mardi 29 janvier 2019

Les araignées "volantes" utiliseraient (aussi) le champ électrique ?

Les araignées qui sont emportées par le vent sur des distances énormes utiliseraient aussi le champ électrique?

Quand on pense aux organismes aériens, les araignées ne sont généralement pas ce qui vient à l'esprit en premier !
Pourtant ces arthropodes dépourvus d'ailes ont été retrouvés à 4000[m] d'altitude dans des échantillons d’air recueillis par des ballons météorologiques, et des marins en ont vu "atterrir" sur des navires à des milliers de kilomètres de la côte. Pour ce faire, les araignées "ballonnent" (ballooning en anglais), c'est à dire qu'elles grimpent au sommet d'une éminence, émettent plusieurs fils de soie et s’élèvent dans l'air.
On considère généralement que les forces de traînée de vents très léger permettent aux araignées de s'élever, mais les modèles aérodynamiques actuels n'expliquent pas complètement les mécanismes de ce ballooning.


Fig 1:  les araignées grimpent au sommet d'une éminence, émettent plusieurs fils de soie et s’élèvent dans l'air  : ici la danse tiptoe sur une marguerie [img]. Source : Michael Hutchinson
Le circuit électrique atmosphérique global et le gradient de potentiel atmosphérique qui en résulte (APG en anglais atmospheric potential gradient) fournissent une force supplémentaire qui a été proposée pour expliquer une partie de ce ballooning.

Les araignées "volantes" ne volent pas : elles sont emportées par la viscosité de l'air... et les champs électriques ? 

Récemment Morley, E. L., & Robert, D. (2018) ici ont testé l'hypothèse que ces champs électriques (APG) pourraient être détectés par les araignées et seraient suffisants pour stimuler le ballooning.
Ils ont observé que la présence d'un champ électrique vertical est un stimulus qui déclenche le comportement de ballooning chez l'araignée Erigone spp (taxonomy@NCBI).
Ils ont étudié également la réponse mécanique de certaines soies de leurs pattes en réponse aux champ électrique et aux flux d'air, et trouvé que ces poils mécano-sensibles (récepteurs sensoriels putatifs) sont actionnés mécaniquement par des champs électriques faibles qu'ils ont mesuré.
Pour Morley, E. L., & Robert, D. (2018), ces mesures cf plus bas indiquent qu'une une force électrique suffisante pour le ballooning est présente. Ces résultats suggèrent également que l'APG, en tant qu'information météorologique supplémentaire, peut être un indicateur de moment propice pour l'"envol".








Le ballooning par le vent est connu depuis longtemps

Darwin avait déjà décrit en détail ces araignées qui s'envolaient du Beagle  à une vitesse qui l'a fortement surpris par air tout a fait calme.

 
Le mécanisme est assez bien illustré  (attention c'est une vidéo d'un modèle pas de la réalité) ici:
Fig. 5 : un résumé en animation Highlights sur le site de l'iuneversité de bristol :  [img]. source University of Bristol  https://www.youtube.com/watch?v=GRrUxi6d7so

Morley et al. résument leur article :
  • Spiders detect electric fields at levels found under natural atmospheric conditions
  • Ballooning behavior is triggered by such electric fields
  • Trichobothria mechanically respond to such electric fields, as well as to air flow
  • Electric field and air flow stimuli elicit distinct displacements of trichobothria
(Les membres Expériment@l-Tremplins peuvent obtenir ces articles).
Figure thumbnail gr2

Fig 6 : Les araignées émettent plus de soies (gauche), et effectuent la danse sur les pointes (tiptoe) quand le champ électrique est plus fort   [img]. Source : Morley (2018) 

Comment ces araignées détecteraient-elles le champ électrique ?

Mechanical Displacement of Spider Trichobothria
Fig 7:  Les poils sensoriels des pattes (trichobotries)
a-b et mesures du déplacement des trichobotries (c-h) corrélé temporellement avec le champ é-  [img]. Source :  Morley (2018)

Morley et al. (2018) ont effectué des mesures du déplacement de certains poils sensoriels des pattes (trichobotries) seraient sensibles au champ électrique et leurs résultats sont convaincants : cf fig 7.

A cette taille les filaments baignent dans un air "visqueux"

Pour des organismes si petits (quelques [mg])  et pour leurs fils, les forces de viscosité l'emportent sur les forces aérodynamique habituelles  pour nous : C'est un peu comme si nous pataugions dans la mélasse : nous tomberions très lentement et il serait presque impossible de voler.
Donc ces araignées baignent dans un air visqueux pour eux mais ne volent pas, ni ne flottent comme un ballon ou une mongolfière.

