé. Le robot se formera d'autant plus vite que son adversaire sera meilleur.


Fig 2:  Les configurations à dessiner sur les boîtes d'allumettes de HER. (Les quatre types de flèche (gras. tirets. etc) représentent quatre couleurs différentes des perles.).[img]. Source: Gardner, M. (1971)

En vidéo:
Un checheur de la faculté d'informatique de l'EPFL a fait une vidéo de jeu de HER avec des boites d'allumettes sur YouTube  https://www.youtube.com/watch?v=GoL7V9CeJ1s


A l'époque l'ordinateur du DIP pour les écoles acquis sous l'impulsion de Raymond Morel occupait une salle entière (ici : un Honeywell-Bull 1642 Honeywell-Bull 1642 ) et était connecté à chaque école par un terminal Teletype ressemblant à une grosse machine à écrire ici. On sauvegardait sur des petites bandes perforées ici .


Pour aller plus loin, se faire plaisir ou pour des élèves motivés ?

Un algorithme implémenté vers 1973 en FORTRAN

L'algorithme pour HER décrit par Martin Gardner dans des textes proposés par son prof. de mathématiques, Bernard Louis, avait été implémenté par votre serviteur en langage FORTRAN.  Le code source est disponible  Licence Creative Commons pour des enseignants qui voudraient s'en inspirer.  (Faute de lecteur de bandes perforées et cassettes magnétiques, seul le listing papier est encore utilisable de nos jours)

Une implémentation plus ambitieuse en 1975 sur un ordinateur à 4kHz avec 16 kb de mémoire :-))

Les limites d'un apprentissage avec les boites d'allumettes sont - entre autres - le nombre de situations possibles, les risques de fausses manipulations, de geste malencontreux, etc.  Mais surtout, il est vite apparu que le nombre de parties nécessaires à l'apprentissage, rebute la patience des joueurs humains.
Votre serviteur a choisi un jeu un peu plus intéressant, aussi proposé ailleurs par Gardner (1964) et simplifié du classique  "saut de la mort" .

Gardner décrit le jeu  "on joue avec un seul dé. On prend un nombre quelconque [le total cible], d'ordinaire supérieur à 20 pour rendre le jeu intéressant. Le premier joueur jette le dé, et marque le chiffre qui sort. Le second joueur fait basculer le dé d'un quart de tour de l'une quelconque des quatre manières possibles, et ajoute le chiffre qu'il amène au précédent. Les [2] joueurs se succèdent en faisant chaque fois basculer le dé d'un quart de tour et en additionnant successivement les chiffres sortants, jusqu'à ce que l'un d'eux gagne, soit qu'il atteigne le nombre fixé d'avance, soit que le joueur suivant le dépasse."
Par exemple avec un total cible de 27, dans la situation de jeu suivante : total 26 et le 1 est en-dessous du dé, le joueur n'a pas d'autre choix que ce "saut de la mort". (Gardner, 1964 p. 33). 
Gardner n'ayant pas nommé ce jeu, le nom de Talusumma avait été retenu (Talus = dé en latin).

Stratégies et probabilité de victoire

Selon le total choisi, les chances de gagner sont - si on ne fait aucune erreur - de 50% (total cible 25) à 100% (total cible 27) pour le premier à jouer après le jeté initial du dé.
Selon Gardner (1964 p. 33), Il y a une stratégie qui assure la victoire... Saurez-vous trouver cette stratégie ? Ou laisserez-vous le logiciel la révéler à force de jouer ? 

Quelques pistes pour la programmation :

Le jeu est défini, tout coup qui n'est pas gagnant est perdant. Ce cas est plus simple, puisqu'un coup qui a conduit à perdre la partie peut être éliminé de manière certaine. C'est une condition sine qua non pour ce type d'apprentissage qu'on nomme "par punition". Il est intéressant de conséquent que dans ce cas le système n"apprend" que quand il perd, grâce à une stratégie d'apprentissage adaptée de ce que Gardner proposait. 
Cela correspond finalement bien à l'apprentissage scolaire où l'élève n' apprend de ses erreurs qui si on aide l'aide à les dépasser (feed-back formatif) pour aller vers la réussite (Brookhart, et al., 2008).

