Les Suisses d'avant la Suisse

Sur la base des travaux de chercheurs de l’Université de Genève et illustré magnifiquement (André Houot) à partir d'un ouvrage récent d'Alain Gallay la revue Campus a rassemblé un dossier avec des articles retracent l'histoire des humains en Suisse.  Au passage le mythe de la culture de l'Ours est débusqué, et l'origine des pierres du Niton illustrée
Un beau cadeau pour noël : «Des Alpes au Léman, Images de la préhistoire», textes réunis par Alain gallay, Infolios éditions, 2008 (2e édition) et

Fig 1: Les Suisses d'avant la Suisse [img] source Campus, Unige
Même si dans la perspective de l'évolution c'est très récent, l'ancrage local de ces images et textes pourrait aider les élèves à prendre conscience des durées…  et de la réalité de l'évolution humaine voire celle du climat.

Voir Veyrier il y a 13'000 ans (cf Fig. 2) peut aider à évoquer la notion de climax en écologie et mesurer l'ampleur de l’intervention humaine sur le paysage

Fig 2: Veyrier (Etrembières, Haute-Savoie), vers 13 000 av. J.-C., avec vue sur la région genevoise et le Jura. [img] source «Des Alpes au Léman, Images de la préhistoire», textes réunis par Alain gallay, Infolios éditions, 2008 (2e édition)

Voir Corsier-Port  il y a 3'000 ans environ (cf Fig. 3) peut susciter des discussions sur l'auto-épuration, le changement climatique, et l'évolution biologique et culturelle.

Discuter de l'équipement de ötzi et comparer aux Soft-shell et autres Gore-Tex peut être une entrée en matière sur les revêtements des vertébrés (on dit les phanères, non ?)

Campus N° 111: Les Suisses d'avant la Suisse

DOSSIER: Néandertal, l’homme qui n’a pas vu l’ours L’âge d’or du chasseur-collecteur Le Néolithique, clés en main L’Union européenne des cloches renversées Ötzi, le néolithique des alpes Plonjon hors du lac Dix leçons sur les Helvètes

Sources :

•  Service de Presse Unige,  Les Suisses d'avant la Suisse Campus N° 111: décembre 2012-janvier 2013  PDF (7 124 Ko,)
•  «Des Alpes au Léman, Images de la préhistoire», textes réunis par Alain Gallay, Infolios éditions, 2008 (2e édition)

Aussi rare que les dents des poules ?

Fig 1: Les poules ont encore des gènes pour faire des dents, mais ne les expriment pas  [ img ] source :British Dental Journal 200, 187 (2006) 


Un article récent  dans le Britishg Dental Journal ( ici ) suggère que les poules ne sont pas bien loin d'avoir des dents

" Despite the fact that birds last possessed teeth about 70-80 million years ago, the researchers found that modern birds retain the ability to make teeth. The scientists showed that the talpid2 strain of chicken harbours a genetic change that permits tooth formation in both the upper and lower jaw of embryonic birds. These teeth show similar developmental position as mammalian teeth and are associated with similar molecular instructions."

Fig 1: Les poules ont encore des gènes pour faire des dents, mais ne les expriment pas  [ img ] source:British Dental Journal 200, 187 (2006) 

Un article récent  dans le Britishg Dental Journal ( ici ) suggère que les poules ne sont pas bien loin d'avoir des dents

" Despite the fact that birds last possessed teeth about 70-80 million years ago, the researchers found that modern birds retain the ability to make teeth. The scientists showed that the talpid2 strain of chicken harbours a genetic change that permits tooth formation in both the upper and lower jaw of embryonic birds. These teeth show similar developmental position as mammalian teeth and are associated with similar molecular instructions."

Effectivement un lecteur précise dans Nature que 

 "it is possible to experimentally induce teeth in chicks. The expression 'Rare as hens' teeth' is justified by the rarity of their appearance."

et renvoie à Kollar E J, Fisher L. (1980)

Fig 1: On peut induire l'expression des gènes des dents selon cette expérience  [ img ] source :Kollar E J, Fisher L. (1980)  

Il semble que c'en est resté là et quand même assez loin du jour ou les poules auront des dents…

C'est le thème qui introduit un magnifique débat au musée d'histoire des sciences sur la manière dont les médias traitent les informations que les chercheurs produisent.  Cf aussi Bio-Tremplins du 23 septembre 2010  La percolation des découvertes scientifiques dans la presse.

Le jour où… les poules auront des dents

 

Lundi 17 décembre 2012 à 18h30

Au musée d’histoire des sciences

Des poules avec des dents ? Ce fut fait – une fois - dans les années 80, en hybridant des fœtus de poule avec des gènes de souris… Personne n’a recommencé depuis. Jurassic park c’était super, c’était du cinéma… Mais en son temps certains scientifiques ont laissé entendre que ce n’était pas impossible. Tout serait question de conservation de l’ADN. Encore aujourd’hui on entend parler de faire revivre des mammouths, voire des dinosaures. Techniquement la «  régression » génétique pourrait peut-être le permettre. Mais la question demeurera sans doute : « Comment peut-on être mammouth ? »

On nous a aussi raconté que les mammouths étaient roux ; que nenni ils auraient eu le poil noir. Que Néanderthal n’était en aucun cas   « métissable » avec sapiens ; puis que les humains actuels auraient 4 % de leurs gènes et qu’il a dû se passer des trucs entre eux…En fait qu’en est-il de ces affirmations que se permettent parfois les savants au nom de la science ? Bien vite relayées par les médias. Parlons en sereinement ce 17 décembre.

 

PS . : un petit Père Noël éprouvette, ça vous tente ?

 

Avec la participation de:

M. Bruno J. Strasser , Historien des sciences, professeur à l'Université de Genève

Mme Ariane Giacobino , Cheffe de clinique scientifique

M. Marc Atallah, Directeur de la Maison d'ailleurs à Yverdon

M. Philipp Alexander Blum, Maître d'enseignement et de recherche Université de Lausanne

Animation :

Christophe Moreau, Épistémologue

Plus d'informations sur l'activité de Bancs publics http://www.bancspublics.ch

Sources :

• Hen’s teeth. (2006). British Dental Journal , 200 (4), 187‑187. doi:10.1038/sj.bdj.4813335
• Kollar E J, Fisher L. (1980)  Tooth induction in chick epithelium: expression of quiescent genes for enamel synthesis . Science 1980 ; 207 : 993–995. |  Article  |  PubMed | . Intranet.pdf

Les rêves en sciences: leur rôle, l’histoire de leur étude 28 nov 12h CMU

Cette conférence promet d'être passionnante :

Mercredi 28 novembre de 12h à 13h30  Centre médical universitaire, bloc B, 7e étage, salle 7001

