mercredi 28 avril 2010

Colloque 10 mai L'argumentation en classe de sciences : Parlotte inutile ou mise au travail des savoirs scientifique ?

Mini-colloque de didactique de la biologie:

« Appliquer en classe de biologie des théories éducatives et analyser son action pour mieux agir en classe. »

Lundi 10 mai 2010

Dans le cadre de l'atelier de didactique de la biologie à l'Institut Universitaire de Formation des Enseignants, les étudiant-e-s de première et deuxième année ont choisi d'approfondir une problématique, ont exploré son application en classe et en tirent un bilan qu'ils partageront à l’aide d’un poster.

8h00 – 9h30 Salle MR070 - Uni Mail

Le colloque sera introduit par une conférence du Dr Yann Lhoste, didacticien de la biologie à l’Université de Caen-Basse-Normandie :

« L'argumentation en classe de sciences : parlotte inutile ou mise au travail des savoirs scientifique ? »

10h00 - 14h00 Présentation publique des posters des étudiant-e-s
Uni Mail - Espace 3ème étage côté Jura - à l'opposé du tram.

Les étudiants présentent leurs travaux sous forme de poster qu’ils défendent brièvement en présence du public.

Cette présentation tient lieu d’examen de l’atelier de didactique de la biologie.

Avec le soutien de l'Ecole Doctorale de Sciences de l'Education (EDSE)

Organisation: François Lombard et Rémy Kopp (Contact francois.lombard unige.ch) Accès internet: http://doiop.com/didabioprojet10

vendredi 23 avril 2010

Printemps de plus en plus précoce ou désynchronisation ?

Le réchauffement climatique décale les signes du printemps.chaton ---en forme de vieux bonhomme

Un article récent de Science, Körner C. et al.(2010)Phenology Under Global Warming par des chercheurs de l'université de Bâle, discute des différentes manières dont le réchauffement influence l'éclosion et la floraison de diverses espèces. Ils montrent comment selon les plante, on n'a pas un simple décalage, mais qu'on risque une désynchronisation entre l'éclosion des bourgeons ou des fleurs et les conditions saisonnières ou le développement des autres espèces. En particulier cela dépend de si leur développement printanier est déclenché par l'accroissement de la température, l'accroissement de la température mais après une période de froid, ou l'allongement de la durée du jour. Beaucoup d'arbres sont donc peu sensibles à la température pour le démarrage de leur croissance et on ne devrait pas s'attendre à un allongement de la période de végétation ni une absorption accrue de CO2 directement liée au réchauffement climatique. Chaton de saule et gouttes. On peut y voir un bonhomme. Photo : F.Lombard

La phénologie : un regain d'intérêt depuis que le climat est menacé.

Titre Naturalistes RomandsL'éclosion, la floraison, le sénescence sont étudiés depuis longtemps par les naturalistes (cf plus bas pour des formations par les Naturalistes Romands) c'est la phénologie. Pour Körner C. et al . (2010) avec la modification du climat ces études suscitent un regain d'intérêt. Ils citent des études qui montrent qu'aux latitudes moyennes les évènements printanniers sont anticipés de 2.5 jours par décennie depuis 1971 (A. Menzel et al.2006). Ils étudient en particulier l'allongement de la période de végétation dont l'influence sur la production végétale est important. Depuis 50 ans, on observe une prolongation de la période de végétation de 13.3 jours. Due plutôt à l'apparition plus hâtive des signe phénologiques du printemps, selon Defila, C., & Clot, B. (2001). D'autres études citées par Thomson, D. J. (2009) mentionnent que certaines migrations sont avancées d'un mois.

Différentes façons de réagir au changement climatique

Körner C. et al. (2010) discutent des indices qui déclenchent le démarrage de différentes espèces après l'hiver. La photopériode contrôle l'induction (la formation hivernale des bourgeons), les méristèmes d'abscission des feuilles, et la résistance au gel) ainsi que la sortie de la dormance, le démarrage de la croissance, et des évènements reproducteurs, comme la floraison synchrone. La température joue un rôle modulateur et déclenche le progrès visible de la phénologie, comme la coloration des feuilles chez plusieurs espèces.
Figure 1
Fig 1 : [img] Le contrôle du développement printanier est basé sur la température pour certaines espèces comme le lilas (Syringa), d'autres comme le charme (Carpinus) ne deviennent sensibles à la température qu'une fois leur exigence de froid satisfaite. Enfin d'autres comme le Hêtre (Fagus) sont contrôlées par la photopériode. Source : Körner C et al. (2010).

