dimanche 7 juin 2026
vendredi 15 mai 2026
Sols vivants : quand une bactérie révèle un antibiotique 100× plus actif
En étudiant comment une bactérie du sol fabrique un antibiotique connu, des chercheurs ont découvert une molécule intermédiaire ~100x plus active.
Les sols sont bien plus riches qu'un support pour
les plantes et les animaux : l'incroyable richesse de ce qui s'y
passe révèle notamment des processus chimiques potentiellement très
utiles- notamment contre le sérieux problème des résistances aux
antibiotiques.
Dans une news de Nature, Naddaf (2025) ici rapporte qu'en étudiant Streptomyces
coelicolor (ci-contre, Colonie de Streptomyces
coelicolor sécrétant un composé antibiotique, en rouge, dans le
milieu environnant. Source : Dr Jeremy Burgess / Science Photo
Library.source: Dr Jeremy Burgess/Science Photo Library),
une bactérie du sol connue pour produire l’antibiotique
méthylénomycine A, des chercheuses et chercheurs ont découvert avec
surprise qu'une molécule intermédiaire de sa voie de synthèse, la preméthylénomycine
C lactone, est environ 100 fois plus active que le produit final. 
encourage
le lecteur à aller vérifier dans l’article d’origine : ici
Contre certaines bactéries problématiques, - très
résistantes aux antibiotiques connus - dont Staphylococcus aureus
et Enterococcus faecium, Corre & al. (2025) ici ont
découvert que cet intermédiaire agit à des doses bien plus faibles que
le produit final de cette voie de synthèse. encourage
le lecteur à aller vérifier dans l’article d’origine : ici
Plus intéressant encore, dans les tests réalisés, E. faecium n’a
pas facilement développé de résistance contre cet intermédiaire,
contrairement à ce qui a été observé avec un antibiotique de dernier
recours la vancomycine.
La découverte est belle parce qu’elle bouscule une intuition simple :
l’évolution ne conduit pas forcément à ce que le produit final d’une
voie métabolique soit le meilleur. Un intermédiaire chimique peut
parfois être biologiquement plus puissant que la molécule achevée.
Notons bien qu'il ne s’agit pas encore d’un médicament : il faudra
des années encore comprendre son mode d’action, tester sa toxicité et
voir si des dérivés utilisables peuvent être développés.
Mais cette histoire rappelle combien la recherche fondamentale — ici,
l’étude patiente d’une voie de biosynthèse bactérienne — peut ouvrir
des pistes inattendues d'applications ; ici contre
l’antibiorésistance.
Et c’est justement une bonne raison d’aller
regarder le sol autrement. La visite proposée au Bioscope jeudi 21
mai invite à explorer ce monde discret mais essentiel : un milieu
vivant, traversé d’interactions microbiennes, de transformations
chimiques et de processus écologiques dont une partie reste encore à
découvrir.
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Soirée publique au Bioscope- jeudi 21 mai"Sols vivants" |
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Ne manquez pas la Soirée publique "Sols vivants" le jeudi 21 mai au Bioscope! Découvrez les êtres vivants du sol, leurs rôles et pourquoi il est si important de préserver cet écosystème essentiel, notamment pour une agriculture durable. 🔬 18h-20h30: Apéro, activités pratiques, conférence et discussion Avec Pre Ophélie Sauzet de l’HEPIA (Haute Ecole du Paysage, d'Ingénierie et d'Architecture), experte des sols. Tout public (dès 12 ans)
Informations et inscription : https:// scienscope.unige.ch/evenements/soiree-publique-sols- vivants/ |
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Bioscope Maison de l’enfance et de l’adolescence, 26 Blvd de la Cluse, 1205 Genève, bioscope@unige.ch
Avec le soutien de la Fondation Convergences
Références:
- Corre, C., Idowu, G. A., Song, L., Whitehead, M. E., Alkhalaf, L. M., & Challis, G. L. (2025). Discovery of Late Intermediates in Methylenomycin Biosynthesis Active against Drug-Resistant Gram-Positive Bacterial Pathogens. Journal of the American Chemical Society, 147(44), 40554‑40561. https:// doi.org/10.1021/jacs.5c12501
- Naddaf, M. (2025). Powerful new antibiotic that can kill superbugs
discovered in soil bacteria. Nature. https://
doi.org/10.1038/d41586-025-03595-3
Le monde va mal. Il va mieux. Il peut aller beaucoup mieux… trois fois vrai !
Le catastrophisme décourage et ne fait pas changer les comportements. Mais faut-il pour autant tomber dans le pessimisme désillusionné ?
On sait que le catastrophisme paralyse plutôt qu’il ne motive à agir et est donc contre-productif (cf. JTS ici). Certains parlent même de « cigarette du condamné » pour expliquer l’augmentation des vols en avion, l’achat de voitures toujours plus grosses, etc., comme si l’on voulait profiter vite, tant qu’on le peut encore. Pourtant, agir pour l’environnement produit un sentiment de bien-être. Offrir des possibilités d’agir est donc plus efficace que d’agiter le spectre de la fin du monde.
Un exemple récent va dans ce sens : “Les nouvelles ne sont pas toutes mauvaises : cinq histoires scientifiques inspirantes pour remonter le moral” (Fieldhouse, 2026) (ici) publié dans Nature. encourage le lecteur à aller vérifier dans l’article d’origine : ici
Un exemple récent va dans ce sens : “Les nouvelles ne sont pas toutes mauvaises : cinq histoires scientifiques inspirantes pour remonter le moral” (Fieldhouse, 2026) (ici) publié dans Nature.
encourage le lecteur à aller vérifier dans l’article d’origine : ici
Ça ne concerne pas ma discipline ?