On mesure avec le nombre de Reynolds le ratio des forces inertielles aux forces visqueuses agissant sur une particule dans un fluide. Quand ce ratio est bas les forces de viscosité sont prédominantes. Une fourmi qui tombe de la tour Eiffel tombe dans un air relativement visqueux ne sera pas blessée le moins du monde en atteignant le sol, elle se comporte dans l'air avec un nombre de Reynolds bas. Ces araignées vivent dans un monde au nombre de Reynold plutôt bas.


Des mesures de la longueur du filament, la force du vent et la distance

Il y a pas mal de temps Humphrey, J. A. C. (1987).ici avaient étudié les effets sur les fils des araignées en fonction des conditions de vent et
Leurs résultats : 
1) La longueur du filament auquel une araignée en ballon est attachée affecte considérablement la vitesse finale et le temps de réponse du système filamentaire. À cet égard, les araignées attachées à des filaments courts dans des vents forts se déplacent plus rapidement et plus loin que les araignées de taille égale attachées à de longs filaments dans des vents plus faibles.
2) En cas de détachement du substrat, il est garanti qu'un système de filaments d'araignée monte et continuera de le faire tant que la composante verticale du vent dépasse la vitesse finale de chute libre du système.
3) Plusieurs petites araignées sur un filament de soie voyageront plus vite et plus loin qu'une seule araignée de masse équivalente sur le même filament.
4) Bien qu'une composante verticale oscillatoire du mouvement du vent retarde la vitesse de chute du filament d'araignée, l'ampleur de cet effet n'est pas importante et ne peut donc pas tenir compte des grandes distances parcourues par certains aéronautes. Ces distances sont probablement dues à des rafales dirigées verticalement qui surviennent périodiquement sur des espaces étendus en présence d'une forte composante horizontale du vent.
5) Le système de filaments d'araignée est le seul connu de l'auteur où moins de 0,1% du poids du système peut représenter plus de 75% de la traînée totale.



Fig. 8.  "Fenêtre" dans laquelle on peut s'attendre à un vol en araignée. L'ordonnée montre la taille de l'araignée D (mm) ou la masse m (mg) que soulèvera un vent agissant sur un filament de longueur 1 (m) et de diamètre d = 2 µm. L'abscisse montre le module de la vitesse du vent, |V| en m / s et m.p.h Source Humphrey (1987)



Fig. 9. Illustration de la longueur de filament requise pour initier le gonflement d'une seule araignée de masse 4,17 mg selon : A) la composante verticale minimale de la vitesse du vent ; B) la vitesse terminale d'une seule araignée de masse 4,17 mg ; C)  la vitesse terminale de cinq araignées identiques de masse combinée 4,17 mg Source Humphrey (1987)

Des mesures - avec les araignées - dans la nature et en soufflerie 

Un article récent approfondit ces mesures : Cho, M., et al. (2018) ici ont étudié le comportement de ballooning en fonction de la vitesse du vent dans la nature et dans une soufflerie. (Les membres Expériment@l-Tremplins peuvent obtenir ces articles).



Fig 10: différents filaments emis par les araignées  [img]. Source :  Cho, M., et al.  (2018).

Fig 11: Le « ballooning » des araignées a été observé en soufflerie . Vidéo NYT https://www.dailymotion.com/video/x6n94g5  [img]. Source :  par Cho, M., et al.  (2018)

Ils ont mis en évidence les vitesses de vent appropriée et montrent qu'un vent vertical faible peut suffire à les élever

In the wind tunnel tests, as-yet-unknown physical properties of ballooning fibers (length, thickness, and number of fibers) were identified. Large spiders, 16–20 mg Xysticus spp., spun 50–60 nanoscale fibers, with a diameter of 121–323 nm. The length of these threads was 3.22 ± 1.31 m (N = 22). These physical prop- erties of ballooning fibers can explain the ballooning of large spiders with relatively light updrafts, 0.1–0.5 m s−1, which exist in a light breeze of 1.5–3.3 m s−1. Additionally, in line with previous research on turbulence in atmospheric boundary layers and from our wind measurements, it is hypothesized that spiders use the ascending air current for their aerial dispersal, the “ejection” regime, which is induced by hairpin vortices in the atmospheric boundary layer turbulence. This regime is highly correlated with lower wind speeds. This coincides well with the fact that spiders usually balloon when the wind speed is lower than 3ms−1. "
Cho, M., et al.  (2018) ici  (Les membres Expériment@l-Tremplins peuvent obtenir ces articles).

Les observations de Darwin sur le Beagle et leur explication possible en terme d'effet de pointe ?

Puisque de nombreux résultats suggèrent que le champ électrique est en jeu, l'effet de pointe doit être pris en compte et des chercheurs ont modélisé ces effets possibles notamment sur le Beagle lors des observations de Darwin. 

