samedi 17 octobre 2009

La science aborde aussi les questions ... truculentes !

La science s'intéresse aussi aux questions irrévérencieuses !
Alors même que leur attitude face à la science reste assez positive dans le temps, on voit les attitudes des élèves fléchir face à l'apprentissage des sciences à l'école entre le primaire et la fin du secondaire. Pour (Venturini, 2007) on n'a donc pas une crise, mais une attitude plus critique des jeunes. A l'école le constat est plus alarmant :
"Ainsi, l'attitude envers les sciences à l'école n'est pas très bonne [...]. L'attitude envers les sciences se détériore au fur et à mesure que l'élève avance dans son cursus scolaire, particulièrement après son entrée dans l'enseignement secondaire, en raison de l’abstraction croissante des contenus. L'enseignement des sciences est alors jugé peu attrayant, difficile, souvent théorique, trop fragmenté et décontextualisé. (Venturini, 2007) p. 133-134
S'il est impensable de renoncer à la rigueur, constitutive de la science, on peut chercher des moyens de montrer le sens, la saveur et le plaisir que peuvent procurer les outils pour comprendre le monde que la science propose. Aborder la science avec humour et légèreté... pourquoi pas : nous allons entrevoir certaines pistes peu conventionnelles. Chacun jugera de l'opportunité de ces approches. Quelques auteurs ont abordé la science avec humour, ou de manière décalée par le biais de ces questions très personnelles et souvent impertinentes que parfois les élèves nous posent !

Pourquoi les manchots n'ont pas froid aux pieds?

New Scientist (2007). Pourquoi les manchots n'ont pas froid aux pieds? : Et 111 autres questions stupides et passionnantes.
"La science sans humour ni controverse est comme un jour sans soleil." New Scientist (2007).
Un ouvrage décidément peu sérieux rassemble de très nombreuses questions et les réponses des lecteurs. Aucune validation des réponses mais pourtant bien du plaisir à les lire ! Un exemple : "Suis-je en train de respirer une des molécules d'air du dernier soupir de Léonard de Vinci*? " A recommander à ceux qui sont curieux, que les questions font sourire et ne sont pas angoissés par l'absence de réponse définitive. La science n'est-elle pas faite d'hypothèses courantes ? C'est du moins ce que pense Desmond Morris (1980) "Sa grande qualité était l'aptitude à goûter l'étrangeté qui marque l'esprit des véritables chercheurs."
Dans l'ouvrage Mais qui mange les guêpes ? qui lui fait suite on trouve aussi de belles questions comme :
  • Pourquoi les vaches ne peuvent-elles pas descendre les escaliers ?
  • Qu'est-ce qui cause le bruit des doigts, ou autres articulations, qui craquent?
  • Pourquoi la morve est verte ?
Certaines réponses figurent plus bas : -)

Les plantes qui puent, qui pètent, qui piquent ?

Dans une veine aussi curieuse et un peu plus impertinente, un ouvrage récent met en scène des plantes dont les adaptation au milieu interagissent avec nous de manière désagréable ou surprenante, suscitant des réactions assez amusantes.
Hignard, L., Pontoppidan, A., & Le Bris, Y. (2008). Les plantes qui puent, qui pètent, qui piquent. Une trentaine de plantes groupées par stratégies pour "se défendre" : mauvaise odeur, sécrétion collante ou baveuse, armes tranchantes, etc.
Par exemple l'ortie qui pique, le pissenlit ou la chelidoine qui saignent, bien illustré et accompagné d'anecdotes (le latex de la chélidoine contre les verrues : un photosensibilisateur, ou la bardane à partir de laquelle le Suisse De Mestral a inventé le Velcro (cfbardanes (Arctium


Fig 1 : un exemple de page de l'ouvrage : Les plantes qui puent, qui pètent, qui piquent.

Cet ouvrage cède délicieusement à la tendance qu'ont les humains à imaginer des intentions (cf Bio-Tremplins du 29 V 09) similaires aux leurs dans les objets, les plantes et les autres animaux : l'anthropomorphisme

"Savez-vous pourquoi il ne faut pas anthropomorphiser les animaux ? "
Réponse : ils n'aiment pas ça ! : -)
Cette question à l'humour assez british est issue d'une émission de la BBC ; The Naked Scientists

Des questions provocantes et des réponses sérieuses...

Un programme de la BBC : The Naked Scientist diffuse régulièrement par podcast une émission scientifique franchement irrévérencieuse, avec un ton très "fun" que Rabelais n'aurait peut-être pas désavoué s'il vivait actuellement. Il fallait oser, ils l'ont fait ! Squid don’t just see with their eyesLes animateurs de cette émission – des scientifiques – parmi des brèves très sérieuses de l'actualité scientifique comme l'immunité contre le cancer ou la vision sur tout le corps des pieuvres n'hésitent pas à aborder aussi avec rigueur ces questions provocantes que les ados aiment bien poser. Des questions issues de leur curiosité, du désarroi suscité envers le monde par leur corps en changement ou simplement pour tenter de désarçonner ces adultes contre lesquels ils se définissent... La langue anglaise de ce site est évidemment un problème, mais on peut s'en inspirer et traduire les plus intéressants.

Ils ont étudié dans "Question of the Week" par exemple :
  • Pourquoi un pigeon hoche la tête en avançant. (vidéo)
  • Si un cycliste plus lourd descend plus vite en roue libre ici
  • Si un jeans retient les bactéries lors de l'émission de flatulences, ici
  • Pourquoi les matières fécales sont de couleur brune malgré une alimentation aux couleurs variées... voir plus bas
  • ...

La science à la maison : Kitchen science

Des expériences à faire à la maison, très simples et amusantes
  • Comment le pop-corn explose ici
  • Comment peser l'atmosphère avec un pèse-personnes ici
  • Comment un oeuf peut tomber sans se casser et comment illustrer l'effet protecteur de l'amnios ou des méninges. ici

Les causes de la désaffectation des sciences ou de leur enseignement

En effet la recherche a montré que si l'image de la science reste positive, (par exemple seulement 8% des jeunes français de 11 à 17 pensent en 2002 que l'utilisation des recherches scientifiques apporte plus de mal que de bien, et ce chiffre est inchangé depuis 1992 (Boy, 2002) in (Venturini, 2007) p. 96 Cependant ceux qui estiment qu'elles apportent plus de bien que de mal ne sont en 2002 plus que 30% contre 40% en 1992). Pourtant 89% des jeunes sont en accord avec l'affirmation que "Les chercheurs travaillent pour le bien de l'humanité" (Postel Vinay, 2002) in (Venturini, 2007) p. 95 L'insatisfaction vis-à-vis de l'enseignement scientifique trouve certainement une partie de ses origines dans la différence entre les sciences attendues par les élèves et celles qui sont enseignées en classe. Les premières sont liées à leur perception des sciences dans la société, utiles, prestigieuses, fascinantes alors que les secondes apparaissent généralement théoriques et décontextualisées, difficiles et ennuyeuses (Osborne et al. 2003, in Venturini, 2007) p.106

... des réponses scientifiques qui pourraient intéresser les jeunes ?

Dans la mesure où le décrochement des jeunes face à la science à l'école se produit durant l'adolescence, c'est peut-être une bonne idée d'aller chercher certains jeunes avec des thèmes qui éveillent leur intérêt. Au fond la science est d'abord une démarche, qui peut tout aussi bien étudier les fluides corporels, les gaz intestinaux et d'autres aspects un peu inconvenants de la physiologie humaine.

Quelques réponses ...

Alors est-ce que je respire une des molécules d'air du dernier soupir de Léonard de Vinci ?

Selon New Scientist (2007) à chaque inspiration, nous ingérons en moyenne cinq des molécules du dernier soupir de léonard .. et tout autant de celui d'autres individus moins recommandables ! Sans doute même quelques-unes que des dinosaures ont respirées !

Pourquoi la morve est verte ?

