Sols vivants : quand une bactérie révèle un antibiotique 100× plus actif

En étudiant comment une bactérie du sol fabrique un antibiotique connu, des chercheurs ont découvert une molécule intermédiaire ~100x plus active.

Les sols sont bien plus riches qu'un support pour les plantes et les animaux : l'incroyable richesse de ce qui s'y passe révèle notamment des processus chimiques potentiellement très utiles- notamment contre le sérieux problème des résistances aux antibiotiques.

Dans une news de Nature, Naddaf (2025) ici rapporte qu'en étudiant Streptomyces coelicolor (ci-contre, Colonie de Streptomyces coelicolor sécrétant un composé antibiotique, en rouge, dans le milieu environnant. Source : Dr Jeremy Burgess / Science Photo Library.source: Dr Jeremy Burgess/Science Photo Library), une bactérie du sol connue pour produire l’antibiotique méthylénomycine A, des chercheuses et chercheurs ont découvert avec surprise  qu'une molécule intermédiaire de sa voie de synthèse, la preméthylénomycine C lactone, est environ 100 fois plus active que le produit final.   encourage le lecteur à aller vérifier dans l’article d’origine : ici
Contre certaines bactéries problématiques, - très résistantes aux antibiotiques connus - dont Staphylococcus aureus et Enterococcus faecium, Corre & al. (2025) ici ont découvert que cet intermédiaire agit à des doses bien plus faibles que le produit final de cette voie de synthèse.   encourage le lecteur à aller vérifier dans l’article d’origine :  ici

Plus intéressant encore, dans les tests réalisés, E. faecium n’a pas facilement développé de résistance contre cet intermédiaire, contrairement à ce qui a été observé avec un antibiotique de dernier recours la vancomycine.
La découverte est belle parce qu’elle bouscule une intuition simple : l’évolution ne conduit pas forcément à ce que le produit final d’une voie métabolique soit le meilleur. Un intermédiaire chimique peut parfois être biologiquement plus puissant que la molécule achevée.
Notons bien qu'il  ne s’agit pas encore d’un médicament : il faudra des années encore comprendre son mode d’action, tester sa toxicité et voir si des dérivés utilisables peuvent être développés. 

Mais cette histoire rappelle combien la recherche fondamentale — ici, l’étude patiente d’une voie de biosynthèse bactérienne — peut ouvrir des pistes inattendues d'applications ; ici contre l’antibiorésistance.

Et c’est justement une bonne raison d’aller regarder le sol autrement. La visite proposée au Bioscope jeudi 21 mai  invite à explorer ce monde discret mais essentiel : un milieu vivant, traversé d’interactions microbiennes, de transformations chimiques et de processus écologiques dont une partie reste encore à découvrir.

 

Soirée publique au Bioscope  - jeudi 21 mai   "Sols vivants"

 

 

Ne manquez pas la Soirée publique "Sols vivants" le jeudi 21 mai au Bioscope! Découvrez les êtres vivants du sol, leurs rôles et pourquoi il est si important de préserver cet écosystème essentiel, notamment pour une agriculture durable. 🔬 18h-20h30: Apéro, activités pratiques, conférence et discussion Avec Pre Ophélie Sauzet de l’HEPIA (Haute Ecole du Paysage, d'Ingénierie et d'Architecture), experte des sols. Tout public (dès 12 ans)   Informations et inscription : https:// scienscope.unige.ch/evenements/soiree-publique-sols- vivants/

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Bioscope Maison de l’enfance et de l’adolescence, 26 Blvd de la Cluse,  1205 Genève,  bioscope@unige.ch

 Avec le soutien de la Fondation Convergences

Références:

• Corre, C., Idowu, G. A., Song, L., Whitehead, M. E., Alkhalaf, L. M., & Challis, G. L. (2025). Discovery of Late Intermediates in Methylenomycin Biosynthesis Active against Drug-Resistant Gram-Positive Bacterial Pathogens. Journal of the American Chemical Society, 147(44), 40554‑40561. https:// doi.org/10.1021/jacs.5c12501
• Naddaf, M. (2025). Powerful new antibiotic that can kill superbugs discovered in soil bacteria. Nature. https:// doi.org/10.1038/d41586-025-03595-3
  

Le monde va mal. Il va mieux. Il peut aller beaucoup mieux… trois fois vrai !

