dimanche 6 octobre 2013

Des engrenages chez des insectes bien avant chez les ingénieurs

Les engrenages existaient sans doute des millions d'années avant les ingénieurs...

Le monde de la mécanique parait distinct du vivant, pourtant on a trouvé des engrenages entre les deux pattes arrières d'un insecte pour assurer la synchronisation lors du saut. Aristote et Archimède parlent d'engrenage il y a plus de deux mille ans et les chinois les auraient inventés bien plus tôt… mais tous auraient été précédés par des humbles insectes. Et donc précèderaient de millions d'années l'invention de la simple roue par l'homme!
Une équipe de chercheurs anglais a observé chez  la larve d'un petit insecte Issus coleoptratus (= cigale bossue) des structures chitineuses entre les pattes arrière qui s'engrènent et que les chercheurs interprètent comme un mécanisme pour assurer l'extension simultanée pour éviter à cet animal d e 5-7 mm de partir en vrille lors d'un saut de près d'un mètre.  Burrows et al. supposent  que ces engrenages seraient une première dans le monde animal.

Fig 1: Les pattes de la larve de Issus coleptratus s'engrènent pour assurer leur déploiement synchrone  [img] source Burrows, M., & Sutton, G. (2013).

Un insecte sauteur


Fig 2: Issus coleoptratus de dos et de côté [img] source.britishbugs.org.uk/  

Quand cette petite bête (Issus coleoptratus cigale bossue) de 5-7mm saute, on est souvent surpris de l'ampleur du saut ( près d 'un mètre). Pourtant l'accélération est impressionnante : chez les adultes, elle  atteint 5.5 m/s (moyenne 3.2 ± 0.2 m/s pour 10 mâles) en parfois moins d'1 ms (moyenne 1.5 ± 0.04 ms) correspondant à des accélérations de 700 g (Burrows, et al.2013). Les mécanismes permettant de telles accélérations (stockage d'énergie dans la flexion de structures en chitine, notamment) sont passionnants et ont été étudiés chez plusieurs insectes. Une Bio-Tremplins vous en parlera bientôt. C'est plutôt la stabilité dans la trajectoire qui est étudiée ici.

Fig 3: Issus coleptratus saute avec des pattes arrière [img] source Burrows, M., & Sutton, G. (2013).
Dans la news de Nature, Philipp Ball (2013) explique que quand un insecte de quelques millimètres saute près d'un mètre, la synchronisation parfaite du mouvement des pattes est indispensable pour lui éviter de partir en vrille. Cela serait la pression évolutive qui a sélectionné ces aspérités très particulières chez ces insectes où les pattes sont très proches - sous le corps (cf. figure 1, 4, et 5droite), alors que chez les sauterelles par exemple leur écartement plus grand - sur le coté du corps - rend moins sensible de petites erreurs dans la vitesse d'extension des pattes.

Franklin, C. E 2000Dans leur article de Science (ici) les auteurs proposent une vidéo montrant bien l'imbrication des dents  (à des vitesses de l'ordre de 50'000 dents par seconde) lors du déploiement des pattes, ils ont aussi essayé de bloquer une patte pour établie l'effet de la forme des dents. Ils établissent assez solidement qu'ils ne sont pas seulement ressemblants à , mais fonctionnellement des engrenages.  On trouve en effet des structures évoquant des engrenages chez d'autres espèces animales (la tortue Heosemys spinosa, l'insecte Arilus cristatus (Hemiptera, Reduviidae). Le cœur des crocodiliens a une valve en engrenage qui bloque le reflux (cf  (Franklin, 2000)  cf. figure à droite et ici, source Franklin, 2000) permettant une pression artérielle accrue et plusieurs insectes ont des des structures munies de rangées de dents qui produisent en se frottant l'une l'autre des stridulations, mais les auteurs disent que Issus serait le premier cas d'engrenage fonctionnant comme tel.

Fig 4: Vidéo des pattes de Issus coleptratus s'engrenant e [img] source Burrows, M., & Sutton, G. (2013).

Les Vidéos sur le site de Science

  • Movie S1 Spontaneous jump of a nymph viewed from the side. The images were captured at a rate of 5000 images per second and with an exposure time of 0.03 ms and are replayed at 30 frames per second.
  • Movie S2 Movements of the gears during cocking of the hindlegs in preparation for a jump by a nymph restrained on its back in Plasticine. Images were captured at a rate of 5000 images per second and with an exposure time of 0.03 ms and are replayed at 30 frames per second.
  • Movie S3 Movements of the gears during a restrained jump by a nymph fixed on its back in Plasticene. Images were captured at a rate of 5000 images per second and with an exposure time of 0.03 ms and are replayed at 30 frames per second. The hindlegs pushed against the flexible hairs of a small paint brush that slowed the velocity of their propulsive movements.

Pourquoi seulement chez les larves ?

Étonnamment on ne trouve ces engrenages que chez la larve - la dernière mue produit un adulte qui n'en a pas. En effet chez l'adulte, un mécanisme de simple friction entre les pattes qui assure une extension synchrone  des pattes. Les auteurs proposent une explication en rapport avec les possibilités de réparations  : si un engrenage casse chez la larve, à la prochaine mue il est remplacé. Ou alors, disent-ils,  la taille plus grande et la rigidité accrue des adultes rend possible le mécanisme de friction 

Et chez les espèces locales ?

Issus c. ressemble à d'autres insectes chez nous (Cicadelle spumeuse, Phlaenus spumarius ) dont les larves sont reconnaissables dans le "crachat de coucou". Les larves y sont protégées par une sorte de mousse savonneuse qu'on voit parfois de mai à juillet dans les prés. Loyer, B.  et al. (1999) dans 300 insectes faciles à voir décrit cet animal (extrait intranet.jpg). Que les larves de cet insecte local dispose de ce mécanisme n'est pas mentionné dans l'article, mais se poser la question suscite des observations détaillées du dessous de l'animal, de l'articulation de ses pattes de leur différence avec celles des sauterelles, et peut les guider vers la découverte d'une nature peu connue juste à nos portes. Et peut-être de montrer que la biologie permet d'expliquer le monde qui les entoure,  de lui donner du sens. Sans cet article, qui aurait été regarder comment les pattes sont fixées sous l'animal, ou comment il saute droit malgré tout ?  Je me réjouis du printemps pour tenter de voir cela.