Pour Talusumma, la situations du jeu à un moment donné a été définie par le total courant, et le nombre affiché par le dé à ce moment de la partie (et évidemment le nombre à atteindre). Par exemple (total-cible=27;total actuel= 26;valeur affichée sur le dé = 1).
Il faut enregistrer le parcours (les situations et les coups joués) pour pouvoir faire la rétro-propagation : éliminer les coups perdants, et ceux qui y conduisent.
Comme on doit tourner le dé d'un quart de tour ni plus ni moins, le chiffre affiché et celui dessous sont exclus. Les possibilités de "coup" sont donc les chiffres de 1 à 6 sauf ces deux là. sauf le chiffre. NB: La  somme des faces sur les faces opposées est 7, donc le nombre au-dessous vaut 7 nombre au dessus du dé. 
Dans l'exemple indiqué (total-cible=27;total actuel= 26;valeur affichée sur le dé = 1) le joueur (disons A) qui doit jouer dans cette situationn a perdu (il ne lui reste que le saut de la mort ). Donc le coup précédentn-1 de A qui a permis à B de jouer 1 et conduire A à cette situationn perdante doit être éliminé. Si il ne reste alors plus de choix possibles (plus de billes) dans la situation précédenten-1 on retire dans la situationn-2 le choix qui a conduit A. On parcourt donc les choix de A en arrière jusqu'à tomber sur une situation où il reste des choix possibles (Retro-propagation).

Un challenge : trouver des stratégies pour éduquer le programme.

Vu le nombre de parties nécessaires à l'apprentissage, il est vite apparu à ce collégien en 75 qu'il fallait trouver des stratégies logicielles pour éduquer le programme.

hp            9830A l'époque trois stratégies ont été testées... la première, contre un générateur aléatoire,  n'avait pas encore terminé un apprentissage complet en une nuit de calculs,… (c'était un ordinateur HP 9830 à 4kHz avec 16 kb de mémoire). Comme ce "joueur" logiciel joue n'importe quoi de permis - pour faire l'anthropomorphisme la machine joue contre un idiot - , c'est un joueur bien faible aussi l'apprentissage est lent. On voit que la courbe d'apprentissage, (courbe A dans la fig.3) s'aplanit au fur et à mesure que le logiciel apprenant a pu éliminer des coups perdants et s'améliore. En effet l'ordinateur gagne plus en plus souvent avec de plus en d'expérience : sur la figure 3 on voit qu'entre la 100ème et la 2000eme partie, le logiciel apprenant n'a perdu qu'une cinquantaine de fois.

D'ailleurs, ce problème de la stratégie d'apprentissage est encore d'actualité. p. ex., Dennis & al. (2020) de l'University of California Berkeley discutent de stratégies d'apprentissage (par renforcement dans ce cas) qui mettent en oeuvre un agent (logiciel) antagoniste  "To [improve learning for] our protagonist agent, we introduce a second, antagonist agent" et ils nomment joliment leur technique " Protagonist Antagonist Induced Regret Environment Design (PAIRED)." Jump-To-Science : donner envie d'accéder aux articles                plutot que vulgariser encourage le lecteur à aller vérifier dans l'article d'origine :  ici

Pour revenir à Talusumma, l'étudiant en 1975 proposait  "il faudrait terminer l'apprentissage en faisant jouer l'ordinateur contre un humain". Mais qui aura la patience de faire des centaines de parties ... car "pour faire perdre souvent la machine il faut constamment changer de tactique puisque la machine ne perd qu'une seule fois de la même manière. Il faudrait même parfois jouer un coup absurde espérant que parmi les possibilités de réponse, la machine choisisse la seule qui la fasse perdre et qu'elle n'a encore jamais joué."

3 stratégies

Fig 3: Victoires de algorithme apprenant protagoniste (N 1, en x) contre l'algorithme antagoniste (en y). Nombre  à atteindre 27. A, B, C illustrent trois stratégies : plus vite elle atteint l'horizontale, plus elle est efficace. [img]. Source : Lombard (1975)

Ou alors il faut de meilleures stratégies d'apprentissage automatiques. C'est ce qui avait été fait, avec les 2 autres stratégies illustrées dans la figure 3.