Les rêves en sciences: leur rôle, l'histoire de leur étude

Fig 1: Le rêve …  [img] source: Unige

Des départements de la Faculté de médecine s'associent pour organiser un cycle de conférences, sous forme de regards croisés entre sciences humaines et neurosciences. Quatre conférences, chacune animée par deux chercheurs, un «humaniste» et un neurologue, auront lieu au Centre médical universitaire (CMU). La première se déroulera le mercredi 28 novembre prochain, les suivantes auront lieu en 2013.
Le fonctionnement du cerveau a de tout temps questionné de multiples disciplines et constitue un terrain privilégié d'interactions entre sciences humaines, expérimentales et cliniques. Si les problématiques sont souvent communes, les disciplines les investissent à partir de systèmes de pensée et de références différents. Ce cycle de conférences est ainsi conçu comme un laboratoire de réflexion autour de quelques questions qui se prêtent particulièrement au dialogue interdisciplinaire.
Une approche originale a été mise au point pour ces conférences. Les intervenants sont invités à ne pas préparer une présentation sur le thème abordé, comme ils en ont l'habitude, mais à découvrir peu avant la conférence les écrits de leur interlocuteur provenant d'une autre discipline. Les organisateurs veulent ainsi pousser les conférenciers à interagir et à réagir aux textes qu'ils ont lus et qui traitent de leur sujet de spécialisation mais selon une approche inhabituelle.
La conférence du 28 novembre réunira Sophie Schwartz (professeure au Département de neurosciences fondamentales, UNIGE) et Jacqueline Carroy (directrice d'études à l'Ecole des hautes études en sciences sociales, Paris) autour du thème du rêve. Sophie Schwartz étudie le lien entre les variations des états du cerveau, notamment durant le sommeil et les maladies psychiatriques. Elle a publié de nombreux articles à ce sujet et précisément sur le rôle du rêve dans la régulation de l'humeur. Historienne, Jacqueline Carroy étudie l'histoire des sciences de l'homme. Elle vient de publier aux éditions EHESS un livre intitulé Nuits savantes, une histoire des rêves (1800-1945), qui traite de la manière dont les rêves sont devenus un objet d'étude scientifique. Après avoir confronté leurs points de vue les deux conférencières ouvriront la discussion au public.

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Rêves, dans le cadre du cycle "Laboratoire Neuro/ Sciences humaines"
Centre médical universitaire, bloc B, 7e étage, salle 7001
Mercredi 28 novembre de 12h à 13h30

Conférence sur la diversité génétique et les origine des Européens 15-16 janvier

La  diversité génétique et les origine des Européens: une conférence pour faire le point

Prof. Alicia Sanchez-Mazas du Laboratoire d'anthropologie, génétique et peuplements (AGP) à l'unige nous fait l'honneur de proposer cette conférence aux membres de Bio-Tremplins :

I have the pleasure to announce the following conference on the genetic diversity and origins of Europeans that will be held in Geneva, Switzerland, on 15-16 January 2013:  http://ua.unige.ch/originsofeuropeans/

Bien qu'elle soit organisée par et pour les chercheurs, cette conférence peut être une belle occasion pour des enseignants, des didacticiens, des formateurs etc. de sentir la dynamique de la science qui débat, qui arrive à un consensus ou qui discute âprement.
Et aussi de se tenir au courant de l'état des connaissances sur cette question des origines qui interpelle toujours les élèves, et sur laquelle les enseignants sont régulièrement interrogés…

Si vous pouvez vous libérer le 15-16 janvier … ce sera aussi l'occasion de ces précieux contacts informels lors de pauses  qui sont le sel des conférences...


Fig 1: le site de la conférence. source http://ua.unige.ch/originsofeuropeans/


Registration is now open. Please disseminate this information to your colleagues and other potentially interested people

OneZoom pour situer l'humain – par exemple - dans le vivant

Un arbre du vivant interactif et à jour

La recherche  produit des données magnifiques qui sont de plus en plus souvent  accessibles en classe par un simple accès internet.
UniProt nous offrait déjà Taxonomy qui permet de situer n'importe quelle espèce connue dans par sa position taxonomique. Par exemple :

• Humain ici 
• Rose ici 
• Girafe ici
  

Depuis peu une visualisation remarquable est disponible OneZoom  – d'inspiration  fractale (cf fig 1) ce qui correspond bien à la logique arborescente de nos classifications – et recense déjà plus de 5000 mammifères en permetant de naviguer d'une espèce à l'autre.
Les dates de séparation de chaque branche sont indiquées ainsi qu'un lien sur Wikipedia pour l'espèce concernée.

Fig 1: l'arbre de la vie illustré par OneZoom  [img] source   OneZoom

Un modèle de la réalité…

C'est une représentation moins exhaustive – pour le moment – que UniProt mais visuellement plus impressionnante et plus interactive. Il n'y a sans doute pas de modèle parfait mais des modèles adaptés au problème qu'on illustre (Cf. Bio-tremplins Rechercher le top-modèle pour expliquer la biologie ?). Ce modèle-ci est probablement meilleur pour mettre en évidence les proximités et distances, situer une espèce dans son contexte. Et pour montrer que l'homme a une place comme les autres parmi les espèces animales, puisque l'humain n'est pas présenté comme l'aboutissement au bout d'une longue ligne d'espèces, mais doit être trouvé au bout d'une des branches de l'arbre (cf fig 2). Probablement que plusieurs d'entre vous imagineront d'autres usages !
Sur le plan didactique il pourrait permettre de concevoir des activités où c'est l'élève qui trouve le positionnement d'une espèce, détermine la distance évolutive entre deux espèces. Le fait qu'il pilote lui-même la navigation (plutôt que de voir le maître le faire) fait certainement une différence dans ce qu'il apprend. Du moins si on a réussi à le munir d'une question qu'il a comprise et qu'il veut explorer.… Dans ce cas OneZoom peut aider à réaliser des activités où il veut trouver la réponse.


Fig 2: L'humain est trouvé en cherchant parmi les singes  [img] source OneZoom

Les bases de données : une nouvelle façon de faire de la biologie ? 

OneZoom reprend des données scientifiques produites par d'autres et les met en valeur et en rapport avec d'autres bases. Cette plus-value par la mise en relation des bases et leur traitement illustre bien une tendance en biologie : la production et la diffusion de savoir repose de plus en plus sur les bases de données  (Strasser, B. J., 2006) et bouscule – mais offre des opportunités pour – leur enseignement (Lombard, F. 2011).  Comment  Obtenir un article mentionné : Get-a-doi  
C'est ce que nous avons appelé la biologie BIST et pour laquelle des formations continues pour les enseignants de biologie ont été organisées avec Marie-Claude Blatter du SIB depuis plusieurs années à Genève ici.