La Loi sur l’instruction publique dit clairement que traiter ces questions d’environnement fait partie des missions de l’école. Plus précisément, la LIP art. 10, al. 1, let. e demande de « rendre chaque élève progressivement conscient de son appartenance au monde qui l’entoure, en éveillant en lui […] l’attachement aux objectifs du développement durable ». On peut percevoir cette injonction comme une tension entre, d’une part, une dimension normative — éveiller l’adhésion à certaines valeurs — et, d’autre part, le développement de compétences scientifiques : apprendre à valider des connaissances à partir de données discutées, comparées et mises en perspective, dans un effort d’objectivité.
Cette tension invite justement à la prudence : traiter ces questions ne signifie pas nécessairement adopter un ton qui cherche à convaincre. Or, si l’on entre dans une logique de persuasion — tentation que la formulation de la LIP peut encourager — l’article de Knowlton (2017) (ici) indique que l’approche la plus fréquente, qui consiste à “peindre le diable sur la muraille”, n’est peut-être pas la plus efficace. La psychologie sociale renforce cette réserve : lorsqu’un interlocuteur perçoit qu’on cherche à le convaincre, il peut mettre en place des mécanismes de protection, et l’effet peut alors s’inverser (Pratkanis & Aronson, 1992).
Chaque discipline trouvera sa manière de travailler cette tension. En sciences, on aime bien partir des données. Le professeur Andreas Mueller a attiré l’attention de JTS sur Our World in Data. , qui permet d’explorer des données montrant les changements des conditions de vie au niveau mondial ou par région, et de les représenter de diverses manières.
Le monde va mal. Il va mieux. Il peut aller beaucoup mieux… trois fois vrai !
Selon Roser (2022 ici), les médias nous montrent surtout ce qui dysfonctionne : guerres, pauvreté, maladies, inégalités, dérèglements climatiques. À force, on peut avoir l’impression que tout empire. Mais l’excès inverse est tout aussi trompeur : ne parler que des progrès réalisés, c’est risquer d’effacer les souffrances bien réelles de millions de personnes.L’intérêt de ce texte est de montrer que ces trois idées qui semblent contradictoires sont vraies en même temps : le monde reste profondément injuste et dur pour beaucoup ; il s’est pourtant beaucoup amélioré sur de nombreux plans ; et il peut encore s’améliorer fortement.C’est précisément cette tension qui rend le raisonnement puissant. Voir seulement les catastrophes paralyse par désespoir. Voir seulement les progrès paralyse par satisfaction. Mais comprendre les deux à la fois ouvre un espace d’action : les progrès passés montrent que le changement est possible ; les problèmes présents rappellent qu’il est encore nécessaire. Une lecture salutaire contre deux pièges symétriques : le catastrophisme qui décourage, et l’optimisme béat qui endort. encourage le lecteur à aller vérifier dans l’article d’origine : ici
Des données pour discuter des conditions de vie dans le monde - depuis 200 ans
Max Roser part du constat que bien des gens ont l’impression que le monde va surtout de plus en plus mal. Dans plusieurs pays riches, très peu de personnes pensent que le monde progresse. En 2015, seuls 10 % des Suédois, 6 % des Américains et 4 % des Allemands interrogés estimaient que les choses allaient mieux. . Le fondateur de Our World in Data propose de prendre cette impression au sérieux — mais de la confronter aux données. Si l’on veut savoir si le monde s’améliore ou se dégrade, il ne suffit pas de regarder les nouvelles du jour, ni son propre pays, ni sa propre génération. Il faut changer d’échelle : regarder l’histoire longue des conditions de vie, et la regarder pour l’humanité entière. Il avait rassemblé ces données en 2016, (mis à jour en 2024) Trad avec l'aide de l'IA (ici)
C’est ce déplacement qui fait la force du texte. Il ne s’agit pas de nier les crises, les inégalités ou les souffrances actuelles. Il s’agit de poser une question plus exigeante : comment la vie humaine a-t-elle changé, globalement, au cours des deux derniers siècles ? Santé, pauvreté, éducation, mortalité infantile, démocratie, accès aux ressources : sur plusieurs dimensions essentielles, les données montrent des progrès immenses — souvent mal connus. L’enjeu n’est donc pas de se rassurer naïvement. Il est de comprendre que le progrès n’est ni automatique ni imaginaire : il a eu lieu, il peut être documenté, et il donne des raisons d’agir. Trad. IA-aidée encourage le lecteur à aller vérifier dans l’article d’origine : ici
Fig 1: Une visualisation synthétique montrant comment le monde a changé au cours des deux derniers siècles : pauvreté en baisse, éducation en hausse, mortalité infantile en baisse, démocratie en progression.