Le contrôle du développement printanier de plusieurs espèces des régions chaudes comme le lilas (Syringa), est principalement basé sur la température, mais des espèces natives de début de succession (cf fig 2) comme le charme (Carpinus) ne deviennent sensibles à la température qu'une fois leur exigence de froid satisfaite. Les espèces qui viennent en fin de succession (cf fig 2) comme le Hêtre (Fagus) sont contrôlées par la photopériode et la température n'a qu'un effet modulateur limité une fois la longueur du jour critique atteinte. Ce mécanisme empêche ces espèces de germer au "faux" moment. serieversclimax
Fig 2 :
Diverses espèces se succèdent vers le climax . source MICHIGAN FORESTS FOREVER TEACHERS GUIDE

La progression des signes phénologiques est-elle représentative ?

Selon Körner C. et al. (2010) certaines études qui montrent un avancement régulier du démarrage printanier devraient être mises en perspective ne sont pas forcément représentatives de l'ensemble des espèces. La fameuses série du marronnier de la Treille à Genève (cf fig. 4) dans laquelle on a mesuré l'éclosion du premier bourgeon depuis 1818 est la (une des ?) plus longue série phénologiques.

Fig 3 : Le marronnier de la Treille
à Genève : On y observe la date d'éclosion du premier bourgeon depuis 1818. [img] Source : Francina-mycologie Ces données indiquent clairement un démarrage de plus en plus hâtif (cf fig. 3). Mais les auteurs notent que le marronnier est une espèce exotique sub-méditerranéenne qui est sensible à la température bien plus que la plupart de nos espèces locales. En conséquence selon Körner C. et al. (2010) elle pourrait plutôt indiquer un réchauffement de la ville a pas forcément un démarrage plus hâtif de toute la végétation locale. phenologie-marronnier-treille-defila et al
Fig 4 : La date d'éclosion du premier bourgeon du marronnier de la Treille
à Genève : une des plus anciennes série phénologiques. Elle pourrait révéler surtout le réchauffement de son environnement citadin lié à l'industrialisation. [img] Source : Defila, C., & Clot, B. (2001)

Un décalage inégal et un déséquilibre pourraient en résulter.

Pour les auteurs les espèces des forêts mûres proches du climax (late successional species cf fig 2) sont moins sensibles à la température et on ne devrait pas s'attendre a beaucoup d'allongement supplémentaire de la période de végétation, ni hélas à une absorption accrue du CO2 qui en serait le corollaire. D'autres espèces opportunistes et de nombreuses plantes ornementales issues de régions chaudes pourraient effectivement "suivre" le réchauffement en démarrant plus tôt. Ainsi, on n'a pas un simple décalage de toute la végétation en bloc, mais on risque une désynchronisation entre l'éclosion des bourgeons et des fleurs de certaines espèces et d'autres. Cela pourrait donner à ces espèces un avantage compétitif. Et d'autres déséquilibres du sol pourraient aussi résulter de ce décalage. Si je comprends bien cela signifie que les forêts sont plus menacées que les fourrés, les lisières et les prés. Aussi qu'il pourrait y avoir des déséquilibres entre l'éclosion de certaines espèces et la végétation.

Chez les migrateurs aussi des désynchronisations problématiques.

Both, C. et al. (2006) ici ont montré que chez un oiseau migrateur, le Gobemouches noir (Ficedula hypoleuca) ce décalage fait qu'ils arrivent trop tard dans leurs territoires du Nord, et que le pic d'abondance de nourriture pour nourrir leurs petits est déjà passée dans plusieurs régions où ce pic est hâtif et les populations de Gobemouche noir ont y chuté de plus de 90%. Ils disent que ce cas doit être fréquent et prédisent des diminutions de populations nombreuses si le réchauffement continue. Le cas a aussi été étudié en suisse romande où la situatiuon semble plus nuancée Ravussin, P.A., Arrigo, Daniel. (2010)
Fig 5 : Le Gobemouche noir. [img] Source :Animal Diversity Web Michigan Science Art (copyright holder)

Ces problèmes de décalage sont aussi mis en évidence pour de nombreux autres cas par Walther, G.-R., et al. (2002) dans un review (intranet.pdf).

La vulgarisation "sensationnalise" mais n'explique pas...