OneZoom est présenté dans une vidéo ici

Fig 3: Présentation publique de OneZoom  [img] source OneZoom

Les publications et les sources: plus près de la biologie authentique ?

Ils tirent leurs données d'un article de Nature

• Bininda-Emonds OR, Cardillo M, Jones KE, MacPhee RD, Beck RM, et al. (2007) The delayed rise of present-day mammals. Nature 446: 507–512. Comment  Obtenir un article mentionné : Get-a-doi
  

Ils ont publié un article dans PLOS Biology qui est libre d'accès et qui me parait lisible pour un prof de bio :

• Rosindell, J., & Harmon, L. J. (2012). OneZoom: A Fractal Explorer for the Tree of Life. PLoS Biol, 10(10), e1001406. doi:10.1371/journal.pbio.1001406.

Ils ont le projet de se connecter sur le projet  Tree Of Life tolweb.org pour visualiser l'ensemble du vivant.

Et la vulgarisation en français ?

Par exemple LeTemps fait un article sur OneZoom

• Sillig, Lucia. (2012) Une carte routière pour le vivant. Le temps mercredi17 octobre 2012
  

Se situer dans l'arbre du vivant ou savoir en dessiner l'arbre ?

La pratique courante éprouvée et testée (…mais que disent les résultats des tests sur ce que les élèves retiennent  vraiment ? Probablement pas grand chose, même les enseignants : cf Quessada et al 2007 sur l'acceptation  de l'évolution)  aborde la classification en apprenant aux élèves à connaitre et savoir décrire un arbre du vivant ou au moins une partie de cet arbre. C'est donc très troublant quand cet arbre est modifié.

Savoir se situer dans un arbre qui est donné, sera peut-être une compétence utile dans un monde où les élèves auront accès à ces bases de données depuis leur smartphone et peut-être avec  un séquenceur de poche ou un scanner à code-barre ( cf Bio-tremplins d'avril 2010 Le code-barre pour la détermination en botanique ?)
Faut-il les préparer à ce monde ou à celui de Linné ?
:-)))
On peut réagir sur le blog Bio-Tremplins : la confrontation des idées les améliore en général, alors allez-y ! 

Sources :

• Bininda-Emonds OR, Cardillo M, Jones KE, MacPhee RD, Beck RM, et al. (2007) The delayed rise of present-day mammals. Nature 446: 507–512.
• Lombard, F. (2011). New opportunities for authenticity in a world of changing biology. In A. Yarden & G. S. Carvalho (Eds.), Authenticity in Biology Education: Benefits and Challenges (pp. 15-26). Braga Portugal: Universidade do Minho. Centro de Investigação em Estudos da Criança (CIEC).
• http://www.OneZoom.org
• Sillig, Lucia. (2012) Une carte routière pour le vivant. Le temps mercredi17 octobre 2012
• Strasser, B. J. (2006). Collectionner ou expérimenter ?  Les bases de données bioinformatiques,  un nouveau lieu de production du savoir. Paris: Albin Michel.
• Quessada, M., Munoz, F., & Clément, P. (2007). Les conceptions sur l'Evolution biologique d'enseignants du primaire et du secondaire de douze pays (Afrique, Europe et Moyen Orient) varient selon leur niveau d'Etude. Hedjerassi, N., Marquet, P., AREF, 1.
  

La plateforme  Expériment@l  vous offre l'accès a ces articles Comment s'inscrire à Expériment@l
Ou  Comment  Obtenir un article mentionné : Get-a-doi

La carte des goûts selon ses goûts…

En 2007, nous avons fait une Bio-Tremplins à propos de ce monument didactique que sont les 4 goûts sur la langue.
Chevallard appelle monument une savoir incontournable à l'école mais qui a perdu toute connexion avec la réalité

"des monuments que l’on visite par contrainte, dont on ignore et dont on ignorera à quoi ils pouvaient bien servir autrefois, lorsqu’ils étaient « vivants », et à quoi ils pourraient bien servir aujourd’hui si ce n’est à inspirer le respect des mondes morts aux êtres dociles ou à exciter les indociles à se rebeller vainement." Chevallard, Y. (1991).

La répartition de ces goûts est un de ces monuments. Un directeur me disait récemment combien il avait trouvé intéressante le TP qu'un jeune enseignant avait fait en sa présence.… vous devinez qu'il a fait dessiner la carte des goûts aux élèves. Et qu'ils ont tous réussi à présenter au maître la "bonne" carte.


Fig 1: Un exemple de carte des goûts [img] source https://www.docteurclic.com/encyclopedie/gout.aspx
Ce qui aurait du nous questionner est que les cartes diffèrent grandement d'un ouvrage à l'autre,...

Fig 1: Quatre exemples de carte des goûts dans des ouvrages de biologie [img] Sources Anselme, B. (1998), Perilleux, (1999) Marieb, E.N., (2000),
Schäffler, A. (2004)

Or tous ces schémas sont des transpositions depuis un article de 1901 (Hänig, D.P., 1901) du moins selon cette source .
J'ai été y chercher les résultats de ce chercheur en 1901. Son image montre des densités de points qui varient en fonction de la sensibilité.
 
Fig 3: Toutes les carte des goûts viennent de cette image semble-t-il [img] source (Hänig, D.P., 1901)

 

Chemotopic representation of the human tongue according to Hänig (1901), the first source on tongue maps, showing that no taste area is sensitive to less than 4 taste qualities. Taste sensitivity (inverse detection threshold) is represented by the density of symbols. For each of the 4 qualities shown, sensitivity extends across anterior, lateral and posterior (vallate) parts of the tongue. It is highest for sucrose-sweet at the tip, for HCl-sour at th sides and for quinine-bitter at the back, but the differences in sensitivity within each quality are moderate (they are also controversial). In addition, taste sensitivity was reported for the palate (not included here). From these diagrams, now 98 years old, the popular textbook versions, often conveying the impression of  more or less specialized areas, probably arose by "graphical evolution", a curious process.

http://wwwalt.med-rz.uni-sb.de/med_fak/physiol1/LDM/chemotopic_2.htm

Ces transformations qu'on appelle transposition didactique sont particulièrement saisissantes ici :  De subtiles nuances de densité de points deviennent des limites nettes. La source des données et les méthodes de mesure ont disparu et le doute avec. Tout ce qui fait qu'un savoir est scientifique est escamoté.
Par ailleurs on trouve la classique disparition des nuances et des conditions de mesure, la prédominance de l'image sur l'explication qui accompagnent généralement cette transposition.

Il n'y a pas de carte des goûts…?  ou alors c'est la même pour tous les goûts ?