Ce graphique synthétise, en pourcentages, plusieurs indicateurs présentés par Roser [img]. Source : Roser (ici)
Ce graphique synthétise, en pourcentages, plusieurs indicateurs présentés par Roser [img]. Source : Roser (ici)
Références:
- Brosch, T. (2021). Affect and emotions as drivers of climate change perception and action : A review. Current Opinion in Behavioral Sciences, 42, 15‑21.https://doi.org/10.1016/j.cobeha.2021.02.001
- Fieldhouse, R. (2026). The news is not all bad : Five inspiring science stories to lift your mood. Nature. https://doi.org/10.1038/d41586-026-01290-5
- Knowlton, N. (2017). Doom and gloom won’t save the world. Nature News, 544(7650), 271. https://doi.org/10.1038/544271a Roser, M. (2016). The short history of global living conditions and why it matters that we know it. Our World in Data. https://ourworldindata.org/a-history-of-global-living-conditions
- Roser, M. (2022). The world is awful. The world is much better. The world can be much better. Our World in Data. https://ourworldindata.org/much-better-awful-can-be-better
- Pratkanis, A. R., & Aronson, E. (1992). The age of propaganda / The everyday use and abuse of persuasion. New York: WH Freeman.
samedi 9 mai 2026
Pour les 100 ans d’Attenborough : Darwin, un yéti-cheval et une science décloisonnée
Sir David Attenborough, l’homme qui a aidé le monde à tomber amoureux de la nature
Pour célébrer les 100 ans de Sir David Attenborough, l’équipe d’Athanasia Tzika et Michel Milinkovitch, au Laboratory of Artificial & Natural Evolution — le LANE — a produit une vidéo dans laquelle Charles Darwin lui-même revient, en 3D, pour remercier celui qui a fait découvrir et aimer la nature à des générations entières. Voir plus bas ou cliquer sur l'image de Darwin à droite. 
L’idée est à la fois simple, élégante et un peu vertigineuse : Darwin, figure fondatrice de la biologie de l’évolution, s’adresse à Attenborough, immense passeur du vivant. Entre les deux, un même fil : comprendre la diversité de la vie, mais aussi transmettre l’émerveillement qu’elle suscite. C’est d’ailleurs, à une autre échelle, ce que font aussi beaucoup de lectrices et lecteurs de Jump-To-Science : garder le lien entre la science vivante, les savoirs en construction, et le plaisir de les partager.Pourquoi ce labo universitaire - le LANE- produit-il une vidéo pour célébrer un homme de télévision ?
Le LANE est un laboratoire assez peu ordinaire. On y croise des biologistes, des bioinformaticiens, des physiciens, des informaticiens, des mathématiciens, mais aussi des artistes 3D. On y étudie des crocodiles, des lézards, des serpents, des tortues, des éléphants, parfois des animaux plus « exotiques » encore — et même, avec humour, un yéti dont l’analyse ADN a fini par suggérer qu’il avait beaucoup d’affinités avec… le cheval (un 1er avril :-) . Une belle manière de rappeler que la rigueur scientifique n’interdit ni le sourire, ni l’imagination, ni les clins d’œil à Tintin. encourage le lecteur à aller vérifier dans l’article d’origine : iciLes recherches du LANE illustrent aussi une biologie profondément multidisciplinaire : les formes du vivant ne s’expliquent pas seulement par les gènes, mais aussi par des contraintes physiques, des forces de compression, des motifs mathématiques, des processus de développement et des modèles numériques. C’est exactement le genre de science que Jump-To-Science aime mettre en avant : exigeante, surprenante, visuelle, et capable de faire dialoguer la biologie, la physique, les mathématiques et l’informatique. Elle est aussi plutôt positive que catastrophiste
Michel Milinkovitch est aussi un excellent communicateur scientifique. Ses nombreuses interventions à la RTS — au point qu’on pourrait presque imaginer un « Milinkovitch Channel » officieux — montrent qu’on peut être un scientifique extrêmement productif et reconnu sans correspondre à la caricature du chercheur à grosses lunettes, enfermé dans son laboratoire et coupé du monde. Ici, la science est sérieuse, mais pas triste ; rigoureuse, mais pas figée ; spécialisée, mais ouverte aux images, aux histoires et à l’émerveillement.
La RTS a souvent donné la parole à Michel Milinkovitch. (ici) JTS en a sélectionné une et la recommande notamment parce qu'elle montre comment fonctionne le LANE, et comment la science vit et pétille. une vidéo à passer un dee ces
- Comment fonctionne le LANE : un labo multidisciplinaire biologie, physique, bio-informatique RTS : Rencontre avec Michel Milinkovitch, un spécialiste de l'évolution
Quelques échos déjà présentés dans Jump-To-Science vont dans le sens d'une science vivante, passionnante, drôle- des qualités qu'on peut introduire en classe, même si ce n'est pas facile avec toutes les contraintes actuelles.
vont dans le sens d'une science vivante, passionnante, drôle- des qualités qu'on peut introduire en classe, même si ce n'est pas facile avec toutes les contraintes actuelles. - Il n’y a pas que les gènes ! … et on ne parle pas seulement d’épigénétique, de transmission sociale, : chez les crocodiles, des forces mécaniques de compression peuvent contraindre le pliage des tissus.
- La modélisation en sciences : dans la recherche et dans l'école … et Quand un lézard réconcilie la biologie et les mathématiques
Ce détour par Attenborough, Darwin et le LANE rappelle donc une chose essentielle : aimer la nature n’est pas seulement une affaire d’émotion. C’est aussi une invitation à la comprendre — avec des modèles, des images, des expériences, des équations, des génomes, des crocodiles, des lézards… et, parfois, un yéti qui hennit un peu. encourage le lecteur à aller vérifier dans l’article d’origine: ici
Pour un futur projet de médiation scientifique expliquant les principes de l’évolution biologique, Fabrice Berger et Michel ont développé un modèle 3D réaliste de Charles Darwin. Alors que le 100e anniversaire de Sir David Attenborough approchait, Athanasia a eu l’idée de faire revenir Darwin — l’un de nos plus grands héros scientifiques — à la vie pour célébrer cette occasion mémorable. Cette idée a rapidement été adoptée par tous les membres du LANE, comme une belle manière de rendre hommage à Sir David Attenborough. Michel s’est donc associé à Fabrice Berger, artiste 3D, et à Gregory Loichot, notre webmaster et monteur vidéo, pour produire un film de 3,5 minutes dans lequel Charles Darwin et le LANE célèbrent l’anniversaire d’Attenborough.
