La Suisse et l'UniGenève à la pointe avec SwissProt et l'Institut Suisse de Bioinformatique depuis 10ans
Trop discrètement, il me semble l'uni de Genève abrite une des fondations de la biologie moderne : SwissProt, (dirigé par Amos Bairoch, Prix Latsis 2004) une base de données sur les protéines très "qualité suisse" : les données y sont vérifiées par des humains et tenues à jour avec une précision que les approches automatiques des autres bases ne permettent pas.
A l'occasion des 10 ans de l'Institut Suisse de Bioinformatique, les groupes genevois, dont le groupe Swiss-Prot organisent une exposition 'Chromosome walk: au fil du génome humain'
La nouvelle biologie (que nous appelons BIST) repose sur l'accès a ces bases de données bioinformatiques, et c'est de chez SwissProt qu'est venue Marie-Claude Blatter, l'experte dans les cours de formation à la BIST que vous avez été nombreux à suivre. (Il n'aura pas lieu cette année)
C'est que la nature même de la Biologie change ... la manière de mener les expériences en biologie, d'en extraire des connaissances nouvelles changent.
Au centre : l'ADN. Or les séquences d'ADN sont dans des bases de donnes...
Dans la mesure où l'essence même de ce qu'est le vivant est probablement inscrit dans l'ADN, et qu'on a séquencé toujours plus de génomes, librement disponibles dans ces bases, explorer le vivant se fait en explorant ces séqeunces aussi.
Les chercheurs utilisent des outils d'analyse de ces données tels que BLAST pour pêcher des séquences similaires, ClustalW pour comparer leur alignement etc. Ainsi les biologistes passent probablement plus de la moitié de leur temps (de rarement 30 à fréquemment 50-70% selon mes enquêtes informelles) à faires de "expériences" in silico , qui complètent les manipulations de laboratoire. Il n'est pas rare que des publications dans Nature ou Science soient uniquement basées sur ces démarches BIST, des "expériences in silico". (Exemple : la comparaison Chimpanze-humain)
Et on pourra bientôt enlever les guillemets... il faut s'y habituer !
La biologie change, notre enseignement aussi !
La plupart des expériences en biologie actuelle sont au moins partiellement effectuées en interrogeant ces bases de données (Cf interview du chercheur UniGe sur les Phéromones I. Rodriguez) et cette BIST est une dimension importante de la Biologie, aussi la question de son insertion dans les cours est posée avec toujours plus d'acuité. Par bonheur la plupart de ces ressources et outils sont disponibles par un simple accès web, et donc facilement utilisables dans les écolesExemple : vous voulez l'hémoglobine
UniProt vous la propose : tapez Hémoglobine, acceptez la traduction hemoglobin ici , choisissez la sous-unit Beta HBB_HUMAN et vous avez un description de la protéine et sa séquence.
UniProt vous la propose : tapez Hémoglobine, acceptez la traduction hemoglobin ici , choisissez la sous-unit Beta HBB_HUMAN et vous avez un description de la protéine et sa séquence.Franchement plus authentique que de la montrer sur un acétate ou de la voir imprimée dans un bouquin scolaire, non ? ...pas plus simple, c'est vrai ! mais quel gain en motivation !
Plusieurs scénarios développés avec SwissProt sont disponibles ici.
Bon anniversaire Swissprot !
Ce fleuron des bases de données de protéines fête ses 10ans sur le thème de la marche des chromosomes:
Il y aura une Exposition du 1er au 30 septembre 2008
au Jardin botanique de Genève, Terre de Pregny
La bioinformatique et Genève : un anniversaire
A l'occasion de ses 10 ans, l'Institut suisse de bioinformatique vous propose une balade le long du génome humain. Du 1er au 30 septembre 2008 à Genève, 23 chromosomes semés dans un champ vous raconteront le monde minuscule des gènes et des protéines ainsi que celui toujours grandissant de la bioinformatique. Et pour attiser la curiosité des plus petits, un jeu de piste les fera courir d'un chromosome à l'autre en leur faisant palper ainsi du bout de leurs pieds, la complexité d'un univers invisible à nos yeux.
A l'occasion de ses 10 ans, l'Institut suisse de bioinformatique vous propose une balade le long du génome humain. Du 1er au 30 septembre 2008 à Genève, 23 chromosomes semés dans un champ vous raconteront le monde minuscule des gènes et des protéines ainsi que celui toujours grandissant de la bioinformatique. Et pour attiser la curiosité des plus petits, un jeu de piste les fera courir d'un chromosome à l'autre en leur faisant palper ainsi du bout de leurs pieds, la complexité d'un univers invisible à nos yeux.
Cette exposition en plein air vous propose de découvrir le monde fascinant qui se cache au tréfonds de nos cellules. En vous conviant à une promenade au cœur de nos chromosomes, elle tente de lever le voile sur certains mécanismes de la vie.