Le catastrophisme décourage et ne fait pas changer les comportements. Mais faut-il pour autant tomber dans le pessimisme désillusionné ?

On sait que le catastrophisme paralyse plutôt qu’il ne motive à agir et est donc contre-productif (cf. JTS ici). Certains parlent même de « cigarette du condamné » pour expliquer l’augmentation des vols en avion, l’achat de voitures toujours plus grosses, etc., comme si l’on voulait profiter vite, tant qu’on le peut encore. Pourtant, agir pour l’environnement produit un sentiment de bien-être. Offrir des possibilités d’agir est donc plus efficace que d’agiter le spectre de la fin du monde.
Un exemple récent va dans ce sens : “Les nouvelles ne sont pas toutes mauvaises : cinq histoires scientifiques inspirantes pour remonter le moral” (Fieldhouse, 2026) (ici) publié dans Nature. encourage le lecteur à aller vérifier dans l’article d’origine :  ici

Ça ne concerne pas ma discipline ?

La Loi sur l’instruction publique dit clairement que traiter ces questions d’environnement fait partie des missions de l’école. Plus précisément, la  LIP art. 10, al. 1, let. e demande de « rendre chaque élève progressivement conscient de son appartenance au monde qui l’entoure, en éveillant en lui […] l’attachement aux objectifs du développement durable ».  On peut percevoir cette injonction comme une tension entre, d’une part, une dimension normative — éveiller l’adhésion à certaines valeurs — et, d’autre part, le développement de compétences scientifiques : apprendre à valider des connaissances à partir de données discutées, comparées et mises en perspective, dans un effort d’objectivité.

Cette tension invite justement à la prudence : traiter ces questions ne signifie pas nécessairement adopter un ton qui cherche à convaincre. Or, si l’on entre dans une logique de persuasion — tentation que la formulation de la LIP peut encourager — l’article de Knowlton (2017)  (ici) indique que l’approche la plus fréquente, qui consiste à “peindre le diable sur la muraille”, n’est peut-être pas la plus efficace. La psychologie sociale renforce cette réserve : lorsqu’un interlocuteur perçoit qu’on cherche à le convaincre, il peut mettre en place des mécanismes de protection, et l’effet peut alors s’inverser (Pratkanis & Aronson, 1992).

Chaque discipline trouvera sa manière de travailler cette tension. En sciences, on aime bien partir des données. Le professeur Andreas Mueller a attiré l’attention de JTS sur  Our World in Data. , qui permet d’explorer des données montrant les changements des conditions de vie au niveau mondial ou par région, et de les représenter de diverses manières.

Le monde va mal. Il va mieux. Il peut aller beaucoup mieux… trois fois vrai !

Selon Roser (2022 ici), les médias nous montrent surtout ce qui dysfonctionne : guerres, pauvreté, maladies, inégalités, dérèglements climatiques. À force, on peut avoir l’impression que tout empire. Mais l’excès inverse est tout aussi trompeur : ne parler que des progrès réalisés, c’est risquer d’effacer les souffrances bien réelles de millions de personnes.L’intérêt de ce texte est de montrer que ces trois idées qui semblent contradictoires sont vraies en même temps : le monde reste profondément injuste et dur pour beaucoup ; il s’est pourtant beaucoup amélioré sur de nombreux plans ; et il peut encore s’améliorer fortement.