Nous espérons que notre film contribuera à honorer « l’homme qui a aidé le monde à tomber amoureux de la nature ».
Belle journée Attenborough à toutes et tous !
encourage le lecteur à aller vérifier dans l’article d’origine: ici Un invité extraordinaire pour célébrer Sir David Attenborough
encourage le lecteur à aller vérifier dans l’article d’origine ici ... mais JTS l'a traduit ( avec l'aide de l'IA)
8 mai 2026 L’histoire du film du LANE célébrant le 100e anniversaire de Sir David Attenborough.
Athanasia Tzika et Michel Milinkovitch codirigent le LANE — le Laboratory of Artificial & Natural Evolution — au Département de génétique et évolution de la Faculté des sciences de l’Université de Genève, en Suisse. Comme des millions de personnes à travers le monde — enfants comme adultes — Athanasia et Michel admirent depuis longtemps les merveilleux programmes sur la nature de David Attenborough.Pour un futur projet de médiation scientifique expliquant les principes de l’évolution biologique, Fabrice Berger et Michel ont développé un modèle 3D réaliste de Charles Darwin. Alors que le 100e anniversaire de Sir David Attenborough approchait, Athanasia a eu l’idée de faire revenir Darwin — l’un de nos plus grands héros scientifiques — à la vie pour célébrer cette occasion mémorable. Cette idée a rapidement été adoptée par tous les membres du LANE, comme une belle manière de rendre hommage à Sir David Attenborough. Michel s’est donc associé à Fabrice Berger, artiste 3D, et à Gregory Loichot, notre webmaster et monteur vidéo, pour produire un film de 3,5 minutes dans lequel Charles Darwin et le LANE célèbrent l’anniversaire d’Attenborough.
Nous espérons que notre film contribuera à honorer « l’homme qui a aidé le monde à tomber amoureux de la nature ».
Belle journée Attenborough à toutes et tous !
Michel & Athanasia
Transcription de la vidéo (sous.titres en plusieurs langues)
Message de Charles Darwin
Mon cher Sir David Attenborough,
Bien que nous ayons vécu à des siècles différents, je ne peux m’empêcher d’éprouver la plus profonde admiration pour votre travail. En mon temps, je me suis efforcé de montrer comment la diversité et la complexité du vivant émergent par le processus de sélection naturelle. Pourtant, je n’ai pu décrire que des fragments de la nature, recueillis au cours de mes voyages et par correspondance avec d’autres naturalistes.
Vous, en revanche, avez révélé ce même monde vivant à des millions de personnes, et vous avez permis à chacune et chacun, partout, d’être témoin de ces formes infinies, les plus belles, qui ont été — et sont encore — en train d’évoluer. Le plus gratifiant de tout est que vous avez aidé le public à percevoir l’unité du vivant et la longue histoire de ses transformations.
Avec ma sincère gratitude, je vous souhaite un très heureux 100e anniversaire.
Hommage de Michel au nom de l’équipe du LANE
Cher Sir David Attenborough,
Là où Charles Darwin, l’un de nos plus grands héros scientifiques, nous a appris à mieux comprendre le monde vivant, vous avez inspiré des générations à le chérir. Vos programmes et votre merveilleuse narration ont en effet inspiré nombre d’entre nous à devenir scientifiques, naturalistes, ou simplement amoureux de la nature pour la vie. En faisant entrer dans nos foyers des lieux et des créatures extraordinaires, vous avez aidé des millions de personnes à découvrir la beauté et la complexité de la vie sur Terre.
Dans le même temps, votre travail porte un message fondamental : ce magnifique monde naturel mérite notre attention, nos soins et notre engagement urgent.
Nous toutes et tous, au LANE, nous joignons aux millions de personnes à travers le monde pour vous souhaiter un merveilleux anniversaire. Nous vous remercions, du fond du cœur, pour votre œuvre et pour l’héritage que vous nous laissez.
Les membres actuels du LANE remercient David Attenborough et lui souhaitent un joyeux anniversaire.
Charles Darwin clôt la séquence en disant à nouveau : « Joyeux anniversaire »
Références:
-
Milinkovitch, M., Caccone, A., & Amato, G. (2004). Molecular phylogenetic analyses indicate extensive morphological convergence between the « yeti » and primates. Molecular Phylogenetics and Evolution, 31(1), 1‑3. https://doi.org/10.1016/j.ympev.2004.01.009
samedi 11 avril 2026
Bixonimania - maladie inventée : Quand la forme fabrique le vrai
Quand la forme fabrique le vrai
Une chercheure a inventé une maladie fictive, bixonimania, l’a emballée dans la forme impeccable d’un article scientifique, et des IA l’ont recrachée comme un savoir médical crédible. Plus troublant encore: le faux a aussi trouvé sa place dans la littérature savante. Une histoire qui oblige à reposer une vieille question, devenue brûlante à l’ère des IA: dans le monde du savoir, que vaut le fond quand la forme suffit à faire croire?