Fig 5:La cicadelle spumeuse - ici extraite de sa mousse protectrice par un vigoureux souffle. Source : F.lombard

S'émerveiller de mère Nature … au risque de renforcer une vision créationniste ?

On serait tenté de montrer avec lyrisme que la Nature avec un grand N a précédé l'homme une fois de plus, et j'avoue qu'inciter l'arrogance humaine à plus de modestie ne me déplait pas...  Cependant ce discours pourrait facilement renforcer les visions déterministes et créationnistes : ce serait parce que c'est utile pour l'insecte qu'un tel mécanisme apparaît !
On peut plutôt discuter comment des individus que le hasard aurait munis de pattes se frottant l'une l'autre ont pu sauter plus droit, mieux échapper aux prédateurs et avoir plus de descendants, ou comment les Issus actuels sont plutôt les descendants de ceux qui ont auraient eu de petits défauts dans ces surfaces, des aspérités qui ont limité des glissement des surfaces, comment certaines aspérités les ont plus aidés que d'autres ...  bref placer la discussion du lien forme-fonction dans une perspective évolutive. 
Rien n'a de sens en biologie si ce n'est à la lumière de l'évolution  ...
    "Nothing in biology makes sense except in the light of evolution"  Dobzhansky, T. (1973).

Sources :

  • Ball, P. (2013). Insect leg cogs a first in animal kingdom. Nature. doi:10.1038/nature.2013.13723
  • Burrows, M., & Sutton, G. (2013). Interacting Gears Synchronize Propulsive Leg Movements in a Jumping Insect. Science, 341(6151), 1254‑1256. doi:10.1126/science.1240284
  • Dobzhansky, T. (1973). Nothing in biology makes sense except in the light of evolution. American Biology Teacher, 35(3), 125-129.
  • Franklin, C. E., & Axelsson, M. (2000). Physiology: An actively controlled heart valve. Nature, 406(6798), 847‑848. doi:10.1038/35022652
  • Loyer, B., Petit, D., & Hodebert, G. (1999). 300 insectes faciles à voir. Paris: Nathan.

jeudi 26 septembre 2013

La biologie et les sciences de l'éducation... un mur s'effrite ?

La biologie et les sciences de l'éducation... un mur s'effrite ?

Les lecteurs des Bio-Tremplins sont sans doute conscients que les frontières de la biologie bougent. Par exemple celles entre biologie neurosciences psychologie et philosophie ( Par exemple Bio-Tremplins du 17 septembre 2010 : Imagerie cérébrale : faut-il repenser l'humain émotionnel ?)

Une de ces frontières particulièrement pertinente pour les enseignants se situe entre les recherches en éducation et celles en neurosciences. Ainsi le fonctionnement du cerveau - un thème classique de la biologique enseignée - pose des questions sur la manière dont un cerveau apprend et sur la manière dont on doit aider les élèves apprendre - ce qui correspond à l'expérience et la pratique des enseignants mais était surtout traitées en sciences de l'éducation. Et on sait que ce que les savoirs issus de ces recherches-là - même quand ils apportent des solutions aux problèmes rencontrés par les enseignants - ne sont pas facilement intégrés dans l'enseignement. Le fait que ces mêmes questions soient formulées et traitées dans des termes et une communauté à laquelle les scientifiques s'identifient plus facilement et des revues qu'ils ont l'habitude de lire peut contribuer à impliquer les enseignants dans la réflexion sur ce qu'ils font depuis longtemps.
Par exemple un rapport de l'OCDE. (2007). Comprendre le cerveau : naissance d'une science de l'apprentissage.   Comment  Obtenir un article mentionné : Get-a-doi
D'autre part Science fait un Review sur le thème Meltzoff, A. N. (2009).Science | Intranet.pdf  Ou encore un rapport de l'académie des sciences aux USA Bransford, J. D.,  et al (2000). How people learn.  brain, mind, experience, and school: National Academy Press Washington, DC.

cerveau et apprendre

Fig 1: Les liens entre recherche sur le cerveau et celles sur apprentissage se multiplient [img] source FRC (fédération pour la recherche sur le cerveau)

Depuis un autre front la séparation Biologie - Sciences de l'éducation s'effrite : le rôle de l'évolution sur les mécanismes d'apprentissage dans le cerveau d'apprentissage. Bolhuis, J. J., & Wynne, C. D. L. (2009). Can evolution explain how minds work ? Nature, 458(7240), 832-833.| Intranet.pdf

Le succès énorme de la formation continue sur  Cerveau et apprentissage l'an passé montre bien l'intérêt des enseignants pour ces questions.
Une formation continue de cette année contribue à casser ce mur de Berlin en approchant depuis les neurosciences...  Il reste quelques jours pour s'inscrire !
Sciences expérimentales et de la nature interdisciplinaire

La biologie change en profondeur vers une biologie de l'information qui offre de nouvelles opportunités

D'autres formations permettent de se tenir au courant des changements de la discipline biologie qui a cette particularité que l'avancée de la discipline de référence modifie ce qui peut et doit être enseigné dans le secondaire. En particulier le changement vers une biologie de l'information qui transforme en profondeur la recherche et offre de nouvelles opportunités  d'expérimentation en classe développés avec Marie-Claude Blatter  La biologie a changé : Comment enrichir mes cours? 
la réflexion qui sous-tend cette approche est développée (Lombard, F. (2010) article ici .