Vous entrez dans l’exposition comme dans le noyau d’une cellule, où des ballons géants en forme de chromosomes vous accueillent. Chacune de nos 23 paires de chromosomes est symbolisée par un panneau. Sur chaque panneau vous pourrez découvrir :
1- un bref descriptif du chromosome (sa taille et ses principales caractéristiques)
2- une histoire illustrant la fonction d’une protéine ou un processus biologique et l’utilisation d’un outil bioinformatique. Comme par exemple: Pourquoi naissons-nous fille ou garçon ? Pourquoi avons-nous besoin de vitamine C ? Pourquoi parlons-nous ? Comment concevoir et tester de nouveaux médicaments ?
3- un espace réservé aux enfants (jeux, énigmes, anecdotes)
Ainsi, de chromosome en chromosome, vous partez à la découverte du génome humain et de la bioinformatique. Qu’est-ce que le génome humain ? Que peut-on faire avec les connaissances qui en découlent ? Comment remonter le fil du temps et étudier l’histoire de la vie ou de certains processus biologiques ? Quelles sont les applications et les perspectives pour la recherche scientifique et la médecine ? Et l’art dans tout ça ? Autant de questions auxquelles cette exposition tente de répondre.
Cette exposition a été conçue et réalisée à l’occasion des 10 ans de l’Institut Suisse de Bioinformatique (ISB). L’ISB est un institut académique à but non lucratif fédérant 25 groupes de recherches en Suisse et quelque 300 scientifiques affiliés aux meilleures universités et hautes écoles helvétiques. La recherche, la formation et l’offre de services (banques de données, logiciels, ressource de calculs informatiques) à la communauté scientifique académique et privée – en Suisse et dans le monde- sont ses principales activités.
Contact :
Institut Suisse de Bioinformatique
CMU, 1 Michel Servet
1211 Genève 4
Tél : 022 379 50 50
Email : sp_com@isb-sib.ch
Pour plus d’information sur l’exposition:
www.prolune.org : Dossier pédagogique.pdf Quelques caractéristiques des chromosomes humains à disposition)
Pour plus d’information sur l’ISB: www.isb-sib.ch
Qu'en faire avec mes classes ?
Vous entrez dans l’exposition comme dans le noyau d’une cellule, où des ballons géants en forme de chromosomes vous accueillent. Chacune de nos 23 paires de chromosomes est symbolisée par un panneau. Sur chaque panneau vous pourrez découvrir :
1- un bref descriptif du chromosome (sa taille et ses principales caractéristiques)
2- une histoire illustrant la fonction d’une protéine ou un processus biologique et l’utilisation d’un outil bioinformatique. Comme par exemple: Pourquoi naissons-nous fille ou garçon ? Pourquoi avons-nous besoin de vitamine C ? Pourquoi parlons-nous ? Comment concevoir et tester de nouveaux médicaments ?
3- un espace réservé aux enfants (jeux, énigmes, anecdotes)
Ainsi, de chromosome en chromosome, vous partez à la découverte du génome humain et de la bioinformatique. Qu’est-ce que le génome humain ? Que peut-on faire avec les connaissances qui en découlent ? Comment remonter le fil du temps et étudier l’histoire de la vie ou de certains processus biologiques ? Quelles sont les applications et les perspectives pour la recherche scientifique et la médecine ? Et l’art dans tout ça ? Autant de questions auxquelles cette exposition tente de répondre.
Cette exposition a été conçue et réalisée à l’occasion des 10 ans de l’Institut Suisse de Bioinformatique (ISB). L’ISB est un institut académique à but non lucratif fédérant 25 groupes de recherches en Suisse et quelque 300 scientifiques affiliés aux meilleures universités et hautes écoles helvétiques. La recherche, la formation et l’offre de services (banques de données, logiciels, ressource de calculs informatiques) à la communauté scientifique académique et privée – en Suisse et dans le monde- sont ses principales activités.
Contact :
Institut Suisse de Bioinformatique
CMU, 1 Michel Servet
1211 Genève 4
Tél : 022 379 50 50
Email : sp_com@isb-sib.ch
Pour plus d’information sur l’exposition:
www.prolune.org : Dossier pédagogique.pdf Quelques caractéristiques des chromosomes humains à disposition)
Pour plus d’information sur l’ISB: www.isb-sib.ch
Qu'en faire avec mes classes ?
La visite vaut le déplacement et peut constituer une bonne introduction, elle aide à rendre plus concrets ces chromosomes, notamment en illustrant un aspect intéressant pour chacun des chromosomes avec le document caractéristiques des chromosomes humains.
Elle peut aussi être l'occasin d'une mise en questionnement.
Il y a un dossier pédagogique sur www.prolune.org.
Elle peut aussi être l'occasin d'une mise en questionnement.
Il y a un dossier pédagogique sur www.prolune.org.
Références
- UniProt : http://www.uniprot.org/
- Le site de l'expo avec dossiers pédagogiques
- Scénarios d'enseignement BIST : http://doiop.com/bist
- Dossier "Au coeur de la jungle des protéines" Horizons, septembre 2006 Extraits pertinents intranet.pdf
- Wen-Hsiung Li1 & Matthew A. Saunders, (2005) The chimpanzee and us, Nature 437, 50-51 (1 September 2005) | doi:10.1038/437050a;
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