encourage le lecteur à aller vérifier dans l’article d’origine : ici Les preprints ont été retirés le 10 avril 2026, mais JTS les propose en intranet en version before-retracted ici et ici
Fig. 1: les preprints contenaient de nombreux indices destinés à alerter immédiatement un-e médecin [img]. Source : Stokel-Walker (2026)
Pour en discuter avec les élèves : mise en perspective
L’affaire bixonimania montre l'importance de la forme scientifique pour faire exister une information. Des chercheurs ont inventé une maladie fictive, puis l’ont habillée comme un véritable objet biomédical: faux auteur, fausse affiliation, résumé, méthode, résultats, références, DOI, tout l’arsenal rhétorique de l’article savant. Les indices du canular étaient pourtant nombreux, jusque dans le nom même de la maladie, dans des affiliations imaginaires ou dans des absurdités scientifiques flagrantes. Mais cela n’a pas empêché de grands modèles de langage de reprendre cette pseudo-maladie comme si elle existait réellement, ni même un article de revue de la citer ensuite comme une entité médicale émergente. Le cas est donc moins une anecdote sur l’IA qu’une démonstration plus profonde: lorsqu’un texte adopte les marques extérieures de la scientificité, il acquiert très vite une apparence de crédibilité qui peut suspendre l’examen du fond.
Pour l’école, la leçon n’est pas d’opposer naïvement le fond à la forme. Elle est presque inverse. Dans le monde réel, les idées ne circulent pas à l’état brut: elles passent par des formes reconnues. Aider les élèves à maîtriser les structures du langage scientifique, l’architecture attendue d’un article, le formalisme d’un graphique, la manière d’annoncer une méthode, de présenter un résultat ou de discuter une limite, ce n’est pas leur apprendre à « faire semblant ». C’est leur donner les moyens pour que leurs idées soient lisibles, recevables et valorisées au mieux dans un monde qui sélectionne d’abord la forme. L’enjeu n’est donc pas seulement de comprendre, mais aussi d’apprendre comment une compréhension devient socialement reconnaissable. Le cas bixonimania rappelle alors quelque chose d’assez dérangeant: une forme bien imitée peut parfois suffire à faire passer presque n’importe quoi.
Un autre cas où la forme fait illusion et révèle les revues prédatrices
Le cas Oodendijk, et al. (2020) aborde la question sous un autre angle. (pour une discussion détaillée voir JTs ICI ), les auteurs ont voulu révéler le fonctionnement de revues prédatrices et la faiblesse de leurs pseudo-processus de relecture. L’article, publié en 2020 dans Asian Journal of Medicine and Health, accumulait pourtant les signaux d’absurdité: les auteurs disent avaoir lancé des sujets sur une trottinette dans une pente à 45° contre un mur. En plus de nombreuses allusions au cas très disputé dans les médias à ce moment-là de l'hydroxychloroquine en France. Ils ont accumulé des affiliations fantaisistes, des contributions d’auteurs ouvertement moqueuses, un protocole grotesque, des effectifs dérisoires, des conclusions délirantes. Dans le texte même, un auteur « did the minimum », un autre « wrote nothing », un autre encore « did nothing but is a very good friend of us »; l’étude est dite menée « in the parking lot of an abandoned factory » et s’appuie sur des matériaux comme « Google Actuality » ou sur la règle méthodologique selon laquelle plus l’échantillon est petit, plus la significativité augmente. Malgré cela, le papier a été accepté et publié. JTS, ici montre bien, documents à l’appui, que le peer review history lui-même était révélateur d’un reviewing de façade plutôt que d’une véritable évaluation scientifique. encourage le lecteur à aller vérifier dans l’article d’origine : Comme il est retiré, l’article original est téléchargeable ici et ici
- Le Journal de l’UNIGE donne la parole à un des auteurs
encourage le lecteur à aller vérifier ici.
L'humour pour montrer combien la forme compte
Avec Perec, une autre forme d'ironie sur le fond et la forme. Experimental Demonstration of the Tomatotopic Organization in the Soprano (Cantatrix sopranica L.), publié en 1980, n’est ni une fraude éditoriale ni une expérience sur les IA: c’est une parodie savante. Mais c’est précisément ce qui le rend si utile ici. Le texte fonctionne parce qu’il respecte parfaitement les codes de l’article expérimental: titre au ton technique, bibliographie étendue, sections canoniques, méthode, résultats, discussion, tableaux, vocabulaire spécialisé. la liste des rérérences fera sourire (surtout lue à haute voix :on y trouve p. ex Beulott, Rebeloth, & Dizdeudayre; Einstein, Zweistein, Dreistein, Vierstein & St-Pierre; Harvar, D. & Mercy, B.C.P.; Pericoloso & Sporgersi:-) Perec ne piège pas une revue douteuse; il met à nu, par le rire, la stabilité d’un genre discursif immédiatement reconnaissable. Son texte fait voir que la scientificité n’est pas seulement une question de contenu, mais aussi de format, de ton, d’organisation et de signes de légitimité. encourage le lecteur à aller vérifier dans l’article d’origine : ici
Mais M'sieur/ M'dame vous avez bien compris ce que je voulais dire …
Ces trois exemples peuvent étayer des activités scolaires éclairantes. Perec montre que l’article scientifique est un genre suffisamment codé pour pouvoir être pastiché. Oodendijk montre que ce code peut suffire à franchir le seuil d’une revue prédatrice, même lorsque le fond est manifestement absurde et que la relecture n’est qu’un décor. Bixonimania montre qu’à l’ère des IA, ce même code peut désormais nourrir des systèmes de génération automatique et revenir vers le public sous l’apparence d’un savoir crédible. La question n’est donc pas de choisir entre fond et forme, comme s’il s’agissait de deux réalités séparées. Elle est de comprendre que, dans les mondes scolaire, académique et médiatique, le fond n’accède souvent à la reconnaissance qu’à travers des formes socialement légitimes — et que ces formes, dès lors qu’on les maîtrise ou qu’on les imite, ont un pouvoir considérable. Aider les élèves à les maîtriser, c’est leur donner plus de chances dans le monde tel qu'il est.