C’est précisément cette tension qui rend le raisonnement puissant. Voir seulement les catastrophes paralyse par désespoir. Voir seulement les progrès paralyse par satisfaction. Mais comprendre les deux à la fois ouvre un espace d’action : les progrès passés montrent que le changement est possible ; les problèmes présents rappellent qu’il est encore nécessaire. Une lecture salutaire contre deux pièges symétriques : le catastrophisme qui décourage, et l’optimisme béat qui endort.  encourage le lecteur à aller vérifier dans l’article d’origine :  ici

Des données pour discuter des conditions de vie dans le monde - depuis 200 ans

Max Roser  part du constat que bien des gens ont l’impression que le monde va surtout de plus en plus mal. Dans plusieurs pays riches, très peu de personnes pensent que le monde progresse. En 2015, seuls 10 % des Suédois, 6 % des Américains et 4 % des Allemands interrogés estimaient que les choses allaient mieux. . Le fondateur de Our World in Data propose de prendre cette impression au sérieux — mais de la confronter aux données. Si l’on veut savoir si le monde s’améliore ou se dégrade, il ne suffit pas de regarder les nouvelles du jour, ni son propre pays, ni sa propre génération. Il faut changer d’échelle : regarder l’histoire longue des conditions de vie, et la regarder pour l’humanité entière. Il avait rassemblé ces données en 2016, (mis à jour en 2024) Trad avec l'aide de l'IA (ici)
C’est ce déplacement qui fait la force du texte. Il ne s’agit pas de nier les crises, les inégalités ou les souffrances actuelles. Il s’agit de poser une question plus exigeante : comment la vie humaine a-t-elle changé, globalement, au cours des deux derniers siècles ? Santé, pauvreté, éducation, mortalité infantile, démocratie, accès aux ressources : sur plusieurs dimensions essentielles, les données montrent des progrès immenses — souvent mal connus. L’enjeu n’est donc pas de se rassurer naïvement. Il est de comprendre que le progrès n’est ni automatique ni imaginaire : il a eu lieu, il peut être documenté, et il donne des raisons d’agir. Trad. IA-aidée  encourage le lecteur à aller vérifier dans l’article d’origine :  ici

Fig 1: Une visualisation synthétique montrant comment le monde a changé au cours des deux derniers siècles : pauvreté en baisse, éducation en hausse, mortalité infantile en baisse, démocratie en progression.
Ce graphique synthétise, en pourcentages, plusieurs indicateurs présentés par Roser [img]. Source : Roser (ici)

Références:

• Brosch, T. (2021). Affect and emotions as drivers of climate change perception and action : A review. Current Opinion in Behavioral Sciences, 42, 15‑21.https://doi.org/10.1016/j.cobeha.2021.02.001
• Fieldhouse, R. (2026). The news is not all bad : Five inspiring science stories to lift your mood. Nature. https://doi.org/10.1038/d41586-026-01290-5
  
• Knowlton, N. (2017). Doom and gloom won’t save the world. Nature News, 544(7650), 271. https://doi.org/10.1038/544271a Roser, M. (2016). The short history of global living conditions and why it matters that we know it. Our World in Data. https://ourworldindata.org/a-history-of-global-living-conditions
• Roser, M. (2022). The world is awful. The world is much better. The world can be much better. Our World in Data. https://ourworldindata.org/much-better-awful-can-be-better
• Pratkanis, A. R., & Aronson, E. (1992). The age of propaganda / The everyday use and abuse of persuasion. New York: WH Freeman.
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Pour les 100 ans d’Attenborough : Darwin, un yéti-cheval et une science décloisonnée

Sir David Attenborough,  l’homme qui a aidé le monde à tomber amoureux de la nature

Pour célébrer les 100 ans de Sir David Attenborough, l’équipe d’Athanasia Tzika et Michel Milinkovitch, au Laboratory of Artificial & Natural Evolution — le LANE — a produit une vidéo dans laquelle Charles Darwin lui-même revient, en 3D, pour remercier celui qui a fait découvrir et aimer la nature à des générations entières. Voir plus bas ou cliquer sur l'image de Darwin à droite.