On sait depuis pas mal d'années que les récepteurs aux différents goûts sont répartis de manière identique sur la langue et que ces cartes ne sont plus d'actualité.  D'ailleurs il y a un 5ème goût ( "umami" ~ goût de viande)




Fig 4: La répartition des récepteurs aux goûts est la même pour toutes les qualités du goût.  [img] source Chandrashekar, J.,et al. (2006).
 
Il reste possible que la sensibilité aux différents goûts diffère selon les régions. Même dans ce cas on voit mal comment ce doute pourrait justifier de produire des cartes aussi nettes et tranchées, que celle-ci !

Fig 5: La répartition des récepteurs aux goûts est représentée de manière très tranchée et sans lien avec les données d'origine  [img] source Mc Farland, D., & Tinbergen, N. (1990).

Une certaine réticence à remettre en question ce qui est enseigné depuis des décennies parait probable.
Voici quelques références pour vous faire une opinion et les liens sur les articles mentionnés sont disponibles ci-dessous.

• http://www.livescience.com/7113-tongue-map-tasteless-myth-debunked.html
• www.nytimes.com/2008/11/11/health/11real.html?_r=1
• www.springerlink.com/content/v6647r802xu887n2/

Faut-il abandonner une des rares expériences qui "marchent" et qui passionnent les élèves ?

Nous reprenons ici une manière élégante de gérer cette situation publiée en 2007 dans Bio-Tremplins
Comment gérer la situation où l'on vient d'apprendre que ce qu'on s'apprête à présenter aux élèves n'est plus à jour m'a été racontée par une jeune enseignante (Sabine de Vevey) : après avoir lu la Bio-Tremplin sur la pseudo-répartition des goûts sur la langue quelques jours avant un TP sur ce sujet, elle a décidé de mettre les élèves dans la position - très scientifique - de juger eux-mêmes et de voir le progrès. Elle a d'abord fait le TP classique : demander aux élèves de produire la carte des sensibilités aux goûts sur la langue. Certains sont arrivés à la carte institutionnalisée (les élèves doubleurs notamment) et d'autres non.
Puis elle a montré l'article de Nature (Chandrashekar, et al. 2006) qui révélait que cette carte ne correspond pas aux connaissances actuelles.

Ensuite elle a montré 3-4 ouvrages - très sérieux - qui présentaient une telle carte ... mais chaque fois différente !

1. Marieb, E.N., R. Lachaîne, and L. Moussakova, Anatomie et physiologie humaines. 2000: De Boeck Université.
2.Perilleux, SVT 3ème. 1999: Nathan.
3. Schäffler, A. and N. Menche, Anatomie, physiologie, biologie : abrégé d'enseignement pour les professions de santé. 2004: Maloine.
4. Anselme, B., Repères Pratiques. Le corps humain, Editions Nathan, 1998.

Les élèves ont été très intéressés et fiers d'être partie prenante d'une actualisation des savoirs scolaires. Leur donner juste une carte mise à jour n'aurait pas eu le même effet. Dans ce rôle critique, où ils font face à la complexité et où on les aide à trier ils ont pu construire de solides connaissances sur la base de documents authentiques récents. On sait combien la démotivation des élèves face aux apprentissages en science est nettement liée à leur difficulté à voir des liens avec le monde qu'ils vivent.
Et l'estime qu'ils ont de leur enseignante s'en est trouvée accrue, je pense.
Cet exemple met en évidence combien le rôle que les élèves ont effectivement - ici d'analyse critique et de choix dans l'information - est déterminant pour apprendre dans une société de la surabondance d'information.

Quelle expérimentation pratique-t-on vraiment ?

Comment on est arrivé des années durant à ce que les élèves produisent une carte "correcte" dans ces condition pose des question sur l'expérimentation pratiquée en classe... De Vecchi, G. (2006) analyse d'ailleurs assez bien ces difficultés et incite à plus de modestie : avoir l'ambition d'éprouver une théorie, plutôt que de la démontrer. C'est bien ce qu'a fait cette enseignante.

Et comment une pareille différence dans les sources n'a pas attiré l'attention pose bien des questions sur les liens entre les savoirs de référence et ceux qu'on enseigne... Comment ce que la recherche découvre parvient si transformé jusque dans les classes : la transposition didactique dégrade les savoirs en les rendant compatibles avec l'enseignement.  La vulgarisation suit des cheminements similaires et ce point avait été discuté dans Bio-tremplins en septembre 2010 : La percolation des découvertes scientifiques dans la presse.

Sources :

• Anselme, B., Repères Pratiques. Le corps humain, Editions Nathan, 1998
• Chandrashekar, J., Hoon, M. A., Ryba, N. J. P., & Zuker, C. S. (2006). The receptors and cells for mammalian taste. Nature, 444(7117), 288-294. https://doi.org/10.1038/nature05401
• Chevallard, Y. (1991). La transposition didactique. Du savoir savant au savoir enseigné (2e éd. revue et augmentée, 1985 lre ed.). Grenoble: La Pensée sauvage.
  
• De Vecchi, G. (2006). Enseigner l'expérimental en classe : pour une véritable éducation scientifique Paris: Hachette éducation.
  
• Hänig, D.P., 1901. Zur Psychophysik des Geschmackssinnes. Philosophische Studien, 17: 576-623.
• Marieb, E.N., R. Lachaîne, and L. Moussakova, Anatomie et physiologie humaines. 2000: De Boeck Université.
  
• Mc Farland, D., & Tinbergen, N. (1990). Dictionnaire du comportement animal. Bouquins.
  
• Perilleux, SVT 3ème. 1999: Nathan.
• Schäffler, A. and N. Menche, Anatomie, physiologie, biologie : abrégé d'enseignement pour les professions de santé. 2004: Maloine.

mise à jour 18 nov 21 : rectrification de liens et ajout du DOI: pour Chandrashekar, J.,

La biodiversité : à la mode ?

La biodiversité est à la mode. Les Nations Unies ont proclamé 2010 Année internationale de la biodiversité. La biodiversité est un argument dans des choix politiques (p.ex. Gouvernement français ici ) et de consommation " Manger bio et de saison, c'est bon pour la biodiversité" ici , ou  "Comment se chauffer au bois peut-il être favorable à la biodiversité ? " ici ou militants " La BIODIVERSITÉ en danger !" p. ex. ici.
Les élèves sont continuellement bombardés d'information, et on peut imaginer que les enseignants sont une autorité vers lesquels les élèves se tournent pour comprendre.
Les enseignants sont donc sollicités pour discuter, mettre en perspective et argumenter de la pertinence des arguments que les élèves ont trouvé dans les médias.