Les scientifiques ne sont pas parfaits... ces articles rétractés montrent qu'on détecte les tricheurs
Les scientifiques ne sont pas parfaits, et l’histoire des sciences comporte des fraudes, des conflits d’intérêts cachés et parfois des publications aberrantes. Mais ces articles rétractés montrent aussi autre chose : les tricheurs finissent souvent par être repérés.Les rétractations restent une fraction très faible de la littérature publiée — de l’ordre de 0,1 %. Autrement dit, des mécanismes de régulation existent bel et bien — peut-être pas toujours assez rapides ni assez puissants, mais ils existent. On l’a vu à Genève dans l’affaire Rylander, où les liens occultes d’un professeur avec Philip Morris ont fini par être exposés et condamnés par les autorités académiques et la justice. (cf. Ici ) On l’a vu aussi avec le psychologue social néerlandais Diederik Stapel, qui inventait des données dans le domaine du comportement humain : ce sont des soupçons venus de jeunes chercheurs qui ont déclenché l’alerte, puis une enquête de grande ampleur (cf ici ) a confirmé la fraude. Le système n’est donc pas infaillible, mais les fraudeurs risquent gros : réputation détruite, articles retirés, carrière brisée.
De vrais articles scientifiques passionnants
Montrer aux élèves de beaux exemples pour les familiariser avec la structure d'un article de recherche ?
Des poissons qui grimpent une falaise de 15m pour rejoindre une partie de la rivière que de nombreux prédateurs n'atteignent pas.- Kiwele Mutambala, P., Ngoy Kalumba, L., Cerwenka, A. F., Brecko, J., VandenSpiegel, D., Schedel, F. D. B., Bragança, P. H. N., da Costa, L. M., Katemo Manda, B., Abwe, E., Mukweze Mulelenu, C., Mathys, A., Chakona, A., Chocha Manda, A., & Vreven, E. J. M. W. N. (2026). Fish climbing in the upper Congo Basin (Central Africa), first report for the shellear Parakneria thysi on the Luvilombo Falls. Scientific Reports, 16(1), 8509. https://doi.org/10.1038/s41598-026-42534-8
Une nouvelle particule découverte au CERN : doubly charmed heavy proton Ξcc+
- Observation of the doubly charmed heavy proton Ξcc+. (s. d.). Consulté 25 mars 2026, à l’adresse https://lhcb-outreach.web.cern.ch/2026/03/17/observation-of-the-doubly-charmed-heavy-proton-%ce%becc/
Des corbeaux anticipent les sites où les loups tuent leurs proies - Ravens anticipate wolf kill sites across broad scales | Science. (s. d.). Consulté 17 mars 2026, à l’adresse https://www.science.org/doi/10.1126/science.adz9467
Une meilleure coordination entre duo de violonistes grâce à un bras robotique qui donne un feed-back tactile - Robot-mediated haptic feedback outperforms vision in violin duo coordination | Science Robotics. (s. d.). Consulté 17 mars 2026, à l’adresse https://www.science.org/doi/10.1126/scirobotics.aeb1901
Le mécanisme par lequel le stress cause l'inflammation dans la dermatose atopique- Tian, J., Cao, Y., Li, Y., Sun, J., Zhan, C., Ni, W., Zheng, Y., Wang, Y., & Liu, S. (2026). A sympathetic-eosinophil axis orchestrates psychological stress to exacerbate skin inflammation. Science, 391(6791), 1269‑1277. https://doi.org/10.1126/science.adv5974
Références:
- Stokel-Walker, C. (2026). Scientists invented a fake disease. AI told people it was real. Nature. https://doi.org/10.1038/d41586-026-01100-y
- Deep, A., Thurberg, B., & Deep, A. (2024). Bixonimania : Exploring the Influence of Blue Light on Periorbital Hyperpigmentation on the Palpebrae - an RCT with an r-BS design. (No. 2024050217). https://doi.org/10.20944/preprints202405.0217.v1 pdf-before-retracted
- Deep, A., Tippet, N., Thurberg, B., & Deep, A. (2024). Using Machine Learning to Detect Bixonimania : An Early Feasibility Study (No. 2024041687). https://doi.org/10.20944/preprints202404.1687.v1 pdf -before-retracted
- Omar, M., Sorin, V., Wieler, L. H., Charney, A. W., Kovatch, P., Horowitz, C. R., Korfiatis, P., Glicksberg, B. S., Freeman, R., Nadkarni, G. N., & Klang, E. (2026). Mapping the susceptibility of large language models to medical misinformation across clinical notes and social media : A cross-sectional benchmarking analysis. The Lancet Digital Health, 8(1), 100949. https://doi.org/10.1016/j.landig.2025.100949
- Oodendijk, W., Rochoy, M., Ruggeri, V., Cova, F., Lembrouille, D., Trottinetta, S., Hantome, O. F., Macron, N., & Javanica, M. (2020). Retracted : SARS-CoV-2 was Unexpectedly.... Asian Journal of Medicine and Health, 14‑21.