Selon CJ. van Oss, Département de microbiologie, université de Buffalo, et J.O. Naim, du Rochester General Hospital, New York, dans "Mais qui mange les guêpes ?" Le vert du mucus est dû à la présence d'oxydases et de peroxydases, contenant du fer, utilisées par les granulocytes polynucléaires neutrophiles. Ces globules blancs de courte durée de vie ingèrent avidement toutes sortes de bactéries et les inactivent en les oxydant, ce qui implique les enzymes ci-dessus, contenant du fer. Les déchets du processus (parmi lesquels se trouvent des leucocytes morts, des bactéries digérées et des enzymes) contiennent beaucoup de fer, ce qui leur donne une couleur verdâtre.

Finalement... pourquoi est-elle brune ?

Stercobiline Donc, si les matières fécales sont uniformément brunes, selon The Naked Scientist du 25 juillet 2009 (podcast ici) (texte ici) c'est à cause de la bile, dont la décomposition par les bactéries dans l'intestin produit la stercobilin qui est brune. Selon wikipedia nous produisons 70 à 300 mg de stercobiline par 24 heures. Les antibiotiques peuvent ainsi modifier la couleur des matières fécales en réduisant la flore intestinale et la transformation de bile en stercobiline.

Et pourquoi les gens pètent-ils ? (flatulences)

Voici des extraits d'une Prolune(Protéines à la Une) par Altairac, Séverine. (2009). De l'origine des flatulences
Le rôle du lactose
"Le lait humain est très sucré et contient 7% de lactose tandis que le lait de vache en renferme à peine 5%. [... Bébé, nous le digérons grâce à l'enzyme lactase] lactose ( source wikipedia : article lactose)Pourtant, 70% de la population mondiale voit sa faculté à digérer le lactose progressivement réduire. Généralement ce changement passe inaperçu alors que pour certains, la consommation de produits laitiers prend des allures de cauchemars intestinaux. Douleurs abdominales, ballonnements, flatulences et diarrhées viennent alors hanter la digestion. C’est l’intolérance au lactose. [...] Le lactose est normalement digéré dans l’intestin grêle. Comment ? Les cellules qui tapissent la paroi intestinale portent à leur surface une enzyme, la lactase. Ainsi ancrée sur les cellules, la lactase est directement en contact avec les aliments. Et lorsqu’elle rencontre une molécule de lactose, elle le coupe en deux sucres plus petits – le glucose et le galactose. Le glucose est ‘brûlé’ pour produire de l’énergie tandis que le galactose devient un composant de certains lipides et protéines nécessaires, entre autres, au cerveau."
L'enzyme lactase n'est plus fabriquée chez l'adulte
"Or nous ne fabriquons pas la même quantité de lactase tout au long de notre vie. C’est à la naissance que nous en produisons le plus. Puis dès les premiers mois de vie, son taux commence à décliner pour se stabiliser à son plus faible niveau entre 3 et 5 ans – soit après le sevrage. Que nous continuons ou non à boire du lait, la chute de la lactase est inéluctable dès lors qu’elle est ordonnée et contrôlée au niveau génétique. Cette baisse de la lactase n’est absolument pas un trait propre aux humains ; nous la partageons avec les autres mammifères, du chat au chimpanzé en passant par la baleine et le lion. "
Le lactose n'est pas digéré mais fermenté par des bactéries ...
"Si la lactase déserte progressivement le tube digestif, que devient le lactose de notre verre de lait ? Il glisse jusque au fond de notre intestin grêle, en ressort presque intact, puis poursuit sa descente jusqu’au côlon. Là, nos hôtes les bactéries se chargent d’en venir à bout. Bon nombre d’entre elles contiennent justement de la lactase. Elles vont digérer le lactose mais pas tout à fait de la même manière que les cellules intestinales. Elles travaillent sans oxygène et transforment le lactose en gaz et petits acides gras. C’est le processus de fermentation. Finalement, ces molécules dérivées du sucre sont normalement absorbées par d’autres bactéries. Ces innombrables ouvrières exécutent leur tâche plus ou moins efficacement. Et si les gaz et les acides gras s’accumulent, les symptômes de l’intolérance au lactose peuvent se manifester. Les gaz semblent à l’origine des flatulences et des ballonnements tandis que le passage du lactose le long des intestins est lié à la libération d’eau provoquant la diarrhée. L’intensité des maux digestifs varie d’une personne à l’autre et dépend du sexe, de l’âge mais surtout de la sensibilité intestinale, de la vitesse du transit et de la quantité de lactose ingérée." Fig 2. La fréquence de la tolérance au lactose chez l'adulte : la répartition corrèle bien avec les populations d'éleveurs (source) Les liens avec l'évolution de la persistance du lactose ont été discutés dans (Bio-Tremplins 7 X 08)

La composition des flatulences a été étudiée par des médecins

Il semble que la plupart des gaz fermentés sont issus de ces sucres indigestes qui parviennent ainsi au colon et y sont fermentés par des bactéries. Il en résulte de l'hydrogène, du méthane et des sulfures. L'hydrogènes est le principal, et il est en partie absorbé par le sang puis évacué par la respiration. Je présume que cela peut expliquer certaines haleines... Les liens avec la flore intestinale seraient sans doute intéressants (Bio-Tremplins 5XI08) à explorer En moyenne les gens ont 200ml de gaz intestinal dans l'intestin grêle (plutot que le gros intestin comme on le pensait (Azpiroz, F. 2005) . Selon ce qu'on mange la production est de 200ml/24h et avec des haricots ("200 g baked beans.") entre 476 et 1491 ml (µ=705 ml). L'hydrogène représente en moyenne 361 ml/24 h et le CO2 68 ml/24 h et des quantités irrégulières de méthane (Tomlin, J et al. 1991). L'égalité des sexes est ici une réalité : les hommes et les femmes produisent les mêmes quantités de flatulences.
On ne résoudra ni l'égalité des chances, ni la désaffectation des études en sciences avec ces articles, mais apporter un peu d'humour, voire avec certains publics une touche bien contrôlée de truculence peut contribuer a donner faire évoluer une image austère de la science à laquelle peu de jeunes s'identifient.

Sources

  • Altairac, Séverine. (2009). De l'origine des flatulences. Dossiers Prolune Dossier n°26, mai 2009
  • Azpiroz, F Intestinal gas dynamics: mechanisms and clinical relevance Gut 2005 54: 893-895
  • Hignard, L., Pontoppidan, A., & Le Bris, Y. (2008). Les plantes qui puent, qui pètent, qui piquent: Gulf Stream.
  • Morris, Desmond, 1980, La fête Zoologique, Calmann-Lévy
  • New Scientist. (2007). Pourquoi les manchots n'ont pas froid aux pieds? : Et 111 autres questions stupides et passionnantes (N. Witkowski, Trans.). Paris: Seuil.
  • New Scientist, (2005) Mais qui mange les guêpes ? Et 100 autres questions idiotes et passionnantes (N. Witkowski, Trans.). Paris: Seuil.
  • Science News The Naked Scientists: Science Radio & Science Podcasts
  • Tomlin, J., Lowis, C., & Read, N. W. (1991). Investigation of normal flatus production in healthy volunteers. Gut, 32(6), 665-669.
  • Venturini, P. (2007). L’envie d’apprendre les sciences : motivation, attitudes,rapport aux savoirs. Paris: Fabert.
  • Wikipedia : article Stercobiline consulté le 10 sept. 09
  • Wikipedia : article lactose consulté le 17 X 09

jeudi 8 octobre 2009

Conférence Craig Venter et expo Génome

A) Mardi 13 à 18h30 Craig Venter ... qu'on l'apprécie ou non, c'est une conférence à ne pas manquer
B) L'expo Génome - Voyage au coeur du vivant s'ouvre la semaine prochaine 13 octobre
A) Pour la conférence de Craig Venter, comme il risque d'y avoir beaucoup de monde... venez assez tôt ! En général les deux salles sont pleines ! Ou si vous ne pouvez pas, regardez-la par internet ici dès après la conférence : un lien y figurera

Grande conférence Génomique - De la lecture à l'écriture du code par Craig Venter, biologiste et président du J. Craig Venter Institute Mardi 13 octobre, 18h30, Uni Dufour

J. Craig Venter est l’un des pionniers du séquençage génomique. La conférence qu’il donnera à l’Université de Genève partira de l’époque où son laboratoire identifia les premiers gènes humains, en utilisant des méthodes inédites, pour en arriver au séquençage de l’intégralité du génome. Il parlera ensuite de comment son équipe est parvenue à mobiliser ces nouvelles méthodes et technologies pour la récolte à large échelle d’échantillons biologiques dans les océans, lors de l’expédition Sorcerer II. Des découvertes qui les amenèrent jusqu’aux nouvelles frontières de la génomique de synthèse. Le Dr Venter conclura par l’évocation de la récente tentative de création de la première cellule artificielle et de ses implications pour le développement de nouveaux biocarburants et vaccins.