L’idée est à la fois simple, élégante et un peu vertigineuse : Darwin, figure fondatrice de la biologie de l’évolution, s’adresse à Attenborough, immense passeur du vivant. Entre les deux, un même fil : comprendre la diversité de la vie, mais aussi transmettre l’émerveillement qu’elle suscite. C’est d’ailleurs, à une autre échelle, ce que font aussi beaucoup de lectrices et lecteurs de Jump-To-Science : garder le lien entre la science vivante, les savoirs en construction, et le plaisir de les partager.

Pourquoi ce labo universitaire - le LANE- produit-il une vidéo pour célébrer un homme de télévision ?

Le LANE est un laboratoire assez peu ordinaire. On y croise des biologistes, des bioinformaticiens, des physiciens, des informaticiens, des mathématiciens, mais aussi des artistes 3D. On y étudie des crocodiles, des lézards, des serpents, des tortues, des éléphants, parfois des animaux plus « exotiques » encore — et même, avec humour, un yéti dont l’analyse ADN a fini par suggérer qu’il avait beaucoup d’affinités avec… le cheval (un 1er avril :-) . Une belle manière de rappeler que la rigueur scientifique n’interdit ni le sourire, ni l’imagination, ni les clins d’œil à Tintin.  encourage le lecteur à aller vérifier dans l’article d’origine :  ici

Les recherches du LANE illustrent aussi une biologie profondément multidisciplinaire : les formes du vivant ne s’expliquent pas seulement par les gènes, mais aussi par des contraintes physiques, des forces de compression, des motifs mathématiques, des processus de développement et des modèles numériques. C’est exactement le genre de science que Jump-To-Science aime mettre en avant : exigeante, surprenante, visuelle, et capable de faire dialoguer la biologie, la physique, les mathématiques et l’informatique. Elle est aussi plutôt positive que catastrophiste

Michel Milinkovitch est aussi un excellent communicateur scientifique. Ses nombreuses interventions à la RTS — au point qu’on pourrait presque imaginer un « Milinkovitch Channel » officieux — montrent qu’on peut être un scientifique extrêmement productif et reconnu sans correspondre à la caricature du chercheur à grosses lunettes, enfermé dans son laboratoire et coupé du monde. Ici, la science est sérieuse, mais pas triste ; rigoureuse, mais pas figée ; spécialisée, mais ouverte aux images, aux histoires et à l’émerveillement.

La RTS a souvent donné la parole à Michel Milinkovitch. (ici) JTS en a sélectionné une et la recommande notamment parce qu'elle montre comment fonctionne le LANE, et comment la science vit et pétille. une vidéo à passer un dee ces

• Comment fonctionne le LANE : un labo multidisciplinaire biologie, physique, bio-informatique RTS : Rencontre avec Michel Milinkovitch, un spécialiste de l'évolution
  

Quelques échos déjà présentés dans Jump-To-Science vont dans le sens d'une science vivante, passionnante, drôle-  des qualités qu'on peut introduire en classe, même si ce n'est pas facile avec toutes les  contraintes actuelles.

• Il n’y a pas que les gènes ! … et on ne parle pas seulement d’épigénétique, de transmission sociale, : chez les crocodiles, des forces mécaniques de compression peuvent contraindre le pliage des tissus.
• Parfois un petit changement génétique produit un grand effet sur le phénotype
• La modélisation en sciences : dans la recherche et dans l'école … et Quand un lézard réconcilie la biologie et les mathématiques

Ce détour par Attenborough, Darwin et le LANE rappelle donc une chose essentielle : aimer la nature n’est pas seulement une affaire d’émotion. C’est aussi une invitation à la comprendre — avec des modèles, des images, des expériences, des équations, des génomes, des crocodiles, des lézards… et, parfois, un yéti qui hennit un peu. encourage le lecteur à aller vérifier dans l’article d’origine: ici

Un invité extraordinaire pour célébrer Sir David Attenborough

encourage le lecteur à aller vérifier dans l’article d’origine ici ... mais JTS l'a traduit ( avec l'aide de l'IA)

8 mai 2026 L’histoire du film du LANE célébrant le 100e anniversaire de Sir David Attenborough.