- Perec, G. (1980). Experimental Demonstration of the Tomatotopic Organization in the Soprano (Cantatrix sopranica L.). SubStance, 9(4), 37‑45. JSTOR. https://doi.org/10.2307/3684039
dimanche 29 mars 2026
Mettre fin au "non-sens" avec des ARN --
Mettre fin au non-sens
Des ARN de transfert modifiés neutralisent l'effet de variants génétiques « non-sens » qui introduisent un codon stop indésirable (appelé codon de terminaison prématurée, ou PTC) là où devrait se trouver un codon habituel.
La méthode repose sur la synthèse d'ARNt modifiés (ARTNt suppresseurs sup-tRNA en anglais) qui se fixent sur l'ARNm au niveau du PTC et apportent un acide aminé qui permet la poursuite de la traduction en une protéine de longueur complète. La figure 2 de Keeling (2025) décrit le principe du mécanisme d'action des sup-tRNA
…sans modifier le génome, modifier son expression !
Dans une News and Views de Nature au titre malicieusement formulé — "Stop the nonsense: genome editing creates potentially therapeutic transfer RNAs" — Keeling (2025) (ici), présente le travail de Pierce et al. (2025) (ici), qui ouvre une piste thérapeutique pour toute une classe de maladies rares. Plus de 7 000 maladies rares sont connues, mais seules environ 5 % disposent d'un traitement. Parmi les variants pathogènes, une proportion non négligeable correspond à des mutations « non-sens » : une mutation transforme un codon ordinaire en codon stop prématuré (voir le tableau de la fig. 1 ci-contre), ce qui interrompt trop tôt la synthèse de la protéine. La stratégie testée ici consiste à faire lire malgré tout ce stop anormal pour obtenir une protéine de longueur complète. Reste qu'une protéine de longueur complète n'est pas forcément une protéine normale : l'acide aminé inséré à la place du stop peut en modifier la structure et en altérer la fonction. Malgré cette limite, une récupération même partielle de la fonction peut déjà suffire à atténuer certaines maladies graves. À ce stade, toutefois, la méthode ne vise qu'un seul type de codon stop prématuré, UAG, et pas encore UAA ni UGA. encourage le lecteur à aller vérifier dans l'article d'origine : ici
Cette technique montre bien que les ARNt détiennent la clé du code
Cette technique montre bien que les ARNt ne portent pas le "code" au sens génétique, mais qu'ils en détiennent une clé essentielle au moment de la traduction. Elle invite aussi à distinguer deux usages du terme "code génétique", souvent confondus dans l'enseignement : le code comme tableau de correspondance entre codons et acides aminés, et le "code" comme manière vague de désigner l'information héréditaire elle-même, comme lorsqu'on dit qu'un enfant "reçoit le code génétique de ses parents".
Cet article rappelle utilement que le "code génétique" n'est donc pas seulement le tableau appris à l'école (fig. 1). Ce tableau peut suggérer qu'un codon de l'ARNm "désigne" directement un acide aminé. En réalité, dans la cellule, cette correspondance passe par les ARNt, qui reconnaissent les codons et apportent les acides aminés : ils sont au cœur de la mise en œuvre concrète du code, tout en étant eux-mêmes, comme les autres ARN, spécifiés par des gènes dans l'ADN. Les ARNt suppresseurs le montrent de façon particulièrement claire : en modifiant l'ARNt qui reconnaît un codon stop prématuré, on modifie la traduction sans changer la séquence du gène muté lui-même. Voilà une bonne occasion de faire percevoir aux élèves le code génétique non comme une simple table de conversion, mais comme un dispositif moléculaire concret de reconnaissance et d'appariement.
Principe d'action de cette piste thérapeutique
L'idée générale de Pierce et al. (2025) est de faire lire malgré tout un codon stop prématuré afin de permettre la production d'une protéine de longueur complète. Il ne s'agit donc pas de corriger le gène muté lui-même, mais de modifier l'anticodon d'un ARNt endogène pour le transformer en ARNt suppresseur capable de relire un codon stop prématuré et d'insérer un acide aminé à la place du signal d'arrêt. Cela ne garantit toutefois ni une structure correcte, ni une stabilité normale, ni une pleine fonctionnalité de la protéine produite. Comme seuls les tissus ou le vecteur a été introduit sont modifiés, et que les codons stop normaux sont mieux protégés que les stops prématurés, l'approche n'entraîne pas une lecture anarchique de l'ensemble des signaux d'arrêt.
La nouveauté importante est qu'il ne s'agit plus d'administrer ces ARNt comme agents thérapeutiques, mais d'utiliser le prime editing pour convertir des ARNt naturels en ARNt suppresseurs susceptibles d'être exprimés durablement dans les cellules ayant reçu le vecteur. Alors que les stratégies antérieures exigeaient des administrations répétées au moyen de systèmes sophistiqués de délivrance, cette approche pourrait, en principe, permettre une expression continue de sup-ARNt à des niveaux physiologiques. Des études animales à long terme seront toutefois nécessaires pour vérifier que cette expression reste stable et ne provoque pas d'effets secondaires indésirables. encourage le lecteur à aller vérifier dans l'article d'origine : ici
encourage le lecteur à aller vérifier dans l'article d'origine : ici
Figure 2 | principe d'action des ARNt suppresseur. a, Dans les cellules, la synthèse des protéines a lieu lorsque la machinerie ribosomique décode la séquence d'un ARN messager afin de déterminer quel acide aminé doit être ajouté ensuite à une chaîne protéique en cours d'élongation, portée par un ARN de transfert. De nombreuses variantes génétiques contiennent des codons de terminaison prématurée (PTC) — des triplets de nucléotides qui, une fois transcrits en ARN messager, interrompent la synthèse de la protéine avant que celle-ci n'ait atteint sa longueur complète.