Conférence donnée en anglais, avec traduction simultanée en français

http://www.unige.ch/450/conferences/grandesconferences-1/venter.html


B) une expo sur l'ile Rousseau avec des spécialistes les samedis, des visites guidées sur rendez-vous et aussi des flyers(brochures) avec des questions provocantes (...saviez-vous que l'ADN de tout le corps humain fait 0.5kg et mesure 160milliards de km ?)

Exposition Génome - Voyage au coeur du vivant du 13 octobre 2009 au 10 janvier 2010 du mardi au dimanche de 10h à 19h Ile Rousseau

Une plongée au coeur de la cellule, pour s’immerger dans l’infiniment petit et vivre une expérience sensorielle et surprenante. Première exposition du genre, Génome - Voyage au coeur du vivant célèbre la fascinante complexité et l’immensité du génome. En exclusivité mondiale, l’intégralité du génome humain défilera en direct sur un journal lumineux de 40 m de long! http://www.unige.ch/genome
Du 13 octobre 2009 au 10 janvier 2010 - Ile Rousseau, Genève - Tous les jours sauf le lundi, de 10h à 19h
Renseignements: 022 379 72 27 genome@unige.ch

  • Jeune public
  • Visites guidées
  • Slogans de la campagne d'affichage
  • Photos
  • Films d'animation scientifique


    Des spécialistes de l'UNIGE sont présents pour répondre à vos questions: les samedis de 14h30 à 16h
    • Gènes et microbes: la matière noire du vivant Prof. Dominique Belin - 31 octobre
    • Vers une médecine régénérative pour le diabète Prof. Pedro Herrera - 7 novembre
    • L'origine des humains au coeur de leurs gènes Prof. Alicia Sanchez-Mazas - 14 novembre
    • Des odeurs et des comportements: une histoire de gènes Prof. Ivan Rodriguez - 21 novembre
    • Sexe et gènes! Serge Nef - 28 novembre
    • Les hormones nous contrôlent à travers nos gènes Prof. Didier Picard - 5 décembre
    • L’importance de la génomique dans le développement des bioénergies Prof. Jean-David Rochaix - 12 décembre
    • Le génome médical Prof. Stylianos Antonarakis - 19 décembre

    Visites privées

    N'hésitez pas à nous contacter si vous souhaitez organiser une visite guidée pour un petit groupe: genome@unige.ch / 022 379 72 27

    Retrouvez Génome - Voyage au coeur du vivant sur facebook: http://www.facebook.com/pages/Geneva-Switzerland/Genome-voyage-au-coeur-du-vivant/122744818048?ref=ts

    Selon Sophie Hulo il vaut la peine d'y aller en classe avec les visites organisées car : Il s'agit d'une exposition unique en son genre qui explique de manière très didactique les principes et avancées en génétique. Celle-ci comprend entre autre une double hélice géante et interactive qui permet de comprendre l'organisation, la composition et le mécanisme de réplication de l'ADN. Ils pourront également réaliser quelques manips pour comprendre par l'expérimentation quelques notions abordées dans l'expo (ex: Le génome est composé de différentes parties: gènes, régions conservées, non conservées.../ l'immensité du génome / la biodiversité ...) Ces manips auront comme prétexte une enquête intitulée "Sur les traces du loup". Partant d'une situation réelle de moutons retrouvés morts dans les montagnes valaisannes. Les jeunes vont devoir faire des analyses pour trouver l'espèce ou les espèces potentiellement responsables de ces agressions. Finalement, dernier point très important, la visite se fera en présence d'un-e généticien-ne. les collégiens pourront donc avoir accès à un professionnel et leur poser toutes les questions théoriques, techniques, éthiques et pourquoi pas d'orientation professionelle qui les taraudent. Bon il ne faut pas tout dévoiler non plus, ....

  • Update : liens mis à jour
  • mardi 6 octobre 2009

    L'idée qu'un gène soit bon ou mauvais est ... inadaptée ?

    Alors que les progrès de la génomique révèlent de plus en plus de gènes associés à une maladie, chaque publication de "la découverte du gène de ..." engendre ou renforce l'idée qu'il y a des bons et des mauvais gènes.

    La maladie qui sauve la vie ?

    Figure A shows normal red blood cells flowing freely in a blood vessel. The inset image shows a cross-section of a normal red blood cell with normal hemoglobin. Figure B shows abnormal, sickled red blood cells clumping and blocking blood flow in a blood vessel. (Other cells also may play a role in this clumping process.) The inset image shows a cross-section of a sickle cell with abnormal hemoglobin.Chacun connait l'exemple de l'anémie falciforme (Drépanocytose pour les érudits) qui provient d'une mutation du gène pour l'hémoglobine bêta (HBB) sur le chromosome 11. Pour les homozygotes - en cas d'oxygène sanguin réduit - l'hémoglobine peut polymériser, former de longues aiguille et déformer les globule rouges, qui obstruent alors les vaisseaux, causent des douleurs et des dégâts aux organes. [image animée ]
    Mais elle protège de la malaria les porteurs sains (les hétérozygotes) et les malades.
    Figure 1 : les globules SS sont plus rigides et obstruent plus facilement les capillaires. source Diseases and Conditions Index (DCI)
    On voit que la question de savoir si l'allèle S (Sickle) est bon ou mauvais dépend du milieu : au Congo où la malaria sévit c'est au total un très fort avantage, en Scandinavie c'est seulement un allèle très défavorable. Et effectivement on trouve l'allèle S très abondamment chez les habitants des régions tropicales qui ont été infestées de la malaria depuis longtemps et presque jamais ailleurs.
    répartition géographique de l'anémie falciforme
    Figure 2 : La répartition de l'anémie falciforme ressemble bien à celle du paludisme. Source Touzet Hélène.
     Bien que la maladie soit qualifiée d'"autosomiale récessive", je militerais pour parler dans le contexte éducatif de codominance avec un 3ème phénotype : résistant-à-la-malaria-mais-pas-anémique. Pour éviter d'implanter ou de renforcer une conception qui fera obstacle lors de l'étude de l'évolution.

    La surdité qui aide à cicatriser ?

    Un enfant sur 1000 est atteint de surdité congénitale. Selon une news de Nature (Abbott, Alison. 2006) intranet.pdf, l'équipe de David Kelsell a montré que le gène responsable de certaines des surdités congénitales (implicant CX26) a aussi un effet très favorable : cet allèle permet une cicatrisation nettement meilleure même chez les hétérozygotes. La peau est aussi plus épaisse. Mais dans l'oreille interne des différentes structures défectueuses rendent sourd. La protéine est une connexine qui relie les cellules par les gap junction.
    Helping hand: the deafness gene may encourage wound healing and fight infection.Fig 3 : Un des gènes de la surdité pourrait favoriser la cicatrisation et combattre les infections. Source Nature [img]© Punchstock
    • La protéine chez Uniprot : Cx26
    • La structure 3-d de la protéine @ pdb : 2ZW3
    • La maladie @OMIM surdité congénitale : 220290
    Là aussi parler de "maladie autosomique récessive" induit l'idée que cet allèle est simplement mauvais. Alors que si on envisage un 3ème phénotype "supercicatrisant", l'allèle perd son caractère purement négatif.
    Cela peut entraver la compréhension de la sélection naturelle : que l'évolution agit en sélectionnant parmi les variantes existantes celles devenues favorables dans un environnement qui change.

