Utiliser en classe des données authentiques habillés de manière jeune et attrayante ?

Rien en biologie n'a de sens si ce n'est à la lumière de l'évolution

Ce mercredi 24 novembre 2021 était le  'Evolution Day 2021',
une date qui marquait l'anniversaire de la publication du célèbre ouvrage de Charles Darwin "De l'origine des espèces", paru le 24 novembre 1859.  s'inspirant de la célèbre phrase de Dobzhansky :"Nothing in Biology Makes Sense Except in the Light of Evolution" Un projet AGORA  du FNS) développe des outils pour comprendre l'évolution qui sont  à la fois fondé sur des données authentiques mais habillés de manière jeune et attrayante.
Et très actuel : le variant Omicron y est intégré.

Un nouveau site web dédié à l'évolution 'In the light of Evolution'  !

Marie-Claude Blatter du SIB précise :  Les concepts qui se cachent derrière l'évolution des espèces peuvent parfois sembler très abstraits, mais ils sont fondamentaux pour mieux comprendre la biodiversité qui nous entoure. 10 à 100 millions d'espèces peuplent notre planète. A l'époque de Darwin, on commença par comparer les espèces sur la base de leur morphologie. Aujourd'hui, il est possible d'étudier l'évolution des espèces en comparant leur ADN et en particulier, leurs gènes ou leurs protéines.
Quel est le lien entre l'ADN, les gènes, les protéines et l'évolution ? A quoi ressemblent ces données aujourd'hui ? Combien de gènes sont communs à l'homme et la banane ? Comment et pourquoi étudier l'évolution d'un virus ?  

Le site web 'In the light of Evolution' propose:

(1)    des histoires qui abordent ces différentes questions - de nouvelles histoires seront publiées régulièrement ces 3 prochaines années en fonction de l'actualité scientifique.
(2)    des activités interactives en lien avec chaque histoire : ces activités sont basées sur des données et des analyses bioinformatiques authentiques, en lien avec des publications scientifiques.

Exemples :

"Banana split" ou la recherche des similitudes génétiques entre différentes espèces

L'existence de gènes communs entre différentes espèces est une preuve de l'existence d'un ancêtre commun et de la relation qui existe entre tous les organismes vivants.
Quelles données sont comparables ? Est-ce possible de comparer des génomes entiers ? Comment trouver les gènes communs entre 2 espèces (gènes orthologues) ? Comment calculer le pourcentage de similarité entre 2 espèces et trouver, par exemple, que nous partageons 98 % de nos gènes avec le chimpanzé et 25 % de nos gènes avec la banane ?  Quelles sont les fonctions biologiques de ces gènes communs…et quelles sont les fonctions biologiques des gènes qui sont spécifiques à un groupe d'espèces ?

Le ton est irrévérencieux et les élèves pourront personnaliser le texte  dans les images qui sont à la taille de leur écrans pour peu-être les diffuser (le site évoque les mèmes internet demandez à vos élèves si jamais :-)…

…

Le concept de mème fait référence aussi au fameux texte de Dawkins, R. (2006) - à lire absolument, c'est un des 10 textes qui ont le plus marqué ma pensée et je ne suis pas le seul à le penser ! 

Pour en savoir plus:  
https://lightofevolution.org/banana-split/
https://lightofevolution.org/banana-split-a-vous-de-jouer/

 "Chasse aux variants" ou comment retracer l'évolution du SARS-CoV-2

Saviez-vous que les variants Alpha, Beta, Gamma, Delta et Omicron possèdent des combinaisons de mutations spécifiques qui persistent dans le temps ? Pourquoi et comment analyser ces mutations ? Que recherchent les scientifiques qui traquent les virus (ici) ? Comment représenter l'évolution du virus avec un arbre phylogénétique ? Et pourquoi est-ce utile d'analyser des échantillons d'eaux usées ?

Pour en savoir plus :
https://lightofevolution.org/chasse-aux-variants/
https://lightofevolution.org/chasse-aux-variants-a-vous-de-jouer/

Pour commencer depuis le début: https://lightofevolution.org/a-propos-de/
Ce projet est financé par le FNS-Agora. Il a été développé par des membres du SIB Institut Suisse de Bioinformatique et a reçu le prix Optimus Agora 2021. (https://agoraforum.ch/en/newsoptimusagora2021/)

Et omicron ?

le site Nexstrain aussi mis sur pied avec le SIB révèlera progressivement la diffusion mondiale possible du variant omicron - quasi en temps réel,
https://nextstrain.org/ncov/gisaid/global?f_clade_membership=21K%20%28Omicron%29

On ne voit au moment d'écrire ces lignes que peu d'Omicron sur la carte du monde de Nextstrain bien sûr (On voit déjà la différence entre hier et aujourd'hui ! ) ... mais dans les jours qui viennent  les lecteurs de JTS pourront voir l'évolution   !

 

NB : Marie-Claude Blatter précise que Nexstrain se base sur les séquences disponibles ! Or tous les pays n'ont pas les moyens de séquencer le matériel génétique du virus chaque fois qu'un test PCR est positif !

Comment exploiter la qualité des données si les activités ne conviennent pas à mes élèves / ma pédagogie… ?

Les enseignants le font toujours, adapter les activités à leur style, à leurs publics !
En citant les sources bien sûr.

Il est évidemment possible de modifier les activités, de récupérer les données pour les intégrer dans ses documents.
P.ex.  de guider les élèves pour aller chercher dans les différence ou similitudes entre organismes, virus etc. (ici)
Puis construire un arbre phylogénétique, et l'intégrer avec d'autres activités comme chercher la date de divergence évolutive de deux espèces.

On peut leur faire voir (ou observer eux-même) dans l' animation au cours du temps de Nexstrain les variants Delta, puia Omicron apparaitre puis se répandre : on les voit linéairement dans les séquences en haut et géographiquement sur la carte du monde (cf ici )

Références

• Dobzhansky, T. (1973). Nothing in biology makes sense except in the light of evolution. American Biology Teacher, 35(3), 125‑129.
• Dawkins, R. (2006). The selfish gene. Oxford university press.