Marie-Claude Blatter  poursuit cette approche avec d'autres experts dans une formation continue cette année sur la phylogénie des plantes. 
Biologie
Notons aussi  aussi une formation sur l'écophysiologie - qui est trop souvent passée sous silence dans nos classes. Comme si les plantes étaient statiques et se réduisaient à la photosynthèse et leur classification

Sources :

  • Bransford, J. D., Brown, A. L., & Cocking, R. R. (2000). How people learn.  brain, mind, experience, and school: National Academy Press Washington, DC.
  • Bolhuis, J. J., & Wynne, C. D. L. (2009). Can evolution explain how minds work? Nature, 458(7240), 832-833. | Intranet.pdf
  • Centre for Educational Research and Innovation. (2007). Comprendre le cerveau: naissance d'une science de l'apprentissage. Paris: OCDE. Consulté à l'adresse http://site.ebrary.com/lib/alltitles/docDetail.action?docID=10406469
  • Fischer, K. W. (2009). Mind, Brain, and Education: Building a Scientific Groundwork for Learning and Teaching1. Mind, Brain, and Education, 3(1), 3-16.
  • OCDE. (2007). Comprendre le cerveau : naissance d'une science de l'apprentissage
  • Lombard, F. (2010). New opportunities for authenticity in a world of changing biology. Proceedings of the 'Authenticity in Biology Education: Benefits and Challenges'. 13-19 july 2010, Braga Portugl
  • Meltzoff, A. N., Kuhl, P. K., Movellan, J., & Sejnowski, T. J. (2009). Foundations for a New Science of Learning. Science, 325(5938), 284-288. doi: 10.1126/science.1175626 | Intranet.pdf

La plateforme  Expériment@l vous offre l'accès à ces articles  Comment s'inscrire à Expériment@l

mardi 24 septembre 2013

Formation continue : La face cachée du sommeil ... mais sans tarder : délai lundi 30 septembre !

Une collègue me propose de partager avec vous sa satisfaction sur une formation continue sur le sommeil  qui offre encore des places ( s'inscrire d'ici le 30 soit lundi prochain !)
Dans le cadre de ce projet ils ont préparé une formation continue qui se déroulera le 29 octobre, des ateliers pédagogiques, une brochure sous forme de BD, pour les jeunes et la possibilité de participer à un festival du film (du DIP) sur le thème du sommeil.
Mais, en plus de ce volet pédagogique une équipe de recherche de l’UNIGE et des HUG investiguera la qualité du sommeil des ados genevois et l’impact des NTIC sur leur sommeil.
C'est donc aussi l'occasion de participer à une recherche et de rencontrer des chercheurs, de faire mieux connaitre les enjeux de la recherche auprès des élèves  …

Vous avez certainement reçu un 'flyer' bleu: LA FACE CACHEE DU SOMMEIL...

Je vous encourage très vivement à participer à la FC du 29 octobre, et plus si entente (projet de recherche avec les élèves)!
En effet, j'ai fait fonction de classes-pilotes l'année passée, et non seulement c’était extrêmement intéressant quant aux infos dispensées, mais en plus les élèves étaient réellement preneurs, impliqués et touchés par cette problématique!

Donc... allez-y, ... l'équipe du CMU et les médecins de l'unité de médecine du sommeil ont fait un très bon boulot!

Voici le lien pour la FC:
http://ge.ch/formation/sc1105DisplayAction.do?offre=CO&typevue=cours&trivue=code&idstage=CO-00621

Elle est ouverte à tous les ordres d'enseignement!
Tania Buhler

si vous n'arrivez pas à lire ce message correctement, cliquez ici pour l'ouvrir dans votre navigateur.
Participez à un projet pédagogique sur le sommeil des jeunes et faites avancer les connaissances scientifiques dans ce domaine!
A l’heure où l’utilisation quotidienne des nouvelles technologies de l'information et de la communication (NTIC) est en continuelle augmentation, se pose la question de l’impact de ces comportements sur notre santé. Dans ce contexte, l'Université de Genève et les Hôpitaux Universitaires de Genève proposent, pour l’année scolaire 2013-2014, un projet novateur sur le sommeil et la démarche scientifique
Cette initiative comprend un volet pédagogique qui vise, par le biais de différents outils - ateliers, formation continue, concours vidéo et brochure illustrée - à améliorer les connaissances scientifiques des jeunes sur le sommeil et à les sensibiliser à ses impacts multiples sur leur quotidien. En lien avec ce volet pédagogique, une équipe de recherche investiguera les habitudes de sommeil de vos élèves, tentera d'évaluer l’impact de l’usage des NTIC sur leur sommeil et l’influence du sommeil sur leurs performances et leur bien-être.
Inscrivez-vous dès les 16 septembre sur
neurocenter.unige.ch/sommeil

En partenariat avec le Service Écoles-Médias,
le Service de santé de la jeunesse et la Radio Télévision Suisse.
Avec le soutien de



Formation continue romande : des gènes aux protéines , Travaux pratiques

Alors que les plus assoiffés de savoir parmi vous ont déjà planifié leurs formations pour l'année, les moins empressés - ou les plus investis dans leurs cours avec les élèves - n'ont peut-être pas tout a fait décidé que suivre dans l'offre très large dont nous disposons. En plus des cours plus larges concernant la gestion de classe, la relation éducative, etc. les cours pour la biologie offerts à Genève  sont


Biologie
En plus on me signale une formation romande qui peut intéresser certains si je suis bien informé les frais du cours peuvent êtr remboursés- vérifier aurps de vos directions.

Voici donc une proposition de formation continue proposée par la Commission Romande de Biologie et Yves Gallay et ayant pour thème : Travaux pratiques : des gènes aux protéines

Celle ci aura lieu le vendredi 22 et le samedi 23 novembre 2013 au collège du Sud, rue de Dardens, 1630 Bulle
Public-cible : professeurs de biologie du secondaire II
Les inscriptions peuvent se faire jusqu'au 31 octobre 2013 auprès de Yves Galley, organisateur du cours et intervenant (galleyy@edufr.ch)