    Picture of prion proteinLe prion de la vache folle servirait à affiner l'odorat !

    Dans une news de Science Zelkowitz, Rachel. (2008) ici rapporte que des chercheurs ont trouvé un rôle dans l'olfaction pour la tristement célèbre protéine (PrPc) la forme normale du prion qui donne la maladie de la vache folle lorsqu'elle se déforme et polymérise de manière contagieuse. Ils ont observé qu'elle est exprimée fortement dans le système olfactif des souris. Pour en comprendre le rôle, ils ont produit des souris privées de ce gène-là.
    Figure 4 : Le Prion normal PrPc est fortement exprimé dans les tissus olfactifs : Credit: Claire Le Pichon and Matt Valley source.


    Elles trouvaient des fragments de biscuits au beurre de cacahouète cachés dans leur litière 3 fois plus lentement que des souris normales. L'odorat semblait perdre de son acuité sans être supprimé. C'est la première piste sur le rôle de cette protéine dont on ne connaissant d'effet que dans la maladie. Utile ou malfaisant ? difficile de trancher

    La trisomie 21 protège du cancer ?

    Selon une news de ScienceNOW (Miller,Greg. 2009 archive : ici) on savait depuis pas mal de temps que les personnes atteintes du syndrome de Down (=trisomie du 21) ont beaucoup moins de cancer. Evidemment on cherche à trouver si on peut bénéficier de cet effet protection sans les autres effets de la trisomie. Sandra Ryeom et son équipe ont identifié la protéine DSCR1 qui ralentit l'angiogénèse (la croissance des vaisseaux sanguins). Sans vaisseaux sanguins pour se développer la tumeur ne peut guère croître. Les auteurs pensent qu'on pourrait un jour produire à partir de cela un anticancéreux préventif : une peu comme les vitamines contre la grippe.
    Figure 5 : Les personnes atteintes du syndrome de Down sont bien moins atteintes par le cancer.
    Là encore DSCR ... un gène qui n'a pas que des inconvénients...

    mutation hiv et malariaLa mutation africaine qui protège de la malaria rend vulnérable au VIH/ SIDA ?

    Encore dans une news de Nature, Ledford,Heidi. (2008). parle d'une mutation fréquente en Afrique qui protège de la malaria mais rend plus vulnérable au VIH. La mutation engendre la perte de la protéine DARC (Duffy antigen/chemokine receptor), un récepteur qu'on trouve a la surface des globules rouges. On sait qu'elle est utilisée par les parasites Plasmodium vivax et Plasmodium knowlesi pour pénétrer dans les globules rouges. la plupart des Africains portent une mutation près du gène pour DARC qui en prévient l'expression. Mais pour les chercheurs He, W. et al. (2008). ceux qui ont cet allèle survivent en moyenne 2 ans de moins au SIDA, ont 40% de chances d'être infectés par le SIDA et cette mutation pourait être la cause de 10% des infections au SIDA en Afrique.
    Figure 6 : une mutation qui protège de la malaria rend plus vulnérable au VIH.

    Portrait de Charles Darwin par George Richmond à la fin des années 1830.L'intolérance au lactose de Darwin !

    Dans la publication Prolune de Swissport / ISB à l'Unige Altairac, Séverine. (2009) montre que probablement Darwin aurait été intolérant au lait !
    • La protéine @ Uniprot : Lactase, Homo sapiens (humain): P09848
    A son retour du tour du monde "La consommation à nouveau régulière de produits laitiers expliquerait les troubles qui le dévastaient. Des crises de vomissements, des flatulences, des maux de têtes, des palpitations cardiaques, des douleurs articulaires et des tremblements le faisaient souffrir mais également une fatigue chronique et une dépression."
    Fig 7 : Portrait de Charles Darwin par George Richmond à la fin des années 1830. (source ; Prolune)
    "Les adultes continuant à produire la lactase – résultat de changements génétiques observés en Europe du Nord – digèrent certes bien le lactose, mais sont aussi plus sensibles à une intolérance passagère en cas de stress ou lors d’une infection intestinale.Etait-ce le cas de Darwin ? Portait-il ces variations génétiques ? Seul un test ADN pourrait nous le révéler, encore faudrait-il parvenir à mettre la main sur un de ses cheveux ou un fragment de sa peau…"

    La question de l'évolution de la tolérance au Lactose a été traitées dans une Bio-Tremplins de mai 2008.
    Campbell, A., et al (2005) dans Darwin's illness revealed proposent même qu'il a en fait passé a coté d'une belle opportunité d'illustrer l'évolution : Cet allèle semble bien donner un avantage sélectif auprès de peuples d'éleveurs, tout en étant défavorable en cas de stress.

    La mucoviscidose est si fréquente qu'elle doit bien avoir un avantage, non ?

    Le gène de la mucoviscidose : CFTR (cystic fibrosis transmembrane conductance regulator) a été identifié sur le chromosome 7 en 1989 – il y a juste 20 ans – (bilan de ces 20 ans: Couzin-Frankel, J. (2009))on a alors pensé que cela permettrait une meilleure compréhension et que la thérapie génique serait bientôt une solution pour ces gens. Ce n'est toujours pas le cas, mais avec d'autres progrès leur espérance de vie a gagné 10 ans pour atteindre 37 ans.
    All grown up. Danny Bessette, a 24-year-old with CF, was 4 years old when he appeared on the cover of Science announcing the discovery of the CF gene.
    Fig 8 : Il y a 20 ans cet enfant de 4 ans posait dans le numéro de Science où la séquence du gène CFTR était publiée. [img] CREDIT: STEVE BARRETT
    La fréquence élevée de la mucoviscidose dans la population reste un mystère. De nombreuses hypothèses ont été avancées : par exemple un lien avec la persistance de la lactase (Modiano, 2006)Intranet.pdf, ou plus récemment avec les maladies diarhéiques.
    Fig 9 : Pour certains la mucovscidose est en quelque sorte l'inverse de la diarrhée.© SPL

    Son effet épaississant – qui semble opposé aux diarrhées – a été avancé (news rapportée par Powell, Kendall. 2003) récemment comme un facteur de protection contre le Typhus. En effet la bactérie du Typhus utilise la protéine CFTR pour entrer dans les cellules de souris et celles qui n'ont pas de CFTR n'attrapent pas le choléra. Comme l'équipe de Jorde le suggère, le typhus a causé pas mal de morts et si les hétérozygotes sont protégés cela a du être un avantage sélectif énorme.
    Même si l'argument de l'opposition diarrhée- mucoviscidose parait léger, la science regorge de cas où une piste qui paraissait simpliste s'est avérée féconde.... Mais on en trouve encore plus qui se sont révélées effectivement simplistes. Attendons donc pour voir si l'allèle n'est que négatif...

    L'hyperactivité : favorable dans l'environnement du paléolithique ?

    Plus insolite encore, l'hypothèse de certains (Bereiter, C. 2006), selon laquelle ce qu'on appelle hyperactivité aurait pu être très avantageux dans un groupe de chasseurs-cueilleurs : alors que certains sont très concentrés à la tâche, que d'autres soient perpétuellement en éveil, sensibles a tout stimulus de danger ou d'opportunité imprévue pourrait constituer un réel avantage pour le groupe.
    Dans un tout autre contexte l'environnement scolaire, ce sont des caractéristiques peu adaptées...

    Un gène une fonction ....une bonne idée qui gêne la compréhension ?

    L'idée qu'à un gène corresponde une fonction remonte à Beadle & Tatum et reste un de concepts centraux de la biologie actuelle. Elle est un des piliers de ce qu'on appelle souvent le "dogme fondamental de la biologie"
    En 1941 George Beadle et Edward Tatum publient une expérience démontrant le lien fondamental entre un gène et une enzyme. Jusqu'alors le gène était perçu comme une entité abstraite, on ne cherchait pas à en trouver le support matériel. Ignorée par une grande partie de la génétique de l'époque, prestigieuse et formelle, cette expérience stimule la recherche des bases biochimiques de l'hérédité.
    Bien que très féconde dans un premier temps pour comprendre la génétique et le fonctionnement cellulaire, elle peut devenir un obstacle pour comprendre l'évolution.