La presse scientifique de vulgarisation fait état de l'avancement du démarrage printanier (cf G-H D. (2006) [img intranet]) ou mentionne ce décalage entre espèces (cf D.O. (2010) [img intranet]), mais ne donne pas le cadre permettant de comprendre et de mettre en perspective. On a des conclusions qui ne peuvent qu'être acceptées ou rejetées, sans accès aux données et aux connaissances qui leur donnent du sens et permettent d'en comprendre la portée.

La vulgarisation, la formation du citoyen et PISA

Si on a l'ambition de rendre le citoyen capable d'"identifier les questions, et de tirer des conclusions basées sur des données afin de comprendre et de prendre des décisions." (C'est à peu près ce que PISA se propose de tester...) Il faut sans doute lui donner plus que des simples conclusions hors contexte, et lui apprendre à aller au-delà d'un simple appris par coeur... Titre Naturalistes Romands Et si on veut plutôt aller à la rencontre de la nature plutôt que de s'inquiéter dans des bureaux, cf plus bas les formations Naturalistes Romand

Sources


Logo Naturalistes RomandsTitre Naturalistes Romands
Chers curieux de nous lire,
Au menu de cette petite bafouille printanière, outre nos vœux de joyeuses jonquilles, nous vous proposons uneFormation Naturaliste 2010,distillant des cours de sciences naturelles pour tous. Les outils du naturaliste sont désormais à portée de loupe.
Trois associations se sont acoquinées avec malice pour proposer cette formation: L'Association des Amis du Jardin Botanique de Genève (AAJB), LesNaturalistes Romandset ProNatura Genève. Ces trois associations, à la vulgarisation joviale et pertinente, mettent leurs compétences en commun pour que tout le monde puisse aborder différents domaines naturalistes, que ce soit, par exemple, les identifications des plantes à fleurs, des lichens ou des ossements de pelotes de réjection. Plus besoin d'être biologiste pour avoir accès aux cours de sciences naturelles (mais les biologistes y ont-ils encore accès ?).
N'hésitez pas à venir glaner quelques précieuses informations concernant cette formation à la carte : www.naturalistes-romands.ch/cours/FormationNaturaliste2010.pdf (N'hésitez pas non plus à feuilleter rapidement ce PDF,les prochains cours de botanique démarrent dans deux semaines !)
Si vous avez un frigo, nous nous permettons de lui offrir un (relativement) magnifique calendrier à y placarder : www.naturalistes-romands.ch/cours/FormationNaturaliste_Calendrier2010.pdf Si vous n'avez pas de frigo, il vous reste le site internet :www.naturalistes-romands.ch/cours.html
En espérant vous y voir lorgner un de ces jours, je vous souhaite une belle visite de la nouvelle école des curieux et, tant qu'on y est, un printemps tapageur.
Laurent Burgisser www.naturalistes-romands.ch

mercredi 21 avril 2010

Cafés scientifiques : EST-IL VRAI...QUE LES REGIMES FONT MAIGRIR ? - Café scientifique du Lundi 26 avril 2010 à 18h30

Café scientifique, le LUNDI 26 AVRIL 2010 à 18h30
Musée d'histoire des sciences
(dans le Parc de la Perle du lac)
Trams 13 et 15, arrêt Butini / Bus 1, arrêt Sécheron, Parking adjacent.
ENTREE LIBRE


EST-IL VRAI...QUE LES REGIMES FONT MAIGRIR ?

Le printemps est là, les doudounes retournent au placard et les couvertures des magazines regorgent de recettes miracle nous laissant croire que le corps idéal est à portée de tous.
Sujet marronnier qui ne sert qu’à vendre du papier ou réel problème de société ?
Pour certains spécialistes, la question du poids est en voie de devenir une priorité du XXIème siècle. Une nouvelle pandémie nommée globésité serait née. Y a-t-il des mesures à prendre ? Quoiqu’il en soit, pour le citoyen lambda, l’apparence physique n’est pas anodine. L’industrie prolifique des régimes est là pour en témoigner?
Psychologique, physionomique, sociologique, industriel voire étatique, la question des régimes est partout.
A qui profitent-ils vraiment?

Avec la participation de :

Mme Isabelle MONCADA, journaliste spécialisée dans les questions liées à la santé.

Mme Maaike KRUSEMAN, professeur à la Haute Ecole de Santé de Genève, spécialiste en nutrition et en santé publique, diététicienne diplômée MPH.