Dates : le vendredi 22 et le samedi 23 novembre 2013 Lieu : collège du Sud, rue de Dardens, 1630 Bulle Public-cible : professeurs de biologie du secondaire II
Prix : 150 CHF
Nombre de participants maximum : 24
Les inscriptions peuvent se faire jusqu'au 31 octobre 2013 auprès de Yves Galley, organisateur du cours et intervenant (galleyy@edufr.ch)
Canevas
Durant ce cours de formation continue, les participants effectueront 4TP ayant pour thème : des gènes aux protéines
Les facteurs influençant l'activité des enzymes
Les enzymes sont abordés au cours de base, aussi bien que dans les cours d'option spécifique et complémentaire. Comme ces molécules jouent un rôle central dans le métabolisme cellulaire et que leur dysfonctionnement peut générer des troubles physiologiques importants, il est intéressant de mettre en évidence le fait que ces molécules peuvent être sensibles aux conditions physico-chimiques de leur environnement. Le TP proposé met en évidence l'action inhibitrice de certains métaux ou de la variation de pH sur l'activité de l'amylase. La mesure de l'activité se fait par spectrophotométrie.
Exportation de la saccharase
Les enzymes sont produits à l'intérieur des cellules. Mais leur action peut se faire à l'extérieur de celles-ci. Certains enzymes sont donc exportés, c'est le cas de la saccharase chez la levure du boulanger. Cette exportation sera mise en évidence par 2 méthodes : la chromatographie et l'activité enzymatique du milieu extracellulaire.
Présence d'enzymes dans des produits courants
Les enzymes, grâce à leur activité de catalyseurs, sont intéressants pour l'industrie. Ils permettent donc des réactions à des conditions plus faciles à mettre en place. La lessive est un exemple de l'utilisation des enzymes, qui permettent de laver efficacement à des températures plus basses. La mise en évidence de ces enzymes dans la lessive utilise le fait que les lessives contiennent des protéases.
Génétique des pigments des yeux de la drosophiles
L'hypothèse de « 1gène-1 enzyme » avancée par Beadle et Tatum en 1941 (lauréats du prix Nobel de Médecine en 1958) était basée sur leur travail avec Neurospora crassa. Mais avant d'utiliser ce champignon, Beadle et Tatum ont utilisé la drosophile, en s'intéressant plus spécifiquement aux pigments de leurs yeux Certains mutants peuvent manquer de certains pigments ou présenter des quantités différentes de la souche sauvage. La production de ces pigments étant sous l'influence de gènes particuliers, cette méthode va nous permettre de mettre en évidence les gènes mutés à la manière de Beadle et Tatum
Ce cours sera aussi l'occasion de partager ses propres expériences avec des collègues d'autres cantons, échanges qui seront sans aucun doute fructueux.
Le programme détaillé sera envoyé aux personnes inscrites.
Présentation du cours

mercredi 18 septembre 2013

CRISPR - le couteau suisse génétique ?

La révolution CRISPR ?

Dans un News Focus de Science Pennisi, E. (2013) intranet.pdf fait un petit historique de la découverte d'un mécanisme de protection des bactéries contre les virus. Il en résulte une technique et un pan nouveau de recherche qui  se développe exceptionnellement rapidement et mérite l'attention des abonnés aux Bio-Tremplins.
C'est en cherchant à protéger les bactéries qui font le yoghourt (Streptococcus thermophilus p. ex.) dans l'industrie laitière danoise que des chercheurs ont réussi à booster les défenses bactériennes en présentant aux bactéries l'ADN des virus. Forts des techniques de séquençage et de bioinformatique actuelle, ils ont contribué à élucider ce mécanisme, parfois comparé à un système immunitaire bactérien (cf fig1). CRISPR  est constitué d'un ARN guide constant, attaché à une séquence spécifique de l'ADN à cibler, et d'une protéine Cas9 qui accueille cet ARN et guide le positionnement de cet ARN sur l'ADN-cible et découpe les deux brins d'ADN à la position correspondante.  Cf par exemple Brouns, S. J. J., et al. (2008). intranet.pdf Comment  Obtenir un article mentionné : Get-a-doi

Fig 1: Quand des virus (en vert) attaquent une bactérie, elle déploie des défenses contre l'ADN viral que les biologistes ont appris a utiliser pour le génie génétique  [img] source Pennisi, E. (2013): EYE OF SCIENCE/SCIENCE 
En quelques mois des chercheurs du monde entier ont pu exploiter sa spécificité et sa simplicité pour intervenir dans les génomes directement ou en modifiant la protéine.
UniProt - la célèbre base de protéines basée à Genève a publié 2 headlines sur le sujet :

CRISPR : Un ARN en deux parties et une protéine 

CRISPR  est constitué d'un ARN guide, en partie palindrome (définition ici) constant, attaché à une séquence ARNcr spécifique de l'ADN à cibler, et d'une protéine Cas9 (cf. fig 2) qui accueille cet ARN et guide le positionnement sur l'ADN-Cible et découpe les deux brins à la position correspondant à la fin de la séquence guide.

Figure
Fig 2 : Le mécanisme d'action de CRISPR est simple et modulaire . Cliquer pour agrandir. Il est développé plus bas  [img] source : Pennisi (2013)

Chez les bactéries ce sytème permet en intégrant de courts fragments d'ADN étranger dans le système CRISPR  d'armer la bactérie contre de nouvelles attaques de ce même agent pathogène (Virus, mais aussi plasmides, éléments conjuguants, ou transposables) . C'est ce qui a sauvé les cultures de bactéries dans l'industrie laitière Danoise…
"Resistance is acquired by incorporating short stretches of invading DNA sequences in genomic CRISPR loci " Brouns, S. J. J., et al. (2008)

Un système simple et polyvalent

La simplicité de ce système permet de fabriquer des ARN ciblant à volonté des séquences très spécifiques chez divers organismes, de les accoler au palindrome, et pour autant que Cas9 soit présent l'ADN sera coupé à l'endroit spécifique. Ce système n'est pas sans rappeler l'ARN interférant des Eukaryotes (cf Bio-Tremplins un commando de 9 prend le contrôle de 273 )
La polyvalence du système est exprimée dans l'illustration de Science (fig. 2) qui figure chacun des sites actifs de Cas9 comme un couteau suisse
 
  • Cas9 chez UniProt G3ECR1 CRISPR-associated endonuclease Cas9 Streptococcus thermophilus (1,409 bases)
Selon Pennisi, la simplicité et la modularité du système permet de réaliser des interventions ciblées qui permettront des recherches bien plus vite et plus précisément. En effet, en modifiant la protéine de chercheurs ont supprimé les sites actifs mais y ont joint des protéines à l'activité connue, afin d'associer la spécificité de CRISPR à cette activité.

Par exemple en associant un répresseur à Cas9, ils ont pu bloquer un gène spécifié par la séquence d'ARN associée à Cas9 (cf. Fig 3.gauche) . En associant un promoteur,  ils ont pu activer un gène spécifique (cf. Fig 3.droite) .