    Une idée dépassée depuis 150 ans qui a pourtant la vie dure ...

    L'idée qu'un gène fait correctement ou non sa fonction et celle qu'un défaut de cette fonction ne peut être qu'une maladie, mène facilement à l'idée qu'un gène soit intrinsèquement bon ou mauvais... Nous avons vu ici que c'est souvent plus complexe que cela.

    Cette vision binaire "bon-mauvais" est d'une certaine manière un retour de 150 ans en arrière, c'est oublier que la valeur d'un phénotype n'a de sens que par rapport à un environnement donné. C'est oublier Darwin et des milliers de recherches qui ont montré que c'est l'environnement qui détermine si une caractéristique génétique est adaptée ou non. Dans le contexte médical, forcément centré sur la maladie on voit évidemment cet allèle comme défavorable, mais bien souvent c'est aussi un avantage adaptatif. Ce qui ne veut pas dire qu'il ne faudrait pas soigner ceux qui sont défavorables dans notre environnement actuel !

    Il n'y a probablement pas de bon ou mauvais gène, juste des gènes plus ou moins adaptés à un environnement ou à un autre.C'est selon le milieu.

    Peut-être que comme pour les gens, il faut accepter la différence comme une richesse, affronter le fait que rien n'est simplement noir ou blanc ?

    Liens et sources :

    Mise à jour le 8 avril 20  : corrigé des liens qui ont changé

    samedi 26 septembre 2009

    Les Ptérosaures décollaient-ils a 4 pattes ?

    L'atterrissage d'un Pterosaure fossilisé ?

    Selon Torrice, Michael. (2009). ici dans Science NOW Daily, des traces de pas fossilisées découvertes récemment garderaient la trace de l'atterrissage d'un ptérosaure : 4 empreintes parallèles 2 à 2 et plus fortes suivies d'empreintes de pas alternées de l'animal marchant dans un sol meuble.

    Picture of pterosaur prints
    Fig 1 : Padin pense qu'un pterosaure a aterri ici et laissé ces quatre traces (1-4) puis a continué à marcher sur cette plage surnommée "Pterosaur Beach." [img] Source Kevin Padian (tracks); Jean-Michel Mazin (illustration). in Torrice, Michael. (2009). A Pterosaur Comes In for a Landing ScienceNOW

    Les ptérosaures : une taille défiant à l'imagination...

    Les Ptérosaures ont vécu de 220 million à 65 millions d'années, et avaient une taille depuis celle d'un moineau jusqu'à celle d'un petit avion ou un deltaplane, notamment les Ptérodactyles (Cf. fig 2) .

    intranet.jpg
    Figure 2 :Source : Gould, S. J. (1993). Le livre de la vie. Paris: Seuil.p. 171

    Ce animaux ont stimulé l'imagination comme peu, même parmi les dinosaures !
    Dans les petites nouvelles de Science AAAS(2009) ici, on apprend que certains de ces animaux (Quetzalcoatlus) étaient de la taille d'une jeune girafe et pesaient 70kg soit beaucoup plus que les oiseaux actuels. et que des traces fossilisées indiquaient que ces animaux marchaient à quatre pattes, posant les mains qu'ils ont dans leurs ailes au sol.

    Quetzalcoatlus
    Fig 3 : Quetzalcoatlus était aussi grand qu'une jeune girafe. [img ] CREDIT: MARK WITTON

    Comment marchaient-ils ?

    On avait d'abord pensé qu'ils rampaient - une idée logique pour des reptiles – puis avec de nouvelles données - et l'exemple des oiseaux peut-être - on a imaginé qu'ils marchaient sur 2 pattes; actuellement on pense plutôt qu'ils marchaient sur 4 pattes
    Un site de chercheurs sur les ptérosaures pterosaur.net a un article de Mark Witton qui fait le point sur la manière dont au cours des années on a envisagé question :


    Theories of terrestrial locomotion in pterosaurs. A, the belly-dragging Pteranodon of championed in the 1970s; B, a bipedal Dimorphodon of the early 1980s; C, semi-erect Pteranodon proposed in 1990; D, a sprawling Anhanguera the late 1980s and early 1990s. Note that the wing membrane configurations reflect the views of the respective authors at the time of their publications and not current thinking of pterosaur wing membrane distributions.
    Fig 4 Comment on a imaginé le déplacement de ces étranges animaux ... un Ptéranodon dessiné rampant dans les années 70, un Dimorphodon dessiné bipède dans les années 1980 et un Pteranodon semi-dressé dans les années 90; enfin Anhanguera dans les années 1980 et 1990. source pterosaur.net

    Ils ont aussi une très belle collection d'images de fossiles de ces étranges animaux.


    L'erreur de les imaginer comme des oiseaux...

    Si on arrive à peu près à imaginer qu'ils planaient, un peu comme nos deltas profitant des courants ascendants, (cf fig 3) pendant on longtemps on s'est interrogé sur la manière dont ces animaux pouvaient décoller. Quand on voit la difficulté d'un albatros au sol, on imagine mal les ailes immenses de ces ptérosaures battant lamentablement le sol pour tenter de décoller ...
    J'ai entendu certains parler de décollage de falaises pour ces animaux, mais le deltiste que je suis n'a pas été convaincu.
    Se reposer au sommet n'est possible que dans des conditions de vent favorables et rares. Et ils n'avaient pas les téléphériques et car postaux pour les remonter...


    "On a essayé de les interpréter avec comme référence le modèle des oiseaux" qui décollent sur leurs 2 pattes ne battant des ailes, dit le paléontologue David Unwin de l' University of Leicester, U.K.

    Comment décollaient-ils ?

    Depuis quelques temps des voix s'élèvent pour suggérer que ces organismes décollaient en courant à 4 pattes comme le font certaines chauve-souris actuelles.
    Qu'ils aient pu voler e profitant des ascendants est assez bien établi
    Livre on-line
    Fig 5 :Les pterosaures profitaient des différentes formes de courants ascendants pour voler avec moins d'effort. Source ; Chatterjee, et al. (2004)

    Michael Habib du Johns Hopkins University in Baltimore, Maryland, avait fait des calculs montant qu'un tel décollage quadrupède est plausible. Sur la base de la solidité des os qui révèle la force que les muscles exercent et les charges supportées – et en comparant avec 20 espères d'oiseaux - il conclut que les membres avants très robustes des Ptérosaures ne s'expliquaient pas par le vol seulement mais par une démarche quadrupède et rendaient possible une course d'envol très dynamique.
    James Cunningham, un ingénieur spécialiste des mécanismes de vol chez les vertébrés à Collierville, Tennessee pensait déjà que le décollage quadrupède est plausible car ces oiseaux n'ont pas assez de muscles des épaules pour décoller en vol battu après un saut des pattes arrière comme les oiseaux.

    Unwin dit que cela permet de prédire comment devraient être les traces de décollage des ptérosaures et donc de vérifier la théorie. Les traces d'atterrissage récemment trouvées vérifient partiellement ces prédictions.

    Pterosaur Beach ?

    Kevin Padian de l' University of California, Berkeley, et son équipe ont trouvé un indice majeur sur un site entre Bordeaux et Toulouse surnommé "Pterosaur Beach." Ils ont publié dans Proceedings of the Royal Society B.
    Au Jurassique, il y a 150 million years ago, c'était un lagon avec des marées légères qui ne devaient guère troubler le sable de la plage. juste ce qu'il faut pour préserver les traces de pas... Parmi de nombreuses traces de Prtérosaures, 4 traces ont attiré leur atention : au lieu d'être alternées, elles étaient cote à côte et les traces des orteils étaient bien plus longues comme si elles avaient glissé dans le sable. Pour les auteurs, cela suggère un atterrissage avec les 2 pattes arrière touchant le sol en même temps et glissant un peu puis les 2 pattes avant. Ensuite l'animal semble s'en être allé en marchant normalement. "C'est un instant du jurassique qui nous est ainsi révélé", dit Padian
    Ce seraient donc le signe d'une excellente maîtrise du vol, que de terminer par un décrochage au raz du sol et pratiquement plus de vitesse.