"Qu'est-ce que la biodiversité ?
Fruit de 3,8 milliards d’années d’évolution, la biodiversité est indispensable à notre survie. Qu’il s’agisse des ressources essentielles, telles que nourriture, matériaux de construction, produits de chauffage, fibres textiles ou principes actifs des médicaments, ou des fonctions vitales, telles que pollinisation, dépollution de l’air, de l’eau et des sols ou encore limitation des inondations, elle offre une multitude de produits et services sans lesquels la vie sur Terre, telle que nous la connaissons, serait impossible." Source Agence Européenne pour l'environnement : ici.

Plus de l'ordre du slogan, cette réponse ne donne pas d'arguments et ne se réfère même pas à des données. Pour donner une réponse scientifique, à nos élèves  nous voilà toujours aussi empruntés. 
Une récente publication dans nature (Cardinale, B. J., Duffy,  et al. 2012). fait le point sur de très nombreuses études et peut être une base solide pour discuter.
Elle adopte un point de vue anthropocentré : en discutant les effets sur l'homme : Biodiversity loss and its impact on humanity , ils ont cherché à connaitre les effets sur les "services" que la biodiversité offre à l'humanité.

La biodiversité : utile à l'homme... oui mais en quoi ? et pouvons-nous le prouver ? 

Fig 1: This conceptual diagram summarizes what we know about the shape of the biodiversity–ecosystem functioning (BEF) relationship [ img ] source : Cardinale, B. J., et al.(2012)

Ils ont établi des catégories d'effets attendus sur les services que nous rendent les écosystèmes : sur la production (récoltes, bois, pêche, fourrage), sur la régulation (biocontrôle (parasites, maladies, etc.), sur la stabilisation du climat, sur la régulation du sol, de l'eau, et sur la pollinisation)

Ils ont rassemblé les résultats dans un tableau - figuré en petit ci-contre,  – qui montre les hypothèses que les recherches ont confirmé (en vert), celles sur lesquelles le doute subsiste en jaune et celles qui ont été réfutées (en rouge) : ce tableau est reproduit plus bas (en anglais) et en lien ici cf [ table 2]

Ils ont aussi établi quelques conclusions qui font consensus dont voici une sélection ( voir l'article entier ici )

• Les données permettent de conclure que la perte de biodiversité réduit l'efficacité des communautés écologiques à capture leurs ressources essentielles,à produire de la biomasse, à décomposer et recycler les nutriment s biologiques essentiels.
  
• Les données s'accumulent pour indiquer que la biodiversité augmente la stabilité des fonctions des écosystèmes dans le temps. 
  
• Les communautés plus diverses sont plus productives parce qu'elles contiennent des espèces cruciales  qui ont une influence décisive sur la productivité et parce que la diversité des phénotypes fonctionnels augmente le degré global de capture des ressources. 
• La perte de diversité sur plusieurs niveaux trophiques a encore plus d'effet que la perte dans un seul niveau.
  

Ils ont relevé quatre tendances qui émergent( voir l'article entier ici ) :

1. L'impact de la perte de diversité sur les processus écologiques pourrait être du même ordre  de grandeur que plusieurs autres facteurs de changement environnemental réunis.
2. Les effets d e la diversité augmentent ave la durée et pourraient augmenter à des échelles spatiales plus grandes.
   
3. Maintenir les processus de plusieurs écosystèmes à plusieurs endroits et plusieurs moments  demande plus de biodiversité qu'un seul processus à un seul moment,
   
4. Les conséquences écologiques de la perte de biodiversité peuvent être prédits à partir du déroulement de l'évolution.

D'autres ressources sur la biodiversité 

Nature avait fait un dossier Insight Biodiversity [ img ]

• Biodiversity Vol. 405, No. 6783 (11 May 2000) | PDF (224K)|

Un article récent montre comment uen simulation permet d'explorer le développement de la biodiversité golbale

• Aguiar, M. A. M., Baranger, M., Baptestini, E. M., Kaufman, L., & Bar-Yam, Y. (2009). Global patterns of speciation and diversity . Nature, 460(7253), 384-387.

Un article montre comment l'agriculture bio produit plus de biodiversité

• Turnbull, L. A., & Hector, A. (2010). Applied ecology: How to get even with pests . Nature , 466 (7302), 36-37. doi:10.1038/466036a

Un article qui discute les différentes formes de stabilité  [Img]  

• Ives, A. R., & Carpenter, S. R. (2007). Stability and Diversity of Ecosystems . Science , 317 (5834), 58-62. doi:10.1126/science.1133258

Un article qui montre comment la disparition d'espèces peut êtere vue comme une série de filtres d'extinction à travers passent les espèces.

• Brashares, J. S. (2010). Filtering Wildlife . Science , 329 (5990), 402-403. doi:10.1126/science.1190095 [ img ]

N'est-ce pas plus simple de dire que la biodiversité est importante ?

C'est plus simple, oui. ça peut avoir plus d'effet sur leurs comportements, les faire agir dans le "bon" sens.  Mais on est là dans de la militance, pas de la science ! 

Pour ma part, j'ai une certaine méfiance de ceux qui veulent me dicter mon comportement, et je suis réticent à inciter les élèves pour ces raisons éthiques, mais aussi d'efficacité et scientifiques. L'efficacité de la communication pour faire changer les comportements est un domaine de recherche très dynamique, et il semble qu'une meilleure connaissance ne change pas vraiment les comportements, mais qu'il y a des manières très bien établies d'obtenir la "soumission librement consentie" cf par exemple Joule, R.-V., Beauvais Jean-Léon. (2002). Petit traité de manipulation à l'usage des honnêtes gens. Les cigarettiers connaissance.
Quand au rôle des enseignants de biologie, je crois que nous devons apprendre à nos élèves à développer des connaissances scientifiques qui leur permettent de comprendre le monde.

