L'Humanité Numérique : comprendre avec ces conférences,
… et participer au changement de nos enseignements ou le subir ?
Alors que l'informatique est introduite dans l'enseignement secondaire d'abord comme discipline d'enseignement dès la rentrée 2019, puis intégrée dans toutes les disciplines le classique cycle de conférences
convoque des spécialistes de l'UniGe sur le thème l'humanité numérique. 
Cf Plus bas
Plusieurs chercheurs ont même proposé des articles spécialement - ou nous en avons sélectionné - pour vous et les abonnés pourront accéder à ces articles.
Un moment particulièrement important ?
C'est un moment particulièrement important pour amorcer une réflexion sur les changements à apporter à l'enseignement. Dans la mesure où la biologie (et la chimie) ont été profondément transformées - on peut parler de changement de paradigme - la question de la place de la l'informatique dans les enseignements ne peut plus être écartée : on voit bien que le changement va se produire et il vaut peut-être mieux y participer que le subir ?
L'informatique au coeur de la biologie
La recherche en biologie a été profondément transformée au cours des dernière décennies par les nouvelles technologies qui génèrent de très grande quantité de données et donc par le traitement de ces données. Le paradigme moléculaire qui l'a portée jusqu'à la fin du siècle passé cède place à une biologie basée sur l'analyse de données abondantes. Ce qui justifie la publication n'est souvent plus la description, ni la partie description et technique mais l'analyse et la comparaison des données - avec celles notamment stockées dans des banques de données (ADN, protéines, structures 3D, expression des gènes etc.).
De la biologie virtuelle...? Non, mais au coeur de la recherche expérimentale !
Soulignons qu'il ne s'agit d'opposer du virtuel au réel ou à l'expérimental : l'expérimentation reste centrale dans la recherche, mais change de méthodes et d'outils. Les projets de recherche en biologie consistent toujours à poser les bonnes questions, à imaginer des expériences, puis à faire les expériences. Les expériences génèrent aujourd'hui de très grandes quantités de données (le séquençage par exemple). La recherche expérimentale aujourd'hui repose presque plus sur le choix des analyses informatiques et statistiques pour produire des savoirs nouveaux à partir de ce 'Big data' que sur les manipulations. Le traitement de ces données constitue souvent la plus-value centrale d'une publication scientifique.
Nécessaire pour former des citoyens capables de comprendre et décider
Beaucoup de ces projets de grande envergure sont vulgarisés et relayées dans les médias. On sait que les aspects les plus sensationnalistes voire des fake news sont les plus souvent relayées et qu'en conséquence les élèves et le public sont confrontés à des informations qui ont souvent perdu leur caractère scientifique.
Comprendre ce que ces recherches signifient et comment les mettre en perspective nécessite de comprendre les grandes lignes des méthodes bioinformatiques pour pouvoir en juger la portée et les limites. Ces savoirs et compétences ne sont pas inclus dans les programmes.
La recherche en biologie a été profondément transformée au cours des dernière décennies par les nouvelles technologies qui génèrent de très grande quantité de données et donc par le traitement de ces données. Le paradigme moléculaire qui l'a portée jusqu'à la fin du siècle passé cède place à une biologie basée sur l'analyse de données abondantes. Ce qui justifie la publication n'est souvent plus la description, ni la partie description et technique mais l'analyse et la comparaison des données - avec celles notamment stockées dans des banques de données (ADN, protéines, structures 3D, expression des gènes etc.).
De la biologie virtuelle...? Non, mais au coeur de la recherche expérimentale !
Soulignons qu'il ne s'agit d'opposer du virtuel au réel ou à l'expérimental : l'expérimentation reste centrale dans la recherche, mais change de méthodes et d'outils. Les projets de recherche en biologie consistent toujours à poser les bonnes questions, à imaginer des expériences, puis à faire les expériences. Les expériences génèrent aujourd'hui de très grandes quantités de données (le séquençage par exemple). La recherche expérimentale aujourd'hui repose presque plus sur le choix des analyses informatiques et statistiques pour produire des savoirs nouveaux à partir de ce 'Big data' que sur les manipulations. Le traitement de ces données constitue souvent la plus-value centrale d'une publication scientifique.