C'est ce que Gorham, P. W. (2013) ici ont fait : "Nous considérons les aspects généraux de la physique sous-jacente au vol des araignées  […] volantes. Nous montrons que les observations existantes et la physique de la soie d'araignée en présence du champ électrique statique de la Terre indiquent un rôle potentiellement important pour les forces électrostatiques dans le vol des araignées. Un exemple convaincant est analysé en détail, motivé par la "rapidité inexplicable" observée dans le l'élévation de ces araignées de H.M.S. Beagle, enregistré par Charles Darwin lors de son célèbre voyage."  Gorham, P. W. (2013) Traduction



Fig.12. À gauche: aperçu de la simulation de champ électrostatique en trois dimensions pour un modèle informatique du HMS Beagle. La couleur du vecteur est mise à l'échelle en dB (V / m) et les valeurs sont définies sur une échelle absolue similaire au champ terrestre non perturbé de 120 V / m. Droite: une vue agrandie montrant une partie des vecteurs de champ électrique dans la zone après pont, indiquant la grande composante horizontale qui se développe à proximité du rail du navire. Les intensités de champ sont également un facteur 2-3 plus élevé près du rail que dans le champ ambiant.  Source Gorham, P. W. (2013)

Les pointes des plantes augmentent le champ électrique localement

Les araignées semblent chercher des pointes locales et l'effet de pointe pourrait amplifier le champ électrique localement facilitant le décollage -et donnant une hauteur de départ intéressante indiquent Morley (2018).

Parce qu'elles sont enracinées dans la terre et contiennent une forte proportion d'eau et d'électrolytes, les plantes ont tendance à s'équilibrer au potentiel du sol  et la force du champ électrique entourant les feuilles et les branches peut atteindre plusieurs kilovolts par mètre (figures 12B-12E). Par exemple, dans des conditions météorologiques légèrement instables (APG de 1 kVm-1), le champ électrique d'environ 10 m au-dessus de la canopée d'un arbre de 35 m de hauteur peut dépasser 2 kVm-1 (figures 12B-12E et S1). Plus près de l'arbre, autour des extrémités des feuilles, des aiguilles et des branches, les champs électroniques atteignent facilement des dizaines de kilovolts par mètre (figures 12B-12E et S1) Morley (2018). (Les membres Expériment@l-Tremplins peuvent obtenir ces articles).


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Fig. 12: Les arbres peuvent augmenter le champ électrique de manière très conséquente par l'effet de pointe  [img]. Source :  Morley (2018)

Et les chenilles au bout de leur fil qu'on voit parfois dans les forêts de conifères : balloonent-ils ?

Selon L'entomologiste Christian Lavorel :"il y a un grand nombre d’espèces qui utilisent un fil de soie pour descendre au sol et s’y nymphoser. " Il ajoute avec humour : "On peut en tirer deux enseignements:
1) Ce ne sont pas les alpinistes qui ont inventé le rappel!
2) Il suffit d’un coup de vent pour que la chenille funambule devienne chenille volante.
Je ne sais pas si on a pu mettre en évidences de véritables stratégies de dispersion par le vent. Comme les papillons adultes ont des ailes (en général), ce serait moins avantageux du point de vue évolutif que pour les araignées. En effet, le papillon peut utiliser ses sens pour coloniser plus efficacement de nouvelles zones.
Encore de jolis sujets d’étude." Lavorel, C. (2018)

Sources



  • Gorham, P. W. (2013). Ballooning spiders: the case for electrostatic flight. arXiv preprint arXiv:1309.4731. Consulté à l’adresse https://arxiv.org/abs/1309.4731
  • Humphrey, J. A. C. (1987). Fluid mechanic constraints on spider ballooning. Oecologia, 73(3), 469‑477. https://doi.org/10.1007/BF00385267
  • Lavorel, C., (2018), Communication personnelle par mail, Labergement,  22 aout 2018
  • Le monde et Nous, Pascale (2017). 10 choses insolites sur les araignées. Consulté 16 août 2018, à l’adresse http://lemondeetnous.cafe-sciences.org/2017/03/10-choses-insolites-sur-les-araignees/
  • Morley, E. L., & Robert, D. (2018). Electric Fields Elicit Ballooning in Spiders. Current Biology, 28(14), 2324-2330.e2. https://doi.org/10.1016/j.cub.2018.05.057
  • Pierre, J.-J. (2018). Les araignées peuvent utiliser l’électricité pour s’envoler. Consulté 16 août 2018, à l’adresse https://trustmyscience.com/les-araignees-peuvent-utiliser-l-electricite-pour-s-envoler/

  • Publié 22 aout mais remis en ligne le 28 janvier suite a un problème technique

    lundi 28 janvier 2019

    Santé personnalisée : Académies suisses des sciences dialogue avec les citoyens // vélo / smart cities

    La science en discussion :  La bicyclette expliquée , les smart cities et la santé personnalisée

    A) Au musée d'histoire des sciences (voir détails plus  bas) deux conférences traiteront de

    B) Les Académies suisses des sciences mettent le sujet de la santé personnalisée à l'ordre du jour et invitent les citoyens suisses au dialogue ces prochains mois. Mais que pense réellement la population des changements en cours ?