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cf [ table 2] 

Table 1: Balance of evidence linking biodiversity to ecosystem services

Category of service	Measure of service provision	SPU	Diversity level	Source	Study type	N	Relationship
							Predicted	Actual
For each ecosystem service we searched the ISI Web of Knowledge for published data syntheses (DS). The footnote symbols in the ‘Source’ column refer to different syntheses. When a synthesis was not available, we completed our own primary search (PS, see Box 2). Detailed results are given in Supplementary Table 2. Data presented here are summarized as follows: green, actual data relationships agree with predictions (whether service increases or decreases as diversity increases); yellow, Data show mixed results; red, data conflict with predictions. Exp, experimental; N, number of data points; Obs, observed; SPU, service providing unit (where natural enemies include predators, parasitoids and pathogens). Note that 13 ecosystem services are not included in this table due to lack of data (<5 a="a" href="http://www.nature.com/nature/journal/v486/n7401/full/nature11148.html#supplementary-information" relationships="relationships" see="see">Supplementary Table 2

). Provisioning CropsCrop yieldPlantsGeneticDSExp575    SpeciesDSExp100 FisheriesStability of fisheries yieldFishSpeciesPSObs8 WoodWood productionPlantsSpeciesDSExp53 FodderFodder yieldPlantsSpeciesDSExp271 Regulating BiocontrolAbundance of herbivorous pests (bottom-up effect of plant diversity)PlantsSpeciesDS*Obs40   PlantsSpeciesDS^†Exp100   PlantsSpeciesDS^‡Exp287   PlantsSpeciesDS^§Exp100  Abundance of herbivorous pests (top-down effect of natural enemy diversity)Natural enemiesSpecies/traitDS*Obs18   Natural enemiesSpeciesDS^†Exp/Obs266   Natural enemiesSpeciesDS^‡Exp38  Resistance to plant invasionPlantsSpeciesDSExp120  Disease prevalence (on plants)PlantsSpeciesDSExp107  Disease prevalence (on animals)MultipleSpeciesDSExp/Obs45 ClimatePrimary productionPlantsSpeciesDSExp7  Carbon sequestrationPlantsSpeciesDSExp479  Carbon storagePlantsSpecies/traitPSObs33 SoilSoil nutrient mineralizationPlantsSpeciesDSExp103  Soil organic matterPlantsSpeciesDSExp85 WaterFreshwater purificationMultipleGenetic/speciesPSExp8 PollinationPollinationInsectsSpeciesPSObs7

 

Sources

• Aguiar, M. A. M., Baranger, M., Baptestini, E. M., Kaufman, L., & Bar-Yam, Y. (2009). Global patterns of speciation and diversity . Nature, 460(7253), 384-387.
• Biodiversity Vol. 405, No. 6783 (11 May 2000) | PDF (224K)|
  
• Brashares, J. S. (2010). Filtering Wildlife . Science , 329 (5990), 402-403. doi:10.1126/science.1190095
• Cardinale, B. J., Duffy, J. E., Gonzalez, A., Hooper, D. U., Perrings, C., Venail, P., Narwani, A., et al. (2012). Biodiversity loss and its impact on humanity . Nature, 486(7401), 59-67. doi:10.1038/nature11148 
• Ives, A. R., & Carpenter, S. R. (2007). Stability and Diversity of Ecosystems . Science , 317 (5834), 58-62. doi:10.1126/science.1133258
• Joule, R.-V., Beauvais Jean-Léon. (2002). Petit traité de manipulation à l'usage des honnêtes gens Presses Universitaires de Grenoble.

Chromosome Walk est accessible !

Le SIB Institut Suisse de Bioinformatique est notamment connu pour la fameuse base de données UniProtKB qui répertorie toutes les protéines que la recherche a identifiées et donne l'accès à leur séquence, leur fonction, leur structure 3-D etc.
Le SIB avait réalisé une remarquable exposition "Chromosome walk" décrivant les chromosomes humains et pour chacun quelques gènes dont la protéine est intéressante.
Bio-Tremplin en avait parlé  ici d'autant plus  que nous avons organisé avec Marie-Claude Blatter du SIB de nombreuses formations pour comprendre comment intégrer cette mouvelle biologie à nos enseignements (formations ici)

Les chromosomes par le web 
Cette exposition a été virtualisée et largement complétée, elle est maintenant accessible par le web (www.chromosomewalk.ch). Ainsi chaque classe peut y accéder.

Ce qui est particulièrement utile, un peu comme un Guide du Routard Chromosomique (non ! pas 42 chromosomes) c'est qu'ils ont repéré les bons coins, les gènes remarquables ( celui de la plus longue protéine, ou celui par lequel un virus nous a génétiquement modifié pour permettre le placenta, par exemple), ou les incontournables (les yeux bleus, pourquoi la vitamine C ?…)
Un dossier pour rendre vivant le génome humain, pour s'y repérer,  pour s'y balader.

Comme la biologie change, que les biologistes produisent de nouvelles connaissances de plus en plus souvent sur la base de l'analyse des génomes, il n'est pas difficile de prédire que nos élèves auront plus besoin que nous à leur âge de se situer dans ce dédale de chromosomes.
Si ils font séquencer leur génome pour connaitre leurs risques et susceptibilités  aux maladies ((23andme le propose déjà), si on analyse l'ADN d'en embryon à partir de l'ADN trouvé dans du sang de la mère (article ici) ou si on analyse leur ADN pour mieux adapter les doses d'un traitement (Chimothérapie ou pas ? (La Recherche oct 2006) Intranet.jpg), ou si ils doivent voter sur de nouvelles techniques de médecine prédictive …
Familiariser les élèves sur la notion de génome humain et sur les nouvelles technologies devient donc aussi nécessaire que de les familiariser avec le monde vivant : ils sont directement concernés ou le seront certainement une fois dans leur vie.

Alors merci à l'uniGe et au SIB de nous mettre à disposition ces ressources précieuses pour aider à préparer les élèves à un monde qui change

Sources

• Chimothérapie ou pas ? (La Recherche oct 2006) Intranet.jpg
• L'article d'origine intranet (Potti et Al. NEJM)
• Bianchi, D. W. (2012). Prenatal diagnostics: Fetal genes in mother's blood. Nature, 487(7407), 304-305. doi:10.1038/487304a

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Dossier pédagogique

Fig 1 : (flyer de l'exposition - pdf) .  [img]

Ce dossier pédagogique est en ligne ici et disponible en version pdf.  

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Qu'est-ce que www.chromosomewalk.ch ?

www.chromosomewalk.ch, au fil du génome humain, est une exposition virtuelle interactive et ludique, qui s'adresse à tous les curieux de 9 à 99 ans.     www.chromosomewalk.ch permet de (re)découvrir, de chromosome en chromosome, le monde des gènes, des protéines et de la bioinformatique.   La bioinformatique est une discipline qui s'appuie sur des outils informatiques pour stocker, analyser et visualiser des données biologiques (en savoir plus ).  

www.chromosomewalk.ch, c'est...

• des histoires simples pour mieux comprendre les découvertes scientifiques récentes (exemple)
• un glossaire (liste de mots ou interactif)
• des quiz (facile et expert)
• des liens vers des articles de vulgarisation scientifique (exemple)
• de liens vers des ressources bioinformatiques utilisées par les chercheurs (exemple)
• un outil de recherche simple et efficace (exemple 'hémophilie')

www.chromosomewalk.ch est la suite d'une exposition en plein air qui avait eu lieu à Genève, Lausanne, Neuchâtel et Divonne entre 2008 et 2010 (quelques photos souvenir).   