Nécessaire pour former des citoyens capables de comprendre et décider
Beaucoup de ces projets de grande envergure sont vulgarisés et relayées dans les médias. On sait que les aspects les plus sensationnalistes voire des fake news sont les plus souvent relayées et qu'en conséquence les élèves et le public sont confrontés à des informations qui ont souvent perdu leur caractère scientifique.
Comprendre ce que ces recherches signifient et comment les mettre en perspective nécessite de comprendre les grandes lignes des méthodes bioinformatiques pour pouvoir en juger la portée et les limites. Ces savoirs et compétences ne sont pas inclus dans les programmes.
Des formations continues
Des formations continues ont été organisées depuis 2002 avec Marie-Claude Blatter du SIB, sur les usages possibles en classe, sur les preuves de l'évolution, sur la diversité humaine, sur la médecine personnalisée, sur la prédiciton de médicament et les rôles des protéines, sur les modèles 3D de structure authentique de protéines à imprimer -> il reste des places s'inscrire ici.
Qui aide les futurs citoyens à comprendre ces nouvelles approches qui transforment leur monde ?
Qui apprend à nos élèves ce que ces recherches signifient et comment les mettre en perspective en comprenant assez de ces méthodes pour en juger leur portée et leurs limites ?
Au moment de cette introduction de l'informatique dans les écoles, ne serait-ce pas le moment d'une vraie discussion de la place de la (bio)-informatique et du traitement critique de l'information sur les biosciences dans l'enseignement au secondaire ?
Serait-ce le moment de former un groupe pour y réfléchir ?
Quelques personnes se sont déjà manifestées - la DG-ESII voit d'un bon oeil cette initiative et ceux qui sont intéressés ou ont des idées à partager peuvent me contacter.
Quelques personnes se sont déjà manifestées - la DG-ESII voit d'un bon oeil cette initiative et ceux qui sont intéressés ou ont des idées à partager peuvent me contacter.
En tous cas ces conférences aideront à prendre la mesure de ce qui se passe Cf Plus bas et flyer en pièce jointe
Un cycle de conférences, une opportunité magnifique de prendre du recul
Plusieurs chercheurs ont même proposédes articles spécialement ou nous en avons sélectionné et les abonnés pourront accéder à ces articles.
Un cycle de conférences, une opportunité magnifique de prendre du recul
Mercredi 9 janvier 2019 Quand l'informatique rencontre la biologie
Dre Frédérique Lisacek, SIB Institut Suisse de Bioinformatique et UNIGE Comparer des gènes, classifier des virus ou visualiser des macromolécules en trois dimensions est devenu impossible sans des supports et des traitements informatiques, désormais rassemblés sous la dénomination de «bioinformatique». Cette présentation illustrera la contribution de la bioinformatique dans la recherche contemporaine en biologie à travers des exemples de questions pratiquement résolues, telles que l'assemblage automatique d'un génome séquencé, et à résoudre, telles que la prédiction des interactions entre des cellules humaines et des pathogènes ciblés.
Mercredi 16 janvier 2019 Big data et intelligence artificielle en santé : espoirs et défis
Prof. Christian Lovis, Département de radiologie et d'informatique,
Faculté de médecine, UNIGE
La digitalisation est sans doute le phénomène marquant de ce début du 21e siècle. Tous les aspects du quotidien sont inexorablement soumis à devenir interactifs, connectés. Cette digitalisation a pour effet de produire une sorte d'image virtuelle et digitale de la société, de plus en plus précise, qu'on peut comparer à l'évolution des appareils de photos numériques. Sauf que là, il ne s'agit plus seulement d'une image, mais d'un modèle multidimensionnel digital de toute la société. La présentation abordera ce thème, sa genèse, les dangers et les espoirs de cette digitalisation.