M.Alain GOLAY,Médécin chef, chef enseignement thérapeutique pour maladies chroniques, diabète et l'obésité, HUG
Mme Paola TORO, Sociologue et spécialiste des questions du corps

Animation :

Mme Sandrine COMMENT, Sociologue
Plus d'informations sur l'activité de Bancs publics sur notre site Site internet http://www.bancspublics.ch
 

Ecouter un prix Nobel / rencontrer informellement des chercheur-es en biodiversité et étudiants

anne de la biodiversité

2010 est l'année de la biodiversité

Juan Montoya nous informe d'une opportunité de rencontre informelle entre élèves et chercheurs et étudiants :
Le mardi 11 mai, nous organisons une soirée-conférence sur le recherche en biodiversité, destinée aux collégiens et étudiants en bachelor et master en biologie de l'Université de Genève. Des étudiants en master, en thèse de doctorat et en post-doctorat présenterons leur sujet de recherche ainsi que leur parcours et impressions sur le métier de biologiste et sur l'avenir de la biodiversité.

La Recherche en Biodiversité

Soirée-Conférence

mardi 11 mai, dès 20h, salle de la Datcha

Entre Sciences II et Ecole de Physique, voir plan

Présentation de sujets de recherche et parcours académique des étudiants et chercheurs en biodiversité

Public ciblé: collégiens, étudiants en bachelor et master en biologie

Fig 1 :[img] une rencontre chercheurs-étudiants-élèves .

La soirée-conférence aura lieu à la salle de la Datcha, lieu de réunion de l'association des étudiants en biologie, à 20h. Cette salle se trouve entre le bâtiment de Sciences II et celui de Physique. Affichette présentant cet évènement.

Juan Montoya --


LSSS 010Le séminaire LSSS (Life Sciences Seminar Series 2009-2010) Organisé par Dr. Sandra Citi et Dr. Françoise Stutz pour les Departments of Molecular Biology, Cell Biology, Biochemistry, Plant Biology, Zoology and Animal Biology of the Faculty of Sciences Programme (3 776 Ko,)

Fig 2 : [img] Des chercheurs de pointe seront à Genève bientôt . Parmi tous les invités de marque les 2 prochains sont tout à fait remarquables puisqu'on a

  • le 14 mai Joan Steitz du HHMI, Yale School of Medicine, USA a entre autres participé à la rédaction du projet Bio2010 qui repense l'enseignement de la biologie son site
  • Regulating the activity of microRNAs

Pour toute information contact : silvia.ramundo@unige.ch

vendredi 16 avril 2010

Un monde sans génie génétique. Qu’en serait-il si... ?

Logo JRG
Logo JRG
Logo JRG
Titre JGR 2010

Un monde sans génie génétique. Qu’en serait-il si... ?

A Genève, du 13 avril au 10 juin 2010

4 conférences Du 21 avril au 10 juin Sciences II - Université de Genève - Auditoire A150 18 h 30 - 19 h 30
Quatre scientifiques du Pôle de Recherche National Frontiers in Genetics et de l’Université de Genève détaillent les sujets de recherche qui les passionnent et abordent les différents aspects qui seraient inconcevables sans le recours aux techniques de génie génétique.
Programme
Pictogramme PDF (2 pages, 303 Ko)
Visites de laboratoires 13 et 22 avril Muséum d’histoire naturelle de la Ville de Genève 14 h - 15 h Des gènes à l’arbre de l’évolution
Le Muséum d’histoire naturelle présente son laboratoire de génétique où est étudiée une grande diversité d’animaux, vertébrés et invertébrés. A partir du séquençage de portions d’ADN, les chercheurs reconstruisent des arbres évolutifs (ou arbres phylogénétiques) qui permettent de faire des hypothèses sur l’évolution et la biogéographie d’animaux de chez nous, ou de l’autre bout du monde
4, 5 et 6 mai Plateforme Génomique CMU - Université de Genève - Laboratoire 2002 14 h - 16 h Les nouvelles techniques pour analyser le génome
La Plateforme est équipée des instruments les plus récents pour séquencer et analyser notre génome. Nous présenterons les puces à ADN (microarrays), la PCR en temps réel et les dernières technologies de séquençage à ultra-haut débit, des technologies complémentaires. Les informations obtenues sur les gènes, leur séquence, ou leur niveau d’expression seront évoquées. L’utilisation de ces technologies dans la recherche et en médecine sera discutée.
9 et 10 juin Plateforme de Bioimagerie Sciences II - Université de Genève - Laboratoire 245 14 h - 16 h Voyage dans le microcosme
La Plateforme de Bioimagerie est équipée de microscopes à fluorescence de haute performance, de microscopes à lasers et d’une station à bioluminescence. Nous vous invitons à visiter la plateforme et à découvrir nos instruments. Vous aurez la possibilité de préparer vos propres échantillons de cellules vivantes dont nous étudierons les structures subcellulaires au microscope à fluorescence.
Programme
Pictogramme PDF (3 pages, 303 Ko)