    Figure 6 : Certains ptérosaures étaient d'immenses animaux volants. Source [img] Farabee, Michael J. (2006) biobooks On-Line Biology Book

    David Unwin un paléontologue de l'University of Leicester in the U.K. dit qu'il aimerait bien le croire mais qu'on ne peut pas encore éliminer l'hypothèse que ce soit des traces de nage au moment ou l'animal arrive à la rive et prend pied sur la tere plus ferme. Padian rétorque que les tracees seraient alors bien plus floues.


    Et en français ?

    • L'information a percolé jusque dans la vulgarisation scientifique : Science et Vie Octobre 2009 p. 20 Extraits intranet.pdf


    Ils ne manquaient pas d'air...

    Picture of Pterosaur
    Fig 8 : [img] Les sacs aériens sous la peau de Anhanguera santanae's pourraient l'avoir aidé à voler. Credit: Mark Witton

    Récemment Fields, Helen.(ici ) rapporte dans ScienceNOW qu'une étude dans PLoS One a révélé combien leur squelette et en particulier leur cage thoracique était compatible avec le vol . Ces animaux disposaient de sacs aériens dans leurs os et d'une cage thoracique qui se soulevait pour ventiler des poumons bien plus efficace que ceux que nous imginions par analogie avec les reptilees . "Quand nous pensons aux reptiles, nous les imaginons rampant sur le sol, plutôt lentement " dit le paleontologue David Unwin de l' University of Leicester UK. "Si on place des ailes sur un lézard ou un crocodile, ils seraient très vite a court d'énergie" car le vol battu est un effort énorme. Les oiseaux maintiennent un afflux d'oxygène suffisant avec leur système de sacs aériens qui permettent un flux à contre-courant du sang beaucoup plus efficace que notre respiration en "sac". Mais il faut se méfier des analogies anatomiques de fossiles avec les animaux actuels dit Jaap Hillenius, un morphologiste functionel au College of Charleston in South Carolina. Il reste sceptique tant qu'on n'en a pas trouvé de vivant. Et ça ne risque pas d'arriver de si tôt !
    Tout de même cela fait un indice de plus dans ce sens-là.


    Un chaînon manquant de moins ?

    La période est décidément faste pour les ptérosaures - ou en tous cas ceux pour qui s'y intéressent.

    Dans une nouvelle de Science ici Berardelli, Phil. (2009) décrit la découverte d'un ptérosaure au nom de Darwinopterus, de la taille d'un corbeau et vieux de 220 millions d'années. On avait jusque-là 2 groupes de ptérosaures sans intermédiaires. Les uns - plus anciens - équipés d'une longue queue et un crane court et des mains aux doigts courts, ressemblaient un peu à des faisans, dit-il. Les plus récents étaient équipés de queues courtes, de longs doigts et de crânes longs.

    Darwinopterus, qui est d'environ 160 million d'années, constitue "un intermédiaire parfait entre les 2 groupes, selon le paleontologue Stephen Brusatte du American Museum of Natural History in New York City qui est impliqué dans la découverte.
    Picture of <i>Darwinopterus</i>

    Fig 10 Un intermédiaire entre 2 groupes de ptérosaures. le crâne de Darwinopterus (encadré) est plus avancé que le reste du corps Credit: Mark Witton, University of Portsmouth; (encadré) Lü Junchang.

    Un test de souplesse mentale ?

    Décidément l'évolution met à rude épreuve notre souplesse mentale...

    Ce que nous savions change, et il faut imaginer si et comment l'enseigner !
    Notre capacité à imaginer du nouveau est forcément appuyée sur nos connaissances, qui permettent de comprendre, mais qui peuvent aussi brider l'acceptation des idées très nouvelles car elles remettent en question ces connaissances.
    Une connaissance vraiment nouvelle est peu comme un coup de scie dans la branche sur laquelle notre savoir est assis.
    Enfin la difficulté à ne pas appliquer la tendance profonde des humains à interpréter comme des intentions cette l'évolution. Difficile de ne pas y projeter de finalité...
    Pourquoi des animaux si admirables ont-ils disparu ?

    Références

    vendredi 25 septembre 2009

    Des papillons de nuit brouillent le sonar des chauves-souris

    Plus qu'un papillon furtif, plus qu'un signal de mauvais goût, ce papillon de nuit brouille le sonar des chauve-souris.

    Des chercheurs ont pu mettre en évidence comment un gros papillon de nuit américain échappe à une chauve-souris : l'insecte émet un ultrason très fort qui varie comme une sirène et lui permet d'échapper presque à chaque fois au prédateur.

    Picture of tiger moth

    Figure 1 : Une chauve souris (Brown bat) capture un papilon de nuit rendu silencieux accroché à un fil. Le papillon de nuit Bertholdia trigona (encadré) émet des click ultrasonores qui brouillent le sonar de la chauve-souris Credit: Photo Nickolay Hristov;

    Price, Michael. (2009) dans les News de Science (Moths Block Bats' Sonar) rapporte comment les chercheurs on pu mette en évidence ce mécanisme de brouillage

    Le sonar des chauve-souris rendu audible

    Les chercheurs menés par Conner (Aaron et al. 2009 ici ) ont attaché des papillons de nuit à des fils extrêmement fin ( indétectable au sonar) et ont enregistré avec une caméra infrarouge et en audio ce qui s'est passé.
    On sait que les chauve-souris explorent leur environnement avec un sonar : elles émettent des "ping" ultrasonores réguliers, les "ping" s'accélèrent quand elles repèrent une proie, et encore plus quand elles ciblent et attrapent finalement la proie. L'extrait ici le fait bien entendre. Ces extraits sont des enregistrement des ultrasons rendus audibles et ralentis de 15 fois.
    L'enregistrement révèle des brouillages intenses et le papillon en réchappe souvent : écoutez ici. On entend bien comment la chauve-souris une fois que l'insecte brouille son sonar reprend des sons plus lents et l'image montre qu'il ne parvient pas à attraper le papillon.

    Une partie de cache-cache évolutive ?

    Les chauves-souris localisent leurs proies avec un sonar, et peuvent ainsi chasser de nuit sans la concurrence des oiseaux qui occupent la plupart des niches écologiques de jour et y laissent donc peu de place aux mammifères.
    Mais les papillons qui avaient des particularités les protégeant (comme des poils qui absorbent les ultrasons) on eu bien plus de descendants : ils ont ainsi évolué pour être velus, mais aussi pour détecter les ultrasons et fuir ou se laisser tomber irrégulièrement quand ils entendent des ultrasons. Cf Gould, J., et al (1994) intranet.jpg
    Un très bon review de la quesiton est ici Waters, D. A. (2003)

    Et même – cette recherche recentre le montre – pour produire des ultrasons qui brouillent le sonar et permettent à certains comme Bertholdia trigona d'échapper souvent à leur prédateur. Ceux-ci ont des organes spéciaux (cf fig 3 ) qui produisent des ultrasons, situés sous l'abdomen et produisent un bruit un peu comme une cannette de soda qu'on plie et qui se redresse.

    On connaissait ces papillons de nuit qui font des bruits "click" parfois par mimétisme (pour imiter des espèces toxiques ou désagréables comme les syrphes imitent visuellement les guêpes)
    Mais celui-ci B. trigona émet un bruit d'un ordre de grandeur plus élevé qui devient audible si on l'approche de l'oreille "zzt-zzt-zzt". Les chercheurs ont pensé que ce bruit pourrait surprendre les chauve-souris, mais dans ce cas devrait voir la chauve-souris s'y habituer et les capturer à la longue. Enfin on pourrait penser que c'est un signal avertissant de la toxicité comme les couleurs des guêpes.

    Le mécanisme de brouillage mis en évidence

    Dans le cas étudié, la chauve-souris essaye dès la première fois (ce qui élimine l'hypothèse de la surprise), persévère plusieurs jours de suite (ce qui élimine l'hypothèse du signal de goût désagréable).
    Elles réessayent plusieurs fois par nuit , en général sans succès et finissent par abandonner ce qui rend l'hypothèse du brouillage la plus plausible.
    Les chercheurs ont alors éliminé les organes sonores (cf fig 2) et observé que la chauve-souris réussissait bien mieux (400%) à attraper sa proie rendue silencieuse.