Trouver ces stratégies et peut-être de meilleures : un challenge pour vos élèves ?

Essayez de trouver les 2 autres stratégies illustrées dans la figure 3.  Peut-être en trouverez-vous des meilleures.
Après la publication d'où est tirée la figure 3 (Lombard, 1975), une 4ème méthode encore bien plus efficace (D non illustré) terminait son apprentissage avec certitude de ne plus faire d'erreurs en 134 parties -soit en 4-5 minutes plutôt qu'une nuit pour le générateur aléatoire (A).

Le code source en BASIC est aussi disponible Licence Creative Commons   (Faute de lecteur de bandes perforées et cassettes magnétiques, seul le listing papier est encore lisible de nos jours)

Remerciements

JTS remercie Prof. Thierry Pun, et Dr. Laura Weiss pour une relecture critique de version préalables cet texte et leurs précieuses suggestions en vue d'améliorer la clarté de ce texte.

(Les membres Jump-To-Science peuvent obtenir ces articles).
Références:

  • Brookhart, S., Moss, C., & Long, B. (2008). Formative assessment. Educational Leadership, 66(3), 52‑57.
  • Dennis, M., Jaques, N., Vinitsky, E., Bayen, A., Russell, S., Critch, A., & Levine, S. (2020). Emergent Complexity and Zero-shot Transfer via Unsupervised Environment Design. NeurIPS, 12. pdf
  • Gardner, M. (1969) Unexpected Hanging, Simon & Schuster, New York
  • Gardner, M. (1964) Problèmes et divertissements mathématiques : Mathematical puzzles and diversions, par M. Gardner. Traduit par R. René Marchand, Dunod Paris. p33.pdf(intranet)
  • Gardner, M. (1971). Le Paradoxe du pendu et autres divertissements mathématiques. Trad. Claude Roux Dunod, Paris .pdf (intranet)
  • Hattie, J., & Yates, G. (2013). Visible learning and the science of how we learn (1. publ.). Routledge.
  • Lombard, F. (1975). Simulation de l'apprentissage d'un jeu sur ordinateur. Concours la Science Appelle Les Jeunes, Lauréat. .pdf

mardi 2 mai 2023

Transfert horizontal : nous sommes 8% OGM ? LightOfEvolution.org offre l’opportunité d'explorer avec les élèves

Notre génome est-il "pur"  ?

Ce que le génome humain a d'unique, qui définit (en partie) notre nature humaine, est éclairé de manière nouvelle par des recherches récentes comparant et analysant les nombreux génomes disponibles.
Le projet LightOfEvolution.org offre l'opportunité d'explorer comment le génome humain s'inscrit dans l'ensemble des génomes avec plus de similitudes que de différences.  Voir de nouvelles offres ici
 
Puisque l'humanité est définie en partie par nos différences dans le génome, éprouvons combien ces différences sont ténues. Explorons combien notre génome a été envahi d'ADN étranger : "Nous sommes 8% OGM et 1.25% humains" disait de manière provocante Prof. M. Strubin de l'UNIGE. Source : Jump-To-Science : donner envie d'accéder aux articles                plutot que vulgariser Jump-to-science 10avril 2011 

On aurait pu reprendre le scénario proposé à l'époque  ici mais il faudrait l'adapter aux nouveaux sites ( mapviewer est devenu GDV) et , pourquoi pas l'introduire dans le site Bioinformatique : opportunités pour l'enseignement (wikimedia open)

Maintenant LightOfEvolution.org  propose des
activités très belles et complètes pour vérifier ces transferts horizontaux. Elles sont très accessibles aux élèves

Notre génome est assailli d'ADN étrangers et en a intégré plus que nos propres gènes !

Puisque la pureté de la transmission génétique n'existe pas - donc que la "barrière des espèces" n'est guère étanche - il faut chercher dans la sélection naturelle le mécanisme qui maintient l'homogénéité de l'espèce. Un éclairage peu courant dans le débat sur les OGM. "

On sait que les virus insèrent de l'ADN dans nos chromosomes : le virus de l'herpès insère durablement dans notre génome son ADN. Mais seulement les cellules de certaines régions : notamment les lèvres. Nous allons voir que ces apports d'ADN étranger ne sont pas rares. Par oppositions à la transmission héréditaire classique - mendélienne- appelée verticale, on parle de transfert horizontal pour ces apports génétiques d'organismes autres que les parents. Source : Jump-To-Science : donner envie d'accéder aux                      articles plutot que vulgariser Jump-to-science 1 mai 2011 

Transfert horizontal : une difficulté technique pour établir une phylogénie à partir d'un séquençage.