    Huit débats publics seront par ailleurs organisés en Suisse alémanique et romande en 2018/2019, durant lesquels les citoyens pourront échanger avec des acteurs et experts du domaine qu'ils soient chercheurs, sociologues, médecins, juristes, éthiciens ou artistes. Vous trouverez toutes les infos sur les débats à cette adresse. .


    B) Santé personnalisée


    Qu'est-ce que la santé personnalisée?
    Les sciences du vivant évoluent de manière fulgurante. Des volumes de données de plus en plus substantiels sont produits à un rythme qui s'accélère: des données sur nos gènes, notre comportement en matière de santé, nos maladies. La santé personnalisée place ces informations au premier plan. Elles sont analysées et interprétées à l'aide des technologies de l'information dans le but de pouvoir proposer des traitements «sur mesure» pour chaque patient ou pour des catégories de malades bien spécifiques.
    L'analyse du génome permet notamment de trouver des indices sur la prédisposition génétique à certaines pathologies. On espère donc que la santé personnalisée mènera aussi à des progrès dans le domaine de la prévention. Ainsi, la santé personnalisée va au-delà de la médecine personnalisée.
    La santé personnalisée n'est pas qu'une belle promesse: elle trouve déjà des applications aujourd'hui, par exemple en oncologie, où il est fréquent de rechercher de quelle variante d'un gène le malade est porteur pour adapter ensuite le traitement à son cas particulier.
    Il nous reste pourtant à répondre à une multitude de questions: quelles données sont nécessaires à la recherche? Qui sera en charge de les mettre à disposition, de les conserver et qui aura le droit de les utiliser? Quelles mutations sociales nous attendent?
    Vous trouverez plus d'informations de fond sur la santé personnalisée en consultant notre portail thématique.


    Et vous, que pensez-vous de la santé personnalisée?
    Si cette question vous interpelle, nous vous invitons à prendre 5 minutes pour répondre à ce questionnairehttps://humainsurmesure.ch/sante-personnalisee/questions



    A) Café scientifique
    Smart cities… un effet de mode ?
    Lundi 28 janvier 2019 à 18h30

    Faciliter la vie des habitants et habitantes des villes, c'est ce que proposent les smart cities, ou villes intelligentes. En se fondant sur les avancées technologiques telles que le Big Data, l'internet des objets ou encore la communication mobile, des initiatives émergent pour développer des applications et services dans les domaines du trafic, de l'énergie, de la lutte contre la criminalité ou encore de la santé publique. Les possibilités sont infinies. A Las Vegas, par exemple, des dalles cynétiques produisent de l'énergie pour alimenter des réverbères. A Melbourne, les poubelles publiques sont équipées de capteurs et envoient un message aux nettoyeurs lorsqu'elles sont pleines. A Dubaï, des robots-­policiers dotés de reconnaissance faciale patrouillent dans la rue. Plus près de chez nous, à Genève, des capteurs fixés sur la chaussée permettent aux automobilistes de localiser les places
    disponibles et de payer en ligne leur stationnement.
    Gadgets ou réels outils pour rendre la ville plus efficace et plus respectueuses de l'environnement ? C'est en tous les cas un énorme marché, qui pourrait peser environ 1,4 milliard de dollars d'ici 2020. Une mode qui pourrait dès lors bien devenir rentable et
    inévitable.

    Avec la participation de :
    Giovanna di Marzo Serungendo, Université de Genève, Centre universitaire d'informatique
    Didier Faure, Innobridge
    Christopher Larraz, Genève Lab
    René Longet, Expert en durabilité
    Animation : Danielle Bütschi,

    Organisés par Bancs publics
    Gratuit et ouvert à tous

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    Une conférence en lien avec l'exposition "Roulez les mécaniques, la loi du moindre effort"
    Mercredi 30 janvier 2019, 18h30
    Les fondements techniques de la bicyclette
    Par Bénédict Frommel, historien à l'Office du patrimoine et des sites, spécialiste du patrimoine industriel et technique