Fig 3 : Les chercheurs on pu exploiter le mécanisme d'action de CRISPR en modifiant la protéine Cas9 pour spécifiquement activer ou réprimer l'expression d'un gène. [img] source : K. SUTLIFF/SCIENCE in Pennisi (2013)


Modulaire et spécifique, ce système permet de nombreuses applications en génie génétique

En modifiant la protéine Cas9 d'autres chercheurs ont pu effectuer à l'endroit spécifié par l'ARN guide d'autres interventions comme bloquer un gène – en associant un répresseur à Cas9, activer un gène – en associant un promoteur, ou ouvrir l'ADN ( "nick") en supprimant un des sites actifs – pour insérer un ADN thérapeutique à un endroit précis.
Fig 4: En 8 mois on a pu montrer l'efficacité du système CRISPR chez divers organismes (Caenorhabditis elegans, Danio rero, Drosophila)   [img] source Pennisi (2013) CREDITS (TOP TO BOTTOM): FRIEDLAND ET AL., NATURE METHODS 10 (JUNE 2013); ANDREW GONZALES/JOANNA YEH; SCOTT GRATZ/UNIVERSITY OF WISCONSIN, MADISON

Ouais ... ces séquences on peut les voir m'sieur ?

Qu'un élève ait encore assez de curiosité pour poser cette question est rare, mais le principe d'accès libre à l'information imposé par les revues scientifiques entre autres implique qu'on peut accéder aux séquences de toute recherche publiée (Cf BIST) et adopter une démarche expérimentale et satisfaire le scepticisme de cet élève : vérifier sur la base de données cette affirmation...
Marie-Claude Blatter du SIB nous rappelle que " Le cr RNA est composé d'une séquence 'spacer' spécifique et d'une séquence palindrome." Par exemple dans Brouns, S. J. J. et al  (2008) on trouve :



D'autre part, elle nous indique Palindrome search un outil qui permet de détecter les séquences palindromiques: http://bioinfo.cs.technion.ac.il/projects/Engel-Freund/new.html (! il faut mettre la séquence en format fasta c'est à dire précéder la séquence par une ligne qui commence avec un > suivi d'une description - en fait on peut mettre n'importe quoi après le >)
Si on insère dans l'outil à détecter les palindromes la séquence trouvée ci-dessus - dûment labellisée pour FASTA :
>E coli CRISPR
gagttccccgcgccagcggggataaaccgctttcgcagacgcgcggcgatacgctcacgca
 on découvre bien un palindrome :

5   TCCCCGCG   12
    |||||||
22  AGGGGCGA   15


Autre exemple plus récent

Dans un papier récent Chen, et al. (2013)Comment  Obtenir un article mentionné : Get-a-doi  ont modifié C. elegans , et on trouve dans les supplementary data ici la séquence guide qui permet la fixation de l'ARN sur la protéine Cas9 dûment labellisée en format fasta :  
>Exemple pris chez Chen pour modifier C. elegans
GTTTTAGAGCTAGAAATAGCAAGTTAAAATAAGGCTAGTCCGTTATCAACTTGAAAAAGTGGCACCGAGTCGGTGCT

Si on insère dans  Palindrome search cette séquence  on trouve

61   GGCACCGA   68
      |||||||
77   TCGTGGCT   70


D'autres exemples

M.-C. Blatter nous indique comment trouver quelques cr RNA spacer dans GenBank: (la sequence spacer qui reconnaît la cible) : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/?term=%22crispr+rna%22

Trop compliqué pour les élèves ?

Peut-être…  il est surtout nouveau pour les enseignants et n'est pas encore entré dans les pratiques enseignantes ( transposition didactique à faire ?)

D'une autre coté le système CRISPR n'est pas bien complexe et par sa nouveauté il peut renouveler les exemples, les exercices voire les évaluations…

Des articles vulgarisés en français  ? 

Sources :

  • Chen, Changchun, Lorenz A. Fenk, Mario de Bono. (2013) Efficient genome editing in Caenorhabditis elegans by CRISPR-targeted homologous recombination Nucl. Acids Res. first published online September 5, 2013 doi:10.1093/nar/gkt805
  • Brouns, S. J. J., Jore, M. M., Lundgren, M., Westra, E. R., Slijkhuis, R. J. H., Snijders, A. P. L., … van der Oost, J. (2008). Small CRISPR RNAs Guide Antiviral Defense in Prokaryotes. Science, 321(5891), 960‑964. doi:10.1126/science.1159689 | intranet.pdf
  • Pennisi, E. (2013). The CRISPR Craze. Science, 341(6148), 833‑836. doi:10.1126/science.341.6148.833 | intranet.pdf


Mise à jour 5 Nov 21 correction de liens devenus obsolete

lundi 9 septembre 2013

Des neurones spéciaux pour les câlins ?

Les phanères ne servent pas seulement  à la thermorégulation… 

Une étude récente met en évidence des neurones particuliers sensibles aux caresses. Ces neurones  réagissent spécifiquement à des stimulations "caressantes" par un pinceau alors que d'autres ne répondent qu'à des stimulations pénibles comme le pincement ou les piqûres.
Des chercheurs ont identifié un récepteur moléculaire spécifique qui permet d'identifier leur position et les activer expérimentalement. Ces neurones sont présents chez les souris, mais on en trouve des similaires chez l'humain là où la peau porte des poils, mais pas sur la paume des mains par exemple.
caresser est une activité sociale          importante chez les primates
Fig 1 : Nature titre sur cette découverte [img] source  Roberto Westbrook/Blend Images/Corbis

Les caresses : un besoin psychologique ?