jeudi 15 avril 2010

Le projet génome humain a 10 ans / Chromosome Walk le retour

Chromosome walk, au fil du génome humain[img]Chromosome Walk est de retour cf plus bas

Has the revolution arrived?Le projet génome humain a 10 ans.

Il y a dix ans que les premières séquences du génome ont été publiées : c'est l'occasion d'un bilan.

Le projet génome humain a 10 ans.

Has the revolution arrived?See online collection. Il y a déjà 10ans qu'une première annonce du séquençage du génome humain avait mis à disposition de tous la séquence complète de l'ADN humain (un composite de 2 humains en qualité Draft d'une précision limitée : vers 1% d'erreurs). Mettre à disposition de chacun ce qui constitue sans doute l'essence de notre être a mis en évidence un changement au coeur de la biologie : on parle de révolution génomique. Spencer N. & Fernandes W. (2010) dans Human Genome Special de la revue Nature font un bilan de cette décennie qui a transformé (ou amorcé une mutation de notre regard sur ... diront certains) ce que nous sommes et sur la biologie.

Un feu d'artifice de séquences humaines

Human genome at ten: The sequence explosion
Fig 1 : Le nombre de génomes humains disponibles augmente exponentiellement (courbes bleues) et le prix du séquençage d'un million de bases a passée 10'000$ à 1$ actuellement (courbe rouge). L'article dans nature PDF. [img]Source : Spencer N. & Fernandes W. (2010)
Le nombre de génomes humains disponibles augmente exponentiellement : en 2000, on disposait des séquences pour 8 milliards de paires de bases : on en est à 270 milliards selon Spencer N. & Fernandes W. (2010). On assiste à un doublement des séquences "finished" (précision de moins d'une erreur /10'000 bases) tous les 18 mois. Et encore bien plus pour les séquences brutes (DNA ou mRNA) de toutes les expériences publiées dans les banques de données comme Sequence Read Archive (SRA). C'est l'effet d'une baisse spectaculaire du prix du séquençage : le coût pour un million de bases a passé 10'000$ à 1$ actuellement.
  • depuis 2007 on dispose du génome individuel de J. Craig Venter (diploide), de 4 génomes de plus
  • depuis 2008 : James Watson, une femme atteinte d'une leucémie, un homme Yoruba du Nigeria, et le premier génome Asiatique,
  • 2009 a apporté 11 autres génomes parmi lesquels on note celui de Desmond Tutu, d'un !gubi (peuple appelé aussi Bushmen) de George Church, d'une famille de 4 personnes, etc.
  • le premier quart de 2010 en a déjà apporté 9...
Au-delà du génome typique (consensus) d'un humain générique on va vers l'étude des différences et des individualités. Comparer un africain et un asiatique, un homme et une femme, le génome d'un tissus malade et d'une personne saine, devrait permettre de mieux comprendre comment les différences génétiques se combinent avec le milieu pour produire la diversité de personnes et d'états de santé.

La chronologie du génome humain ?

Nature a publié une chronologie du génome humain lors de la publication du génome finalisé (qualité finished < 1/10k erreurs) en 2003 : Collins, F. S., et al. (2003). Un beau poster pour afficher au fond de la classe ?
Figure 1 : Timeline

Fig 2 : Une chronologie du génome humain fort bien illustrée dans Nature PDF. [img]Source : Spencer N. & Fernandes W. (2010) On avait pensé que le génome révèlerait les fondations d'une compréhension de la biologie humaine. C'est un peu vrai, mais on découvre que c'est un peu plus compliqué ... Nous y reviendrons dans une prochaine Bio-Tremplin !