    Fig 3 : Ces organes sonores sont situés sous l'abdomen des papillons de nuit et produisent un bruit un peu comme une cannette de soda qu'on plie et qui se redresse, mais 4500 fois par seconde. [img] Figure complète ici Source (Skals & Surlykke 1997à gauche et Aaron et al 2009 à droite)

    Pour les auteurs les clicks sont perçus par les chauve-souris comme des échos multiples, des images acoustiques multiples qui empêchent de situer les proies. "multiple acoustic images in space," which "throws off the ranging software in the brain of the bat."

    D'autres papillons émettent des sons audibles.

    Peut-être avez-vous été comme moi un jour surpris par le très grand sphinx tête de mort (Acherontia atropos) le plus lourd des papillons de chez nous avec 1.5g. Si on le dérange il produit une sorte de puissant couinement. Comme sa chenille se nourrit de solanacées généralement toxiques, j'imagine que ce bruit avertit de son goût désagréable voire toxique, en plus de surprendre. En tous cas il a la réputation d'être un mauvais augure.
    Sphinx_t%C3%AAte_de_mort

    Figure 4 : Acherontia atropos a la réputation d'être de mauvaise augure, avec la tête de mort qui orne son thorax... (Source wikipédia)

    Vulgarisé en français ?

    On voit régulièrement comment l'information percole -et se dégrade- depuis des revues dites primaires (Science, Nature) vers des ouvrage de vulgarisation souvent plus attractifs pour les élèves mais tellement frustrants ; Excellent pour susciter l'envie de savoir mais pauvres en solide information : on reste sur sa faim.
    Les Bio-Tremplins essayent de faciliter le travail de dé-vulgarisation, de rendre plus accessible la littérature d'origine. Celle qui est complexe, mais qui contient l'information complète. Et peut-être de donner le gout de cette démarche de lecture critique...
    Dans le cas particulier Science et Vie a fait un article de quelques lignes sur le sujet.
    • Réry, L. (2009). Ce papillon brouille le sonar des chauve-souris, Science et Vie Octobre 09 p, 21 extraits intranet.pdf

    Sources :

    Sons et vidéos

    vendredi 18 septembre 2009

    Evolution, conférence et cours de formation continue

    L'évolution n'est pas un sujet facile à enseigner...

    • Une conférence mardi 29 avec des spécialistes du domaine : Prof Michel Milinkovitch et Prof Alex Mauron
    • Une formation continue en novembre avec des spécialistes (Prof. Michel Milinkovitch et Prof. Ivan Rodriguez,) qui acceptent de discuter comment appliquer en classe les nouvelles preuves de l'évolution.


    PO 422 - Les nouvelles preuves de l'évolution : y accéder en classe !

    Vous pouvez encore vous inscrire online

    L'évolution sous-tend toute la biologie. Comment accéder aux nouvelles preuves de l'évolution disponibles dans plusieurs domaines de la biologie, comment mettre en évidence et faire découvrir aux élèves le filigrane évolutif dans la plupart des chapitres ?

    Spécialement orienté vers l'application en classe et dans le prolongement de la formation PO 422 "L'enseignement de l'évolution face à de nouveaux défis" de 2008-2009, ce séminaire sera articulé autour des spécialistes qui ont accepté de discuter de la transposition dans l'enseignement de leurs recherches.

    Dates Jeudi après-midi 19 novembre et vendredi 20 novembre 2009

    L'évolution: un concept unifiant sciences du vivant et sciences humaines.

    Mardi 29 septembre 2009 à 18h30

    CMU - Centre Médical Universitaire Auditoire 400 Accès 1, rue Michel-Servet ou 9, av. de Champel

    Entrée libre Conférences suivies d'un apéritif

    Résumé

    L'année bicentenaire de la naissance de Charles Darwin est l'occasion de faire le bilan de ce qu’on appelle, par abus de langage, la théorie de l'évolution. En effet, l’évolution n’est pas une théorie mais un fait scientifique. Par contre, nos connaissances sur les mécanismes par lesquels cette évolution se produit ne cessent de s’enrichir depuis l’apport majeur de Darwin: la découverte de la sélection naturelle. En effet, la théorie darwinienne s’est considérablement enrichie ce dernier siècle et demi suite aux découvertes de Gregor Mendel sur les mécanismes de la transmission génétique et ensuite grâce aux multiples découvertes de la biologie moléculaire et de la biologie du développement. C’est cet ensemble cohérent, appelé “théorie synthétique de l’évolution”, qui constitue désormais le cadre explicatif général de l'ensemble des sciences biologiques.

    Le point de vue évolutionniste s'applique pleinement à l'espèce humaine: Darwin l'avait bien vu, suscitant les appréhensions de ses contemporains. D'ailleurs une partie de la tradition philosophique et des sciences humaines a fait l'impasse sur cet ancrage d'Homo sapiens dans le monde vivant. Mais la barrière de l'exception humaine est en voie d'être surmontée. En effet, l'évolution devient un terrain de réflexion interdisciplinaire où se rejoignent de plus en plus de biologistes, philosophes, éthiciens et chercheurs en sciences humaines.

    Professeur Alexandre Mauron

    Pr. Alexandre Mauron

    Professeur Michel Milinkovitch

    Pr. Michel Milinkovitch
    Professeur ordinaire au Département de zoologie et de biologie animale de la Faculté des sciences de l'UNIGE

    jeudi 17 septembre 2009

    Venter a encore frappé - il veut recréer le vivant ?

    Au-delà du génie génétique : la biologie synthétique.

    Des chercheurs – menés par le très controversé Craig Venter – ont réussi à créer un être vivant à partir d'un ADN extrait d'une bactérie A, modifié dans un organisme B (levure), et introduit dans une bactérie C qui devient alors A.
    Connu pour avoir mené en parallèle au projet public un projet privé de séquençage du génome humain il est vu par certains comme celui qui en a boosté la progression en créant de la compétition, ou comme un personnage peu scrupuleux dont la méthode rapide (shotgun) s'appuyait en fait sur les résultats mis a disposition de tous par le consortium public et qui a tenté de breveter tout ce qu'il trouvait.

    C'est selon le point de vue d'où on le regarde... En tous cas il ne laisse personne indifférent.

    Il viendra donner à Genève une grande conférence du 450ème ( cf plus bas) le 13 octobre qui ouvrira l'exposition Génome Voyage au coeur du vivant sur l'ile Rousseau: des visites sont prévues pour les écoles. nous y reviendrons.

    Un bouton pour produire l'organisme vivant ?

    On peut imaginer qu'un jour on aura des machines qui permettent de composer un ADN avec en bas de page un bouton : Print-to-ovule ou Print-to-bacteria qui activerait la production de l'organisme ainsi défini.

    Finis les OGM, voilà les Organismes Synthétiques ?

    Avec d'autres résultats récents, on voit émerger une nouvelle approche qui va plus loin que le génie génétique : on est sur le point de produire des organismes vivants à la carte. Actuellement – et de manières simplifiée – on "bricole" un organisme en lui ajoutant ou lui enlevant un ou quelques gènes.
    Depuis plusieurs années on dispose des génomes complets de très nombreux organismes, (qu'on peut voir depuis p. ex. Mapviewer ). Cette masse d'information digitalisée a profondément transformé la biologie, et le séquençage de masse ouvre de nouveaux champs d'exploration dans tous les domaines de la biologie.

    Mais on reste principalement dans une démarche d'observateur, de diagnostic ou de recherche; Les possibilités d'agir à partir de ces séquences étaient relativement limitées, jusqu'ici.
    De nombreux groupes sont en train de mettre au point les outils d'une ingénierie complète du vivant : assembler des modules fonctionnels dans une base cytoplasmique minimale pour créer un organisme aux caractéristiques particulières. Un peu comme un ingénieur prendrait un châssis de base pour un ordinateur et vous monterait un disque dur, un lecteur optique et un processeur pour produire une machine correspondant à vos besoins.