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Quelques notions de biologie et quelques chiffres

Tout être vivant est composé de cellules comme une maison est faite de briques. La cellule constitue l'unité de base de tout organisme, des bactéries aux êtres humains   en passant par les plantes et les champignons.    Chaque être humain est composé de quelque 100'000 milliards de cellules. Issues de la fécondation d'un ovocyte par un spermatozoïde, toutes nos cellules à l'exception   des cellules sexuelles contiennent  23 paires de chromosomes – 23 chromosomes provenant de notre mère et 23 de notre père (liste des chromosomes humains).    Un chromosome peut être comparé à une pelote plus ou moins compacte dont le fil est l'ADN.   Nous possédons environ 2 m d'ADN dans chacune de nos cellules, répartis entre les différents chromosomes.   Un ovule contient 1 m d'ADN tout comme un spermatozoïde ! Notre corps contiendrait environ 1.3 kg d'ADN.     Au moment de la division cellulaire, les chromosomes sont sous leur forme la plus compactée: ils sont alors visibles au microscope sous la forme de bâtonnets ou de 'X' (lorsque l'ADN est dupliqué).  
   
Grâce à des colorants spécifiques, des bandes sombres et claires alternées apparaissent sur le chromosome.   La topographie de ces bandes chromosomiques est caractéristique d'un chromosome (en plus de sa taille) et permet de l'identifier   (les chromosomes humains sur le site Ensembl / le chromosome 1 sur le site www.chromosomewalk.ch).     L'ADN est une succession de nucléotides liés les uns aux autres par des liaisons chimiques. Il existe quatre nucléotides différents: l'adénine, la cytosine, la guanine et la thymine   symbolisés respectivement par les lettres A, C, G et T. L'ordre des nucléotides dans l'enchaînement est très précis : il est le support de l'information génétique.     L'ADN d'une cellule contient 3 milliards de nucléotides (x2) répartis sur les 23 chromosomes (x2).   C'est ce qui constitue notre identité biologique et le patrimoine génétique que nous transmettons à nos enfants, notre génome (plus d'info).    Dans ce 'texte' de 3 milliards de nucléotides sont cachées les informations nécessaires au développement, au bon fonctionnement et à la reproduction de nos cellules,   en particulier les gènes codant pour des protéines (plus d'info).     Un gène est un morceau d'ADN qui contient une recette pour fabriquer entre autres une ou plusieurs protéines.   En cas de besoin, un gène peut être 'phocopié', puis la photocopie, appelée ARN messager est utilisée par la cellule pour fabriquer les protéines.   Les informations pour fabriquer des protéines ne représentent que  5 % de notre ADN ! (plus d'info)    Les êtres humains possèdent quelques 20'000 gènes codant plusieurs centaines de milliers de protéines différentes qui ont chacune un rôle spécifique.   Une première est impliquée dans la coagulation du sang, alors qu'une deuxième transporte l'oxygène. Une troisième protéine intervient dans la   digestion tandis qu'une quatrième transmet un signal nerveux.    Le même génome dans toutes les cellules  Bien que partageant une même origine et un même génome, nos cellules se spécialisent au cours du développement embryonnaire pour devenir des cellules du coeur,   des cellules du cerveau ou encore des cellules de l'intestin. Elles ne vont tout simplement pas activer les mêmes gènes au même moment (notion de protéome)    Le même génome chez tous les être humains ?  Grâce à des outils bioinformatiques, il est possible de comparer les génomes entre eux: en moyenne, on estime à ~0.1 % de différence entre les génomes de 2 individus   (soit entre 2.5 et 3 millions de lettres différentes). Et ces différences font toute la différence !(plus d'info)  

• Résumé: De quoi sommes-nous faits ?

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Le génome humain, les gènes et www.chromosomewalk.ch

Le génome humain contient environ 20'000 gènes codant pour des protéines.     250 gènes ont été sélectionnés pour www.chromosomewalk.ch comme point de départ pour découvrir notre génome et la bioinformatique.     Les 'triangles' visibles à côté du chromosome indiquent la position de ces gènes sur le chromosome (exemple).  Le plus gros 'triangle' amène à un dossier plus complet.  

En cliquant sur les 'triangles', vous avez accès à: 

• un dossier complet en lien avec le gène, décrivant différents concepts biologiques et exemples d'utilisation de la bioinformatique ('grand triangle') (exemple) (voir la liste des thèmes abordés ci-dessous)
• une brève description de la fonction du gène ('petit triangle') (exemple)
• des liens vers des articles de vulgarisation scientifique (exemple)
• des liens vers des ressources bioinformatiques utilisées par les chercheurs du monde entier (exemple)

Par défaut, c'est le gène avec le dossier complet ('grand triangle') qui apparaît à l'écran lorsque qu'un chromosome est sélectionné. www.chromosomewalk.ch est régulièrement mise à jour et de nouvelles histoires sont ajoutées en fonction de l'actualité scientifique.

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Les thèmes des dossiers de l'exposition (par chromosome)