Sources


Chromosome Walk est de retour en région lémanique

L'exposition Chromosome Walk, au fil du génome humain, conçue en 2008 par l'Institut Suisse de Bioinformatique (http://www.isb-sib.ch/), revient dans la région genevoise et plus précisément sur les bords du lac de Divonne-les-Bains, à l'Esplanade du Lac, du 1er mai au 30 juin 2010.
L'expo Chromosome Walk à Neuchâtel
Fig 1 : L'expo Chromosome Walk était à Neuchâtel récemment. [img]Source : ChromosomeWalk
23 panneaux/chromosomes vous racontent le monde minuscule des gènes et des protéines.
  • Pourquoi naissons-nous garçon ou fille ?
  • A quoi tient notre appétit ?
  • Qui sont nos ancêtres ?
  • Pourquoi avons-nous besoin de vitamine C ?
  • Pourquoi parlons-nous ?
atelier Poisson,Sur la Terre de Pregny, Conservatoire et Jardin botaniques de Genève.Visites guidées le samedi 12 juin 2010 à 11h et 16h. D'autres visites guidées peuvent être organisées à la demande (en semaine): n'hésitez pas à contacter sp-com@isb-sib.ch ou 022 379 49 31 Pour plus d'informations: Chromosome Walk

Notamment pour les enseignants

  • Dossier pédagogique [PDF]
  • Quelques caractéristiques des chromosomes humains [PDF]
  • Parcours jeune public, dès 9 ans [PDF]
Une conférence grand public sera organisée le mardi 11 mai 2010 à 20h30 à l'Esplanade du Lac:

'Voyage dans le temps avec la biologie'

Cessy, Juin 2012: Deux corps très bien conservés ont été dégagés de la tourbe sur le chantier du tunnel du CERN! Ils auraient près de 30'000 ans... Des chercheurs du Centre Médical Universitaire de Genève vont tenter de reconstituer la formidable histoire de ces témoins du dernier âge glaciaire.
Plus d'information et pour accueillir l'exposition contacter : ici

vendredi 9 avril 2010

Le code-barre pour la détermination en botanique ?

Identifier une plante par un scanner à code-barre ?

Pas encore... mais peut-être bientôt cf fig. 1b) Cressey,Daniel. (2010) rapport dans Nature News qu'une étape décisive a été réalisée en vue de déterminer le code-barre de toutes les espèces végétales de la planète : un consensus se dessine pour les 2 loci (gènes) sur lesquels se baser, une méthodologie établie et une base de données de référence a été mise en place.

Binz & Thommen se retourneraient dans leur clé de détermination, Landolt peut-être aussi...

Pour beaucoup d'entre nous déterminer en botanique veut dire s'accroupir dans la nature, sortir sa loupe, son guide de détermination (la Binz et Thommen lors de mes études) et commencer à compter les étamines ou examiner la découpe des feuilles pennatiséquées à pennatilobées pour suivre la clé de détermination. Ardu, efficace mais une efficacité qu'il fallait mériter par un long apprentissage et une exigence méticuleuse de précision. Pas pour les rêveurs...

determiner les plantes à l'ancienne ? code-barre-bio-informatique : possible un jour ?
Fig 1 : Une botaniste détermine les plantes dans la nature à l'aide d'un guide a)[img] Photo F. Lombard ... et peut-être à l'aide d'un micro-séquenceur dans le futur ? (il s'agit d'une anticipation possible selon le Consortium for the Barcode of Life (CBOL) . b)[img]Source: CBOL.

Chez les animaux déjà...sequences de 3 primates pour CO1

On détermine depuis quelques temps les espèces animales à partir de séquences d'ADN, et plus seulement sur la base de critère morphologiques. Selon Stoeckle, Mark et al. (2008), on les détermine même avec une seule séquence : le gène mitochondrial de la cytochrome c oxidase subunit 1 (CO1 en abrégé) qui fait 648 paires de bases et peut être séquencé en un seul fragment par les séquenceurs classiques. Il s'agit en fait d'une simple séquence d'ADN, et pas du tout d'un vrai code-barres. Mais l'expression est beaucoup utilisée à cause de son pouvoir évocateur : on peut imaginer un jour une sorte de lecteur manuel qui permettrait de lire la séquence et de déterminer l'espèce sur un simple fragment.

Fig 2 : Pour les animaux le gène de référence est un gène mitochondrial CO1 . [img] Source: American Scientific

Pour les végétaux un consensus n'était pas encore trouvé.