Il est intéressant de souligner que l'étude de ces transferts horizontaux n'est pas simple : au moment du séquençage des génomes des eucaryotes, les séquences d'origine bactériennes sont souvent considérées comme des contaminations et éliminées d'office ! Il est vraisemblable qu'elles sont très largement sous-estimées. Ponting, C. P. (2001)
Origine endosymbiotique des mitochondries et des chloroplastes Marie-Claude Blatter explique qu'en construisant un arbre phylogénétique en partant d'une protéine 'universelle' impliquée dans la synthèse des protéines (exemple: un facteur d'élongation appelé EFTU ou EF1A selon les espèces), on voit apparaître la séparation entre les eucaryotes, les archae et les bactéries (Arbre phylogénétique) On remarque aussi et surtout que cette protéine, lorsqu'elle est d'origine chloroplastique ou mitochondriale, se retrouve dans l''embranchement' des protéines bactériennes : sa séquence en acides aminés est plus similaire à celle des protéines bactériennes qu'à celle des protéines eucaryotiques.
Sur les transferts horizontaux, voir aussi cet excellent Review Dunning Hotoppa, Julie C. (2011)  Jump-To-Science : donner envie d'accéder aux                  articles plutot que vulgariser encourage le lecteur à aller vérifier dans l'article d'origine :  ici


Fig 5 : Les transferts horizontaux dans notre évolution ont été fréquents . [img] Source Dunning Hotoppa, Julie C. (2011)

Quelle "Barrière" des espèces ?

On voit donc que la pureté du transfert vertical ne peut pas expliquer l'homogénéité de notre espèce et sa constance dans le temps. D'ailleurs, cette idée de pureté de la transmission et du rejet de ce qui serait étranger à des relents sombres qui font un peu froid dans le dos. Puisque de nombreux transferts horizontaux fréquents sont intervenus dans notre ADN, qu'ils sont même 6 à 8 fois plus abondants que nos gènes, il faut bien chercher une autre explication à l'observation que notre espèce - comme les autres - reste homogène (Tous différents, mais tous semblables...).

La sélection naturelle détermine la nature humaine ?

Cependant, si les transferts horizontaux se produisent abondamment, ils ne sont pas tous positifs, loin de là; Ils sont une parmi d'autres causes de mutations.
Et ces mutations causent effectivement des génomes non fonctionnels. Ils se produisent, mais ne sont pas tous viables et féconds. Une faible proportion. Il semble que ce soit moins de 25% des fécondations humaines se développe suffisamment pour être même détectée comme une « grossesse » (on ne parle pas ici de 75% de fausse couche, mais de retard dans les règles de quelques jours) - pour toutes sortes de raisons, mais entre autres parce que le génome produit n'était pas viable . N'oublions pas que les seuls génomes visibles sont ceux qui sont fonctionnels et que les rares génomes qui nous apparaissent comme anormaux sont en fait la pointe d'un iceberg de nombreux autres n'étaient pas suffisamment fonctionnels pour naître. De fait la sélection naturelle constitue une sorte de barrière : les apports d'ADN horizontaux sont féconds ou s'éteignent. C'est sans doute ce mécanisme qui est à l'œuvre depuis la nuit des temps et garantit que les girafes restent des girafes et les humains des humains malgré toutes les perturbations de notre ADN - dont les transferts horizontaux.

Pourquoi avoir si peur des ADN "étrangers "?