Nous avons probablement tous observé combien les chats, les chiens apprécient les caresses, et je vous souhaite d'avoir pu ressentir que les humains aussi.
Leur besoin critique est mentionné par les auteurs en référence aux expériences de Harlow, Harry F. (1959) “Love in Infant Monkeys,”.
harlow
Fig 2: Harlow avait déjà mis en évidence le besoin de caresses chez le nouveau-né chez d'autres primates que nous  [img] source  Harlow

De nombreuses recherches portent sur la douleur, parce qu'elle est sans doute plus importante médicalement mais aussi parce qu'elle est plus facile à étudier chez les souris (évitement, retrait etc). Il y a tout de même des recherches sur les bases neurologiques des caresses et la présence de neurones spécifiques pour ce type de stimulus est connu depuis Olausson, H. (2002). Ils ont montré  que des voies nerveuses spécifiques sont en jeu, mais la nature des récepteurs n'était pas établie.

caresse
Fig 3: Chez l'humain on avait déjà démontré que les caresses suivent des voies nerveuses indépendantes [img] source  Pearson, Helen (2002)

Les auteurs - sur la base de l'étude par IRMf d'une patiente dépourvue des neurones myélinisés et d'une grande part du toucher mais qui percevait les touchers agréables - suggéraient alors que cette voie pourrait sous-tendre les réponses émotionnelles hormonales et affectives des caresses. 
"These findings identify CT as a system for limbic touch that may underlie emotional, hormonal and affiliative responses to caress-like, skin-to-skin contact between individuals."Olausson, H. (2002) Comment  Obtenir un article mentionné : Get-a-doi
Mais les récepteurs impliqués n'étaient pas connus, et la recherche de (Vrontou, S., et al. 2013) montre que nous avons une double innervation tactile de la peau pileuse; l'une d'entre elle,  qui est lente (C Tactile) met en jeu des neurones non myélinisés qui répondent à des stimulations faibles et activent les aires de l'insula du cerveau mais pas les aires somatosensorielles.


Fig 4 :Les aires somatosensorielles [img] source Figure 9.8 dans  Purves, Dale. et al.,(2006).

L'étude est rapportée dans une News de Nature ( Mice have 'massage neurons') par Thea Cunningham avec une très amusante vidéo qui décrit l'expérience.
Vrontou et al.  mettent en évidence chez la souris un récepteur moléculaire particulier aux stimulations douces comme les caresses : MRGPRB4. C'est une classique G-Coupled Protein transmembranaire – comme de nombreux récepteurs.  Comment  Obtenir un article mentionné : Get-a-doi
  • La protéine, sa séquence chez uniProt Q91ZC0
Fort de cette séquence ils ont pu l'activer par des voies pharmacologiques (avec des molécules qui les activent) pour en vérifier la spécificité et la répartition.

Fig 5: Les différentes simulations testées  [img] source  Vrontou, S.,et al (2013)

Les chercheurs ont réussi à monter un dispositif ingénieux qui stimule la souris de manière "caressante" ou plus ferme (pincement ou poking (~piqûre légère), cf. fig. 5), pour montrer que MRGPRB4 n'est pas activé lors de stimuli désagréables, mais seulement lors de caresses avec un pinceau. Ils ont utilisé une technique où les neurones fluorescent quand ils sont actifs. Leur réaction à des stimuli donc être suivie visuellement. Ils ont ainsi montré que les neurones CT (C Taciles) munis de MRGPRB4 ont une sensibilité distincte d'autres neurones CT anatomiquement semblables munis de récepteurs ( MRGPRD) sensibles aux stimulations désagréables.
  • Séquence et liens pour MRGPRD Chez l'humain Q8TDS7
Ils ont exploré les dimensions affectives par des expériences comportementales : en activant ces neurones dans une loge de leur espace (cf fig. 6) ils ont pu observer que les souris y retournaient préférentiellement, suggérant que ces neurones ont un effet de renforcement ou anxiolytique et pas seulement un effet local dans la peau.

Fig 6: Les souris ont été conditionnées dans différentes loges de leur cage pour étudier l'effet comportemental (calmant?) de ces récepteurs [img] source  Vrontou, S.,et al (2013)

Les potentiels?

L'article termine classiquement par l'évocation des potentiels de cette découverte... et s'ils reconnaissent que les applications thérapeutiques ne sont pas pour demain, l'un des auteurs envisage une crème stimulant ces récepteurs à appliquer à votre animal familier pour le calmer en votre absence – comme si vous le caressiez…
Imagine smearing something on their skin that makes them feel like they're being stroked and petted even when you're away at work!  It might make your pets feel better and make you feel less guilty for leaving them home alone,” Anderson, David, responsable de l'étude.
J'entends le petit malin au fond de la classe qui glousse son incrédulité. Et l'imagination fertile des adolescents imaginer d'autres applications entre humains...

Et en français ?

Comme toujours les savoirs percolent depuis la publication d’origine vers la littérature grand public. En se vulgarisant ils perdent les circonstances des mesures, le cadre théorique, les limites et les incertitudes, se focalisent sur une conclusion à sensation ... mais touchent un public plus large.

  • Furura-sciences est assez peu vulgarisé  ici 
  • Pour la Science propose dans les actualités un court texte par Sébastien Bohler  ici
  • La Recherche propose aussi une brève ici
On voit que la crème qui remplacerait les massages frappe l'imagination mais devient une pilule.

Bio-Tremplins avait par ailleurs publié un article sur les effets du massage ici L'acide lactique, mythes et récentes découvertes. 

De nouvelles questions

Comme souvent une recherche répond à une question et en soulève plusieurs nouvelles qui permettront d'aller plus loin – c'est une des  caractéristiques de l'investigation qui conduit à l'affinage conceptuel.

- Ces récepteurs sont-ils effectivement présents chez l'humain et ont-ils le même rôle chez nous ? Et chez la plupart des mammifères ?
- Si oui, le rôle crucial des caresses - au moins dans la petite enfance – serait confirmé par le maintien à travers l'évolution de ces neurones : sans sélection ils seraient vraisemblablement disparus.
- La présence de ces récepteurs seulement sur la peau munie de poils serait-elle la raison du maintien de rares poils sur une bonne part du corps chez l'humain ?
- La même question se pose pour l'éléphant qui a des poils fort peu visibles et dont l'utilité n'est pas évidente il me semble.

Fig 7 : Les éléphants semblent apprécier les caresses : est-ce par ces mêmes récepteurs et cela explique-t-il leurs poils  [img] source  Cunningam, T. (2013)

Une question que des élèves pourraient soulever est pourquoi on ne peut pas se chatouiller soi-même. Une étude en IRMf suggère que les influx venant de la périphérie sont bloqués avant d’arriver à l'aire somatosensorielle. Cf. Lawrence, E. (1998). Why you can’t tickle yourself. Nature News. doi:10.1038/news981022-7  Comment  Obtenir un article mentionné : Get-a-doi

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Sources :

jeudi 22 août 2013

Journées de Microbiologie 2013: Microbes rebelles, le nouveau défi, Microbio2013

L'université de Genève propose bientôt les traditionnelles Journées de la microbiologie ou des spécialistes de renom présenteront des recherches très récentes. Elles sont ouvertes à tous et les élèves y sont bienvenus :
Tous les détails sont ici avec les Conférences Grand Public.

