Jusqu'ici on considérait -sans trop savoir pourquoi- que le séquençage d'un ADN présupposait qu'on sache de quel organisme cet ADN provenait.
Or on voit de plus en plus clairement combien l'ADN des êtres vivants est semblable et donc que pour comprendre la fonction d'une protéine, il est souvent utile de comparer son ADN aux autres ADN semblables -notamment avec Blast-. On peut ainsi émettre des hypothèses à partir des fonctions connues de ces protéines homologues chez la souris ou un autre animal.
Parfois on cherche une enzyme qui une activité particulière, sans avoir besoin de connaître l'organisme où elle s'exprime.
Exemple :
On sait combien le sol est riche en réactions qui pourraient être utile, purification, detoxification, fixation de l'azote etc. mais c'est un monde peu connu, d'autant plus que 99% des bactéries du sol ne peuvent être cultivées au labo. Or dans un seul échantillon de sol du désert des chercheurs ont identifié plus de 100 nouvelles enzymes (des esterases) : jusqu'alors ils n'en connaissaient que 200 !Exemple :
On a extrait l'adn dans le tube digestif des termites, afin d'y trouver des enzymes capables de digérer la cellulose : afin de valoriser le bois, la paille et de nombreuses plantes , et un biocarburant pourrait être au bout de la chaîne. Le nom de l'espèce chez qui cet enzyme sera trouvée n'est pas de la plus haute importance.
News@Nature Mass sequencing effort tackles termite guts
Métagénomique ?
On parle de métagénomique de séquençage de masse ou d'ADN écologique
C'est encore Venter qui est souvent cité comme pionnier sur cette question-là : il a séquencé 6.3 milliards de bases à partir d'échantillons de la mer des Sargasses et y a trouvé des millions de nouveaux gènes, 1700 nouvelles familles de protéines et estimé qu'il y avait là 1800 nouvelles espèces.
Séquençage aveugle ?
D'un autre côté une analyse purement bioinformatique peut mener à des absurdités. Les évolutionnistes ont été sidérés de voir en 2001 dans l'euphorie de l'annonce de la séquence complète du génome humain, que l'équipe Human Genome Project avait annoncé que nous avions 100-200 gènes qui nous venaient directement des bactéries. ( 
Au lieu d'un ancêtre commun avec les B. qui ne sont bien sûr pas nos ancêtres ...) News@nature Linnaeus at 300: We are family
Au lieu d'un ancêtre commun avec les B. qui ne sont bien sûr pas nos ancêtres ...) News@nature Linnaeus at 300: We are familyAutant on ne peut plus ignorer les développements de la biologie In Silico, et la BIST, autant il ne faut pas oublier qu'elle n'est qu'UNE partie de la biologie et ne prend tout son sens qu'intégrée aux autres dimensions !
Parfois ça me rappelle la guégerre des tenants de la biologie in Vivo et in Vitro d'il y a une trentaine d'années...
Sources et liens :
- Scénario en classe avec BLAST
- Venter, J. C., Remington, K., Heidelberg, J. F., Halpern, A. L., Rusch, D., Eisen, J. A., et al. (2004). Environmental Genome Shotgun Sequencing of the Sargasso Sea. Science, 304(5667), 66-74.
- News @ Nature : Ocean trawl yields vast number of unknown proteins.Microbes reveal extent of biodiversity lIntranet.pdf
- News@Nature Mass sequencing effort tackles termite guts
- News@Nature Genomics: Discovery in the dirt | intranet.pdf
- News@nature : Linnaeus at 300: We are family
- Nigel Goldenfeld and Carl Woese Biology's next revolution doi:10.1038/445369a | intranet :
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