Pourquoi on semble avoir si peur des apports d'ADN étranger alors qu'ils nous constituent à 8% est une question intéressante. Hervé Le Guyader y voit - et JTS le propose pour stimuler la réflexion - la manifestation d'une époque marquée par la peur du changement : "Les premiers mouvements de protection de la nature ont consisté à vouloir réaliser un statu quo. On cloisonne, on « protège », par une mise sous cloche d'une zone particulière, la plupart du temps caractérisée par une espèce emblématique. […] Un tel mouvement traduit une vision fixiste de la nature. Au-delà de l'échec annoncé, c'est le signe d'une peur du futur avec une volonté désespérée de s'accrocher au passé. […] En d'autres termes, une telle « protection » de la nature est assimilable à un point de vue créationniste, inconscient – ou parfois conscient... " Le Guyader, H. (2008).   Jump-To-Science : donner envie d'accéder aux                  articles plutot que vulgariser encourage le lecteur à aller vérifier dans l'article d'origine :  ici

L'homme responsable de sa propre humanité !

Si la sélection naturelle peut et a autrefois assuré l'homogénéité de notre génome, il serait dangereux d'en déduire que ce qui a présidé à notre évolution dans le passé devrait gérer la diversité d'une humanité dont l'évolution est probablement plus culturelle que génétique. Sinon l'eugénisme n'est pas loin !
La médecine permet un choix responsable qui dépasse la sélection naturelle : l'humanité s'extrait de sa condition "naturelle" mais doit assumer son destin. Comme Prométhée, qui donne à l'homme le feu et doit en porter les conséquences : la connaissance nous donne une responsabilité qui peut être lourde, mais qu'on ne peut pas écarter.


MarieClaude Blatter annonce la mise en ligne sur le site LightOfEvolution.org d'une nouvelle histoire consacrée au transfert horizontal de gènes (Des gènes en bonus).

Les gènes qui sont transférés d'une espèce apportent de nouvelles fonctions ou de nouvelles caractéristiques à l'espèce qui reçoit ces gènes en bonus. Des gènes de virus, par exemple, ont façonné l'évolution des mammifères – environ 8 % du génome humain est d'origine virale. Certains insectes ont 'volé' un gène à leur plante préférée pour déjouer les mécanismes de défense de la plante. Les bactéries s'échangent des gènes de résistance aux antibiotiques et parfois aussi des gènes permettant de digérer les sushis…Le transfert horizontal de gènes pourrait également avoir joué un rôle clé dans l'origine de la reproduction sexuée !

Ces nouvelles histoires d'évolution et des activités en lien sont à découvrir sur :

https://lightofevolution.org/des-genes-en-bonus/

  • Avons-nous hérité du sexe des archées ?

https://lightofevolution.org/des-genes-en-bonus-a-vous-de-jouer/

  • Les Japonais et les sushis, une histoire de bactérie
  • Les virus et les mammifères, une histoire de fusion
  • Les plantes et les insectes, une histoire de riposte

Si vous ne souhaitez plus recevoir d'information concernant les nouvelles histoires/activités LightOfEvolution.org, merci de m'en informer.

Si vous souhaitez que nous venions animer un atelier dans votre classe ou avoir plus d'information, n'hésitez pas à me contacter par mail ou à utiliser la page contact du site : https://lightofevolution.org/contact/#contact

Marie-Claude Blatter, pour l'équipe Light Of Evolution.

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A propos du site LightOfEvolution.org

Le site web LightOfEvolution.org a été créé en décembre 2021. Il donne accès à des histoires d'évolution, à des activités à faire en ligne et/ou en classe, à des données à analyser manuellement ou à l'aide d'outils bioinformatiques, et à des liens vers les publications scientifiques. Il est accessible en français, anglais et, tout récemment, également en allemand.

Les autres histoires :

Références:


Observer la nature ... participer à la recherche / loup dans les trésors au museum / art et science : des branches d'un même arbre de connaissance ?


Observer la nature et participer à la science avec sa classe ?

phaenonet

Repérer  avec ses élèves ou soi-même, dans son jardin dans ses balades, quelle plante est en fleurs, en bourgeons, quand les feuilles brunissaient et cetera c'est la phénologie.

Ça fait de la science et ça motive à se promener dans la nature :-))

On peut participer ici :

Phaenonet-explique-en 3 minutes

Naturalistes

Laurent Burgisser vous invite à vous perfectionner en vue des prochaines sorties de terrain , et je vous fais suivre son texte fleuri

Chères amies et chers amis des poils de blaireaux (mais pas que, je vous sais assez ouvertes et ouverts d'esprit pour que les poils étoilés du viorne vous émoustillent tout autant...),

Nous profitons des débris de coquilles pascales pour vous annoncer la parution de la suite de la Formation Naturaliste 2023.