    Un fossé sépare la bicyclette de 1870 de celle de 1900. Autant la première ne constitue encore qu'un engin rudimentaire aux piètres qualités routières, autant la seconde est devenue une machine à rouler, à la fois performante, sûre et économique. Cette efficacité, elle la doit à cinq innovations qui s'imposent à la faveur de la formidable effervescence créatrice touchant alors le monde de la mécanique: le roulement à billes, la chaîne à rouleaux, le rayon en fil de fer, le tube métallique et le pneu. La portée de ces innovations est telle que 120 ans plus tard, en dépit des efforts constants des industriels pour la renouveler, la bicyclette demeure pratiquement inchangée dans ses fondements techniques, les évolutions ayant davantage porté sur la nature des matériaux et sur l'amélioration de composants existants que sur sa conception générale.
    Gratuit et ouvert à tous




    ************


    Les Mercredis des sciences reprennent en février pour une nouvelle série :

    - Mercredi 6 février 2019, 15h : De la caméra obscura à l'appareil photo, de la lumière plein les yeux !
    - Mercredi 13 février 2019, 15h : Lois mécaniques et machines en toute simplicité
    - Mercredi 20 février, 15h(VACANCES) :  Des instruments optiques fantastiques, des images animées plein la cervelle !
    - Mercredi 27 février 2019, 15h : Acoustique et musique plein les oreilles ! Avec l'ensemble Contrechamps.

    La prochaine soirée d'astronomie aura lieu le 13 février à 18h30 avec notamment la conférence de Stéphane Fischer (Musée d'histoire des sciences) et Gaël Ottoni (physiscope, Université de Genève) : Le mystère des aurores polaires.


    Références:


    mercredi 23 janvier 2019

    Médecine personnalisée : une formation continue

    Formation continue - la médecine personnalisée : opportunités et défis pour l'enseignement ! Quels enjeux éthiques ?

    Selon Delhalle, S., et al  (2018),  la médecine est en train de passer progressivement d'une approche unique pour tous à une approche différenciée et à un traitement spécifique du patient.


    Fig 1: la médecine classique proposait la même thérapie à tous ceux qui ont le même diagnostic. De plus en plus on peut différencier le traitement en fonction de la personne, de ses caractéristiques génétiques notamment. Source :Ligue suisse contre le cancer

    Une formation continue vous est offerte  pour comprendre les techniques qui  rendent possible un traitement différencié en fonction des caractéristiques individuelles (génome, Big Data, etc.) avec des spécialistes en génétique médicale (Dr Emmanuelle Ranza) et en médecine personnalisée du cancer (Prof. Vincent Zoete) aideront les enseignants à comprendre ces techniques et Marie-Claude Blatter proposera des activités à pratique avec les élèves.

    Prendre la mesure des transformations prévisibles de la médecine et du système de santé est un enjeu pour les enseignants de santé, de biologie, mais aussi d'informatique et de statistiques.

    Parce que ces données intéressent aussi les assurances et les employeurs, que cela pourrait conduire à réserver certains traitements à certains profils génétiques et que leur accessibilité pourrait être inégale, Bombard, Y., et al.  (2013) ces transformations soulèvent de nombreux enjeux. Une spécialiste des questions éthiques (Prof Samia Hurst) aidera les enseignants à comprendre ces enjeux et à les discuter avec leurs élèves. 
    Très bientôt aura lieu une formation continue


    Vers un traitement personnalisé qui prenne en compte aussi les particularités (notamment génétiques) de l'individu

    Classiquement la médecine considère que les humains sont tous les mêmes (avec quelques catégories comme les enfants et les femmes enceintes etc.).

    Selon Delhalle, S., et al  (2018), la médecine de précision / personnalisée est en train de devenir l'un des thèmes majeurs de la recherche biomédicale à travers le monde. Les approches traditionnelles basées sur les symptômes cliniques et quelques marqueurs de laboratoire classiques ne peuvent fournir qu'une information incomplète sur les manifestations de la maladie. En outre, l'hétérogénéité moléculaire et clinique chez les patients est très commune dans de nombreuses maladies, en particulier dans les maladies complexes multifactorielles.
    Schork, N. J. (2015) relève que les tests cliniques autorisent la mise sur le marché de médicaments si ils démontrent une efficacité et une absence de toxicité en moyenne sur une large population. Il relève que les médicaments qui rapportent le plus aux US ne sont en fait efficaces que sur une personne sur 4 voire une sur 25 Cf Figure 2. 