Chromosome 1 L'odyssée du génome humain   Début de la séquence du chromosome 1  Biologie - Qu'est-ce que le génome humain ; Historique du séquençage du génome humain  Bioinformatique - Rôle de la bioinformatique ; Liens vers des séquences stockées dans les banques de données.    Chromosome 2 Le colosse des protéines   Gène : TTN (titine)   Biologie - La plus grande protéine humaine   Bioinformatique - Portrait-robot d'une protéine : comment prédire la fonction d'une protéine grâce à sa séquence en acides aminés    Chromosome 3 Aux limites de la bioinformatique   Gène : GHRL (ghréline)  Biologie - Régulation de l'appétit ; un gène ? une protéine   Ce que la bioinformatique ne peut pas encore prédire    Chromosome 4 Gène, dis-moi qui tu es et je te dirai d'où tu viens   Gène : CSN1S1 (caséine)   Biologie - Histoire de l'apparition du placenta et de la lactation  Bioinformatique - Comment comprendre l'évolution de certains processus biologiques en étudiant les séquences des gènes    Chromosome 5 Gène? où es-tu ?    Gène : DROSHA  Biologie - De la séquence ADN à la séquence en acide aminé; le code génétique  Bioinformatique - Comment prédire l'existence d'un gène dans le génome ?    Chromosome 6 L'invisible en mouvement    Gène : HLAB  Biologie - Les protéines 'bougent'  Bioinformatique - Concevoir des médicaments ou des vaccins en connaissant la forme d'une protéine et ses mouvements dans l'espace  Vidéo de protéines en mouvement , Vidéo simulant l'interaction entre 2 protéines (système HLA)     Chromosome 7 Un gène pour le dire    Gène : FOXP2   Biologie - L'histoire d'un gène indispensable à la parole  Bioinformatique - Un outil essentiel (Blast): recherche de séquences de gènes ou de protéines similaires    Chromosome 8 Une orange? ça vous dit ?   Gène : GULOp    Biologie - L'origine de notre dépendance à la vitamine C ; notion de pseudogène  Bioinformatique - Visualiser les étapes de la fabrication de la vitamine C  Liens vers les Voies métaboliques     Chromosome 9 L'art et la bioinformatique    Gène : COL15A1 (collagène)  La bioinformatique comme source d'inspiration artistique  Vidéo 'la musique des protéines'      Chromosome 10 Gène...éthique    Gène : CYP2C19 (cytochrome)    Biologie - Réponse aux médicaments: chaque individu est différent  Dépistage génétique (pharmacogénétique) et questions éthiques    Chromosome 11 Du papyrus à l'internet    Gène : INS (insuline)   Biologie - L'insuline  Bioinformatique - L'histoire des banques de données     Chromosome 12 L'histoire de la vie    Gène : RPS26 (protéine du ribosome)  Biologie - La notion d'ancêtre commun et de LUCA 'The Last Universal Ancestor'; les gènes 'universels'    Bioinformatique - Comment établir les liens de parenté entre différentes espèces    Chromosome 13 Le chromosome du septième ciel ?    Gène : HTR2A  codant pour la protéine 5-HT-2A associé à certaines dépressions    Biologie - Comment ressentons-nous le bonheur ?  Biologie / Bioinformatique - A la recherche des effets secondaires d'un médicament    Chromosome 14 Les métiers de la bioinformatique      Exemples de métiers et formations    Chromosome 15 T'as de beaux yeux, tu sais    Gène : HERC2     Biologie - Une des origine génétique des yeux bleus  Bioinformatique - Comment étudier les populations humaines et leur migration ?    Chromosome 16 Ces gènes, vestiges du passé    Gène : VN1R3 (récepteur aux phéromones)   Biologie - Les phéromones; notion de pseudogène  Bioinformatique - Repérer des gènes inactifs dans le génome    Chromosome 17 La bioinformatique pour lire le passé    Gène : COL1A1 (collagène)    Biologie - Ce que nous raconte le collagène sur les liens de parenté entre le tyrannosaure et le poulet  Bioinformatique - Identifier une protéine à partir d'un fossile et classification des espèces    Chromosome 18 Etre ou ne pas être    Gène : BCL2      Biologie - La mort cellulaire programmée (apoptose)  Bioinformatique - Visualiser les réseaux d'interaction entre protéines (les protéines et leurs 'réseaux sociaux')    Chromosome 19 Notre sang à 7h59    Gène : APOE  Biologie - Nos cellules sont spécialisées; notion de protéome  Biologie / Bioinformatique - Analyser les protéines contenues dans un tissu    Chromosome 20 Le prion, une protéine aux deux visages    Gène : PRN (prion)    Biologie - Un agent infectieux pas comme les autres: le prion  Bioinformatique - Modéliser la forme d'une protéine; lien entre la forme et la fonction d'une protéine    Chromosome 21 Les protéines : nos ouvrières     Gène : APP   Biologie - La fonction des protéines  Bioinformatique - Prédire la fonction d'une protéine    Chromosome 22 Mon génome, ton génome, son génome? Et après ?    Fin de la séquence du chromosome 22    Les perspectives de la bioinformatique et de la recherche en génomique    Chromosomes XX Le sexe féminin par défaut ?   Début de la séquence du chromosome X     Chromosomes XY  Homme ou femme? une affaire d'angle   Gène : SRY   Biologie - Les paires de chromosomes sexuels XX et XY   Bioinformatique - Modéliser la structure des protéines interagissant avec l'ADN  

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Les différents dossiers de l'exposition classés par thèmes

Séquençage du génome humain et bioinformatique   Historique et perspectives du séquençage du génome humain – chromosome 1  et chromosome 22  Outils clés de la bioinformatique – chromosome 11 (les banques de données) et chromosome 7 (Blast)   Prédiction de gène - chromosome 5  Les limites de la bioinformatique - chromosome 3  Technologie nécessitant l'usage de la bioinformatique (protéomique) - chromosome 19   Les métiers de la bioinformatique – chromosome 14    Généralités sur les gènes et les protéines   Définitions du gène et de la protéine – chromosome 5, chromosome 21, et chromosome 2    Les protéines en 3D... et en mouvement  Les protéines en 3D et en mouvement – chromosome 6  Lien entre la forme et la fonction d'une protéine, le prion – chromosome 20  Importance de la structure 3D d'une protéine – chromosomes XY  Vidéo de protéines en mouvement , Vidéo simulant l'interaction entre 2 protéines      Les médicaments (design, pharmacogénétique, effets secondaires,)  Design d'un médicament - chromosome 6  Pharmacogénétique - chromosome 10  Effets secondaires - chromosome 13     Au fil du temps – notion d'évolution  L'arbre de la vie - chromosome 12, et chromosome 17  L'évolution des gènes et les migrations humaines - chromosome 15  L'évolution d'un processus biologique - chromosome 4  Notion de pseudogène - chromosome 8 et chromosome 16    Au sujet des maladies génétiques   Chromosome 13 et chromosome 10   La trisomie 21 - chromosome 21  Une maladie un peu particluière (le prion) - chromosome 20  Rechercher: maladie      La mort cellulaire programmée (apoptose)   Chromosome 18    Les chromosomes sexuels  Chromosomes XX et chromosomes XY    L'éthique  Chromosome 10 et chromosome 22    L'art et la bioinformatique   Chromosome 9    

  Exemple de balade:  - Rechercher 'histone' (résultat)   - On découvre qu'il existe plusieurs gènes codant pour les histones, des protéines autour desquelles s'enroule l'ADN  - Cliquer par exemple sur le 'chromosome 4' (résultat)   - Cliquer sur le lien 'Bioinformatique expert': la structure 3D de l'histone entourée d'ADN peut être visualisée en cliquant sur 'view in Jmol'(ressource PDB) (résultat).    

  www.chromosomewalk.ch a été conçu par le SIB Institut Suisse de Bioinformatique en 2012    Qui sommes-nous ?      Pour toute information (visites guidées, questions, suggestions,…) n'hésitez pas à nous contacter !     Un tout grand merci à nos sponsors!    Ce dossier pédagogique est en ligne ici et disponible en version pdf.        

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Sources

• Chimothérapie ou pas ? (La Recherche oct 2006) Intranet.jpg
• L'article d'origine intranet (Potti et Al. NEJM)
• Bianchi, D. W. (2012). Prenatal diagnostics: Fetal genes in mother's blood. Nature, 487(7407), 304-305. doi:10.1038/487304a