Pour les végétaux, parce que la prétendue "barrière des espèces" est franchie fréquemment et que les hybrides abondent, (Stoeckle, M. et al. 2008) la situation ne pouvait pas être traitée de la même manière. Un groupe de 52 auteurs (Hollingsworth, P. M. et al. 2009) publie un article définissant la manière d'établie le code-barre et proposant une base de données de référence au Consortium for the Barcode of Life (CBOL), basé au Smithsonian National Museum of Natural History à Washington DC.

flower Fig 3 : En fait le terme de "code-barre" est une métaphore : il s'agit en réalité de séquences classiques d'ADN. [img]Source : Wikimedia Commons .

Après avoir exploré par PCR et séquençage les 7 régions candidates dans les plastides parmi 907 échantillons, représentant 445 angiospermes, 38 gymnospermes, et 67 cryptogames, Stoeckle, M. et al. (2008) recommandent que le code-barre soit basé sur 2 régions (des parties de gènes codants) : rbcL et matK. Il y avait des difficultés à déterminer les primers pour certains, ou leur pouvoir discriminant était restreint. D'où le choix de ces séquences. Elles ont permis de déterminer une identification unique de 72% des espèces testées et d'identifier le groupe d'espèces correct pour le reste.

Des outils déjà accessibles

Plusieurs projets attendaient qu'un consensus s'établisse, pour commencer à entrer dans les bases toutes les plantes possibles, et il semble que ces projets pourront démarrer. Comme par exemple The Barcode of Life Data Systems (BOLD) qui offre déjà un moteur d'identification : vous entrez la séquence et il détermine l'espèce. Accessible à tous par une simple connexion internet,
dfsbold ids
s
BOLD-IDS provides a species identification tool that accepts DNA sequences from the barcode region and returns a taxonomic assignment to the species level when possible. s

Que pourra-t-on faire avec ces code-barres ?

Il y a de nombreux potentiels selon (CBOL), Barcoding Life Illustrated PDF :
  • On peut déterminer la plante même si elle est en petits fragment. (cf fig 4)
  • On peut déterminer tous les stades de vie de la plante. Souvent la détermination repose sur la fleur, ou le fruit, Linné l'avait bien décoouvert.
  • On peut distinguer des espèces très similaires
  • On obtient une définition sans ambigüité de l'espèce
  • On peut affronter l'immense tâche de déterminer des millions d'espèces encore à identifier.
  • On rend accessible l'expertise : les experts en botanique ent en voie de disparition, les code-barres promettent de rendre accessible a des non-spécialistes la détermination.
  • On rend possible un appareil automatique Life Barcoder cf fig 1b)
  • On développe la taxonomie : on devrait découvrir de nouvelles espèces et sans doute de nouveaux groupes taxonomiques.

Asahina and colleagues analyzed rbcL and matK from 12 samples representing 5 Dendrobium sp. and 3 hybrid cultivars whose genetic histories are uncertain.Dendrobium nobile

Fig 4 : Comment reconnaitre cet échantillon de plante ? ...le code-barre devrait le permettre. [img]Source Rockefeller University

Des usages dans la vie de tous les jours?

Au-delà de la recherche, on peut imaginer des usages très pragmatiques de cette technique en général – et pas seulement pour les plantes – selon Stoeckle, M. et al. (2008) : application au monde réel du code barre
Fig 5 : Des usages dans la vie de tous les jours pour le code-barre [img]
Source: American Scientific
  • Pour qu'un employé des services de santé puisse déterminer sur le terrain les espèces de moustique porteurs d'agents pathogènes, afin de prendre les mesures adéquates
  • Pour déterminer si le poisson servi est bien l'espèce annoncée dans un restaurant.
  • Pour que les agriculteurs puissent déterminer quel ravageur envahit leurs champs afin d'agir plus spécifiquement.
  • Pour que les douaniers puissent identifier les espèces autorisées ou interdites sur la base d'un simple fragment par exemple.
  • Pour que le personnel médical puisse identifier rapidement les agents pathogènes, parasites, mycoses, etc.
  • Pour que les agents de sécurité puissent vérifier l'importation de nourriture potentiellement porteuses de maladie (viande de mouton dans le cas de la fièvre aphteuse, p.ex.)
  • les musées pourraient déterminer rapidement de nombreux spécimen dans les fonds de cave.
Par exemple la Fédération Romande des Consommateurs a fait un dossier (img) sur les poissons vendus sous des appellations fausses : des techniques basées sur l'ADN (pas le séquençage, la PCR et l'empreinte, mais on peut imaginer qu'on va glisser vers le séquençage aussi là) ont été employées

Faut-il forcément adapter en classe toutes les dernières avancées de la science ?