    On parle alors de biologie synthétique.

    Un numéro spécial de Nature aborde ce thème : Special issue celebrates the emerging field of synthetic biology.
    On y trouve une BD Adventures in Synthetic Biology [img]

    Un génome artificiel anime une bactérie !

    L'an passé déjà Craig Venter avait provoqué pas mal de remous (cf p. ex ici la news de Nature Pennisi, Elizabeth (2008)) en annonçant avoir créé un génome artificiel à partir de molécules de 6000 bases commandées chez des fabricants d'ADN, assemblées pour former le génome complet d'une bactérie Mycoplasma genitalium au génome relativement petit (600'000 bases) qu'ils ont réintroduit et fait vivre dans cette bactérie. Gibson, D. G.,et al. (2008).
    conference TED de Venter sur la vie synthetique
    Je suppose qu'on peut dire faire vivre si un ADN fait de séquences inertes contrôle une bactérie et lui permet toutes les fonctions de la vie ?
    Dire qu'on a créé la vie est un peu excessif sans doute car les séquences fabriquées sont celles qu'on a séquencé chez des êtres vivants préalablement
    Cf la conférence TEDTalks de Venter.

    L'ADN, une molécule,... mais surtout un support d'information ?

    Ainsi la position centrale de l'ADN en tant que séquence ou même information pure est encore plus clairement mis en évidence : la molécule n'est finalement que le support de cette information : on peut séquencer , soit extraire l'information des molécules, traiter l'information, et finalement rematérialiser cette information lorsqu'on veut produire un organisme ou une fonction.
    La biologie est de plus en plus une science de l'information, le rapport BIO2010 (NRC, 2003) Ici le met en évidence avec clarté.

    Une bactérie minimaliste à 182 gènes ?

    Encore avant cela, des chercheurs avaient réussi a trouver une bactérie fonctionnelle à seulement 182 gènes. (Cf p. ex la news de Nature par Ball, Philip. (2006). Smallest genome clocks in at 182 genes).
    Il s'agit de Carsonella ruddii, une bactérie symbiotique qui vit chez des insectes suceurs de sève : son génome fait à peine 159,662 bases. Bien qu'elle soit symbiotique, elle intéresse pour la biologie synthétique, car une bactérie au génome minimaliste pourrait constituer le châssis de base sur la base duquel composer avec les modules correspondant aux fonctions souhaitées une bactérie sur mesure. il s'agit en fait de trouver les gènes fondamentaux pour la vie. Certains pensent qu'il pourrait suffire de quelques 200 gènes qui seraient communs a toutes les espèces vivantes.

    Un répertoire de pièces détachées biologiques ?

    wiki bio resgistry partsLe MIT tient un registre (http://parts.igem.org/Main_Page) librement accessible, des fonctions biologiques de base qui peuvent être utilisées pour composer des systèmes biologiques synthétiques. Il est accessible sous forme d'un Wiki dans lequel chacun peut contribuer, utiliser ou améliorer les items du Registry of Standard Biological Parts.

    Une compétition pour ingénieurs en biologie : produire la bactérie la plus originale

    On a même vu un concours iGEM (rapporté ici par Check, E. 2005) où s'affrontaient des ingénieurs du vivant pour produire en un temps limité l'organisme le plus original. Un groupe d'étudiants de l'EPFZ y a représenté la suisse : ils ont réalisé un compteur moléculaire... qui compte jusqu'à 2 ... c'est un début !

    Des bactéries pour faire des photos !

    Figure 1 : Light imaging by engineered Escherichia coli.Un groupe de chercheurs a réussi à "greffer"les photoécepteurs (des phytochromes issus de cyanobactéries) à une kinase intracellulaire chez Escherichia coli, produisant une bactérie qui traduit les niveaux de lumière en modifications chimiques. La résolution de ce bio-capteur atteint 100mégapixels par pouce carré c'est beaucoup plus que les capteurs actuels !
    Figure 4: Des Escherichia coli réalisent un photocapteur.High resolution image and legend (33K) (source Levskaya, A. et al. (2005)Nature)

    L'étape nouvelle réalisée aujourd'hui ?

    Figure 1L'étape que l'équipe de Craig Venter réalise et publie dans Science (Lartigue, C., et al., 2009) une étape assez instrumentale de plus. Ils ont réussi à isoler le génome d'une bactérie (Mycoplasma mycoides) , à l'insérer dans une levure sous forme de chromosome artificiel, à lui faire subir des modifications qui ne sont possibles que dans cet organisme, puis à le réintroduire dans une autre bactérie (Mycoplama capricolum) poour obtenir une bactérie qui est M. mycoides).
    Ils avaient déjà observé que le génome inséré risquait d'être était digéré par les les enzymes de restriction de la bactérie d'accueil. Ils ont trouvé deux réponses : Désactiver ces enzymes dans la bactérie d'accueil , et methyler le génome à introduire.

    Ils ont donc réussi à mettre au point cette technique de transfert de génome entre des "ateliers de modification" en somme : prendre un génome entier, le modifier dans un autre organisme et le faire s'exprimer sous forme de bactéries viables. La bactérie dans l'image à droite a son génome qui été modifiée pour être bleue. Figure 5: le génome extrait de la bactérie (bleue) est inséré dans la levure (beige) modifié, extrait, methylé (noir, cercle), introduit dans une bactérie verte dont le génome est supprimé. elle devient alors bleue. [Cliquer pour une version agrandie]CREDITS (TOP TO BOTTOM): C. LARTIGUE ET AL., SCIENCE; J. CRAIG VENTER INSTITUTE

    Et un jour l'humain synthétique ?

    L'idée - la crainte, le fantasme ? - qu'on puisse un jour produire un être humain sur commande revient avec plus d'acuité. Il n'est pas techniquement envisgeable de le voir bientôt, question d'échelle car produire un génome de bactérie à 600kbases c'est autre chose que créer des chromosomes de 3 GigaBases. Mais ce n'est plus impossible à imaginer.

    Peut-être vaut-il la peine d'aborder les questions éthiques que ces techniques soulèvent avant qu'elles deviennent réalité.
    C'est ce qu'ont fait des scientifiques par exemple dans un cours d'été organisé par plusieurs universités dont l'EPFZ : 3TU.Ethics The Ethics of Synthetic Biology ici. On y trouvera de pistes de réflexions intéressantes, notamment la biosécurité, les usages militaires de recherches pacifiques (Dual use), les risques de contamination, et même la question de la communication au public ; comment éviter les simplifications qui laissent la porte aux dérives sensationnalistes dont les médias sont friands. (cf ici p. ex)

    Sources et liens


    Craig Venter et le génome humain

    venter
    Selon le site de l'unige :
    "Biologiste américain et concepteur d’une recherche à grande échelle, Craig Venter est l’un des pionniers du séquençage génomique. En 1995, il achève le premier séquençage complet du génome d’un organisme vivant, la bactérie Haemophilus influenzae. Trois ans plus tard, il fonde la société Celera Genomics qui, après avoir séquencé en un temps record le génome de la Drosophile, se fixe pour objectif de séquencer l’intégralité du génome humain, entrant ainsi en compétition avec le consortium public international, baptisé Projet Génome Humain. Les efforts conjoints des deux équipes aboutissent à ce qui est considéré comme une percée historique: la carte complète du génome humain. Cet exploit est salué à la Maison Blanche par le Président Clinton le 26 juin 2000. En 2002, Craig Venter fonde le J. Craig Venter Institute dans le but d’explorer la biodiversité génomique, notamment celle de la gigantesque population des bactéries marines, et de recréer un organisme vivant synthétique en laboratoire. Craig Venter a annoncé en 2008 une étape majeure dans ce processus, à savoir, la création du premier génome artificiel."

    | mardi 13 octobre | 18h30 - Uni Dufour Conférence en anglais, avec traduction simultanée en françaisCes conférences sont retransmises par vidéo et peuvent être vues après coup : celle de Elizabeth Loftus sur les illusions de la mémoire est ici par exemple

    Complété le 20 IX 09 : lien sur un article dans le temps.