b, Pierce et al. ont utilisé une technique d'édition du génome pour transformer des ARNt naturellement exprimés en ARNt suppresseurs (sup-tRNAs), capables de reconnaître un type particulier de PTC. Pendant la synthèse de la protéine, ce sup-ARNt se fixe sur le PTC et ajoute un acide aminé à la chaîne protéique. Cela permet à la synthèse de se poursuivre au-delà du PTC et d'aboutir à une protéine de longueur complète. De tels sup-ARNt présentent un potentiel thérapeutique pour des maladies associées à des variantes génétiques contenant des PTC. Source Kim Keeling (2025). (ici).
Mecanisme d'action de cette piste thérapeutique
Keeling (2025) indique que Pierce et al. (2025) ont identifié un ARNt suppresseur particulièrement actif contre un type précis de codon stop prématuré, UAG, puis l'ont testé dans des cellules humaines et chez la souris. Dans des lignées cellulaires porteuses de variants pathogènes, ils observent une restauration allant de 20 à 70 % de la fonction protéique normale. Dans un modèle murin de mucopolysaccharidose de type I, ils obtiennent jusqu'à 8 % d'activité normale de l'enzyme déficiente, ce qui suffit à atténuer plusieurs manifestations de la maladie. Ils rapportent aussi peu d'effets hors cible détectables et aucune lecture indésirable des codons stop normaux. Enfin, un criblage à grande échelle suggère que cette stratégie pourrait fonctionner dans de nombreux contextes moléculaires impliquant le codon UAG, y compris pour certains variants du gène CFTR, responsable de la mucoviscidose. encourage le lecteur à aller vérifier dans l'article d'origine : iciUne exigence essentielle pour cette technique, comme pour les autres approches thérapeutiques fondées sur la suppression du non-sens, est d'obtenir une restauration cliniquement pertinente de la fonction de la protéine cible. Pierce et al. rapportent qu'une restauration allant jusqu'à 8 % de la fonction normale de la protéine a suffi à atténuer les symptômes dans un modèle murin de MPS I, une maladie pour laquelle moins de 1 % de la fonction normale suffit déjà à réduire nettement les manifestations cliniques. En revanche, un tel niveau serait insuffisant pour de nombreuses maladies génétiques nécessitant un seuil de correction plus élevé. Il faudra donc encore améliorer l'efficacité et la puissance des sup-ARNt utilisés pour la suppression du non-sens.
encourage le lecteur à aller vérifier dans l'article d'origine : iciMême si les résultats de Pierce et de ses collègues suggèrent que cette approche par sup-ARNt pourrait avoir une large applicabilité, il faut garder à l'esprit que l'acide aminé inséré dans une chaîne protéique lors de la lecture au-delà d'un PTC peut avoir un effet important sur la stabilité et la fonction de la protéine. Il est donc peu probable que ce sup-ARNt permette de restaurer une fonction optimale pour toutes les protéines codées par des variants contenant un UAG. Des travaux supplémentaires seront nécessaires pour développer des sup-ARNt optimisés capables de permettre la lecture au-delà d'autres PTC, par exemple les codons UAA et UGA.
Mécanisme de prime editing ?
Le prime editing est utilisé ici comme un outil de "réécriture ciblée" : non pas pour corriger le gène muté, mais pour modifier l'anticodon d'un ARNt endogène et le transformer en ARNt suppresseur capable de relire un codon stop prématuré.
Pour approfondir voir Anzalone, & al. (2019).. ici:
Concrètement, Pierce et al. ciblent la boucle anticodon de gènes d'ARNt endogènes et remplacent l'anticodon natif par un anticodon suppresseur — par exemple CUA, UCA ou UUA — afin de reconnaître respectivement les codons stop TAG, TGA ou TAA. encourage le lecteur à aller vérifier dans l'article d'origine : ici
From: Prime editing-installed suppressor tRNAs for disease-agnostic genome editing
Références:
- Anzalone, A. V., Randolph, P. B., Davis, J. R., Sousa, A. A., Koblan, L. W., Levy, J. M., Chen, P. J., Wilson, C., Newby, G. A., Raguram, A., & Liu, D. R. (2019). Search-and-replace genome editing without double-strand breaks or donor DNA. Nature, 576(7785), 149‑157. https://doi.org/10.1038/s41586-019-1711-4
- Keeling, K. M. (s. d.). Transfer RNAs edited for 'non-stop' gene therapy: Transfer RNAs edited for 'non-stop' gene therapy. nature, 648(8092). Consulté 25 mars 2026, à l'adresse https://www.nature.com/articles/d41586-025-03587-3.pdfKeeling, K. M. (2025). Stop the nonsense : Genome editing creates potentially therapeutic transfer RNAs. Nature, 648(8092), 43‑45. https://doi.org/10.1038/d41586-025-03587-3Pierce, S. E., Erwood, S., Oye, K., An, M., Krasnow, N., Zhang, E., Raguram, A., Seelig, D., Osborn, M. J., & Liu, D. R. (2025). Prime editing-installed suppressor tRNAs for disease-agnostic genome editing. Nature, 648(8092), 191‑202. https://doi.org/10.1038/s41586-025-09732-2
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