Le prochain et fameux cours, les mammifères, est imminent, c'est à dire dès le 20/21 avril. Ruez-vous dessus avec douceur et tendresse. N'hésitez pas à vous inscrire par ici !  (En fonction des dates, vous pouvez choisir soit le groupe 1, soit le groupe 2)

En espérant vous y voir, je vous souhaite que le garde-boeuf vous tricote quelques acrobaties printanières dans les salicornes.

www.naturalistes-romands.ch

 Le loup entre dans les Trésors au Muséum Genève

Du 21 avril 2023 au 25 juin 2023,

Un loup sauvage exposé au Muséum d'histoire naturelle de Genève
Au sein de l'exposition Trésors, qui retrace la vie des collections scientifiques du Muséum au cours des 200 ans de son existence, nous vous présentons un nouveau spécimen exceptionnel : un loup sauvage du Jura issu des tirs de régulation de la meute du Marchairuz. Ce mâle de 3 ans symbolise le retour naturel des grands prédateurs dans nos régions, mettant fin à une anomalie écologique puisque tous les grands prédateurs (loup, ours, lynx), ainsi que plusieurs autres grands mammifères (cerf, sanglier, bouquetin) avaient été totalement exterminés de notre pays au cours des 19e et 20e siècle. Ce spécimen taxidermisé illustre malheureusement aussi la difficulté de concilier pastoralisme moderne et retour des grands prédateurs, qui se traduit parfois par des abattages ponctuels.

Du Marchairuz aux collections du Muséum
En quoi l'entrée d'un loup dans les collections présente-t-il un intérêt pour la science? Comme le dit si bien l'adage, on ne peut protéger que ce que l'on connaît. Pendant des siècles, victime de sa réputation, le loup était vu comme une créature effrayante rôdant la nuit et s'attaquant au bétail et aux enfants, ce qui lui a valu d'être chassé jusqu'à l'extermination. Le présenter dans une posture non agressive, l'étudier et le faire connaître, va permettre de sensibiliser le public. Car un Muséum est à la fois un lieu d'exposition mais surtout un centre de recherche scientifique dont l'objectif principal est de partager les savoirs tout en œuvrant à la conservation de la biodiversité. Notre collection, l'une des plus importantes d'Europe, est un support précieux pour la recherche, l'enseignement et la diffusion. Grâce à ses compétences pluridisciplinaires, il apporte un éclairage scientifique de grande valeur, en particulier sur les questions d'environnement.

Un retour naturel
Les loups qui peuplent aujourd'hui les régions alpines et les forêts jurassiennes proviennent d'un lent processus de recolonisation naturelle, entamée à partir des populations ayant survécu dans les Apennins, en Italie. Cela fait plus de 30 ans que les premiers loups sauvages ont été détectés dans l'arc alpin, mais ce n'est qu'à partir de 2012 que le premier couple reproducteur s'est établi en Suisse. Depuis, ils ont prospéré puisque l'on compte aujourd'hui une quinzaine de meutes reproductrices, dont 2 ou 3 établies dans le Jura, pour un total d'environ 150 à 200 individus.

Ce retour naturel du grand prédateur ne va pas sans poser de problèmes aux éleveurs de bétail puisque les pratiques d'élevage actuelles ne sont plus adaptées à cette nouvelle situation, sans compter la dimension émotionnelle engendrée par les attaques et plus globalement, par la présence du loup de plus en plus proche des zones habitées.

En savoir plus sur le loup

L'association OPPAL pour une meilleure cohabitation entre le loup et l'humain.