Mercredi 23 janvier 2019 Médecine personnalisée : des exemples pour mieux comprendre
Prof. Vincent Zoete, SIB Institut Suisse de Bioinformatique
et Université de Lausanne
Dre Marie-Claude Blatter, SIB Institut Suisse de Bioinformatique et UNIGE Médecine personnalisée, médecine génomique, médecine de précision, qu'en- tend-on par-là? Nous aborderons cette question avec des exemples concrets, basés sur des analyses effectuées en oncologie dans les hôpitaux romands. Quel est le rôle des différents intervenants et notamment des biologistes et des bioinformaticiens? Pourquoi séquencer le matériel génétique des cellules tumorales? Comment interpréter ces données? Pourquoi faire de la modélisa- tion moléculaire? De quoi s'agit-il? Nous verrons ainsi comment les nouvelles technologies permettent de mieux cibler le traitement de certains cancers.
Dre Frédérique Lisacek, SIB Institut Suisse de Bioinformatique et UNIGE Comparer des gènes, classifier des virus ou visualiser des macromolécules en trois dimensions est devenu impossible sans des supports et des traitements informatiques, désormais rassemblés sous la dénomination de «bioinformatique». Cette présentation illustrera la contribution de la bioinformatique dans la recherche contemporaine en biologie à travers des exemples de questions pratiquement résolues, telles que l'assemblage automatique d'un génome séquencé, et à résoudre, telles que la prédiction des interactions entre des cellules humaines et des pathogènes ciblés.
- Masseroli, M., Mons, B., Bongcam-Rudloff, E., Ceri, S., Kel, A., Rechenmann, F., … Romano, P. (2014). Integrated Bio-Search: challenges and trends for the integration, search and comprehensive processing of biological information. BMC Bioinformatics, 15(1), S2. https://doi.org/10.1186/1471-2105-15-S1-S2
Mercredi 16 janvier 2019 Big data et intelligence artificielle en santé : espoirs et défis
Prof. Christian Lovis, Département de radiologie et d'informatique,
Faculté de médecine, UNIGE
La digitalisation est sans doute le phénomène marquant de ce début du 21e siècle. Tous les aspects du quotidien sont inexorablement soumis à devenir interactifs, connectés. Cette digitalisation a pour effet de produire une sorte d'image virtuelle et digitale de la société, de plus en plus précise, qu'on peut comparer à l'évolution des appareils de photos numériques. Sauf que là, il ne s'agit plus seulement d'une image, mais d'un modèle multidimensionnel digital de toute la société. La présentation abordera ce thème, sa genèse, les dangers et les espoirs de cette digitalisation.
- Campus n°132 « Des données partageables plutôt qu'ouvertes " ici
- Frederic, E., Chloe, W., & Christian, L. (2016). Positioning Commercial Pedometers to Measure Activity of Older Adults with Slow Gait: At the Wrist or at the Waist? Studies in Health Technology and Informatics, 18–22. https://doi.org/10.3233/978-1-61499-633-0-18
- Lovis, C. (2016, novembre 21). Philosophie.ch - La santé, la maladie, le citoyen et le patient. Philosophie.ch. Consulté à l'adresse https://www.philosophie.ch/fr/philosophie-fr/philosophie-et-sante/la-sante-la-maladie-le-citoyen-et-le-patient
- Meystre, S. M., Lovis, C., Bürkle, T., Tognola, G., Budrionis, A., & Lehmann, C. U. (2017). Clinical Data Reuse or Secondary Use: Current Status and Potential Future Progress. Yearbook of Medical Informatics, 26(1), 38‑52. https://doi.org/10.15265/IY-2017-00
Mercredi 23 janvier 2019 Médecine personnalisée : des exemples pour mieux comprendre
Prof. Vincent Zoete, SIB Institut Suisse de Bioinformatique
et Université de Lausanne
Dre Marie-Claude Blatter, SIB Institut Suisse de Bioinformatique et UNIGE Médecine personnalisée, médecine génomique, médecine de précision, qu'en- tend-on par-là? Nous aborderons cette question avec des exemples concrets, basés sur des analyses effectuées en oncologie dans les hôpitaux romands. Quel est le rôle des différents intervenants et notamment des biologistes et des bioinformaticiens? Pourquoi séquencer le matériel génétique des cellules tumorales? Comment interpréter ces données? Pourquoi faire de la modélisa- tion moléculaire? De quoi s'agit-il? Nous verrons ainsi comment les nouvelles technologies permettent de mieux cibler le traitement de certains cancers.