Quelques éclairages sur les approches possibles  en classe en introduction:

Les résistances aux antibiotiques ... et aux idées simplistes ?

Les antibiotiques et les résistances sont un sujet qui intéresse bien  les élèves.  Ce thème est une occasion de montrer combien la perspective évolutive offre une puissance  explicative supérieure aux modèles naïfs ( "les antibiotiques s'émoussent",  "les bactéries sont tenaces ou malines " " mon corps est habitué à l'antibiotique, il n'agit plus bien " ) et déterministes "parce qu'elles sont destinées à " qui glissent subrepticement vers le créationnisme.
Quelques pistes possibles en classe : 

  • On peut montrer comment l'apparition de résistances est favorisée par la présence d'antibiotiques à faible doses dans le milieu (intestinal notamment), ou dans l'environnement. Pour ne citer que deux exemples d'une littérature abondante. Naomi Lubick, (2012) rapporte une étude qui montre  la présence de gènes de résistances à des doses mille à dix mille fois plus élevées en aval des zones ou l'activité humaine est présente.  Elle rapporte aussi (Lubick, Naomi, 2011)  que l'eau d'une rivière en aval de nombreuses usines pharmaceutiques en Inde - malgré une station de traitement de ces eaux – contient de très nombreux gènes de résistance – jusqu'à 2% de l'ADN selon Kristiansson E. et al. (2011).
    Les méthodes de séquençage direct du milieu sans cultiver les micro-organismes et le traitement bioinformatique mériteraient aussi une bio-tremplins, mais pas pour le moment
    !
  • On peut aussi montrer l'importance de suivre le traitement antibiotique complet pour limiter les risques d'apparition de résistances, puisqu'un traitement interrompu avant la fin peut sélectionner des bactéries partiellement résistantes.
 "Prenez les médicaments conformément aux directives de votre médecin ou de votre pharmacien. Ne cessez pas de prendre un médicament prescrit avant la fin du traitement sans en avoir discuté au préalable avec votre médecin, à moins d'avoir de graves effets indésirables. Même si vous vous sentez mieux, prenez la dose prescrite pendant toute la durée prévue afin de vous assurer que tous les germes sont détruits." (source)

Recommander sans expliquer comme par exemple ci-dessus est un message de prévention qui développe plutôt une attitude de patient obéissant...  mais ne rend pas l'élève capable de comprendre pourquoi et n'en fait pas un citoyen, scientifiquement critique et responsable ! A un âge où les élèves sont naturellement frondeurs ou rebelle c'est une nuance qui prend tout son sens… 
  • On peut aussi profiter de cet exemple pour montrer l'importance des transferts horizontaux (via les plasmides par exemple) dans le vivant et combien notre ADN est le résultat de mélanges. Discuter comment les espèces restent constantes non par la pureté de la transmission génétique mais par la sélection  ( cf Bio-tremplins  "Notre ADN est-il naturel ? " ).
  • D'autres exemples ? ... partagez les vôtres en répondant à ce message ou en commentant dans le Blog Bio-Tremplins.

L'évolution permet de mieux comprendre le monde des élèves. 

Donner du sens aux apprentissages c'est peut-être montrer en quoi la biologie est utile pour comprendre le monde dans lequel les élèves vivent et comment mieux le maîtriser.

Sources :


  • Kristiansson E. et al. PLoS ONE 6, e17038 (2011). | Article
  • Lubick, Naomi. (2012) Antibiotic resistance racing downriver, Nature News, Published online: 17 October 2012; doi: 10.1038/nature.2012.11612
  • Lubick, Naomi. (2011) Dumped drugs lead to resistant microbes, Nature News, Published online:16 February 2011 doi:10.1038/news.2011.46


Journées de Microbiologie 2013: Microbes rebelles, le nouveau défi

Microbio2013
Les microbes sont partout. S’il faut choyer ceux qui - pour la plupart -nous sont utiles, nous devons également contrer les pathogènes et les indésirables. Les antibiotiques nous servent activement dans ce combat, puisqu’ils permettent de traiter des infections autrefois mortelles, mais qui ont aujourd’hui développé certaines résistances. Par ailleurs, des analyses spécifiques nous permettent également de suivre la qualité microbiologique de nos aliments. Pourtant, tous les jours nous entendons parler de bactéries résistantes ou encore de poulets contaminés par le Campylobacter. Ces microbes rebelles poussent les instances de santé publique et les chercheurs à relever de nouveaux défis. Les 6èmes Journées de microbiologie font le point sur les stratégies de lutte et de contrôle de ces germes nuisibles grâce à deux conférences grand public.

Mercredi 18 septembre 2013, 18h30
LES ANTIBIOTIQUES: ENCORE UTILES?

Prof. Jacques SCHRENZEL
Faculté de médecine UNIGE
Responsable du laboratoire central de bactériologie, HUG
Dr Karl PERRON
Laboratoire de bactériologie, Faculté des sciences UNIGE

Il y a déjà 10 ans, les responsables de la santé publique tiraient la sonnette d’alarme et lançaient les premières campagnes de sensibilisation face à l’utilisation intempestive des antibiotiques. Aujourd’hui, malgré le succès de cette campagne, un nombre toujours croissant d’infections résistent aux infections de première ligne: confrontés à des germes multi- voire totalement - résistants, les médecins doivent désormais faire face à des impasses thérapeutiques. Comment en sommes-nous arrivés là? Les antibiotiques sont-ils désormais dépassés? Face à ces questions, les chercheurs se mobilisent: il s’agit non seulement de comprendre les mécanismes adoptés par les microbes pour déjouer les traitements, mais également de trouver de nouvelles stratégies pour venir à bout de ces bactéries rebelles. Parmi les pistes explorées figurent la mise au point de nouvelles molécules antimicrobiennes et la phagothérapie.