    Fig 2:  Le top-ten des médicaments ne sont efficaces que sur une personne sur 4 voire une sur 25   [img]. Source :Schork, N. J. (2015)
    Sans remettre en question les grands progrès de santé que cette approche classique a permis ( mon père a sans doute vécu une vingtaine d'années de plus grâce au Sintrom), la médecine personnalisée cherche à dépasser le paradigme : un diagnostic ->  un traitement (fig. 1), pour choisir un traitement personnalisé qui prenne en compte aussi les particularités (notamment génétiques) de l'individu ou de la tumeur.
    A l'inverse, l'espoir que ce qui ne convient pas à la moyenne des gens puisse être utilisé pour un cas particulier est assez bien décrit dans cet article : la lutte d'un père pour qu'un médicament existant puisse être utilisé pour la maladie génétique rare de ses fils  : L'alkaptonurie (UniProt ; AKU) Alkaptonuria GHR )  où deux copies d'un gène défectueux pour l'enzyme HGD (Q93099) bloquent une voie biochimique et conduisent à l'accumulation d'acide homogentisique qui bloque les articulations, cause des problèmes cardiaques et des calculs rénaux ou prostatiques.

    Un autre exemple présenté dans Nature où le diagnostic génétique rapide a permis de sauver un enfant souffrant de SCID (GHR IL7R).

    Enjeux éthiques ?

    Bombard, Y., et al.  (2013)  ont exploré les valeurs et les attentes des citoyens (Canada)  en matière de médecine personnalisée. Ils ont mis en évidence "des attentes quant au potentiel des technologies de médecine personnalisée pour améliorer les soins, à condition qu'elles soient jugées cliniquement valables et efficaces. Ces attentes ont été tempérées par des préoccupations quant à l'optimisation des ressources et à la possibilité que l'accès au traitement puisse être limité par des tests de médecine personnalisés utilisés pour stratifier les patients.[…]Préoccupés par le fait que des tests personnalisés pourraient être utilisés pour rationner les soins[…]. Cette question soulève des problèmes cliniques et politiques susceptibles de saper la valeur de la médecine personnalisée."  (notre traduction)
    Ils soulignent l'importance de délibérer avec le public pour éclairer la mise en oeuvre efficace, efficiente et équitable de la médecine personnalisée.

    Une spécialiste des questions éthiques à l'UNIGE (Prof Samia Hurst) aidera les enseignants à comprendre ces enjeux et à les discuter avec leurs élèves.

    Une formation pour comprendre et appliquer en classe


    Des conférences pour comprendre

     Le cycle de conférences convoque des spécialistes de l'UniGe sur ce thème - notamment :

    Mercredi 16 janvier 2019 Big data et intelligence artificielle en santé : espoirs et défis
    • Prof. Christian Lovis,
    • Mercredi 23 janvier 2019 Médecine personnalisée : des exemples pour mieux comprendre
      Prof. Vincent Zoete, Dre Marie-Claude Blatter,

    Références:


    samedi 5 janvier 2019

    L'humanité numérique : Participer au changement de nos enseignements ou le subir ?

    L'Humanité Numérique : comprendre avec ces conférences,

    … et participer au changement de nos enseignements ou le subir ?



    Alors que l'informatique est introduite dans l'enseignement secondaire d'abord comme discipline d'enseignement dès la rentrée 2019, puis intégrée dans toutes les disciplines le classique cycle de conférences convoque des spécialistes de l'UniGe sur le thème l'humanité numérique.


    Cf Plus bas

    Plusieurs chercheurs ont même proposé des articles spécialement  - ou nous en avons sélectionné - pour vous et les abonnés pourront accéder à ces articles.

    Un moment particulièrement important ?

    C'est un moment particulièrement important pour amorcer une réflexion sur les changements à apporter à l'enseignement. Dans la mesure où la biologie (et la chimie) ont été profondément transformées - on peut parler de changement de paradigme - la question de la place de la l'informatique dans les enseignements ne peut plus être écartée : on voit bien que le changement va se produire et il vaut peut-être mieux y participer que le subir ?

     

    L'informatique au coeur de la biologie
    La recherche en biologie a été profondément transformée au cours des dernière décennies par les nouvelles technologies qui génèrent de très grande quantité de données et donc par le traitement de ces données. Le paradigme moléculaire qui l'a portée jusqu'à la fin du siècle passé cède place à une biologie basée sur l'analyse de données abondantes. Ce qui justifie la publication n'est souvent plus la description, ni la partie description et technique mais l'analyse et la comparaison des données - avec celles notamment stockées dans des banques de données (ADN, protéines, structures 3D, expression des gènes etc.).
    De la biologie virtuelle...? Non, mais au coeur de la recherche expérimentale !
    Soulignons qu'il ne s'agit d'opposer du virtuel au réel ou à l'expérimental : l'expérimentation reste centrale dans la recherche, mais change de méthodes et d'outils. Les projets de recherche en biologie consistent toujours à poser les bonnes questions, à imaginer des expériences, puis à faire les expériences. Les expériences génèrent aujourd'hui de très grandes quantités de données (le séquençage par exemple). La recherche expérimentale aujourd'hui repose presque plus sur le choix des analyses informatiques et statistiques pour produire des savoirs nouveaux à partir de ce 'Big data' que sur les manipulations. Le traitement de ces données constitue souvent la plus-value centrale d'une publication scientifique.
    Nécessaire pour former des citoyens capables de comprendre et décider
    Beaucoup de ces projets de grande envergure sont vulgarisés et relayées dans les médias. On sait que les aspects les plus sensationnalistes voire des fake newssont les plus souvent relayées et qu'en conséquence les élèves et le public sont confrontés à des informations qui ont souvent perdu leur caractère scientifique.
    Comprendre ce que ces recherches signifient et comment les mettre en perspective nécessite de comprendre les grandes lignes des méthodes bioinformatiques pour pouvoir en juger la portée et les limites. Ces savoirs et compétences ne sont pas inclus dans les programmes.