Pour Rumelhard, G. (1995) il faut oser "le refus du fétichisme de la modernité, de la recherche du savoir le plus récent trop souvent couplé au prophétisme des découvertes à venir; " pour permettre -" le recul de l'histoire et de la mémoire qui mettent le présent en perspective, en permettant d'apprécier un devenir sur un temps long et un rythme lent, celui des concepts ; -la distance par rapport à l'urgence de l'intervention technique et sociale, permettant la mise en question critique des savoirs et de leur fonctionnement individuel et social ; " Ici on insiste sur l'importance du recul et de la mise en perspective nécessaire pour une gestion mûre de l'information.

Faut-il ignorer superbement tout changement de la biologie en se référant aux "base fondamentales" ?

On n'est pas obligé d'être dans une adhésion bavante au progrès pour envisager l'évolution des enseignements. Sinon on n'enseignerait pas l'ADN, l'immunologie ou la génétique moléculaire. Simplement ignorer l'évolution de la discipline n'est donc pas une option non plus. Pour le rapport BIO2010 du NRC (2003) " La manière dont on forme les biologistes est empreinte du passé, pas de la biologie actuelle ou du futur. Comme la recherche en biosciences l'éducation doit être transformée pour préparer efficacement les étudiants pour al biologie du futur." Trad personnelle. Ce texte se réfère plutôt à la biologie du secondaire II et à l'uni, mais certains se demanderont si la biologie offerte à la majorité des élèves les prépare efficacement à être des citoyens responsables dans le monde qui les attend.

Quelle conséquences en classe ?

On peut noter encore une fois la généralisation des approches BIST (ou infobiologie) où l'ADN est plus vue comme une information qu'une molécule. Au-delà, on peut voir se dessiner pour la majorité des usagers futurs (les non-botanistes) une approche renversée de la taxonomie : on trouve le nom de l'espèce d'abord et on va la situer dans une taxonomie de référence comme Uniprot Taxonomy. A l'heure de l'établissement d'un nouveau programme d'étude PER on ne peut pas éluder une réflexion sur les applications -en complément peut-être - d'une approche inversée en classe : partir de l'espèce vers une taxonomie de référence. Comme nous formons une majorité de NFB (Non-Futur-Biologistes), apprendre à se situer dans cette taxonomie et pas toujours ou pas forcément tenter d'appréhender l'ensemble aurait-il du sens dans certains cas ?

La biologie change... son enseignement aussi

Leontopodium alpinum je pense....Ce qui est sûr c'est que notre discipline fait preuve d'une vigueur et d'une dynamique qui se répercute jusqu'en classe. Peu d'autres disciplines peuvent dire à leurs élèves : ce que je vous enseigne là est nouveau et je ne l'enseignais pas il y a 5 ou 10ans, on ne le connaissait pas encore il y a 15 ans ! Dans certains chapitres les plus anciens - pardon les plus expérimentés -de nous enseignent des savoirs qu'ils n'ont pas appris à l'université - ils n'étaient pas connus - sur plus de la moitié du chapitre de génétique moléculaire, d'immunologie, ou même de physiologie.

Fig 6 : Leontopodium alpinum je pense.... [img] Photo
:F. Lombard

Et qui a dit qu'on ne pouvait plus aller dans la nature admirer une plante... même sans la déterminer ?

Sources:

  • Barcode of Life @ Rockefeller university
  • Binz, A., & Thommen, E. (1966). Flore de la Suisse, 3ème Ed: Editions du Griffon, Neuchâtel.
  • Cressey, Daniel. (2010). DNA barcodes for plants a step closer| Nature news 27 July 2009 | doi:10.1038/news.2009.733
  • CBOL Plant Working Group et al. Proc. Natl Acad. Sci. USA published online. doi:10.1073/pnas.0905845106 (2009)
  • Consortium for the Barcode of Life (CBOL)
  • Hollingsworth, P. M. et al. Proc. Natl Acad. Sci. USA published online. doi:10.1073/pnas.0905845106 (2009).
  • NRC ( 2003). BIO2010: Transforming Undergraduate Education for Future Research Biologists (No. ISBN: 0-309-08535-7): National Research Council.
  • Rumelhard, G. (1995). De la biologie contemporaine à son enseignement. M. Develay. Savoir scolaire et didactique des disciplines, 317.
  • Stoeckle, Mark Hebert, Paul. (2008) Barcode of Life Scientific American(Oct 2008) PDF