Un arbre du vivant interactif et à jour
La recherche produit des données magnifiques qui sont de plus en plus souvent accessibles en classe par un simple accès internet.UniProt nous offrait déjà Taxonomy
qui permet de situer n'importe quelle espèce connue dans par sa position taxonomique. Par exemple : Depuis peu une visualisation remarquable est disponible OneZoom – d'inspiration fractale (cf fig 1) ce qui correspond bien à la logique arborescente de nos classifications – et recense déjà plus de 5000 mammifères en permetant de naviguer d'une espèce à l'autre.
Les dates de séparation de chaque branche sont indiquées ainsi qu'un lien sur Wikipedia pour l'espèce concernée.
Fig 1: l'arbre de la vie illustré par OneZoom [img] source OneZoom
Un modèle de la réalité…
C'est une représentation moins exhaustive – pour le moment – que UniProt mais visuellement plus impressionnante et plus interactive. Il n'y a sans doute pas de modèle parfait mais des modèles adaptés au problème qu'on illustre (Cf. Bio-tremplins Rechercher le top-modèle pour expliquer la biologie ?). Ce modèle-ci est probablement meilleur pour mettre en évidence les proximités et distances, situer une espèce dans son contexte. Et pour montrer que l'homme a une place comme les autres parmi les espèces animales, puisque l'humain n'est pas présenté comme l'aboutissement au bout d'une longue ligne d'espèces, mais doit être trouvé au bout d'une des branches de l'arbre (cf fig 2). Probablement que plusieurs d'entre vous imagineront d'autres usages ! Sur le plan didactique il pourrait permettre de concevoir des activités où c'est l'élève qui trouve le positionnement d'une espèce, détermine la distance évolutive entre deux espèces. Le fait qu'il pilote lui-même la navigation (plutôt que de voir le maître le faire) fait certainement une différence dans ce qu'il apprend. Du moins si on a réussi à le munir d'une question qu'il a comprise et qu'il veut explorer.… Dans ce cas OneZoom peut aider à réaliser des activités où il veut trouver la réponse.
Fig 2: L'humain est trouvé en cherchant parmi les singes [img] source OneZoom
Les bases de données : une nouvelle façon de faire de la biologie ?
OneZoom reprend des données scientifiques produites par d'autres et les met en valeur et en rapport avec d'autres bases. Cette plus-value par la mise en relation des bases et leur traitement illustre bien une tendance en biologie : la production et la diffusion de savoir repose de plus en plus sur les bases de données (Strasser, B. J., 2006) et bouscule – mais offre des opportunités pour – leur enseignement (Lombard, F. 2011). Comment Obtenir un article mentionné : Get-a-doiC'est ce que nous avons appelé la biologie BIST et pour laquelle des formations continues pour les enseignants de biologie ont été organisées avec Marie-Claude Blatter du SIB depuis plusieurs années à Genève ici.
OneZoom est présenté dans une vidéo ici
Fig 3: Présentation publique de OneZoom [img] source OneZoom
Les publications et les sources: plus près de la biologie authentique ?
Ils tirent leurs données d'un article de Nature- Bininda-Emonds OR, Cardillo M, Jones KE, MacPhee RD, Beck RM, et al. (2007) The delayed rise of present-day mammals. Nature 446: 507–512. Comment Obtenir un article mentionné : Get-a-doi
- Rosindell, J., & Harmon, L. J. (2012). OneZoom: A Fractal Explorer for the Tree of Life. PLoS Biol, 10(10), e1001406. doi:10.1371/journal.pbio.1001406.
Et la vulgarisation en français ?
Par exemple LeTemps fait un article sur OneZoom- Sillig, Lucia. (2012) Une carte routière pour le vivant. Le temps mercredi17 octobre 2012
Se situer dans l'arbre du vivant ou savoir en dessiner l'arbre ?
La pratique courante éprouvée et testée (…mais que disent les résultats des tests sur ce que les élèves retiennent vraiment ? Probablement pas grand chose, même les enseignants : cf Quessada et al 2007 sur l'acceptation de l'évolution) aborde la classification en apprenant aux élèves à connaitre et savoir décrire un arbre du vivant ou au moins une partie de cet arbre. C'est donc très troublant quand cet arbre est modifié.Savoir se situer dans un arbre qui est donné, sera peut-être une compétence utile dans un monde où les élèves auront accès à ces bases de données depuis leur smartphone et peut-être avec un séquenceur de poche ou un scanner à code-barre ( cf Bio-tremplins d'avril 2010 Le code-barre pour la détermination en botanique ?)
Faut-il les préparer à ce monde ou à celui de Linné ?
:-)))
On peut réagir sur le blog Bio-Tremplins : la confrontation des idées les améliore en général, alors allez-y !
Sources :
- Bininda-Emonds OR, Cardillo M, Jones KE, MacPhee RD, Beck RM, et al. (2007) The delayed rise of present-day mammals. Nature 446: 507–512.
- Lombard, F. (2011). New opportunities for authenticity in a world of changing biology. In A. Yarden & G. S. Carvalho (Eds.), Authenticity in Biology Education: Benefits and Challenges (pp. 15-26). Braga Portugal: Universidade do Minho. Centro de Investigação em Estudos da Criança (CIEC).
- http://www.OneZoom.org
- Sillig, Lucia. (2012) Une carte routière pour le vivant. Le temps mercredi17 octobre 2012
- Strasser, B. J. (2006). Collectionner ou expérimenter ? Les bases de données bioinformatiques, un nouveau lieu de production du savoir. Paris: Albin Michel.
- Quessada, M., Munoz, F., & Clément, P. (2007). Les conceptions sur l'Evolution biologique d'enseignants du primaire et du secondaire de douze pays (Afrique, Europe et Moyen Orient) varient selon leur niveau d'Etude. Hedjerassi, N., Marquet, P., AREF, 1.
Ou Comment Obtenir un article mentionné : Get-a-doi
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