    Des formations continues

    Des formations continues ont été organisées depuis 2002 avec Marie-Claude Blatter du SIB, sur les usages possibles en classe, sur les preuves de l'évolution, sur la diversité humaine, sur la médecine personnalisée, sur la prédiciton de médicament et les rôles des protéines, sur les modèles 3D de structure authentique de protéines à imprimer -> il reste des places s'inscrire ici.

    Qui aide les futurs citoyens à comprendre ces nouvelles approches qui transforment leur monde ?

    Qui apprend à nos élèves ce que ces recherches signifient et comment les mettre en perspective en comprenant assez de ces méthodes pour en juger leur portée et leurs limites ?

    Au moment de cette introduction de l'informatique dans les écoles, ne serait-ce pas le moment d'une vraie discussion de la place de la (bio)-informatique et du traitement critique de l'information sur les biosciences dans l'enseignement au secondaire ?

    Serait-ce le moment de former un groupe pour y réfléchir ?
    Quelques personnes se sont déjà manifestées - la DG-ESII voit d'un bon oeil cette initiative et ceux qui sont intéressés ou ont des idées à partager peuvent me contacter.

    En tous cas ces conférences aideront à prendre la mesure de ce qui se passe Cf Plus bas et flyer en pièce jointe

    Plusieurs chercheurs ont même proposédes articles spécialement ou nous en avons sélectionné et les abonnés pourront accéder à ces articles.

    Un cycle de conférences, une opportunité magnifique de prendre du recul



    Mercredi 9 janvier 2019 Quand l'informatique rencontre la biologie
    Dre Frédérique Lisacek, SIB Institut Suisse de Bioinformatique et UNIGE Comparer des gènes, classifier des virus ou visualiser des macromolécules en trois dimensions est devenu impossible sans des supports et des traitements informatiques, désormais rassemblés sous la dénomination de «bioinformatique». Cette présentation illustrera la contribution de la bioinformatique dans la recherche contemporaine en biologie à travers des exemples de questions pratiquement résolues, telles que l'assemblage automatique d'un génome séquencé, et à résoudre, telles que la prédiction des interactions entre des cellules humaines et des pathogènes ciblés.
    • Masseroli, M., Mons, B., Bongcam-Rudloff, E., Ceri, S., Kel, A., Rechenmann, F., … Romano, P. (2014). Integrated Bio-Search: challenges and trends for the integration, search and comprehensive processing of biological information. BMC Bioinformatics, 15(1), S2. https://doi.org/10.1186/1471-2105-15-S1-S2 
    (Les membres Expériment@l-Tremplins peuvent obtenir ces articles).
    Mercredi 16 janvier 2019 Big data et intelligence artificielle en santé : espoirs et défis
    Prof. Christian Lovis, Département de radiologie et d'informatique,
    Faculté de médecine, UNIGE
    La digitalisation est sans doute le phénomène marquant de ce début du 21e siècle. Tous les aspects du quotidien sont inexorablement soumis à devenir interactifs, connectés. Cette digitalisation a pour effet de produire une sorte d'image virtuelle et digitale de la société, de plus en plus précise, qu'on peut comparer à l'évolution des appareils de photos numériques. Sauf que là, il ne s'agit plus seulement d'une image, mais d'un modèle multidimensionnel digital de toute la société. La présentation abordera ce thème, sa genèse, les dangers et les espoirs de cette digitalisation. 
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    Mercredi 23 janvier 2019 Médecine personnalisée : des exemples pour mieux comprendre
    Prof. Vincent Zoete, SIB Institut Suisse de Bioinformatique
    et Université de Lausanne
    Dre Marie-Claude Blatter, SIB Institut Suisse de Bioinformatique et UNIGE Médecine personnalisée, médecine génomique, médecine de précision, qu'en- tend-on par-là? Nous aborderons cette question avec des exemples concrets, basés sur des analyses effectuées en oncologie dans les hôpitaux romands. Quel est le rôle des différents intervenants et notamment des biologistes et des bioinformaticiens? Pourquoi séquencer le matériel génétique des cellules tumorales? Comment interpréter ces données? Pourquoi faire de la modélisa- tion moléculaire? De quoi s'agit-il? Nous verrons ainsi comment les nouvelles technologies permettent de mieux cibler le traitement de certains cancers.

