Le projet génome humain a 10 ans / Chromosome Walk le retour

[img]Chromosome Walk est de retour cf plus bas

Le projet génome humain a 10 ans.

Il y a dix ans que les premières séquences du génome ont été publiées : c'est l'occasion d'un bilan.

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Le projet génome humain a 10 ans.

See online collection. Il y a déjà 10ans qu'une première annonce du séquençage du génome humain avait mis à disposition de tous la séquence complète de l'ADN humain (un composite de 2 humains en qualité Draft d'une précision limitée : vers 1% d'erreurs). Mettre à disposition de chacun ce qui constitue sans doute l'essence de notre être a mis en évidence un changement au coeur de la biologie : on parle de révolution génomique. Spencer N. & Fernandes W. (2010) dans Human Genome Special de la revue Nature font un bilan de cette décennie qui a transformé (ou amorcé une mutation de notre regard sur ... diront certains) ce que nous sommes et sur la biologie.

Un feu d'artifice de séquences humaines

Fig 1 : Le nombre de génomes humains disponibles augmente exponentiellement (courbes bleues) et le prix du séquençage d'un million de bases a passée 10'000$ à 1$ actuellement (courbe rouge). L'article dans nature PDF. [img]Source : Spencer N. & Fernandes W. (2010)
Le nombre de génomes humains disponibles augmente exponentiellement : en 2000, on disposait des séquences pour 8 milliards de paires de bases : on en est à 270 milliards selon Spencer N. & Fernandes W. (2010). On assiste à un doublement des séquences "finished" (précision de moins d'une erreur /10'000 bases) tous les 18 mois. Et encore bien plus pour les séquences brutes (DNA ou mRNA) de toutes les expériences publiées dans les banques de données comme Sequence Read Archive (SRA). C'est l'effet d'une baisse spectaculaire du prix du séquençage : le coût pour un million de bases a passé 10'000$ à 1$ actuellement.

• depuis 2007 on dispose du génome individuel de J. Craig Venter (diploide), de 4 génomes de plus
• depuis 2008 : James Watson, une femme atteinte d'une leucémie, un homme Yoruba du Nigeria, et le premier génome Asiatique,
• 2009 a apporté 11 autres génomes parmi lesquels on note celui de Desmond Tutu, d'un !gubi (peuple appelé aussi Bushmen) de George Church, d'une famille de 4 personnes, etc.
• le premier quart de 2010 en a déjà apporté 9...

Au-delà du génome typique (consensus) d'un humain générique on va vers l'étude des différences et des individualités. Comparer un africain et un asiatique, un homme et une femme, le génome d'un tissus malade et d'une personne saine, devrait permettre de mieux comprendre comment les différences génétiques se combinent avec le milieu pour produire la diversité de personnes et d'états de santé.

La chronologie du génome humain ?

Nature a publié une chronologie du génome humain lors de la publication du génome finalisé (qualité finished < 1/10k erreurs) en 2003 : Collins, F. S., et al. (2003). Un beau poster pour afficher au fond de la classe ?

Fig 2 : Une chronologie du génome humain fort bien illustrée dans Nature PDF. [img]Source : Spencer N. & Fernandes W. (2010) On avait pensé que le génome révèlerait les fondations d'une compréhension de la biologie humaine. C'est un peu vrai, mais on découvre que c'est un peu plus compliqué ... Nous y reviendrons dans une prochaine Bio-Tremplin !

Sources

• Check Hayden, Erika. (2010) Human genome at ten: Life is complicated Nature News 31 March 2010 | 464, 664-667 (2010) | doi:10.1038/464664a extraits-intranet.pdf
• Collins, Francis. (2010) Has the revolution arrived? Nature 464 (7289) p. 674-5http://dx.doi.org/10.1038/464674a
• Collins, F. S., Green, E. D., Guttmacher, A. E., & Guyer, M. S. (2003). A vision for the future of genomics research. Nature, 422(6934), 835-847
• Nature, (2010) Human Genome Special
• Spencer N. & Fernandes W. (2010) Human genome at ten: The sequence explosion | Nature News Feature 31 March 2010 464, 670-671 (2010) | doi:10.1038/464670a
• Strasser, B. J. (2006). Collectionner ou expérimenter ? Les bases de données bioinformatiques, un nouveau lieu de production du savoir.: Albin Michel.
• Venter, J. C., Adams, M. D., Myers, E. W., Li, P. W., Mural, R. J., Sutton, G. G., et al. (2001). The Sequence of the Human Genome. Science, 291(5507), 1304-1351.

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Chromosome Walk est de retour en région lémanique

L'exposition Chromosome Walk, au fil du génome humain, conçue en 2008 par l'Institut Suisse de Bioinformatique (http://www.isb-sib.ch/), revient dans la région genevoise et plus précisément sur les bords du lac de Divonne-les-Bains, à l'Esplanade du Lac, du 1er mai au 30 juin 2010.

Fig 1 : L'expo Chromosome Walk était à Neuchâtel récemment. [img]Source : ChromosomeWalk

23 panneaux/chromosomes vous racontent le monde minuscule des gènes et des protéines.

• Pourquoi naissons-nous garçon ou fille ?
• A quoi tient notre appétit ?
• Qui sont nos ancêtres ?
• Pourquoi avons-nous besoin de vitamine C ?
• Pourquoi parlons-nous ?

Visites guidées le samedi 12 juin 2010 à 11h et 16h. D'autres visites guidées peuvent être organisées à la demande (en semaine): n'hésitez pas à contacter sp-com@isb-sib.ch ou 022 379 49 31 Pour plus d'informations: Chromosome Walk

Notamment pour les enseignants

• Dossier pédagogique [PDF]
• Quelques caractéristiques des chromosomes humains [PDF]
• Parcours jeune public, dès 9 ans [PDF]

Une conférence grand public sera organisée le mardi 11 mai 2010 à 20h30 à l'Esplanade du Lac:

'Voyage dans le temps avec la biologie'

Cessy, Juin 2012: Deux corps très bien conservés ont été dégagés de la tourbe sur le chantier du tunnel du CERN! Ils auraient près de 30'000 ans... Des chercheurs du Centre Médical Universitaire de Genève vont tenter de reconstituer la formidable histoire de ces témoins du dernier âge glaciaire.

Plus d'information et pour accueillir l'exposition contacter : ici