Athanasia Tzika et Michel Milinkovitch codirigent le LANE — le Laboratory of Artificial & Natural Evolution — au Département de génétique et évolution de la Faculté des sciences de l’Université de Genève, en Suisse. Comme des millions de personnes à travers le monde — enfants comme adultes — Athanasia et Michel admirent depuis longtemps les merveilleux programmes sur la nature de David Attenborough.

Pour un futur projet de médiation scientifique expliquant les principes de l’évolution biologique, Fabrice Berger et Michel ont développé un modèle 3D réaliste de Charles Darwin. Alors que le 100e anniversaire de Sir David Attenborough approchait, Athanasia a eu l’idée de faire revenir Darwin — l’un de nos plus grands héros scientifiques — à la vie pour célébrer cette occasion mémorable. Cette idée a rapidement été adoptée par tous les membres du LANE, comme une belle manière de rendre hommage à Sir David Attenborough. Michel s’est donc associé à Fabrice Berger, artiste 3D, et à Gregory Loichot, notre webmaster et monteur vidéo, pour produire un film de 3,5 minutes dans lequel Charles Darwin et le LANE célèbrent l’anniversaire d’Attenborough.

Nous espérons que notre film contribuera à honorer « l’homme qui a aidé le monde à tomber amoureux de la nature ».

Belle journée Attenborough à toutes et tous !

Michel & Athanasia

Transcription de la vidéo (sous.titres en plusieurs langues)

Message de Charles Darwin

Mon cher Sir David Attenborough,

Bien que nous ayons vécu à des siècles différents, je ne peux m’empêcher d’éprouver la plus profonde admiration pour votre travail. En mon temps, je me suis efforcé de montrer comment la diversité et la complexité du vivant émergent par le processus de sélection naturelle. Pourtant, je n’ai pu décrire que des fragments de la nature, recueillis au cours de mes voyages et par correspondance avec d’autres naturalistes.

Vous, en revanche, avez révélé ce même monde vivant à des millions de personnes, et vous avez permis à chacune et chacun, partout, d’être témoin de ces formes infinies, les plus belles, qui ont été — et sont encore — en train d’évoluer. Le plus gratifiant de tout est que vous avez aidé le public à percevoir l’unité du vivant et la longue histoire de ses transformations.

Avec ma sincère gratitude, je vous souhaite un très heureux 100e anniversaire.

Hommage de Michel au nom de l’équipe du LANE

Cher Sir David Attenborough,

Là où Charles Darwin, l’un de nos plus grands héros scientifiques, nous a appris à mieux comprendre le monde vivant, vous avez inspiré des générations à le chérir. Vos programmes et votre merveilleuse narration ont en effet inspiré nombre d’entre nous à devenir scientifiques, naturalistes, ou simplement amoureux de la nature pour la vie. En faisant entrer dans nos foyers des lieux et des créatures extraordinaires, vous avez aidé des millions de personnes à découvrir la beauté et la complexité de la vie sur Terre.

Dans le même temps, votre travail porte un message fondamental : ce magnifique monde naturel mérite notre attention, nos soins et notre engagement urgent.

Nous toutes et tous, au LANE, nous joignons aux millions de personnes à travers le monde pour vous souhaiter un merveilleux anniversaire. Nous vous remercions, du fond du cœur, pour votre œuvre et pour l’héritage que vous nous laissez.

Les membres actuels du LANE remercient David Attenborough et lui souhaitent un joyeux anniversaire.

Charles Darwin clôt la séquence en disant à nouveau : « Joyeux anniversaire »

Références:

• Milinkovitch, M., Caccone, A., & Amato, G. (2004). Molecular phylogenetic analyses indicate extensive morphological convergence between the « yeti » and primates. Molecular Phylogenetics and Evolution, 31(1), 1‑3. https://doi.org/10.1016/j.ympev.2004.01.009