Jeudi 19 septembre 2013, 18h30
NOTRE ASSIETTE A LA LOUPE

Dr Patrick EDDER - Nathalie MAURY
Service de la consommation et des affaires vétérinaires (SCAV), Etat de Genève

Les microbes sont partout même dans nos assiettes! Heureusement le SCAV veille, analyse ce que nous mangeons et traque les indésirables. Quels sont ces microbes? Comment les cherche-t-on? Peut-on faire confiance à la qualité microbiologique des mets proposés sur le canton? Cette conférence répondra aux questions que peuvent se poser les consommateurs par un tour d'horizon des méthodes de surveillance et des analyses effectuées pour la sécurité alimentaire, le tout illustré par des exemples concrets.

18 et 19 septembre
ANIMATION « LES OUVRIÈRES DU VINAIGRE »
Dr François BARJA, Faculté des sciences, UNIGE
Avant les conférences, de 17h à 18h15 (devant l’auditoire A250, CMU)
Entrée libre sur inscription()

Le vinaigre est connu depuis l’Antiquité. Présent dans toutes les cuisines, il est l’œuvre de bactéries particulières, équipées pour résister à l’acidité. Le Dr François Barja, chercheur à l’Université de Genève, vous invite à découvrir les bactéries acétiques et à déguster le produit de leur travail.

Précédentes Journées de microbiologie

Sources :

  • Kristiansson E. et al. PLoS ONE 6, e17038 (2011). | Article
  • Lubick, Naomi. (2012) Antibiotic resistance racing downriver, Nature News, Published online: 17 October 2012;  doi: 10.1038/nature.2012.11612
  • Lubick, Naomi. (2011) Dumped drugs lead to resistant microbes, Nature News, Published online:16 February 2011 doi:10.1038/news.2011.46

Des places pour les scientifiques en herbe ... la fondation science appelle les jeunes

La fondation La Science appelle les jeunes propose des activités et semaines d'études. De belles opportunités pour les élèves passionnés.

Voici leur message
:

Très chers enseignants de gymnases,
Très chers enseignants d'écoles professionnelles,
Juste à temps pour le début de la nouvelle année scolaire, nous nous réjouissons de vous faire parvenir le programme annuel 2013/2014 avec un aperçu de toutes les manifestations de la fondation La Science appelle les jeunes. Vous y trouverez toutes les informations et dates importantes brièvement résumées. Nous vous demandons d'attirer l'attention de vos élèves sur ces offres et de suspendre le programme dans les salles de classe/sur les panneaux d'affichage. Nous vous fournirons volontiers un plus grand nombre de programmes annuels sous forme imprimée si vous le souhaitez, veuillez vous inscrire à cet effet sous info@sjf.ch. 
Dernières places disponibles:
Jusqu'au 23 août, il est encore possible de s'inscrire pour les semaines d'étude Fascination informatique 2013, qui se dérouleront du 9 au 14 septembre 2013.

Nouvel appel à candidatures:
Désormais, il est en outre possible de s'inscrire pour les semaines d'étude suivantes:
·         Sciences humaines et sociales: se déroule du 03 au 09 novembre 2013
·         Biologie comportementale au zoo de Zurich: se déroule du 10 au 15 novembre 2013

A ne pas rater:
A partir de maintenant, la brochure du Concours National de cette année est disponible en téléchargement. Les élèves intéressés peuvent encore s'inscrire jusqu'au 15 octobre pour le 48e Concours National 2014. Des informations complémentaires sur la procédure d'inscription et le déroulement figurent dans notre dépliant d'formation.
Nous vous remercions de votre soutien pour faire connaître nos manifestations.
Sincères salutations

LA SCIENCE APPELLE LES JEUNES   Gebäude 59G     Stauffacherstrasse 65 CH-3014 Bern  Tél.       +41 / 031 377 71 00

samedi 17 août 2013

Lois et sciences des nanotechnologies: un ensemble parfait ?

Les nanotechnologies ouvrent des potentiels immenses, positifs et négatifs, certains et supposés. Comme chaque nouvelle technologie, les nanotechnologies sont aussi controversées.

Les sciences visent à développer chez les élèves la capacité "d'identifier des questions, de développer progressivement la capacité de problématiser des situations, de mobiliser des outils et des démarches, de tirer des conclusions fondées sur des faits, notamment en vue de comprendre le monde naturel et de prendre des décisions à son propos, ainsi que de comprendre les changements qui sont apportés par l'activité humaine ;"
Commentaire du PER source
Or c'est aussi (Le PER l'indique cf encadré) le rôle des enseignants de science d’aider les élèves à identifier les questions scientifiques et à prendre en compte les connaissances scientifiques dans leurs décisions comme consommateur, comme futur citoyen, comme décideur peut-être.
Cette conférence peut être une occasion de prendre connaissance des termes du débat... pour ceux qui sont à Genève.


Madame, Monsieur, Chers Amis,

Le Musée d’histoire des sciences accueille une soirée de conférences le samedi 17 août 2013 à 19h30  


«  Lois et sciences des nanotechnologies: un ensemble parfait ? »
Débat public sur des questions émergentes de notre époque


Programme des communications :

Nanotechnologie: pour la protection des droits humains de la santé
par Ilise L. Feitshans, JD and ScM, Institut universitaire romand de santé au travail (IST) et étudiante doctorale à la Geneva School of Diplomacy.

Avantages et risques de la nanotechnologie: la position de l’Assemblée parlementaire du Conseil de l’Europe
par Tanja E.J. Kleinsorge, Cheffe du Secrétariat « Commission des questions sociales, de la santé et du développement durable », Assemblée parlementaire du Conseil de l'Europe à Strasbourg.

L'impact des nanotechnologies sur la médecine et sur la santé: une vraie révolution ?
par Brigitta Danuser, MD, Directrice de l’Institut universitaire romande de santé au travail (IST), Université de Lausanne.

Sciences et société civile : est-ce que les gouvernements peuvent en faire plus ?
par Nicola Furey, Présidente de Earth Focus Foundation,  Collonge-Bellerive, Geneve


Gratuit et tout public


Avec mes cordiales salutations

Laurence-Isaline Stahl Gretsch

Musée d'histoire des sciences
128 rue de Lausanne, 1202 Genève
Tel : +41.22.418.50.71
Fax : +41.22.418.50.61

>Génie des artisans: De l'atelier au   laboratoire