    • Bryce, A. H., Egan, J. B., Borad, M. J., Stewart, A. K., Nowakowski, G. S., Chanan-Khan, A., … McWilliams, R. R. (2017). Experience with precision genomics and tumor board, indicates frequent target identification, but barriers to delivery. Oncotarget, 8(16), 27145‑27154. https://doi.org/10.18632/oncotarget.16057
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    Mercredi 30 janvier 2019 L'évolution génétique des humains sous la loupe du numérique
    Prof. Alicia Sanchez-Mazas, Département de génétique et évolution,
    Faculté des sciences, UNIGE
    Tous les humains actuels font partie d'une même grande famille, l'espèce humaine, dont l'origine et l'évolution ne cessent de susciter notre curiosité. Si la structure détaillée de l'ADN est connue depuis plus d'un demi-siècle, c'est le passage à l'ère numérique qui a permis d'explorer en profondeur sa diversité et d'y déchiffrer les signatures de notre passé. Nous y découvrons une fascinante épopée humaine marquée de rencontres avec d'autres humains aujourd'hui disparus et de longs périples à travers la planète dans des environnements parfois extrêmes. Et aussi les clefs de nos différences.

    • La région génomique qui est au centre de nos recherches est le complexe majeur d'histocompatibilité humaine HLA. A la fois le plus polymorphe du génome humain et l'un des plus impliqués dans la réponse immunitaire et le rejet des greffes tissulaires, ce système est d'un grand intérêt non seulement pour l'étude de l'évolution humaine, mais aussi pour la compréhension des prédispositions ou résistances génétiques des populations à certaines maladies, et pour la recherche de donneurs de moelle osseuse ou d'organes compatibles avec des patients nécessitant une transplantation. Nos recherches sont donc aussi motivées par des questions de santé publique. Pour visionner la vidéo depuis le site TSR découverte
    • Sanchez-Mazas A., Černý V., Di D., Buhler S., Podgorná E., Chevallier E., Brunet L., Weber S., Kervaire B., Testi M., Andreani M., Tiercy JM., Villard J., Nunes JM. (2017) The HLA-B landscape of Africa: Signatures of pathogen-driven selection and molecular identification of candidate alleles to malaria protection. Mol Ecol. 2017; 26:6238-6252. https://doi.org/10.1111/mec.14
    • Buhler S., Nunes JM., Sanchez-Mazas A. (2016) HLA class I molecular variation and peptide-binding properties suggest a model of joint divergent asymmetric selection. Immunogenetics. 2016, vol. 68, no. 6-7, p. 401-416. DOI: 10.1007/s00251-016-0918-x http://archive-ouverte.unige.ch/unige:84711
    • Di D, Sanchez-Mazas A, Currat M. (2015) Computer simulation of human leukocyte antigen genes supports two main routes of colonization by human populations in East Asia. BMC Evolutionary Biology 2015, 15:240 doi:10.1186/s12862-015-0512-0 http://archive-ouverte.unige.ch/unige:77111 

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    Mercredi 6 février 2019  L'informatique affective : comment votre ordinateur vous aime
    Dr Guillaume Chanel, Département d'informatique,
    Faculté des sciences, UNIGE
    Nous avons tous ragé face à une machine qui ne réagissait pas comme atten- du. Cela est dû au fait que nos interactions avec ces objets sont très différentes des interactions humaines. Avoir des machines qui pourraient détecter nos émotions en se basant sur plusieurs indices (expressions faciales, ton de voix, rougissement des joues) nous permettrait probablement de communiquer plus naturellement avec elles. Mais si les machines pouvaient comprendre nos émotions, pourraient-elles mieux répondre à nos attentes? Pourraient-elles se joindre à nos relations sociales ou même les modifier?
    • Chanel, G., & Mühl, C. (2015). Connecting Brains and Bodies: Applying Physiological Computing to Support Social Interaction. Interacting with Computers, 27(5), 534‑550. https://doi.org/10.1093/iwc/iwv013 | archive-ouverte.unige
    • Kivikangas, J. M., Chanel, G., Cowley, B., Ekman, I., Salminen, M., Järvelä, S., & Ravaja, N. (2011). A review of the use of psychophysiological methods in game research. Journal of Gaming & Virtual Worlds, 3(3), 181‑199. | archive-ouverte.unige