- Bryce, A. H., Egan, J. B., Borad, M. J., Stewart, A. K., Nowakowski, G. S., Chanan-Khan, A., … McWilliams, R. R. (2017). Experience with precision genomics and tumor board, indicates frequent target identification, but barriers to delivery. Oncotarget, 8(16), 27145‑27154. https://doi.org/10.18632/oncotarget.16057
Mercredi 30 janvier 2019 L'évolution génétique des humains sous la loupe du numérique
Faculté des sciences, UNIGE
Tous les humains actuels font partie d'une même grande famille, l'espèce humaine, dont l'origine et l'évolution ne cessent de susciter notre curiosité. Si la structure détaillée de l'ADN est connue depuis plus d'un demi-siècle, c'est le passage à l'ère numérique qui a permis d'explorer en profondeur sa diversité et d'y déchiffrer les signatures de notre passé. Nous y découvrons une fascinante épopée humaine marquée de rencontres avec d'autres humains aujourd'hui disparus et de longs périples à travers la planète dans des environnements parfois extrêmes. Et aussi les clefs de nos différences.
- La région génomique qui est au centre de nos recherches est le complexe majeur d'histocompatibilité humaine HLA. A la fois le plus polymorphe du génome humain et l'un des plus impliqués dans la réponse immunitaire et le rejet des greffes tissulaires, ce système est d'un grand intérêt non seulement pour l'étude de l'évolution humaine, mais aussi pour la compréhension des prédispositions ou résistances génétiques des populations à certaines maladies, et pour la recherche de donneurs de moelle osseuse ou d'organes compatibles avec des patients nécessitant une transplantation. Nos recherches sont donc aussi motivées par des questions de santé publique. Pour visionner la vidéo depuis le site TSR découverte
- Sanchez-Mazas A., Černý V., Di D., Buhler S., Podgorná E., Chevallier E., Brunet L., Weber S., Kervaire B., Testi M., Andreani M., Tiercy JM., Villard J., Nunes JM. (2017) The HLA-B landscape of Africa: Signatures of pathogen-driven selection and molecular identification of candidate alleles to malaria protection. Mol Ecol. 2017; 26:6238-6252. https://doi.org/10.1111/mec.14
- Buhler S., Nunes JM., Sanchez-Mazas A. (2016) HLA class I molecular variation and peptide-binding properties suggest a model of joint divergent asymmetric selection. Immunogenetics. 2016, vol. 68, no. 6-7, p. 401-416. DOI: 10.1007/s00251-016-0918-x http://archive-ouverte.unige.ch/unige:84711
- Di D, Sanchez-Mazas A, Currat M. (2015) Computer simulation of human leukocyte antigen genes supports two main routes of colonization by human populations in East Asia. BMC Evolutionary Biology 2015, 15:240 doi:10.1186/s12862-015-0512-0 http://archive-ouverte.unige.ch/unige:77111
(Les membres Expériment@l-Tremplins peuvent obtenir ces articles…).
Mercredi 6 février 2019 L'informatique affective : comment votre ordinateur vous aime
Dr Guillaume Chanel, Département d'informatique,
Faculté des sciences, UNIGE
Nous avons tous ragé face à une machine qui ne réagissait pas comme atten- du. Cela est dû au fait que nos interactions avec ces objets sont très différentes des interactions humaines. Avoir des machines qui pourraient détecter nos émotions en se basant sur plusieurs indices (expressions faciales, ton de voix, rougissement des joues) nous permettrait probablement de communiquer plus naturellement avec elles. Mais si les machines pouvaient comprendre nos émotions, pourraient-elles mieux répondre à nos attentes? Pourraient-elles se joindre à nos relations sociales ou même les modifier?
- Chanel, G., & Mühl, C. (2015). Connecting Brains and Bodies: Applying Physiological Computing to Support Social Interaction. Interacting with Computers, 27(5), 534‑550. https://doi.org/10.1093/iwc/iwv013 | archive-ouverte.unige
- Kivikangas, J. M., Chanel, G., Cowley, B., Ekman, I., Salminen, M., Järvelä, S., & Ravaja, N. (2011). A review of the use of psychophysiological methods in game research. Journal of Gaming & Virtual Worlds, 3(3), 181‑199. | archive-ouverte.unige
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