Les films documentaires et les dossiers de La Salamandre
Au retour des loups
de Marie Amiguet
Avec les loups de Marie Amiguet
Dossier "Le loup parmi nous"

Exposition Trésors jusqu'au 25 juin 2023, 3e étage
Gratuit

Tous publics



L'intégration des sciences humaines et des arts aux sciences, à l'ingénierie et à la médecine dans l'enseignement supérieur : des  branches d'un même arbre

Les presses de l'académie des sciences(USA)  National Academies Press (NAP)  publie ( librement accessible) un ouvrage explore  «  les données confirmant ou infirmant l'affirmation selon laquelle les programmes éducatifs qui intègrent mutuellement des expériences d'apprentissage dans les sciences humaines et les arts avec la science, la technologie, l'ingénierie, les mathématiques et la médecine (STEMM) conduisent à de meilleurs résultats éducatifs et professionnels pour les étudiants de premier cycle et des cycles supérieurs. "  p. x. Traduction automatique

"Le corps professoral et les administrateurs, qui craignent qu'une éducation centrée sur une seule discipline ne prépare pas au mieux les diplômés aux défis et aux opportunités présentés par le travail, la vie et la citoyenneté au 21e siècle, préconisent une approche de l'éducation qui va au-delà des exigences générales en matière d'éducation que l'on trouve dans presque tous les établissements, à une approche de l'enseignement supérieur qui intègre intentionnellement des connaissances dans les domaines des arts, des sciences humaines, des sciences physiques et de la vie, des sciences sociales, de l'ingénierie, de la technologie, des mathématiques et des disciplines biomédicales. Dans cette approche, que nous appelons simplement « intégration » dans ce rapport, les professeurs aident les étudiants à comprendre les liens entre les disciplines et soulignent le point soulevé par Einstein selon lequel toutes les disciplines et formes de recherche sont « les branches du même arbre ». En prolongeant cette métaphore, les partisans de l'intégration voient toutes les connaissances humaines comme à la fois fondamentalement connectées, un réseau de branches issues d'un tronc fait de curiosité, de passion et de motivation humaines, mais aussi génératives, car de nouvelles branches se séparent et se développent à partir d'anciennes branches, s'étendre dans de nouveaux espaces ou entrer en contact avec d'autres branches de manière nouvelle." p. x Traduction automatique

les résultats sont prudents :

" Évaluer les résultats d'apprentissage des étudiants dans l'ensemble de l'enseignement supérieur américain est une tâche ardue, compliquée par le nombre et les types d'établissements, les antécédents très variés des étudiants qui s'inscrivent et, surtout, le fait que les décisions concernant les programmes sont - à juste titre - entre les mains des membres du corps professoral local, non soumis à un large consensus national, sauf dans le cas de l'accréditation de disciplines spécifiques. Pour ces raisons, ainsi que l'absence d'accord sur les moyens les plus efficaces d'évaluer les résultats d'apprentissage des élèves, nous avons constaté que les tests contrôlés et randomisés à grande échelle de l'hypothèse selon laquelle l'éducation intégrée conduirait à des avantages en matière d'éducation et d'emploi sont rares et susceptibles de le rester. Néanmoins, nous avons trouvé d'abondantes données(evidence en anglais ) , récits et (evidence en anglais )  anecdotiques, certaines données (evidence en anglais ) issues d'études de recherche et, ce qui est très important, une large vague nationale d'intérêt pour le développement d'approches d'éducation intégrée. Bien que les données (evidence en anglais ) causales de l'impact de l'intégration sur les étudiants soient limitées, le comité est d'avis que des efforts supplémentaires doivent être déployés rapidement pour développer et diffuser une variété d'approches à l'éducation intégrée et que des recherches plus approfondies sur l'impact de ces programmes et cours sur les étudiants être soutenu et conduit." p. xi Traduction automatique

Jump-To-Science : donner envie d'accéder aux articles                plutot que vulgariser encourage le lecteur à aller vérifier dans l'article d'origine :  ici

Committee on Integrating Higher Education in the Arts, Humanities, Sciences, Engineering, and Medicine, Board on Higher Education and Workforce, Policy and Global Affairs, & National Academies of Sciences, Engineering, and Medicine. (2018). The Integration of the Humanities and Arts with Sciences, Engineering, and Medicine in Higher Education : Branches from the Same Tree (D. Skorton & A. Bear, Éds.; p. 24988). National Academies Press. https://doi.org/10.17226/24988

Voir aussi Poets for Science,

https://poetsforscience.org/ https://poetsforscience.org/the-collection